# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.006 0.006 0.027 0.185 0.754 2 E 0.023 0.010 0.003 0.020 0.082 0.862 3 L 0.004 0.001 0.041 0.827 0.044 0.084 4 K 0.006 0.001 0.034 0.867 0.042 0.050 5 D 0.004 0.002 0.023 0.913 0.035 0.023 6 I 0.001 0.001 0.013 0.979 0.005 0.003 7 M 0.001 0.001 0.010 0.982 0.005 0.002 8 H 0.001 0.001 0.021 0.956 0.016 0.005 9 I 0.001 0.001 0.019 0.929 0.028 0.022 10 L 0.003 0.004 0.027 0.903 0.048 0.015 11 E 0.004 0.001 0.052 0.752 0.136 0.054 12 D 0.012 0.004 0.056 0.394 0.240 0.293 13 M 0.035 0.005 0.033 0.089 0.377 0.461 14 K 0.093 0.005 0.010 0.010 0.296 0.586 15 V 0.521 0.006 0.004 0.005 0.137 0.327 16 G 0.826 0.002 0.001 0.001 0.042 0.128 17 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 18 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 19 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 20 T 0.931 0.001 0.001 0.002 0.012 0.053 21 L 0.721 0.010 0.004 0.004 0.057 0.203 22 D 0.471 0.016 0.019 0.008 0.360 0.126 23 E 0.176 0.013 0.051 0.016 0.600 0.144 24 Y 0.055 0.012 0.087 0.039 0.644 0.162 25 G 0.061 0.017 0.010 0.004 0.581 0.327 26 N 0.117 0.016 0.006 0.007 0.225 0.629 27 P 0.216 0.029 0.014 0.007 0.256 0.478 28 H 0.376 0.030 0.020 0.007 0.203 0.364 29 A 0.638 0.022 0.015 0.009 0.101 0.215 30 R 0.689 0.013 0.011 0.009 0.077 0.201 31 H 0.726 0.007 0.014 0.013 0.077 0.163 32 A 0.700 0.005 0.015 0.015 0.100 0.164 33 H 0.765 0.005 0.013 0.021 0.080 0.116 34 I 0.810 0.007 0.010 0.035 0.047 0.090 35 T 0.851 0.005 0.009 0.036 0.031 0.068 36 A 0.800 0.008 0.017 0.047 0.072 0.057 37 A 0.561 0.012 0.058 0.068 0.250 0.051 38 N 0.295 0.008 0.117 0.048 0.466 0.065 39 E 0.094 0.002 0.096 0.021 0.690 0.096 40 E 0.248 0.008 0.018 0.002 0.489 0.234 41 G 0.560 0.003 0.001 0.001 0.108 0.328 42 I 0.894 0.003 0.001 0.001 0.021 0.082 43 F 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 44 F 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 45 M 0.956 0.002 0.001 0.001 0.008 0.034 46 T 0.646 0.017 0.001 0.001 0.047 0.288 47 S 0.107 0.017 0.003 0.001 0.752 0.121 48 P 0.007 0.003 0.022 0.002 0.905 0.061 49 E 0.002 0.001 0.031 0.011 0.916 0.039 50 T 0.013 0.015 0.030 0.037 0.863 0.041 51 H 0.034 0.040 0.017 0.300 0.205 0.404 52 F 0.036 0.031 0.036 0.750 0.062 0.085 53 Y 0.014 0.002 0.050 0.877 0.032 0.025 54 D 0.012 0.002 0.079 0.851 0.034 0.022 55 Q 0.008 0.004 0.063 0.882 0.029 0.014 56 L 0.004 0.002 0.035 0.903 0.045 0.010 57 M 0.007 0.002 0.030 0.774 0.150 0.037 58 G 0.016 0.008 0.036 0.504 0.269 0.167 59 D 0.018 0.006 0.013 0.014 0.735 0.213 60 Q 0.012 0.001 0.038 0.008 0.722 0.219 61 R 0.134 0.005 0.027 0.003 0.602 0.230 62 V 0.824 0.005 0.004 0.001 0.102 0.064 63 A 0.962 0.002 0.001 0.001 0.008 0.028 64 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 65 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 66 A 0.946 0.001 0.001 0.001 0.012 0.040 67 I 0.836 0.013 0.001 0.002 0.031 0.117 68 S 0.443 0.023 0.006 0.003 0.469 0.055 69 E 0.071 0.005 0.025 0.006 0.835 0.058 70 E 0.017 0.001 0.040 0.009 0.885 0.048 71 G 0.139 0.015 0.023 0.004 0.766 0.053 72 Y 0.428 0.022 0.008 0.009 0.168 0.365 73 L 0.811 0.029 0.004 0.004 0.053 0.098 74 I 0.885 0.002 0.004 0.003 0.039 0.067 75 Q 0.924 0.001 0.004 0.003 0.030 0.038 76 V 0.976 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 77 V 0.984 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 78 R 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 79 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 80 E 0.919 0.001 0.001 0.001 0.022 0.057 81 G 0.875 0.001 0.001 0.001 0.029 0.092 82 T 0.849 0.002 0.002 0.001 0.041 0.105 83 A 0.863 0.004 0.003 0.003 0.037 0.090 84 R 0.833 0.004 0.002 0.004 0.039 0.117 85 P 0.730 0.007 0.005 0.008 0.069 0.181 86 V 0.419 0.014 0.011 0.016 0.174 0.366 87 E 0.203 0.019 0.013 0.036 0.239 0.491 88 N 0.048 0.007 0.018 0.087 0.318 0.522 89 D 0.010 0.001 0.060 0.671 0.182 0.076 90 Y 0.011 0.002 0.059 0.822 0.082 0.024 91 L 0.014 0.003 0.045 0.828 0.082 0.028 92 K 0.017 0.003 0.032 0.864 0.049 0.034 93 T 0.009 0.003 0.024 0.900 0.035 0.028 94 V 0.006 0.004 0.020 0.923 0.023 0.024 95 F 0.004 0.001 0.027 0.906 0.041 0.020 96 A 0.004 0.004 0.023 0.831 0.090 0.048 97 D 0.004 0.003 0.021 0.713 0.122 0.137 98 N 0.006 0.003 0.024 0.320 0.337 0.311 99 P 0.002 0.001 0.135 0.602 0.181 0.080 100 Y 0.021 0.010 0.252 0.467 0.189 0.061 101 Y 0.011 0.003 0.222 0.678 0.069 0.017 102 Q 0.010 0.001 0.102 0.830 0.039 0.017 103 H 0.025 0.002 0.073 0.844 0.038 0.018 104 I 0.067 0.012 0.032 0.797 0.050 0.041 105 Y 0.089 0.015 0.017 0.681 0.102 0.096 106 K 0.072 0.021 0.021 0.426 0.200 0.260 107 D 0.026 0.014 0.027 0.090 0.649 0.194 108 E 0.005 0.002 0.071 0.039 0.746 0.138 109 S 0.007 0.005 0.054 0.011 0.756 0.167 110 S 0.024 0.009 0.025 0.003 0.790 0.149 111 D 0.034 0.002 0.018 0.002 0.412 0.533 112 T 0.560 0.028 0.009 0.002 0.132 0.270 113 M 0.894 0.004 0.001 0.001 0.034 0.066 114 Q 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 115 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 116 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 117 Q 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 118 I 0.960 0.002 0.001 0.001 0.007 0.029 119 Y 0.874 0.003 0.001 0.002 0.072 0.048 120 A 0.638 0.002 0.006 0.004 0.231 0.120 121 G 0.429 0.002 0.013 0.005 0.361 0.190 122 H 0.870 0.006 0.005 0.002 0.076 0.042 123 G 0.914 0.003 0.003 0.004 0.025 0.051 124 F 0.944 0.004 0.003 0.003 0.016 0.030 125 Y 0.893 0.008 0.006 0.008 0.033 0.051 126 H 0.703 0.011 0.011 0.012 0.115 0.149 127 S 0.397 0.012 0.026 0.013 0.296 0.256 128 L 0.145 0.021 0.050 0.019 0.426 0.339 129 T 0.085 0.016 0.030 0.019 0.496 0.355 130 Q 0.048 0.008 0.030 0.022 0.608 0.283 131 G 0.051 0.005 0.017 0.011 0.470 0.445 132 H 0.224 0.023 0.026 0.013 0.352 0.362 133 K 0.566 0.021 0.017 0.012 0.144 0.239 134 Y 0.838 0.009 0.008 0.009 0.044 0.092 135 I 0.908 0.003 0.004 0.009 0.024 0.052 136 F 0.890 0.005 0.003 0.008 0.023 0.071 137 S 0.809 0.006 0.003 0.009 0.077 0.096 138 I 0.537 0.022 0.006 0.018 0.142 0.275 139 G 0.165 0.015 0.009 0.021 0.382 0.408 140 Q 0.066 0.008 0.024 0.039 0.444 0.418 141 G 0.079 0.011 0.048 0.079 0.327 0.456 142 E 0.112 0.027 0.073 0.113 0.329 0.347 143 H 0.077 0.014 0.112 0.222 0.253 0.323 144 S 0.092 0.014 0.097 0.274 0.195 0.329 145 E 0.107 0.007 0.164 0.366 0.164 0.192 146 V 0.111 0.010 0.143 0.430 0.113 0.194 147 R 0.121 0.008 0.080 0.382 0.133 0.276 148 A 0.083 0.010 0.031 0.283 0.094 0.498 149 L 0.012 0.001 0.001 0.019 0.030 0.938