# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.170 0.002 0.018 0.018 0.020 0.116 0.008 0.001 0.048 0.584 2 E 0.021 0.845 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 0.004 0.001 0.012 0.094 3 L 0.032 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.005 0.028 4 K 0.025 0.760 0.002 0.003 0.002 0.003 0.015 0.003 0.001 0.085 0.103 5 D 0.011 0.882 0.005 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.041 0.042 6 I 0.025 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.005 0.028 7 M 0.096 0.590 0.008 0.006 0.004 0.005 0.020 0.009 0.003 0.118 0.142 8 H 0.042 0.481 0.012 0.007 0.003 0.005 0.059 0.004 0.007 0.099 0.281 9 I 0.073 0.510 0.020 0.005 0.002 0.004 0.050 0.020 0.007 0.063 0.246 10 L 0.259 0.359 0.033 0.006 0.002 0.003 0.044 0.023 0.016 0.054 0.201 11 E 0.099 0.076 0.003 0.008 0.004 0.009 0.086 0.003 0.002 0.044 0.666 12 D 0.043 0.059 0.007 0.013 0.003 0.013 0.092 0.003 0.003 0.076 0.687 13 M 0.083 0.023 0.011 0.030 0.022 0.036 0.164 0.007 0.003 0.141 0.480 14 K 0.028 0.014 0.003 0.060 0.038 0.127 0.127 0.002 0.001 0.131 0.467 15 V 0.010 0.008 0.001 0.091 0.075 0.194 0.110 0.002 0.001 0.105 0.403 16 G 0.002 0.005 0.001 0.177 0.112 0.240 0.079 0.001 0.001 0.102 0.281 17 V 0.002 0.002 0.001 0.120 0.222 0.427 0.028 0.001 0.001 0.100 0.098 18 F 0.002 0.002 0.001 0.087 0.224 0.424 0.027 0.001 0.001 0.054 0.180 19 A 0.001 0.001 0.001 0.081 0.314 0.470 0.014 0.001 0.001 0.028 0.091 20 T 0.004 0.003 0.001 0.057 0.284 0.483 0.027 0.001 0.001 0.057 0.083 21 L 0.014 0.003 0.008 0.098 0.244 0.259 0.057 0.002 0.008 0.033 0.273 22 D 0.540 0.026 0.001 0.017 0.046 0.064 0.040 0.040 0.003 0.060 0.161 23 E 0.570 0.009 0.002 0.009 0.004 0.009 0.046 0.002 0.001 0.040 0.309 24 Y 0.006 0.005 0.003 0.018 0.012 0.039 0.080 0.001 0.001 0.011 0.824 25 G 0.022 0.015 0.002 0.013 0.050 0.055 0.098 0.002 0.001 0.025 0.719 26 N 0.176 0.031 0.001 0.013 0.125 0.053 0.120 0.031 0.001 0.112 0.337 27 P 0.107 0.030 0.002 0.021 0.027 0.040 0.107 0.004 0.001 0.043 0.619 28 H 0.027 0.025 0.003 0.032 0.060 0.129 0.110 0.003 0.001 0.032 0.580 29 A 0.021 0.013 0.003 0.039 0.073 0.107 0.112 0.003 0.001 0.043 0.586 30 R 0.087 0.062 0.003 0.071 0.106 0.128 0.098 0.013 0.001 0.086 0.345 31 H 0.076 0.031 0.003 0.084 0.050 0.076 0.105 0.004 0.001 0.117 0.453 32 A 0.011 0.062 0.003 0.089 0.104 0.209 0.093 0.004 0.001 0.049 0.373 33 H 0.036 0.055 0.003 0.065 0.112 0.202 0.079 0.007 0.001 0.055 0.384 34 I 0.026 0.038 0.003 0.061 0.195 0.209 0.062 0.006 0.001 0.065 0.335 35 T 0.041 0.030 0.003 0.050 0.119 0.247 0.073 0.003 0.002 0.111 0.322 36 A 0.093 0.021 0.019 0.045 0.110 0.171 0.080 0.004 0.010 0.103 0.344 37 A 0.062 0.002 0.011 0.045 0.054 0.138 0.102 0.003 0.010 0.047 0.526 38 N 0.288 0.003 0.001 0.011 0.036 0.063 0.076 0.007 0.002 0.051 0.462 39 E 0.032 0.001 0.001 0.020 0.014 0.025 0.130 0.001 0.001 0.027 0.749 40 E 0.001 0.001 0.001 0.031 0.055 0.168 0.135 0.001 0.001 0.028 0.581 41 G 0.001 0.001 0.001 0.082 0.202 0.443 0.044 0.001 0.001 0.098 0.129 42 I 0.001 0.001 0.001 0.188 0.254 0.280 0.026 0.001 0.001 0.067 0.183 43 F 0.001 0.001 0.001 0.173 0.326 0.422 0.006 0.001 0.001 0.031 0.040 44 F 0.001 0.001 0.001 0.128 0.296 0.373 0.014 0.001 0.001 0.072 0.116 45 M 0.001 0.001 0.001 0.197 0.273 0.334 0.025 0.001 0.001 0.066 0.102 46 T 0.055 0.002 0.001 0.102 0.117 0.235 0.079 0.002 0.002 0.109 0.298 47 S 0.291 0.008 0.001 0.047 0.052 0.052 0.096 0.005 0.002 0.084 0.362 48 P 0.023 0.019 0.001 0.017 0.018 0.021 0.123 0.003 0.001 0.020 0.755 49 E 0.031 0.178 0.001 0.009 0.014 0.018 0.088 0.015 0.001 0.010 0.636 50 T 0.093 0.454 0.002 0.010 0.026 0.017 0.049 0.022 0.001 0.056 0.271 51 H 0.023 0.697 0.006 0.007 0.006 0.007 0.024 0.006 0.002 0.048 0.175 52 F 0.022 0.905 0.003 0.002 0.003 0.004 0.007 0.006 0.001 0.008 0.040 53 Y 0.027 0.887 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.008 0.001 0.010 0.049 54 D 0.054 0.642 0.016 0.006 0.007 0.009 0.029 0.008 0.009 0.069 0.152 55 Q 0.120 0.416 0.029 0.005 0.005 0.009 0.044 0.033 0.016 0.096 0.227 56 L 0.404 0.087 0.010 0.005 0.006 0.012 0.052 0.017 0.006 0.066 0.336 57 M 0.075 0.016 0.016 0.013 0.006 0.017 0.095 0.001 0.009 0.043 0.708 58 G 0.012 0.009 0.002 0.011 0.005 0.016 0.091 0.001 0.001 0.017 0.834 59 D 0.119 0.007 0.003 0.010 0.014 0.023 0.135 0.006 0.002 0.093 0.588 60 Q 0.020 0.008 0.002 0.054 0.033 0.058 0.185 0.003 0.001 0.080 0.558 61 R 0.005 0.004 0.001 0.087 0.022 0.110 0.110 0.001 0.001 0.108 0.551 62 V 0.001 0.004 0.001 0.193 0.194 0.297 0.047 0.001 0.001 0.093 0.169 63 A 0.001 0.001 0.001 0.222 0.169 0.360 0.022 0.001 0.001 0.115 0.108 64 M 0.001 0.001 0.001 0.214 0.317 0.297 0.013 0.001 0.001 0.046 0.110 65 T 0.002 0.001 0.001 0.214 0.209 0.377 0.022 0.001 0.001 0.052 0.122 66 A 0.005 0.001 0.001 0.097 0.276 0.402 0.034 0.001 0.001 0.058 0.124 67 I 0.012 0.002 0.004 0.095 0.115 0.218 0.075 0.002 0.006 0.025 0.446 68 S 0.720 0.023 0.002 0.007 0.022 0.023 0.024 0.010 0.004 0.026 0.140 69 E 0.213 0.014 0.003 0.007 0.010 0.014 0.066 0.007 0.002 0.032 0.633 70 E 0.021 0.008 0.001 0.007 0.029 0.063 0.098 0.007 0.001 0.010 0.755 71 G 0.034 0.015 0.002 0.025 0.153 0.263 0.079 0.002 0.001 0.025 0.400 72 Y 0.011 0.002 0.002 0.024 0.294 0.342 0.056 0.001 0.001 0.045 0.220 73 L 0.006 0.002 0.001 0.032 0.264 0.397 0.053 0.001 0.001 0.024 0.219 74 I 0.006 0.002 0.001 0.031 0.239 0.376 0.057 0.001 0.001 0.016 0.271 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.029 0.255 0.644 0.011 0.001 0.001 0.018 0.043 76 V 0.001 0.001 0.001 0.024 0.231 0.624 0.011 0.001 0.001 0.033 0.075 77 V 0.001 0.001 0.001 0.024 0.549 0.385 0.004 0.001 0.001 0.011 0.026 78 R 0.001 0.001 0.001 0.047 0.334 0.481 0.014 0.001 0.001 0.027 0.093 79 V 0.002 0.001 0.001 0.030 0.430 0.425 0.010 0.001 0.001 0.029 0.072 80 E 0.008 0.001 0.001 0.086 0.148 0.331 0.051 0.001 0.001 0.037 0.335 81 G 0.001 0.001 0.001 0.043 0.284 0.459 0.031 0.001 0.001 0.020 0.160 82 T 0.001 0.001 0.001 0.063 0.335 0.432 0.025 0.001 0.001 0.025 0.118 83 A 0.001 0.001 0.001 0.131 0.276 0.220 0.040 0.001 0.001 0.017 0.312 84 R 0.007 0.001 0.001 0.082 0.379 0.330 0.040 0.001 0.001 0.043 0.115 85 P 0.023 0.009 0.003 0.100 0.046 0.068 0.085 0.001 0.002 0.047 0.616 86 V 0.164 0.095 0.005 0.036 0.033 0.036 0.077 0.012 0.004 0.054 0.484 87 E 0.149 0.335 0.004 0.008 0.004 0.005 0.051 0.015 0.002 0.031 0.396 88 N 0.176 0.289 0.003 0.007 0.003 0.006 0.052 0.012 0.001 0.045 0.406 89 D 0.094 0.137 0.006 0.012 0.017 0.016 0.055 0.006 0.001 0.367 0.290 90 Y 0.033 0.453 0.003 0.006 0.018 0.019 0.059 0.010 0.001 0.080 0.318 91 L 0.058 0.720 0.004 0.003 0.009 0.012 0.017 0.017 0.001 0.011 0.149 92 K 0.033 0.649 0.005 0.006 0.010 0.013 0.029 0.007 0.002 0.026 0.221 93 T 0.079 0.527 0.017 0.005 0.008 0.016 0.043 0.012 0.011 0.061 0.222 94 V 0.244 0.360 0.018 0.008 0.004 0.008 0.033 0.063 0.008 0.071 0.183 95 F 0.438 0.085 0.006 0.009 0.005 0.008 0.056 0.007 0.005 0.063 0.317 96 A 0.014 0.046 0.004 0.020 0.005 0.009 0.118 0.001 0.001 0.021 0.762 97 D 0.010 0.169 0.003 0.011 0.006 0.007 0.086 0.004 0.001 0.016 0.686 98 N 0.335 0.291 0.005 0.005 0.009 0.007 0.055 0.063 0.002 0.063 0.165 99 P 0.148 0.405 0.004 0.011 0.003 0.007 0.051 0.008 0.002 0.045 0.316 100 Y 0.089 0.563 0.007 0.008 0.004 0.012 0.042 0.006 0.003 0.025 0.240 101 Y 0.137 0.532 0.009 0.013 0.010 0.014 0.039 0.025 0.003 0.022 0.195 102 Q 0.174 0.277 0.005 0.024 0.026 0.040 0.067 0.017 0.002 0.056 0.312 103 H 0.046 0.111 0.004 0.054 0.043 0.081 0.096 0.005 0.002 0.053 0.506 104 I 0.042 0.050 0.007 0.060 0.040 0.086 0.116 0.003 0.002 0.058 0.535 105 Y 0.068 0.048 0.012 0.045 0.079 0.104 0.131 0.006 0.006 0.082 0.418 106 K 0.048 0.008 0.004 0.012 0.014 0.030 0.082 0.004 0.003 0.029 0.765 107 D 0.287 0.017 0.002 0.005 0.008 0.013 0.059 0.008 0.001 0.049 0.551 108 E 0.047 0.002 0.002 0.006 0.004 0.008 0.082 0.001 0.001 0.058 0.789 109 S 0.017 0.020 0.001 0.009 0.008 0.016 0.103 0.003 0.001 0.035 0.788 110 S 0.059 0.028 0.001 0.010 0.030 0.029 0.121 0.004 0.001 0.058 0.661 111 D 0.009 0.060 0.001 0.044 0.115 0.134 0.104 0.002 0.001 0.056 0.476 112 T 0.008 0.061 0.001 0.059 0.106 0.262 0.075 0.002 0.001 0.143 0.285 113 M 0.006 0.093 0.002 0.106 0.216 0.165 0.059 0.001 0.001 0.076 0.274 114 Q 0.004 0.094 0.001 0.162 0.225 0.347 0.027 0.002 0.001 0.057 0.081 115 V 0.008 0.069 0.001 0.086 0.261 0.338 0.019 0.002 0.001 0.093 0.124 116 F 0.007 0.053 0.002 0.199 0.290 0.230 0.025 0.002 0.001 0.080 0.111 117 Q 0.049 0.050 0.023 0.087 0.198 0.212 0.060 0.005 0.011 0.150 0.157 118 I 0.049 0.016 0.009 0.083 0.127 0.131 0.072 0.007 0.007 0.089 0.409 119 Y 0.224 0.044 0.006 0.034 0.044 0.073 0.087 0.010 0.007 0.081 0.390 120 A 0.091 0.036 0.007 0.044 0.022 0.042 0.124 0.006 0.003 0.059 0.566 121 G 0.028 0.031 0.003 0.050 0.060 0.158 0.121 0.007 0.002 0.063 0.478 122 H 0.030 0.017 0.002 0.055 0.127 0.206 0.096 0.004 0.001 0.094 0.368 123 G 0.018 0.011 0.003 0.107 0.094 0.202 0.101 0.002 0.001 0.072 0.389 124 F 0.020 0.008 0.002 0.110 0.139 0.258 0.074 0.003 0.001 0.084 0.301 125 Y 0.052 0.006 0.002 0.077 0.079 0.141 0.094 0.001 0.001 0.083 0.463 126 H 0.013 0.003 0.001 0.054 0.119 0.224 0.107 0.004 0.001 0.059 0.414 127 S 0.093 0.009 0.003 0.028 0.033 0.059 0.117 0.003 0.003 0.052 0.599 128 L 0.102 0.007 0.003 0.016 0.043 0.055 0.104 0.014 0.002 0.065 0.590 129 T 0.177 0.013 0.001 0.006 0.009 0.013 0.081 0.003 0.001 0.028 0.667 130 Q 0.058 0.011 0.002 0.012 0.024 0.039 0.114 0.009 0.001 0.030 0.700 131 G 0.064 0.019 0.002 0.012 0.019 0.027 0.115 0.004 0.001 0.029 0.708 132 H 0.040 0.023 0.001 0.038 0.143 0.157 0.114 0.013 0.001 0.029 0.441 133 K 0.023 0.023 0.001 0.064 0.084 0.185 0.097 0.002 0.001 0.048 0.472 134 Y 0.003 0.009 0.001 0.125 0.237 0.365 0.047 0.001 0.001 0.047 0.165 135 I 0.006 0.004 0.002 0.198 0.176 0.268 0.060 0.001 0.001 0.060 0.224 136 F 0.009 0.002 0.002 0.217 0.230 0.208 0.048 0.001 0.001 0.044 0.239 137 S 0.035 0.003 0.001 0.133 0.141 0.253 0.056 0.002 0.001 0.087 0.288 138 I 0.037 0.002 0.001 0.050 0.039 0.074 0.095 0.002 0.001 0.050 0.648 139 G 0.044 0.004 0.001 0.034 0.044 0.071 0.135 0.013 0.001 0.047 0.605 140 Q 0.126 0.011 0.001 0.019 0.020 0.024 0.123 0.002 0.001 0.043 0.630 141 G 0.014 0.006 0.001 0.027 0.058 0.074 0.138 0.003 0.001 0.026 0.651 142 E 0.065 0.058 0.002 0.021 0.039 0.059 0.112 0.007 0.001 0.036 0.602 143 H 0.157 0.168 0.005 0.023 0.044 0.050 0.096 0.012 0.002 0.056 0.388 144 S 0.110 0.144 0.010 0.022 0.048 0.094 0.106 0.009 0.004 0.050 0.403 145 E 0.123 0.060 0.008 0.017 0.054 0.122 0.075 0.013 0.003 0.043 0.480 146 V 0.181 0.021 0.003 0.018 0.047 0.067 0.082 0.007 0.001 0.041 0.532 147 R 0.065 0.010 0.001 0.025 0.073 0.094 0.084 0.003 0.001 0.030 0.614 148 A 0.008 0.005 0.001 0.014 0.029 0.043 0.085 0.001 0.001 0.011 0.802 149 L 0.014 0.003 0.001 0.012 0.111 0.075 0.106 0.013 0.001 0.022 0.643