# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.161 0.012 0.017 0.016 0.095 0.059 0.620 2 E 0.023 0.765 0.002 0.003 0.004 0.020 0.042 0.143 3 L 0.026 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.019 4 K 0.011 0.902 0.004 0.003 0.002 0.007 0.036 0.036 5 D 0.008 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.016 6 I 0.021 0.951 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.009 7 M 0.036 0.768 0.020 0.003 0.002 0.007 0.131 0.033 8 H 0.028 0.726 0.018 0.005 0.003 0.016 0.081 0.123 9 I 0.138 0.415 0.044 0.004 0.004 0.035 0.142 0.218 10 L 0.305 0.130 0.059 0.011 0.007 0.053 0.218 0.216 11 E 0.145 0.040 0.008 0.003 0.003 0.042 0.051 0.708 12 D 0.027 0.017 0.009 0.001 0.003 0.062 0.031 0.850 13 M 0.031 0.023 0.045 0.012 0.016 0.215 0.068 0.590 14 K 0.036 0.020 0.052 0.017 0.031 0.124 0.068 0.651 15 V 0.020 0.015 0.163 0.030 0.061 0.130 0.053 0.529 16 G 0.007 0.006 0.360 0.078 0.139 0.073 0.092 0.245 17 V 0.009 0.009 0.318 0.166 0.206 0.056 0.071 0.166 18 F 0.006 0.009 0.328 0.111 0.165 0.061 0.051 0.269 19 A 0.007 0.006 0.341 0.214 0.197 0.046 0.039 0.151 20 T 0.063 0.018 0.216 0.133 0.205 0.054 0.157 0.155 21 L 0.095 0.009 0.150 0.086 0.119 0.081 0.120 0.339 22 D 0.198 0.004 0.038 0.047 0.068 0.090 0.041 0.512 23 E 0.074 0.003 0.010 0.012 0.018 0.093 0.027 0.762 24 Y 0.004 0.002 0.011 0.011 0.031 0.151 0.010 0.780 25 G 0.038 0.006 0.015 0.020 0.044 0.096 0.028 0.754 26 N 0.198 0.023 0.017 0.089 0.056 0.096 0.070 0.451 27 P 0.028 0.022 0.032 0.045 0.063 0.075 0.028 0.707 28 H 0.025 0.047 0.043 0.088 0.199 0.102 0.039 0.458 29 A 0.017 0.034 0.088 0.071 0.103 0.076 0.052 0.560 30 R 0.130 0.211 0.044 0.152 0.126 0.058 0.069 0.211 31 H 0.066 0.127 0.041 0.039 0.068 0.070 0.175 0.414 32 A 0.021 0.239 0.047 0.081 0.159 0.070 0.118 0.264 33 H 0.074 0.229 0.042 0.078 0.170 0.053 0.083 0.270 34 I 0.039 0.080 0.050 0.167 0.151 0.074 0.164 0.276 35 T 0.044 0.053 0.050 0.184 0.218 0.058 0.100 0.293 36 A 0.087 0.021 0.031 0.094 0.162 0.089 0.115 0.402 37 A 0.032 0.004 0.037 0.038 0.057 0.114 0.088 0.629 38 N 0.386 0.006 0.010 0.019 0.027 0.066 0.057 0.430 39 E 0.046 0.005 0.009 0.010 0.020 0.108 0.033 0.769 40 E 0.002 0.001 0.079 0.025 0.155 0.166 0.018 0.554 41 G 0.004 0.001 0.166 0.137 0.410 0.056 0.075 0.152 42 I 0.002 0.001 0.113 0.366 0.237 0.026 0.064 0.191 43 F 0.001 0.001 0.415 0.224 0.278 0.012 0.020 0.049 44 F 0.002 0.001 0.190 0.273 0.345 0.027 0.029 0.133 45 M 0.004 0.001 0.351 0.197 0.195 0.040 0.033 0.177 46 T 0.048 0.008 0.110 0.075 0.122 0.080 0.148 0.408 47 S 0.232 0.039 0.030 0.043 0.046 0.125 0.134 0.351 48 P 0.049 0.064 0.012 0.012 0.020 0.102 0.036 0.705 49 E 0.056 0.301 0.010 0.009 0.023 0.085 0.052 0.465 50 T 0.054 0.423 0.012 0.022 0.031 0.069 0.065 0.324 51 H 0.024 0.502 0.018 0.043 0.035 0.068 0.058 0.252 52 F 0.019 0.884 0.005 0.005 0.008 0.009 0.025 0.045 53 Y 0.070 0.816 0.014 0.008 0.009 0.008 0.040 0.034 54 D 0.086 0.445 0.052 0.048 0.035 0.026 0.152 0.157 55 Q 0.184 0.130 0.052 0.033 0.032 0.048 0.191 0.331 56 L 0.268 0.040 0.035 0.026 0.031 0.089 0.126 0.386 57 M 0.020 0.006 0.015 0.012 0.015 0.085 0.033 0.813 58 G 0.033 0.004 0.003 0.002 0.004 0.049 0.010 0.895 59 D 0.161 0.019 0.011 0.008 0.008 0.123 0.059 0.610 60 Q 0.023 0.015 0.055 0.016 0.037 0.202 0.035 0.618 61 R 0.011 0.006 0.150 0.019 0.075 0.115 0.089 0.536 62 V 0.006 0.011 0.270 0.131 0.126 0.070 0.133 0.252 63 A 0.010 0.009 0.483 0.095 0.162 0.044 0.066 0.132 64 M 0.012 0.006 0.275 0.181 0.217 0.046 0.080 0.183 65 T 0.012 0.009 0.306 0.165 0.178 0.052 0.061 0.216 66 A 0.020 0.013 0.153 0.121 0.239 0.096 0.064 0.293 67 I 0.021 0.008 0.073 0.074 0.109 0.116 0.079 0.522 68 S 0.416 0.025 0.019 0.037 0.038 0.073 0.096 0.295 69 E 0.214 0.031 0.008 0.014 0.022 0.094 0.059 0.557 70 E 0.022 0.012 0.012 0.016 0.054 0.112 0.020 0.753 71 G 0.018 0.009 0.033 0.060 0.160 0.120 0.071 0.528 72 Y 0.017 0.008 0.039 0.158 0.145 0.106 0.071 0.456 73 L 0.043 0.010 0.050 0.144 0.189 0.072 0.088 0.404 74 I 0.019 0.005 0.041 0.110 0.154 0.089 0.078 0.504 75 Q 0.007 0.002 0.110 0.188 0.358 0.049 0.044 0.241 76 V 0.005 0.001 0.103 0.165 0.385 0.038 0.043 0.259 77 V 0.003 0.001 0.142 0.270 0.382 0.036 0.028 0.139 78 R 0.007 0.001 0.198 0.203 0.320 0.044 0.056 0.172 79 V 0.034 0.001 0.087 0.203 0.204 0.069 0.067 0.335 80 E 0.039 0.001 0.077 0.070 0.171 0.089 0.051 0.501 81 G 0.020 0.001 0.054 0.091 0.200 0.086 0.028 0.521 82 T 0.004 0.001 0.088 0.178 0.370 0.058 0.021 0.281 83 A 0.004 0.001 0.038 0.095 0.148 0.058 0.013 0.644 84 R 0.005 0.002 0.078 0.362 0.261 0.058 0.021 0.213 85 P 0.020 0.006 0.030 0.035 0.038 0.077 0.021 0.774 86 V 0.294 0.112 0.042 0.077 0.036 0.076 0.073 0.291 87 E 0.127 0.243 0.011 0.009 0.012 0.047 0.023 0.528 88 N 0.242 0.427 0.006 0.004 0.008 0.035 0.050 0.227 89 D 0.040 0.107 0.023 0.036 0.030 0.084 0.389 0.290 90 Y 0.036 0.347 0.010 0.018 0.030 0.084 0.197 0.279 91 L 0.135 0.525 0.013 0.012 0.024 0.042 0.067 0.182 92 K 0.128 0.240 0.019 0.040 0.066 0.073 0.076 0.358 93 T 0.072 0.093 0.032 0.035 0.059 0.073 0.121 0.515 94 V 0.075 0.048 0.047 0.037 0.067 0.139 0.121 0.466 95 F 0.186 0.030 0.057 0.039 0.051 0.147 0.088 0.401 96 A 0.012 0.013 0.016 0.013 0.016 0.114 0.025 0.791 97 D 0.028 0.054 0.012 0.004 0.008 0.074 0.031 0.789 98 N 0.288 0.301 0.018 0.011 0.010 0.071 0.085 0.216 99 P 0.072 0.188 0.040 0.014 0.015 0.120 0.052 0.499 100 Y 0.091 0.437 0.032 0.008 0.017 0.059 0.059 0.297 101 Y 0.099 0.387 0.044 0.016 0.024 0.077 0.090 0.264 102 Q 0.109 0.238 0.057 0.035 0.047 0.070 0.086 0.358 103 H 0.095 0.150 0.084 0.046 0.070 0.070 0.113 0.372 104 I 0.080 0.063 0.074 0.042 0.067 0.118 0.074 0.481 105 Y 0.040 0.013 0.080 0.088 0.093 0.093 0.087 0.507 106 K 0.031 0.005 0.013 0.017 0.021 0.074 0.065 0.775 107 D 0.239 0.016 0.011 0.014 0.017 0.095 0.124 0.485 108 E 0.041 0.006 0.006 0.008 0.010 0.127 0.035 0.767 109 S 0.050 0.015 0.006 0.005 0.013 0.089 0.034 0.788 110 S 0.075 0.044 0.016 0.016 0.026 0.155 0.073 0.594 111 D 0.022 0.085 0.064 0.077 0.155 0.116 0.061 0.420 112 T 0.011 0.069 0.096 0.069 0.258 0.071 0.072 0.355 113 M 0.006 0.037 0.154 0.232 0.280 0.047 0.069 0.175 114 Q 0.009 0.046 0.146 0.310 0.335 0.022 0.065 0.068 115 V 0.009 0.068 0.188 0.191 0.286 0.040 0.066 0.151 116 F 0.005 0.053 0.241 0.210 0.360 0.021 0.047 0.064 117 Q 0.012 0.048 0.149 0.257 0.372 0.021 0.074 0.067 118 I 0.047 0.082 0.150 0.202 0.214 0.045 0.128 0.132 119 Y 0.087 0.110 0.056 0.145 0.190 0.058 0.096 0.257 120 A 0.040 0.064 0.046 0.036 0.066 0.114 0.074 0.561 121 G 0.031 0.116 0.057 0.059 0.112 0.114 0.094 0.419 122 H 0.073 0.103 0.044 0.060 0.111 0.094 0.109 0.404 123 G 0.034 0.057 0.088 0.146 0.174 0.085 0.130 0.286 124 F 0.039 0.055 0.078 0.097 0.201 0.087 0.112 0.330 125 Y 0.035 0.018 0.088 0.122 0.157 0.070 0.213 0.297 126 H 0.035 0.016 0.076 0.120 0.158 0.098 0.118 0.378 127 S 0.080 0.018 0.044 0.053 0.095 0.104 0.100 0.505 128 L 0.052 0.016 0.023 0.031 0.041 0.127 0.051 0.659 129 T 0.077 0.031 0.017 0.017 0.029 0.100 0.044 0.685 130 Q 0.055 0.045 0.015 0.019 0.026 0.134 0.034 0.671 131 G 0.063 0.114 0.024 0.024 0.043 0.100 0.062 0.570 132 H 0.095 0.165 0.031 0.048 0.075 0.102 0.105 0.380 133 K 0.021 0.064 0.065 0.080 0.139 0.083 0.128 0.421 134 Y 0.017 0.052 0.107 0.171 0.255 0.057 0.104 0.237 135 I 0.016 0.025 0.153 0.144 0.271 0.072 0.084 0.236 136 F 0.037 0.023 0.169 0.179 0.253 0.066 0.052 0.220 137 S 0.080 0.028 0.097 0.134 0.190 0.079 0.070 0.324 138 I 0.031 0.021 0.062 0.048 0.075 0.135 0.042 0.586 139 G 0.078 0.048 0.042 0.038 0.073 0.118 0.078 0.525 140 Q 0.119 0.050 0.024 0.027 0.034 0.105 0.111 0.530 141 G 0.038 0.091 0.025 0.030 0.039 0.119 0.075 0.583 142 E 0.056 0.242 0.014 0.016 0.027 0.079 0.049 0.516 143 H 0.102 0.304 0.022 0.024 0.027 0.076 0.077 0.369 144 S 0.065 0.329 0.033 0.039 0.039 0.066 0.075 0.354 145 E 0.137 0.240 0.027 0.030 0.051 0.062 0.107 0.344 146 V 0.168 0.071 0.036 0.041 0.050 0.088 0.145 0.401 147 R 0.081 0.040 0.018 0.047 0.058 0.087 0.098 0.571 148 A 0.026 0.017 0.010 0.014 0.032 0.083 0.040 0.779 149 L 0.037 0.019 0.018 0.038 0.056 0.131 0.057 0.644