# TARGET T0331 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.994 2 E 0.043 0.046 0.004 0.353 0.001 0.017 0.536 3 L 0.015 0.003 0.007 0.732 0.049 0.031 0.162 4 K 0.016 0.002 0.013 0.831 0.029 0.035 0.073 5 D 0.015 0.002 0.020 0.835 0.039 0.031 0.058 6 I 0.018 0.003 0.022 0.856 0.025 0.037 0.040 7 M 0.017 0.003 0.040 0.810 0.024 0.061 0.045 8 H 0.016 0.002 0.041 0.725 0.024 0.148 0.045 9 I 0.011 0.007 0.070 0.572 0.040 0.186 0.113 10 L 0.021 0.012 0.118 0.352 0.100 0.167 0.231 11 E 0.019 0.005 0.110 0.273 0.148 0.299 0.147 12 D 0.021 0.013 0.045 0.098 0.353 0.147 0.324 13 M 0.027 0.005 0.021 0.026 0.245 0.192 0.485 14 K 0.092 0.003 0.013 0.007 0.459 0.176 0.250 15 V 0.765 0.016 0.009 0.005 0.057 0.012 0.135 16 G 0.954 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.034 17 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 18 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 19 A 0.957 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 20 T 0.919 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.063 21 L 0.848 0.051 0.001 0.001 0.011 0.001 0.088 22 D 0.415 0.016 0.003 0.001 0.016 0.015 0.535 23 E 0.039 0.003 0.006 0.001 0.085 0.818 0.049 24 Y 0.003 0.003 0.005 0.001 0.128 0.851 0.010 25 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.824 0.095 0.072 26 N 0.070 0.017 0.001 0.001 0.190 0.010 0.711 27 P 0.469 0.179 0.001 0.001 0.043 0.010 0.297 28 H 0.725 0.023 0.002 0.001 0.031 0.007 0.212 29 A 0.866 0.006 0.002 0.001 0.020 0.003 0.102 30 R 0.894 0.004 0.002 0.003 0.024 0.002 0.069 31 H 0.955 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.032 32 A 0.980 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 33 H 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 34 I 0.964 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.023 35 T 0.943 0.003 0.003 0.005 0.011 0.003 0.031 36 A 0.882 0.005 0.008 0.009 0.020 0.011 0.065 37 A 0.703 0.011 0.020 0.019 0.067 0.065 0.115 38 N 0.433 0.010 0.033 0.018 0.109 0.180 0.218 39 E 0.171 0.005 0.044 0.014 0.202 0.478 0.085 40 E 0.075 0.003 0.018 0.007 0.192 0.644 0.061 41 G 0.323 0.004 0.006 0.002 0.224 0.121 0.321 42 I 0.791 0.012 0.001 0.001 0.015 0.004 0.177 43 F 0.955 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 44 F 0.950 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 45 M 0.875 0.006 0.001 0.001 0.017 0.005 0.095 46 T 0.539 0.016 0.003 0.003 0.087 0.024 0.328 47 S 0.139 0.012 0.018 0.015 0.298 0.116 0.403 48 P 0.028 0.007 0.056 0.061 0.272 0.384 0.193 49 E 0.009 0.003 0.103 0.165 0.186 0.434 0.100 50 T 0.013 0.008 0.046 0.378 0.211 0.145 0.200 51 H 0.017 0.014 0.039 0.570 0.077 0.103 0.180 52 F 0.020 0.011 0.027 0.731 0.042 0.067 0.101 53 Y 0.034 0.004 0.026 0.812 0.024 0.035 0.064 54 D 0.022 0.001 0.032 0.873 0.022 0.019 0.030 55 Q 0.025 0.001 0.029 0.891 0.013 0.014 0.027 56 L 0.014 0.005 0.075 0.854 0.006 0.022 0.024 57 M 0.021 0.001 0.056 0.680 0.019 0.203 0.019 58 G 0.013 0.003 0.040 0.303 0.026 0.594 0.022 59 D 0.014 0.006 0.006 0.006 0.221 0.035 0.711 60 Q 0.018 0.001 0.006 0.001 0.358 0.284 0.331 61 R 0.184 0.001 0.005 0.001 0.588 0.173 0.048 62 V 0.956 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 63 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 T 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 66 A 0.806 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.162 67 I 0.553 0.014 0.004 0.001 0.063 0.010 0.354 68 S 0.163 0.030 0.011 0.004 0.094 0.030 0.667 69 E 0.066 0.009 0.044 0.005 0.203 0.129 0.544 70 E 0.004 0.002 0.128 0.004 0.132 0.695 0.035 71 G 0.004 0.001 0.182 0.003 0.156 0.578 0.076 72 Y 0.048 0.017 0.160 0.004 0.170 0.108 0.494 73 L 0.236 0.020 0.073 0.006 0.156 0.204 0.305 74 I 0.309 0.022 0.077 0.005 0.237 0.078 0.273 75 Q 0.458 0.025 0.025 0.002 0.097 0.011 0.381 76 V 0.785 0.010 0.006 0.001 0.033 0.013 0.151 77 V 0.919 0.003 0.002 0.001 0.014 0.003 0.058 78 R 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 79 V 0.956 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 80 E 0.913 0.002 0.001 0.001 0.022 0.008 0.053 81 G 0.809 0.003 0.002 0.001 0.054 0.014 0.118 82 T 0.897 0.004 0.001 0.001 0.018 0.003 0.076 83 A 0.900 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.085 84 R 0.878 0.004 0.001 0.001 0.023 0.005 0.088 85 P 0.817 0.020 0.002 0.002 0.032 0.007 0.121 86 V 0.516 0.022 0.002 0.002 0.098 0.008 0.353 87 E 0.120 0.005 0.001 0.004 0.099 0.009 0.762 88 N 0.011 0.002 0.117 0.587 0.101 0.092 0.090 89 D 0.002 0.002 0.087 0.796 0.034 0.059 0.020 90 Y 0.002 0.001 0.069 0.847 0.020 0.041 0.021 91 L 0.003 0.001 0.023 0.902 0.012 0.023 0.037 92 K 0.007 0.001 0.012 0.914 0.015 0.031 0.021 93 T 0.008 0.001 0.016 0.905 0.012 0.038 0.020 94 V 0.003 0.002 0.016 0.899 0.026 0.033 0.021 95 F 0.008 0.007 0.035 0.821 0.022 0.075 0.031 96 A 0.007 0.002 0.056 0.588 0.026 0.284 0.037 97 D 0.003 0.004 0.028 0.425 0.066 0.430 0.044 98 N 0.003 0.005 0.006 0.066 0.462 0.047 0.412 99 P 0.003 0.006 0.028 0.063 0.167 0.099 0.634 100 Y 0.006 0.014 0.189 0.125 0.126 0.218 0.322 101 Y 0.007 0.004 0.428 0.100 0.081 0.210 0.169 102 Q 0.022 0.006 0.408 0.121 0.094 0.174 0.175 103 H 0.078 0.033 0.236 0.156 0.147 0.124 0.226 104 I 0.133 0.053 0.098 0.121 0.103 0.075 0.418 105 Y 0.157 0.024 0.089 0.128 0.112 0.127 0.363 106 K 0.227 0.026 0.084 0.133 0.139 0.112 0.279 107 D 0.225 0.036 0.088 0.107 0.105 0.116 0.322 108 E 0.189 0.025 0.057 0.083 0.191 0.115 0.339 109 S 0.119 0.023 0.043 0.053 0.202 0.117 0.444 110 S 0.053 0.012 0.114 0.081 0.274 0.244 0.222 111 D 0.071 0.012 0.112 0.074 0.183 0.279 0.269 112 T 0.143 0.025 0.065 0.080 0.181 0.098 0.409 113 M 0.295 0.021 0.026 0.100 0.172 0.038 0.348 114 Q 0.399 0.033 0.016 0.129 0.041 0.026 0.356 115 V 0.244 0.037 0.025 0.222 0.041 0.025 0.407 116 F 0.152 0.018 0.038 0.323 0.089 0.068 0.312 117 Q 0.043 0.010 0.030 0.451 0.109 0.060 0.296 118 I 0.007 0.002 0.015 0.858 0.039 0.018 0.061 119 Y 0.007 0.001 0.007 0.918 0.022 0.020 0.026 120 A 0.002 0.001 0.004 0.955 0.007 0.014 0.016 121 G 0.001 0.001 0.001 0.974 0.006 0.010 0.008 122 H 0.002 0.001 0.001 0.976 0.006 0.010 0.006 123 G 0.002 0.001 0.001 0.980 0.003 0.008 0.006 124 F 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.010 0.006 125 Y 0.002 0.001 0.002 0.975 0.004 0.011 0.006 126 H 0.002 0.001 0.004 0.960 0.004 0.023 0.005 127 S 0.001 0.001 0.006 0.921 0.004 0.062 0.005 128 L 0.001 0.001 0.012 0.879 0.014 0.066 0.026 129 T 0.002 0.002 0.037 0.835 0.015 0.088 0.022 130 Q 0.004 0.001 0.059 0.729 0.035 0.130 0.042 131 G 0.005 0.005 0.060 0.666 0.067 0.129 0.069 132 H 0.014 0.015 0.043 0.311 0.208 0.099 0.310 133 K 0.015 0.010 0.059 0.096 0.141 0.359 0.319 134 Y 0.025 0.013 0.058 0.032 0.166 0.494 0.211 135 I 0.069 0.021 0.022 0.012 0.305 0.093 0.479 136 F 0.061 0.053 0.007 0.002 0.187 0.031 0.659 137 S 0.093 0.059 0.003 0.001 0.161 0.011 0.672 138 I 0.042 0.028 0.003 0.001 0.178 0.017 0.731 139 G 0.032 0.052 0.004 0.001 0.261 0.021 0.629 140 Q 0.019 0.023 0.015 0.001 0.220 0.053 0.670 141 G 0.014 0.012 0.036 0.001 0.435 0.197 0.305 142 E 0.048 0.068 0.082 0.002 0.337 0.192 0.270 143 H 0.106 0.056 0.079 0.003 0.145 0.127 0.485 144 S 0.197 0.064 0.049 0.005 0.129 0.257 0.299 145 E 0.412 0.011 0.028 0.003 0.136 0.219 0.191 146 V 0.695 0.006 0.008 0.003 0.069 0.106 0.113 147 R 0.873 0.017 0.002 0.002 0.016 0.011 0.080 148 A 0.754 0.043 0.001 0.001 0.001 0.005 0.195 149 L 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990