# TARGET T0331 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.456 0.270 0.165 0.079 0.024 0.005 0.001 2 E 0.310 0.243 0.175 0.162 0.088 0.021 0.001 3 L 0.436 0.286 0.161 0.084 0.027 0.006 0.001 4 K 0.713 0.223 0.048 0.012 0.003 0.001 0.001 5 D 0.379 0.325 0.181 0.085 0.024 0.005 0.001 6 I 0.126 0.115 0.176 0.298 0.226 0.056 0.003 7 M 0.308 0.329 0.218 0.110 0.030 0.005 0.001 8 H 0.501 0.344 0.107 0.036 0.010 0.002 0.001 9 I 0.193 0.249 0.237 0.214 0.087 0.019 0.001 10 L 0.131 0.138 0.191 0.266 0.203 0.064 0.005 11 E 0.456 0.304 0.135 0.069 0.028 0.007 0.001 12 D 0.251 0.255 0.203 0.167 0.089 0.032 0.004 13 M 0.062 0.091 0.128 0.244 0.273 0.170 0.033 14 K 0.064 0.150 0.192 0.218 0.217 0.127 0.032 15 V 0.033 0.063 0.092 0.170 0.244 0.268 0.129 16 G 0.021 0.032 0.054 0.126 0.206 0.339 0.222 17 V 0.010 0.019 0.034 0.077 0.154 0.382 0.325 18 F 0.006 0.008 0.020 0.057 0.137 0.434 0.337 19 A 0.008 0.019 0.037 0.103 0.257 0.405 0.172 20 T 0.014 0.051 0.128 0.226 0.274 0.234 0.073 21 L 0.031 0.076 0.155 0.299 0.297 0.129 0.013 22 D 0.215 0.377 0.241 0.121 0.038 0.006 0.001 23 E 0.549 0.261 0.123 0.053 0.011 0.002 0.001 24 Y 0.736 0.185 0.051 0.019 0.007 0.002 0.001 25 G 0.405 0.259 0.167 0.111 0.046 0.011 0.001 26 N 0.184 0.248 0.232 0.199 0.103 0.030 0.004 27 P 0.157 0.161 0.167 0.201 0.181 0.112 0.021 28 H 0.079 0.124 0.178 0.236 0.217 0.132 0.034 29 A 0.034 0.047 0.073 0.141 0.217 0.304 0.185 30 R 0.033 0.068 0.090 0.170 0.224 0.264 0.152 31 H 0.037 0.048 0.069 0.121 0.179 0.296 0.252 32 A 0.042 0.060 0.089 0.162 0.210 0.262 0.176 33 H 0.046 0.068 0.083 0.140 0.215 0.302 0.146 34 I 0.014 0.022 0.042 0.105 0.222 0.387 0.208 35 T 0.028 0.095 0.147 0.236 0.236 0.197 0.061 36 A 0.066 0.160 0.198 0.252 0.205 0.098 0.021 37 A 0.082 0.165 0.188 0.253 0.212 0.088 0.011 38 N 0.318 0.354 0.193 0.096 0.030 0.008 0.001 39 E 0.254 0.285 0.211 0.164 0.070 0.015 0.001 40 E 0.206 0.391 0.238 0.115 0.040 0.009 0.001 41 G 0.025 0.154 0.291 0.331 0.158 0.038 0.002 42 I 0.003 0.008 0.024 0.102 0.314 0.461 0.087 43 F 0.004 0.015 0.049 0.137 0.277 0.407 0.112 44 F 0.002 0.002 0.007 0.023 0.078 0.459 0.428 45 M 0.003 0.009 0.028 0.087 0.231 0.463 0.178 46 T 0.011 0.040 0.090 0.192 0.307 0.293 0.068 47 S 0.063 0.186 0.234 0.237 0.185 0.081 0.014 48 P 0.090 0.188 0.242 0.271 0.153 0.050 0.005 49 E 0.311 0.341 0.194 0.107 0.036 0.011 0.001 50 T 0.434 0.277 0.162 0.087 0.032 0.007 0.001 51 H 0.471 0.291 0.143 0.064 0.024 0.006 0.001 52 F 0.201 0.283 0.216 0.180 0.092 0.026 0.002 53 Y 0.115 0.164 0.235 0.270 0.169 0.044 0.003 54 D 0.249 0.416 0.213 0.091 0.025 0.005 0.001 55 Q 0.124 0.273 0.258 0.212 0.102 0.029 0.002 56 L 0.043 0.075 0.146 0.308 0.312 0.110 0.007 57 M 0.190 0.303 0.231 0.183 0.074 0.016 0.001 58 G 0.378 0.384 0.151 0.064 0.018 0.004 0.001 59 D 0.086 0.176 0.222 0.260 0.191 0.060 0.005 60 Q 0.132 0.282 0.248 0.204 0.095 0.035 0.003 61 R 0.036 0.171 0.304 0.295 0.149 0.042 0.003 62 V 0.010 0.022 0.046 0.152 0.355 0.362 0.053 63 A 0.008 0.039 0.093 0.211 0.329 0.269 0.051 64 M 0.003 0.004 0.012 0.032 0.082 0.402 0.465 65 T 0.006 0.010 0.023 0.069 0.165 0.430 0.298 66 A 0.007 0.013 0.026 0.068 0.195 0.453 0.239 67 I 0.020 0.063 0.118 0.217 0.290 0.239 0.052 68 S 0.069 0.161 0.215 0.269 0.206 0.072 0.008 69 E 0.301 0.356 0.193 0.105 0.033 0.009 0.001 70 E 0.623 0.235 0.086 0.039 0.012 0.003 0.001 71 G 0.634 0.227 0.088 0.034 0.013 0.004 0.001 72 Y 0.218 0.233 0.212 0.199 0.101 0.035 0.003 73 L 0.140 0.177 0.211 0.222 0.174 0.070 0.007 74 I 0.135 0.264 0.219 0.191 0.115 0.065 0.012 75 Q 0.051 0.123 0.170 0.219 0.243 0.164 0.030 76 V 0.019 0.073 0.150 0.263 0.265 0.196 0.035 77 V 0.011 0.036 0.069 0.153 0.291 0.331 0.108 78 R 0.019 0.104 0.233 0.315 0.207 0.102 0.020 79 V 0.004 0.010 0.024 0.091 0.305 0.478 0.088 80 E 0.032 0.173 0.335 0.302 0.120 0.035 0.004 81 G 0.022 0.067 0.110 0.238 0.342 0.206 0.015 82 T 0.029 0.178 0.351 0.294 0.120 0.026 0.001 83 A 0.015 0.047 0.098 0.280 0.405 0.150 0.004 84 R 0.145 0.434 0.292 0.105 0.021 0.003 0.001 85 P 0.223 0.402 0.220 0.123 0.028 0.004 0.001 86 V 0.073 0.165 0.270 0.312 0.159 0.021 0.001 87 E 0.483 0.385 0.102 0.026 0.003 0.001 0.001 88 N 0.584 0.296 0.092 0.025 0.003 0.001 0.001 89 D 0.786 0.185 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.323 0.431 0.184 0.051 0.010 0.001 0.001 91 L 0.054 0.101 0.204 0.360 0.244 0.037 0.001 92 K 0.152 0.374 0.300 0.140 0.030 0.003 0.001 93 T 0.457 0.428 0.090 0.020 0.004 0.001 0.001 94 V 0.048 0.169 0.328 0.322 0.114 0.018 0.001 95 F 0.039 0.046 0.103 0.271 0.361 0.171 0.010 96 A 0.245 0.324 0.218 0.142 0.055 0.014 0.002 97 D 0.404 0.367 0.150 0.055 0.018 0.006 0.001 98 N 0.161 0.190 0.230 0.251 0.130 0.035 0.003 99 P 0.270 0.205 0.166 0.158 0.126 0.066 0.009 100 Y 0.321 0.228 0.169 0.164 0.087 0.028 0.003 101 Y 0.313 0.252 0.186 0.143 0.075 0.026 0.004 102 Q 0.296 0.238 0.167 0.145 0.098 0.048 0.009 103 H 0.247 0.213 0.188 0.179 0.112 0.051 0.009 104 I 0.230 0.123 0.113 0.174 0.191 0.141 0.029 105 Y 0.236 0.237 0.214 0.165 0.097 0.043 0.007 106 K 0.273 0.191 0.153 0.153 0.134 0.083 0.014 107 D 0.244 0.207 0.172 0.177 0.122 0.067 0.010 108 E 0.271 0.197 0.182 0.190 0.113 0.043 0.005 109 S 0.489 0.280 0.128 0.066 0.027 0.008 0.001 110 S 0.521 0.256 0.125 0.067 0.024 0.006 0.001 111 D 0.526 0.235 0.125 0.075 0.029 0.008 0.001 112 T 0.355 0.259 0.175 0.129 0.061 0.019 0.002 113 M 0.267 0.273 0.197 0.152 0.083 0.025 0.003 114 Q 0.224 0.275 0.211 0.170 0.086 0.032 0.003 115 V 0.077 0.066 0.114 0.241 0.289 0.194 0.019 116 F 0.211 0.249 0.201 0.170 0.113 0.050 0.007 117 Q 0.231 0.261 0.203 0.169 0.093 0.037 0.005 118 I 0.109 0.164 0.214 0.248 0.175 0.081 0.009 119 Y 0.471 0.297 0.124 0.064 0.030 0.012 0.002 120 A 0.192 0.324 0.256 0.150 0.058 0.018 0.003 121 G 0.092 0.097 0.139 0.236 0.281 0.145 0.009 122 H 0.146 0.257 0.263 0.210 0.093 0.027 0.002 123 G 0.350 0.374 0.160 0.071 0.032 0.012 0.001 124 F 0.081 0.196 0.297 0.272 0.124 0.028 0.001 125 Y 0.115 0.112 0.162 0.282 0.248 0.078 0.003 126 H 0.371 0.342 0.182 0.078 0.022 0.004 0.001 127 S 0.550 0.303 0.108 0.032 0.006 0.001 0.001 128 L 0.237 0.192 0.205 0.241 0.109 0.015 0.001 129 T 0.564 0.275 0.111 0.039 0.009 0.001 0.001 130 Q 0.677 0.217 0.069 0.029 0.008 0.001 0.001 131 G 0.491 0.339 0.114 0.041 0.012 0.003 0.001 132 H 0.145 0.165 0.280 0.296 0.102 0.011 0.001 133 K 0.658 0.251 0.068 0.018 0.004 0.001 0.001 134 Y 0.659 0.239 0.071 0.026 0.005 0.001 0.001 135 I 0.576 0.263 0.104 0.047 0.009 0.001 0.001 136 F 0.390 0.350 0.161 0.076 0.020 0.003 0.001 137 S 0.187 0.246 0.249 0.216 0.084 0.015 0.001 138 I 0.105 0.125 0.183 0.259 0.227 0.093 0.008 139 G 0.261 0.273 0.191 0.150 0.091 0.031 0.003 140 Q 0.278 0.203 0.173 0.183 0.112 0.044 0.007 141 G 0.443 0.277 0.142 0.083 0.038 0.015 0.003 142 E 0.355 0.227 0.164 0.134 0.080 0.034 0.007 143 H 0.410 0.177 0.139 0.126 0.095 0.044 0.009 144 S 0.498 0.189 0.122 0.091 0.061 0.032 0.008 145 E 0.524 0.231 0.109 0.073 0.040 0.019 0.005 146 V 0.454 0.231 0.136 0.093 0.053 0.027 0.005 147 R 0.465 0.250 0.123 0.093 0.045 0.019 0.004 148 A 0.533 0.209 0.107 0.088 0.044 0.016 0.003 149 L 0.598 0.161 0.094 0.079 0.047 0.018 0.003