# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.020 0.028 0.021 0.034 0.125 0.007 0.702 2 E 0.052 0.024 0.010 0.009 0.013 0.253 0.007 0.632 3 L 0.073 0.043 0.012 0.005 0.018 0.058 0.004 0.788 4 K 0.023 0.135 0.009 0.006 0.012 0.173 0.003 0.639 5 D 0.031 0.186 0.004 0.003 0.005 0.233 0.004 0.534 6 I 0.035 0.810 0.002 0.002 0.005 0.022 0.002 0.122 7 M 0.002 0.973 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 8 H 0.003 0.968 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 9 I 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 10 L 0.018 0.960 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.013 11 E 0.044 0.835 0.004 0.003 0.005 0.012 0.021 0.076 12 D 0.260 0.533 0.006 0.003 0.002 0.009 0.077 0.111 13 M 0.469 0.275 0.025 0.005 0.004 0.012 0.123 0.087 14 K 0.203 0.128 0.163 0.046 0.022 0.062 0.137 0.238 15 V 0.021 0.024 0.336 0.030 0.033 0.062 0.021 0.474 16 G 0.029 0.016 0.458 0.119 0.129 0.077 0.009 0.163 17 V 0.010 0.007 0.436 0.146 0.143 0.045 0.004 0.210 18 F 0.003 0.004 0.357 0.193 0.253 0.026 0.002 0.162 19 A 0.006 0.002 0.396 0.251 0.253 0.030 0.001 0.060 20 T 0.003 0.005 0.081 0.417 0.313 0.027 0.001 0.152 21 L 0.007 0.005 0.117 0.207 0.515 0.023 0.002 0.126 22 D 0.007 0.008 0.033 0.138 0.323 0.138 0.004 0.351 23 E 0.059 0.013 0.017 0.040 0.085 0.183 0.022 0.581 24 Y 0.141 0.047 0.011 0.028 0.029 0.377 0.052 0.316 25 G 0.333 0.032 0.016 0.026 0.014 0.030 0.320 0.230 26 N 0.197 0.006 0.096 0.028 0.037 0.220 0.014 0.402 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 H 0.026 0.002 0.053 0.118 0.457 0.136 0.003 0.206 29 A 0.055 0.003 0.058 0.060 0.097 0.044 0.003 0.680 30 R 0.013 0.009 0.129 0.315 0.274 0.046 0.002 0.211 31 H 0.004 0.002 0.017 0.030 0.060 0.025 0.001 0.861 32 A 0.022 0.011 0.135 0.123 0.294 0.111 0.005 0.299 33 H 0.081 0.020 0.056 0.140 0.196 0.205 0.011 0.291 34 I 0.099 0.036 0.083 0.130 0.269 0.081 0.009 0.291 35 T 0.042 0.059 0.079 0.238 0.319 0.078 0.006 0.179 36 A 0.039 0.090 0.047 0.245 0.307 0.039 0.008 0.226 37 A 0.058 0.082 0.058 0.199 0.359 0.052 0.017 0.174 38 N 0.103 0.065 0.037 0.152 0.239 0.076 0.039 0.288 39 E 0.147 0.033 0.047 0.060 0.107 0.089 0.061 0.457 40 E 0.077 0.018 0.038 0.049 0.041 0.166 0.047 0.564 41 G 0.194 0.009 0.073 0.064 0.047 0.096 0.086 0.432 42 I 0.166 0.003 0.235 0.084 0.144 0.141 0.010 0.217 43 F 0.013 0.001 0.237 0.267 0.320 0.045 0.002 0.115 44 F 0.004 0.001 0.102 0.258 0.397 0.025 0.001 0.212 45 M 0.003 0.001 0.223 0.280 0.390 0.017 0.001 0.085 46 T 0.006 0.002 0.104 0.222 0.348 0.043 0.002 0.271 47 S 0.011 0.002 0.073 0.109 0.290 0.088 0.003 0.423 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 49 E 0.015 0.003 0.010 0.010 0.033 0.435 0.006 0.488 50 T 0.355 0.013 0.008 0.005 0.007 0.167 0.010 0.436 51 H 0.061 0.087 0.016 0.010 0.011 0.154 0.005 0.657 52 F 0.072 0.181 0.015 0.015 0.034 0.227 0.008 0.447 53 Y 0.071 0.458 0.029 0.016 0.071 0.062 0.006 0.287 54 D 0.030 0.526 0.008 0.012 0.036 0.112 0.007 0.268 55 Q 0.061 0.741 0.004 0.005 0.010 0.042 0.009 0.127 56 L 0.044 0.891 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.046 57 M 0.049 0.822 0.007 0.009 0.015 0.009 0.015 0.074 58 G 0.260 0.336 0.010 0.011 0.015 0.018 0.100 0.252 59 D 0.487 0.116 0.035 0.013 0.013 0.021 0.119 0.195 60 Q 0.026 0.027 0.041 0.015 0.008 0.023 0.026 0.835 61 R 0.019 0.008 0.146 0.046 0.047 0.176 0.018 0.540 62 V 0.074 0.007 0.370 0.106 0.121 0.137 0.008 0.177 63 A 0.022 0.004 0.509 0.168 0.215 0.037 0.002 0.044 64 M 0.003 0.003 0.326 0.284 0.251 0.017 0.001 0.116 65 T 0.002 0.002 0.376 0.242 0.292 0.014 0.001 0.071 66 A 0.002 0.003 0.173 0.338 0.387 0.020 0.001 0.075 67 I 0.008 0.003 0.108 0.168 0.496 0.062 0.003 0.153 68 S 0.019 0.006 0.066 0.139 0.355 0.116 0.007 0.292 69 E 0.030 0.007 0.024 0.028 0.067 0.107 0.010 0.728 70 E 0.050 0.008 0.010 0.014 0.021 0.297 0.025 0.576 71 G 0.338 0.016 0.010 0.021 0.014 0.108 0.070 0.422 72 Y 0.296 0.020 0.048 0.039 0.054 0.249 0.023 0.272 73 L 0.056 0.019 0.051 0.109 0.223 0.171 0.009 0.361 74 I 0.039 0.026 0.036 0.178 0.355 0.101 0.005 0.260 75 Q 0.025 0.029 0.043 0.271 0.309 0.085 0.007 0.230 76 V 0.045 0.020 0.040 0.167 0.362 0.075 0.006 0.286 77 V 0.016 0.020 0.047 0.479 0.365 0.016 0.003 0.055 78 R 0.008 0.009 0.046 0.296 0.399 0.028 0.005 0.209 79 V 0.006 0.008 0.071 0.371 0.408 0.017 0.004 0.115 80 E 0.008 0.007 0.078 0.193 0.292 0.044 0.006 0.372 81 G 0.024 0.005 0.059 0.279 0.243 0.048 0.014 0.328 82 T 0.134 0.002 0.123 0.109 0.241 0.104 0.012 0.276 83 A 0.031 0.002 0.053 0.116 0.197 0.056 0.005 0.541 84 R 0.010 0.001 0.152 0.463 0.265 0.017 0.002 0.091 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 V 0.004 0.001 0.195 0.111 0.483 0.040 0.001 0.166 87 E 0.016 0.002 0.022 0.029 0.034 0.106 0.002 0.790 88 N 0.047 0.012 0.027 0.022 0.084 0.093 0.005 0.710 89 D 0.084 0.013 0.011 0.005 0.012 0.086 0.003 0.787 90 Y 0.063 0.028 0.010 0.006 0.010 0.393 0.008 0.481 91 L 0.180 0.087 0.009 0.009 0.024 0.424 0.014 0.252 92 K 0.122 0.539 0.011 0.011 0.025 0.065 0.008 0.219 93 T 0.035 0.513 0.010 0.010 0.016 0.050 0.008 0.359 94 V 0.048 0.645 0.011 0.010 0.017 0.024 0.009 0.235 95 F 0.066 0.708 0.012 0.015 0.032 0.022 0.017 0.128 96 A 0.111 0.512 0.026 0.019 0.039 0.039 0.027 0.226 97 D 0.133 0.371 0.023 0.009 0.015 0.027 0.058 0.363 98 N 0.261 0.152 0.030 0.010 0.010 0.045 0.031 0.460 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 100 Y 0.024 0.031 0.018 0.016 0.035 0.340 0.008 0.529 101 Y 0.255 0.120 0.043 0.016 0.034 0.122 0.009 0.400 102 Q 0.065 0.301 0.029 0.029 0.049 0.123 0.007 0.398 103 H 0.107 0.255 0.023 0.019 0.026 0.135 0.012 0.424 104 I 0.121 0.540 0.028 0.018 0.030 0.045 0.012 0.206 105 Y 0.066 0.588 0.031 0.037 0.064 0.029 0.011 0.174 106 K 0.100 0.340 0.028 0.034 0.064 0.062 0.030 0.342 107 D 0.101 0.289 0.032 0.025 0.043 0.039 0.030 0.439 108 E 0.072 0.076 0.010 0.009 0.014 0.045 0.023 0.753 109 S 0.058 0.024 0.011 0.009 0.011 0.485 0.036 0.366 110 S 0.241 0.030 0.016 0.013 0.014 0.179 0.038 0.470 111 D 0.045 0.018 0.018 0.012 0.013 0.165 0.007 0.721 112 T 0.057 0.014 0.026 0.027 0.049 0.398 0.010 0.420 113 M 0.171 0.051 0.090 0.153 0.226 0.180 0.011 0.118 114 Q 0.042 0.014 0.100 0.357 0.412 0.040 0.004 0.031 115 V 0.003 0.005 0.057 0.125 0.199 0.021 0.001 0.589 116 F 0.001 0.004 0.176 0.433 0.368 0.004 0.001 0.012 117 Q 0.004 0.008 0.073 0.246 0.350 0.022 0.002 0.296 118 I 0.002 0.008 0.217 0.228 0.464 0.012 0.002 0.067 119 Y 0.012 0.018 0.121 0.192 0.371 0.094 0.004 0.188 120 A 0.025 0.023 0.058 0.115 0.201 0.074 0.017 0.487 121 G 0.085 0.027 0.066 0.085 0.114 0.102 0.039 0.482 122 H 0.313 0.012 0.055 0.055 0.088 0.149 0.036 0.292 123 G 0.079 0.035 0.081 0.251 0.186 0.064 0.018 0.286 124 F 0.046 0.016 0.097 0.178 0.351 0.069 0.012 0.231 125 Y 0.034 0.015 0.098 0.235 0.336 0.045 0.004 0.232 126 H 0.025 0.015 0.098 0.248 0.384 0.054 0.005 0.171 127 S 0.018 0.018 0.042 0.230 0.292 0.053 0.007 0.341 128 L 0.045 0.014 0.062 0.088 0.224 0.071 0.008 0.487 129 T 0.029 0.006 0.008 0.029 0.066 0.643 0.007 0.212 130 Q 0.189 0.017 0.010 0.028 0.040 0.196 0.020 0.500 131 G 0.063 0.038 0.013 0.020 0.024 0.290 0.014 0.538 132 H 0.098 0.035 0.042 0.039 0.051 0.172 0.026 0.537 133 K 0.036 0.048 0.049 0.058 0.076 0.140 0.007 0.586 134 Y 0.036 0.047 0.057 0.120 0.262 0.113 0.007 0.358 135 I 0.058 0.070 0.125 0.173 0.339 0.058 0.007 0.169 136 F 0.025 0.080 0.174 0.270 0.286 0.025 0.008 0.133 137 S 0.029 0.065 0.157 0.207 0.262 0.048 0.013 0.220 138 I 0.042 0.046 0.163 0.131 0.247 0.042 0.013 0.315 139 G 0.049 0.036 0.086 0.116 0.182 0.090 0.018 0.422 140 Q 0.039 0.010 0.052 0.028 0.056 0.077 0.012 0.726 141 G 0.068 0.014 0.037 0.029 0.045 0.110 0.013 0.684 142 E 0.142 0.012 0.020 0.015 0.027 0.203 0.014 0.568 143 H 0.091 0.032 0.042 0.023 0.044 0.093 0.008 0.667 144 S 0.030 0.048 0.029 0.028 0.045 0.147 0.007 0.667 145 E 0.073 0.045 0.017 0.017 0.041 0.224 0.011 0.573 146 V 0.173 0.227 0.026 0.026 0.061 0.128 0.009 0.351 147 R 0.073 0.361 0.028 0.048 0.062 0.130 0.016 0.283 148 A 0.123 0.309 0.024 0.031 0.043 0.054 0.023 0.393 149 L 0.155 0.274 0.044 0.042 0.072 0.057 0.025 0.331