# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.5033 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.216 0.009 0.009 0.005 0.007 0.052 0.003 0.001 0.002 0.612 2 E 0.090 0.253 0.006 0.008 0.008 0.016 0.157 0.006 0.001 0.004 0.451 3 L 0.104 0.373 0.006 0.009 0.003 0.012 0.071 0.006 0.001 0.004 0.412 4 K 0.021 0.533 0.001 0.002 0.001 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.404 5 D 0.035 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.004 0.001 0.001 0.230 6 I 0.022 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.047 7 M 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 8 H 0.021 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.023 9 I 0.061 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.025 10 L 0.116 0.831 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.027 11 E 0.044 0.666 0.035 0.001 0.002 0.004 0.010 0.020 0.001 0.001 0.218 12 D 0.136 0.400 0.007 0.006 0.004 0.010 0.021 0.059 0.001 0.001 0.356 13 M 0.259 0.240 0.017 0.010 0.006 0.004 0.012 0.022 0.001 0.002 0.428 14 K 0.162 0.155 0.016 0.040 0.048 0.040 0.212 0.026 0.001 0.015 0.286 15 V 0.199 0.096 0.102 0.105 0.045 0.086 0.071 0.010 0.001 0.008 0.277 16 G 0.022 0.047 0.006 0.430 0.208 0.209 0.021 0.002 0.001 0.001 0.053 17 V 0.007 0.025 0.005 0.271 0.208 0.290 0.046 0.001 0.001 0.002 0.145 18 F 0.003 0.009 0.002 0.319 0.266 0.350 0.007 0.001 0.001 0.001 0.042 19 A 0.002 0.007 0.001 0.383 0.196 0.342 0.021 0.001 0.001 0.001 0.046 20 T 0.004 0.002 0.001 0.096 0.362 0.374 0.027 0.001 0.001 0.002 0.130 21 L 0.004 0.002 0.003 0.177 0.207 0.337 0.045 0.001 0.001 0.003 0.220 22 D 0.004 0.003 0.001 0.132 0.196 0.271 0.188 0.001 0.001 0.004 0.201 23 E 0.019 0.004 0.001 0.035 0.032 0.044 0.149 0.001 0.001 0.015 0.701 24 Y 0.067 0.008 0.001 0.017 0.019 0.032 0.502 0.002 0.001 0.035 0.316 25 G 0.515 0.015 0.006 0.013 0.010 0.013 0.177 0.003 0.001 0.066 0.182 26 N 0.229 0.050 0.020 0.018 0.020 0.022 0.274 0.002 0.001 0.014 0.352 27 P 0.003 0.004 0.002 0.002 0.006 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.957 28 H 0.036 0.013 0.001 0.029 0.089 0.271 0.165 0.001 0.001 0.010 0.385 29 A 0.122 0.032 0.004 0.018 0.091 0.165 0.087 0.002 0.001 0.011 0.468 30 R 0.031 0.063 0.001 0.061 0.319 0.395 0.035 0.001 0.001 0.002 0.091 31 H 0.022 0.071 0.005 0.061 0.096 0.254 0.049 0.001 0.001 0.003 0.437 32 A 0.010 0.053 0.002 0.275 0.231 0.356 0.019 0.001 0.001 0.001 0.052 33 H 0.013 0.142 0.005 0.147 0.121 0.314 0.045 0.003 0.001 0.003 0.206 34 I 0.012 0.097 0.004 0.125 0.312 0.373 0.013 0.003 0.001 0.001 0.060 35 T 0.016 0.095 0.002 0.081 0.192 0.368 0.031 0.004 0.001 0.002 0.208 36 A 0.037 0.054 0.005 0.042 0.274 0.311 0.035 0.008 0.001 0.004 0.228 37 A 0.049 0.077 0.012 0.049 0.208 0.324 0.096 0.006 0.001 0.008 0.171 38 N 0.035 0.088 0.004 0.044 0.200 0.186 0.168 0.010 0.001 0.010 0.254 39 E 0.082 0.058 0.008 0.016 0.038 0.044 0.128 0.006 0.001 0.020 0.601 40 E 0.126 0.028 0.007 0.013 0.043 0.052 0.372 0.008 0.001 0.056 0.295 41 G 0.418 0.009 0.036 0.025 0.034 0.040 0.181 0.006 0.001 0.075 0.174 42 I 0.068 0.010 0.188 0.111 0.197 0.150 0.098 0.001 0.001 0.010 0.166 43 F 0.001 0.001 0.002 0.216 0.348 0.323 0.034 0.001 0.001 0.001 0.073 44 F 0.001 0.001 0.001 0.155 0.220 0.468 0.017 0.001 0.001 0.001 0.138 45 M 0.001 0.001 0.001 0.185 0.294 0.475 0.010 0.001 0.001 0.001 0.034 46 T 0.003 0.001 0.001 0.146 0.156 0.336 0.063 0.001 0.001 0.002 0.292 47 S 0.006 0.001 0.001 0.174 0.134 0.192 0.110 0.001 0.001 0.004 0.378 48 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.011 0.029 0.001 0.001 0.001 0.936 49 E 0.008 0.001 0.001 0.022 0.018 0.038 0.496 0.001 0.001 0.017 0.399 50 T 0.535 0.008 0.001 0.008 0.003 0.006 0.134 0.001 0.001 0.039 0.266 51 H 0.235 0.101 0.003 0.008 0.004 0.004 0.116 0.001 0.001 0.007 0.519 52 F 0.124 0.055 0.006 0.007 0.008 0.014 0.308 0.001 0.001 0.014 0.464 53 Y 0.106 0.173 0.013 0.020 0.014 0.054 0.124 0.002 0.001 0.008 0.484 54 D 0.013 0.261 0.001 0.011 0.038 0.060 0.083 0.003 0.001 0.002 0.528 55 Q 0.074 0.353 0.001 0.004 0.037 0.033 0.061 0.006 0.001 0.003 0.427 56 L 0.119 0.691 0.002 0.005 0.016 0.026 0.028 0.012 0.001 0.003 0.099 57 M 0.102 0.672 0.007 0.009 0.017 0.039 0.039 0.039 0.001 0.005 0.070 58 G 0.159 0.620 0.011 0.007 0.011 0.015 0.020 0.045 0.001 0.003 0.109 59 D 0.375 0.330 0.015 0.009 0.007 0.010 0.020 0.080 0.001 0.004 0.151 60 Q 0.065 0.036 0.081 0.009 0.005 0.003 0.016 0.010 0.001 0.002 0.772 61 R 0.026 0.012 0.028 0.042 0.027 0.046 0.400 0.004 0.001 0.010 0.404 62 V 0.130 0.023 0.027 0.130 0.096 0.202 0.165 0.003 0.001 0.016 0.207 63 A 0.018 0.086 0.002 0.318 0.145 0.301 0.038 0.001 0.001 0.002 0.089 64 M 0.013 0.065 0.001 0.143 0.215 0.265 0.024 0.001 0.001 0.001 0.271 65 T 0.031 0.062 0.002 0.230 0.188 0.257 0.018 0.003 0.001 0.002 0.207 66 A 0.031 0.035 0.005 0.111 0.193 0.322 0.039 0.007 0.001 0.003 0.254 67 I 0.022 0.014 0.006 0.080 0.195 0.367 0.056 0.005 0.001 0.005 0.249 68 S 0.021 0.010 0.003 0.064 0.180 0.272 0.146 0.003 0.001 0.005 0.295 69 E 0.016 0.006 0.003 0.016 0.024 0.029 0.075 0.001 0.001 0.003 0.827 70 E 0.029 0.009 0.002 0.012 0.017 0.029 0.320 0.001 0.001 0.014 0.567 71 G 0.375 0.010 0.003 0.008 0.014 0.014 0.236 0.003 0.001 0.069 0.269 72 Y 0.491 0.048 0.016 0.011 0.016 0.015 0.179 0.001 0.001 0.020 0.202 73 L 0.030 0.042 0.008 0.026 0.063 0.068 0.096 0.001 0.001 0.005 0.661 74 I 0.017 0.018 0.002 0.037 0.121 0.347 0.099 0.001 0.001 0.007 0.350 75 Q 0.048 0.014 0.002 0.045 0.236 0.375 0.053 0.002 0.001 0.005 0.219 76 V 0.052 0.014 0.006 0.065 0.240 0.302 0.029 0.002 0.001 0.003 0.287 77 V 0.005 0.003 0.003 0.089 0.368 0.400 0.019 0.001 0.001 0.001 0.112 78 R 0.003 0.001 0.001 0.159 0.253 0.421 0.031 0.001 0.001 0.001 0.129 79 V 0.003 0.002 0.001 0.200 0.235 0.379 0.030 0.001 0.001 0.001 0.148 80 E 0.004 0.002 0.001 0.210 0.158 0.315 0.054 0.001 0.001 0.003 0.253 81 G 0.013 0.002 0.001 0.100 0.144 0.257 0.076 0.001 0.001 0.008 0.396 82 T 0.025 0.002 0.002 0.089 0.113 0.168 0.080 0.001 0.001 0.010 0.510 83 A 0.020 0.002 0.004 0.062 0.125 0.210 0.072 0.001 0.001 0.009 0.495 84 R 0.021 0.002 0.002 0.070 0.176 0.216 0.087 0.001 0.001 0.005 0.419 85 P 0.005 0.001 0.001 0.008 0.012 0.022 0.015 0.001 0.001 0.001 0.935 86 V 0.019 0.002 0.002 0.053 0.118 0.262 0.081 0.001 0.001 0.004 0.458 87 E 0.034 0.003 0.001 0.016 0.026 0.082 0.107 0.001 0.001 0.005 0.726 88 N 0.021 0.008 0.001 0.019 0.016 0.031 0.093 0.001 0.001 0.003 0.807 89 D 0.015 0.009 0.001 0.003 0.002 0.003 0.104 0.001 0.001 0.002 0.861 90 Y 0.044 0.037 0.001 0.004 0.005 0.008 0.486 0.001 0.001 0.010 0.404 91 L 0.145 0.335 0.002 0.005 0.007 0.021 0.174 0.002 0.001 0.010 0.296 92 K 0.052 0.772 0.002 0.002 0.004 0.011 0.023 0.002 0.001 0.002 0.132 93 T 0.040 0.796 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.147 94 V 0.081 0.784 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.114 95 F 0.094 0.811 0.005 0.002 0.004 0.006 0.004 0.015 0.001 0.001 0.059 96 A 0.083 0.674 0.019 0.008 0.016 0.052 0.015 0.045 0.001 0.001 0.087 97 D 0.229 0.409 0.017 0.018 0.010 0.021 0.020 0.089 0.001 0.001 0.185 98 N 0.384 0.138 0.031 0.022 0.012 0.011 0.037 0.036 0.001 0.002 0.328 99 P 0.003 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 100 Y 0.011 0.003 0.003 0.019 0.011 0.023 0.503 0.001 0.001 0.006 0.420 101 Y 0.412 0.022 0.003 0.023 0.007 0.017 0.111 0.001 0.001 0.019 0.385 102 Q 0.156 0.266 0.002 0.073 0.034 0.043 0.083 0.003 0.001 0.006 0.335 103 H 0.166 0.125 0.005 0.039 0.035 0.056 0.110 0.003 0.001 0.010 0.452 104 I 0.150 0.179 0.008 0.082 0.077 0.122 0.044 0.007 0.001 0.004 0.327 105 Y 0.072 0.116 0.009 0.062 0.128 0.220 0.049 0.009 0.001 0.005 0.330 106 K 0.056 0.053 0.011 0.032 0.101 0.167 0.060 0.007 0.001 0.004 0.510 107 D 0.084 0.035 0.004 0.044 0.106 0.127 0.062 0.011 0.001 0.004 0.522 108 E 0.100 0.030 0.012 0.043 0.064 0.094 0.131 0.005 0.001 0.012 0.508 109 S 0.070 0.018 0.003 0.022 0.041 0.051 0.379 0.004 0.001 0.015 0.397 110 S 0.104 0.016 0.009 0.019 0.014 0.019 0.136 0.002 0.001 0.019 0.661 111 D 0.086 0.023 0.004 0.016 0.020 0.025 0.415 0.002 0.001 0.028 0.381 112 T 0.217 0.028 0.011 0.019 0.020 0.033 0.297 0.002 0.001 0.041 0.332 113 M 0.117 0.092 0.015 0.074 0.090 0.110 0.144 0.002 0.001 0.012 0.344 114 Q 0.039 0.072 0.009 0.052 0.096 0.134 0.147 0.001 0.001 0.005 0.446 115 V 0.019 0.069 0.004 0.046 0.108 0.267 0.066 0.001 0.001 0.003 0.417 116 F 0.015 0.102 0.002 0.084 0.129 0.344 0.063 0.001 0.001 0.002 0.257 117 Q 0.030 0.148 0.002 0.022 0.042 0.087 0.072 0.002 0.001 0.002 0.593 118 I 0.053 0.387 0.004 0.038 0.031 0.080 0.055 0.004 0.001 0.004 0.344 119 Y 0.050 0.365 0.003 0.011 0.012 0.021 0.061 0.006 0.001 0.002 0.468 120 A 0.081 0.519 0.005 0.008 0.012 0.019 0.071 0.009 0.001 0.005 0.273 121 G 0.075 0.642 0.007 0.003 0.006 0.008 0.030 0.006 0.001 0.002 0.223 122 H 0.034 0.773 0.007 0.002 0.002 0.004 0.019 0.004 0.001 0.001 0.154 123 G 0.024 0.786 0.004 0.002 0.005 0.007 0.017 0.006 0.001 0.001 0.149 124 F 0.041 0.837 0.004 0.002 0.004 0.007 0.017 0.007 0.001 0.001 0.079 125 Y 0.021 0.913 0.004 0.003 0.005 0.008 0.005 0.007 0.001 0.001 0.035 126 H 0.022 0.899 0.003 0.003 0.005 0.007 0.003 0.008 0.001 0.001 0.049 127 S 0.048 0.809 0.006 0.003 0.009 0.013 0.010 0.020 0.001 0.001 0.080 128 L 0.072 0.777 0.008 0.007 0.012 0.012 0.009 0.023 0.001 0.001 0.078 129 T 0.063 0.717 0.014 0.012 0.013 0.016 0.024 0.026 0.001 0.002 0.112 130 Q 0.094 0.462 0.019 0.013 0.017 0.026 0.087 0.032 0.001 0.006 0.245 131 G 0.327 0.203 0.019 0.014 0.013 0.015 0.082 0.047 0.001 0.010 0.270 132 H 0.340 0.151 0.103 0.016 0.011 0.017 0.074 0.011 0.001 0.012 0.265 133 K 0.033 0.034 0.027 0.022 0.021 0.030 0.061 0.004 0.001 0.003 0.765 134 Y 0.043 0.011 0.006 0.020 0.026 0.042 0.041 0.003 0.001 0.003 0.806 135 I 0.133 0.016 0.006 0.048 0.054 0.087 0.049 0.003 0.001 0.005 0.599 136 F 0.045 0.009 0.003 0.035 0.053 0.075 0.052 0.002 0.001 0.002 0.724 137 S 0.041 0.006 0.004 0.061 0.078 0.129 0.051 0.001 0.001 0.003 0.626 138 I 0.025 0.004 0.002 0.058 0.055 0.111 0.054 0.001 0.001 0.003 0.688 139 G 0.038 0.004 0.002 0.052 0.084 0.128 0.123 0.001 0.001 0.005 0.564 140 Q 0.015 0.001 0.001 0.015 0.016 0.024 0.040 0.001 0.001 0.002 0.886 141 G 0.027 0.003 0.001 0.025 0.036 0.051 0.157 0.001 0.001 0.007 0.693 142 E 0.222 0.007 0.001 0.015 0.029 0.030 0.220 0.001 0.001 0.031 0.444 143 H 0.271 0.025 0.003 0.021 0.029 0.038 0.160 0.002 0.001 0.023 0.428 144 S 0.133 0.018 0.008 0.052 0.118 0.114 0.177 0.002 0.001 0.020 0.358 145 E 0.053 0.005 0.010 0.061 0.109 0.144 0.122 0.001 0.001 0.011 0.484 146 V 0.012 0.001 0.008 0.124 0.263 0.368 0.045 0.001 0.001 0.003 0.176 147 R 0.002 0.001 0.001 0.180 0.319 0.404 0.027 0.001 0.001 0.001 0.066 148 A 0.001 0.001 0.001 0.198 0.271 0.399 0.020 0.001 0.001 0.001 0.110 149 L 0.001 0.001 0.001 0.315 0.232 0.386 0.016 0.001 0.001 0.001 0.050