# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.5033 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.666 0.049 0.111 0.060 0.041 0.010 0.025 0.018 0.006 0.013 0.001 2 E 0.717 0.045 0.130 0.036 0.011 0.032 0.007 0.002 0.012 0.006 0.001 3 L 0.972 0.003 0.006 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.980 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.986 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 M 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.970 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.883 0.001 0.003 0.106 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.823 0.015 0.061 0.068 0.002 0.018 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 11 E 0.891 0.004 0.020 0.075 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.120 0.009 0.011 0.777 0.007 0.015 0.031 0.008 0.020 0.001 0.001 13 M 0.029 0.159 0.677 0.030 0.019 0.058 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 14 K 0.469 0.070 0.069 0.308 0.019 0.027 0.022 0.005 0.006 0.002 0.001 15 V 0.012 0.605 0.058 0.048 0.262 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 16 G 0.011 0.666 0.083 0.008 0.210 0.005 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 17 V 0.004 0.842 0.098 0.001 0.029 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 18 F 0.015 0.676 0.209 0.007 0.014 0.054 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 19 A 0.017 0.669 0.136 0.009 0.086 0.040 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 20 T 0.012 0.617 0.174 0.018 0.114 0.033 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 21 L 0.027 0.441 0.271 0.100 0.060 0.069 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 22 D 0.003 0.120 0.654 0.004 0.140 0.047 0.002 0.001 0.021 0.009 0.001 23 E 0.908 0.004 0.004 0.074 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 24 Y 0.204 0.006 0.021 0.752 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 25 G 0.022 0.001 0.015 0.049 0.009 0.001 0.107 0.746 0.001 0.049 0.001 26 N 0.013 0.181 0.638 0.002 0.008 0.022 0.010 0.001 0.125 0.001 0.001 27 P 0.134 0.003 0.804 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 28 H 0.181 0.192 0.202 0.239 0.081 0.040 0.029 0.017 0.014 0.004 0.001 29 A 0.036 0.517 0.246 0.029 0.137 0.013 0.004 0.002 0.013 0.002 0.001 30 R 0.028 0.674 0.182 0.011 0.064 0.016 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 31 H 0.041 0.373 0.491 0.009 0.019 0.054 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 32 A 0.036 0.744 0.088 0.011 0.084 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 33 H 0.037 0.552 0.285 0.007 0.025 0.065 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 34 I 0.070 0.599 0.217 0.015 0.029 0.041 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 35 T 0.139 0.586 0.147 0.022 0.057 0.024 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 36 A 0.168 0.331 0.216 0.045 0.137 0.039 0.023 0.007 0.027 0.006 0.001 37 A 0.207 0.333 0.197 0.093 0.097 0.036 0.007 0.002 0.023 0.006 0.001 38 N 0.191 0.127 0.182 0.220 0.099 0.077 0.041 0.006 0.044 0.011 0.001 39 E 0.478 0.083 0.103 0.207 0.054 0.016 0.027 0.014 0.010 0.008 0.001 40 E 0.123 0.064 0.066 0.642 0.034 0.006 0.043 0.013 0.006 0.002 0.001 41 G 0.018 0.065 0.130 0.027 0.372 0.004 0.110 0.147 0.008 0.118 0.001 42 I 0.004 0.724 0.201 0.002 0.041 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 43 F 0.010 0.696 0.196 0.004 0.008 0.046 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 44 F 0.009 0.727 0.147 0.007 0.033 0.055 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 45 M 0.010 0.671 0.125 0.010 0.075 0.058 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 46 T 0.069 0.369 0.152 0.179 0.185 0.027 0.003 0.001 0.010 0.004 0.001 47 S 0.007 0.172 0.454 0.003 0.208 0.039 0.002 0.001 0.109 0.005 0.001 48 P 0.941 0.001 0.018 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 E 0.640 0.008 0.015 0.297 0.003 0.005 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 50 T 0.405 0.103 0.205 0.217 0.027 0.015 0.010 0.005 0.011 0.002 0.001 51 H 0.512 0.037 0.157 0.090 0.017 0.025 0.122 0.027 0.008 0.005 0.001 52 F 0.761 0.086 0.078 0.031 0.020 0.009 0.003 0.003 0.005 0.004 0.001 53 Y 0.975 0.005 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.981 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.964 0.007 0.005 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 L 0.854 0.014 0.020 0.105 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 M 0.711 0.064 0.098 0.093 0.014 0.006 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 58 G 0.371 0.022 0.049 0.306 0.037 0.008 0.043 0.113 0.006 0.045 0.001 59 D 0.019 0.128 0.460 0.039 0.032 0.120 0.046 0.001 0.154 0.001 0.001 60 Q 0.460 0.055 0.153 0.254 0.022 0.020 0.018 0.008 0.004 0.003 0.004 61 R 0.072 0.460 0.218 0.082 0.107 0.024 0.014 0.003 0.016 0.002 0.001 62 V 0.007 0.816 0.109 0.006 0.030 0.010 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 63 A 0.004 0.780 0.158 0.002 0.019 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 64 M 0.003 0.783 0.139 0.002 0.030 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 65 T 0.006 0.831 0.061 0.005 0.051 0.019 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 66 A 0.007 0.630 0.129 0.008 0.150 0.036 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 67 I 0.029 0.415 0.390 0.034 0.023 0.080 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 68 S 0.014 0.265 0.443 0.011 0.179 0.036 0.006 0.002 0.029 0.014 0.001 69 E 0.555 0.083 0.178 0.084 0.026 0.025 0.014 0.006 0.016 0.010 0.003 70 E 0.433 0.038 0.214 0.238 0.018 0.007 0.026 0.010 0.006 0.008 0.001 71 G 0.133 0.004 0.032 0.039 0.038 0.001 0.089 0.545 0.002 0.117 0.001 72 Y 0.321 0.098 0.355 0.136 0.026 0.033 0.010 0.003 0.011 0.003 0.004 73 L 0.237 0.324 0.238 0.101 0.040 0.028 0.013 0.003 0.013 0.002 0.001 74 I 0.185 0.426 0.229 0.055 0.060 0.017 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 75 Q 0.048 0.550 0.303 0.012 0.040 0.024 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 76 V 0.023 0.608 0.285 0.006 0.013 0.034 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 77 V 0.008 0.637 0.266 0.006 0.016 0.029 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 78 R 0.006 0.493 0.434 0.001 0.011 0.041 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 79 V 0.015 0.796 0.090 0.007 0.024 0.037 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 80 E 0.017 0.638 0.150 0.039 0.038 0.034 0.006 0.001 0.077 0.001 0.001 81 G 0.009 0.099 0.138 0.008 0.600 0.005 0.020 0.052 0.002 0.067 0.001 82 T 0.010 0.704 0.142 0.027 0.080 0.016 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 83 A 0.014 0.330 0.400 0.019 0.165 0.022 0.009 0.004 0.013 0.020 0.003 84 R 0.001 0.719 0.140 0.001 0.017 0.016 0.002 0.001 0.105 0.001 0.001 85 P 0.003 0.013 0.939 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 86 V 0.021 0.491 0.332 0.012 0.027 0.065 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 87 E 0.007 0.111 0.803 0.001 0.017 0.048 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 88 N 0.861 0.017 0.043 0.032 0.015 0.014 0.005 0.002 0.008 0.002 0.001 89 D 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.984 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 K 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.978 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.974 0.004 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.626 0.007 0.009 0.351 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.024 0.060 0.188 0.009 0.006 0.023 0.022 0.001 0.666 0.001 0.001 99 P 0.722 0.003 0.229 0.016 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 100 Y 0.663 0.027 0.108 0.146 0.010 0.022 0.007 0.007 0.004 0.005 0.001 101 Y 0.641 0.043 0.086 0.173 0.014 0.015 0.010 0.007 0.008 0.003 0.001 102 Q 0.641 0.078 0.107 0.132 0.015 0.010 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 103 H 0.380 0.121 0.219 0.108 0.024 0.049 0.056 0.004 0.036 0.001 0.001 104 I 0.445 0.181 0.196 0.127 0.011 0.025 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 105 Y 0.239 0.178 0.195 0.145 0.094 0.052 0.037 0.013 0.034 0.012 0.001 106 K 0.290 0.209 0.299 0.087 0.054 0.024 0.008 0.004 0.018 0.005 0.001 107 D 0.261 0.150 0.323 0.104 0.054 0.046 0.018 0.006 0.029 0.005 0.002 108 E 0.300 0.113 0.253 0.213 0.047 0.028 0.017 0.008 0.015 0.006 0.001 109 S 0.168 0.107 0.495 0.068 0.100 0.019 0.003 0.006 0.015 0.018 0.001 110 S 0.670 0.019 0.061 0.152 0.021 0.007 0.018 0.028 0.006 0.017 0.001 111 D 0.368 0.054 0.137 0.333 0.019 0.031 0.037 0.005 0.010 0.004 0.001 112 T 0.281 0.225 0.165 0.231 0.051 0.012 0.018 0.008 0.008 0.002 0.001 113 M 0.086 0.472 0.316 0.011 0.042 0.021 0.012 0.001 0.038 0.001 0.001 114 Q 0.092 0.139 0.722 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 115 V 0.306 0.485 0.122 0.015 0.011 0.036 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 116 F 0.853 0.042 0.067 0.021 0.005 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 Q 0.477 0.300 0.057 0.030 0.099 0.016 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 118 I 0.669 0.225 0.049 0.030 0.009 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 119 Y 0.665 0.131 0.079 0.058 0.012 0.023 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 120 A 0.674 0.069 0.096 0.111 0.024 0.006 0.014 0.001 0.003 0.002 0.001 121 G 0.478 0.008 0.032 0.061 0.030 0.003 0.055 0.267 0.002 0.064 0.001 122 H 0.546 0.112 0.152 0.146 0.024 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 123 G 0.576 0.098 0.104 0.059 0.079 0.005 0.021 0.032 0.005 0.021 0.001 124 F 0.614 0.194 0.094 0.033 0.044 0.010 0.003 0.001 0.005 0.003 0.001 125 Y 0.618 0.204 0.082 0.045 0.021 0.018 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 126 H 0.669 0.165 0.059 0.047 0.032 0.013 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 127 S 0.545 0.206 0.117 0.035 0.044 0.025 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 128 L 0.771 0.078 0.048 0.070 0.011 0.012 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 129 T 0.650 0.101 0.075 0.125 0.019 0.010 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 130 Q 0.478 0.081 0.159 0.215 0.032 0.007 0.015 0.003 0.007 0.003 0.001 131 G 0.211 0.017 0.066 0.128 0.034 0.008 0.144 0.302 0.008 0.083 0.001 132 H 0.116 0.151 0.415 0.099 0.029 0.078 0.041 0.004 0.061 0.004 0.001 133 K 0.305 0.143 0.281 0.121 0.034 0.032 0.048 0.008 0.013 0.012 0.002 134 Y 0.215 0.138 0.256 0.205 0.037 0.053 0.054 0.011 0.024 0.005 0.002 135 I 0.157 0.291 0.254 0.131 0.077 0.028 0.024 0.009 0.026 0.004 0.001 136 F 0.071 0.277 0.453 0.057 0.032 0.053 0.012 0.002 0.040 0.001 0.001 137 S 0.060 0.319 0.484 0.028 0.025 0.050 0.005 0.002 0.024 0.002 0.001 138 I 0.102 0.259 0.388 0.114 0.035 0.049 0.011 0.003 0.035 0.003 0.001 139 G 0.045 0.137 0.305 0.029 0.221 0.018 0.034 0.073 0.017 0.121 0.002 140 Q 0.115 0.131 0.487 0.074 0.062 0.027 0.031 0.010 0.037 0.021 0.005 141 G 0.151 0.022 0.245 0.066 0.071 0.010 0.033 0.244 0.002 0.151 0.005 142 E 0.128 0.236 0.229 0.147 0.117 0.047 0.041 0.012 0.033 0.009 0.001 143 H 0.128 0.216 0.266 0.237 0.068 0.029 0.022 0.006 0.022 0.004 0.002 144 S 0.076 0.149 0.181 0.065 0.412 0.003 0.011 0.037 0.003 0.062 0.001 145 E 0.048 0.244 0.211 0.134 0.278 0.020 0.021 0.018 0.011 0.013 0.002 146 V 0.005 0.732 0.159 0.004 0.079 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 147 R 0.006 0.762 0.169 0.001 0.017 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 148 A 0.013 0.641 0.279 0.002 0.006 0.042 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 149 L 0.034 0.647 0.161 0.017 0.045 0.052 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001