# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.397 0.166 0.025 0.167 0.014 0.033 0.085 0.032 0.031 0.014 2 E 0.035 0.571 0.166 0.004 0.096 0.001 0.002 0.070 0.013 0.030 0.012 3 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.760 0.211 0.008 0.003 4 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.044 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.041 0.013 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.062 0.004 0.001 7 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.073 0.001 0.001 8 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.025 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.897 0.079 0.014 0.001 10 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.772 0.196 0.016 0.001 11 E 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.010 0.077 0.643 0.237 0.017 0.001 12 D 0.007 0.006 0.003 0.001 0.007 0.007 0.104 0.259 0.207 0.384 0.016 13 M 0.132 0.341 0.063 0.002 0.349 0.001 0.003 0.008 0.012 0.041 0.048 14 K 0.107 0.051 0.025 0.049 0.099 0.101 0.168 0.157 0.082 0.099 0.063 15 V 0.282 0.123 0.048 0.019 0.317 0.007 0.016 0.019 0.023 0.057 0.091 16 G 0.080 0.254 0.072 0.113 0.345 0.054 0.016 0.014 0.009 0.022 0.022 17 V 0.293 0.058 0.004 0.001 0.609 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.024 18 F 0.341 0.063 0.009 0.005 0.479 0.007 0.007 0.007 0.004 0.013 0.065 19 A 0.176 0.188 0.038 0.009 0.483 0.005 0.009 0.012 0.007 0.025 0.048 20 T 0.165 0.308 0.061 0.002 0.413 0.001 0.002 0.008 0.002 0.008 0.028 21 L 0.090 0.224 0.049 0.026 0.236 0.022 0.023 0.079 0.104 0.104 0.042 22 D 0.032 0.146 0.358 0.081 0.055 0.044 0.057 0.121 0.079 0.014 0.012 23 E 0.025 0.028 0.040 0.028 0.023 0.041 0.160 0.421 0.149 0.067 0.018 24 Y 0.007 0.467 0.239 0.109 0.049 0.025 0.041 0.015 0.009 0.031 0.006 25 G 0.030 0.028 0.076 0.262 0.014 0.105 0.017 0.009 0.013 0.252 0.193 26 N 0.099 0.252 0.189 0.040 0.246 0.018 0.014 0.031 0.025 0.044 0.042 27 P 0.167 0.141 0.042 0.009 0.259 0.011 0.013 0.078 0.116 0.087 0.077 28 H 0.142 0.132 0.052 0.015 0.225 0.015 0.047 0.099 0.079 0.135 0.059 29 A 0.198 0.190 0.077 0.013 0.296 0.007 0.011 0.055 0.037 0.068 0.049 30 R 0.025 0.464 0.254 0.017 0.143 0.007 0.012 0.055 0.012 0.006 0.004 31 H 0.334 0.089 0.019 0.007 0.251 0.010 0.030 0.119 0.028 0.026 0.087 32 A 0.091 0.239 0.050 0.031 0.283 0.042 0.033 0.106 0.047 0.046 0.031 33 H 0.284 0.079 0.021 0.006 0.269 0.009 0.018 0.117 0.038 0.078 0.081 34 I 0.290 0.081 0.020 0.006 0.279 0.008 0.014 0.144 0.050 0.049 0.060 35 T 0.160 0.186 0.033 0.012 0.324 0.016 0.021 0.115 0.047 0.049 0.038 36 A 0.153 0.227 0.076 0.010 0.295 0.006 0.013 0.122 0.033 0.030 0.035 37 A 0.062 0.119 0.040 0.054 0.108 0.070 0.082 0.324 0.095 0.029 0.017 38 N 0.062 0.091 0.200 0.078 0.053 0.047 0.067 0.214 0.100 0.050 0.039 39 E 0.019 0.041 0.032 0.069 0.027 0.103 0.227 0.335 0.079 0.056 0.011 40 E 0.009 0.403 0.213 0.140 0.049 0.013 0.017 0.019 0.012 0.109 0.015 41 G 0.026 0.049 0.149 0.516 0.027 0.094 0.007 0.006 0.007 0.073 0.046 42 I 0.205 0.144 0.013 0.001 0.609 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.019 43 F 0.264 0.081 0.020 0.003 0.567 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.051 44 F 0.159 0.294 0.067 0.003 0.448 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.017 45 M 0.310 0.137 0.031 0.002 0.412 0.003 0.006 0.007 0.003 0.015 0.074 46 T 0.081 0.350 0.148 0.019 0.246 0.007 0.009 0.017 0.019 0.060 0.045 47 S 0.044 0.223 0.317 0.060 0.133 0.022 0.026 0.080 0.053 0.023 0.019 48 P 0.011 0.038 0.024 0.010 0.020 0.019 0.088 0.522 0.230 0.030 0.010 49 E 0.041 0.100 0.046 0.015 0.089 0.026 0.090 0.177 0.108 0.267 0.041 50 T 0.047 0.415 0.111 0.020 0.176 0.008 0.013 0.118 0.025 0.035 0.031 51 H 0.064 0.066 0.031 0.006 0.071 0.009 0.015 0.416 0.123 0.124 0.074 52 F 0.019 0.065 0.029 0.006 0.032 0.005 0.012 0.717 0.088 0.022 0.006 53 Y 0.016 0.020 0.004 0.002 0.029 0.002 0.004 0.754 0.135 0.026 0.008 54 D 0.006 0.008 0.003 0.002 0.009 0.005 0.023 0.800 0.134 0.007 0.002 55 Q 0.008 0.008 0.006 0.002 0.010 0.003 0.036 0.819 0.084 0.021 0.003 56 L 0.018 0.016 0.012 0.008 0.021 0.014 0.041 0.590 0.183 0.086 0.012 57 M 0.028 0.046 0.019 0.017 0.024 0.032 0.103 0.503 0.153 0.064 0.013 58 G 0.016 0.058 0.062 0.055 0.026 0.055 0.088 0.177 0.153 0.280 0.031 59 D 0.201 0.105 0.033 0.014 0.248 0.017 0.049 0.063 0.056 0.113 0.100 60 Q 0.075 0.226 0.057 0.011 0.183 0.009 0.014 0.121 0.150 0.114 0.039 61 R 0.217 0.063 0.014 0.010 0.278 0.014 0.049 0.057 0.056 0.175 0.067 62 V 0.306 0.128 0.009 0.001 0.520 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 63 A 0.181 0.081 0.008 0.003 0.691 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.020 64 M 0.560 0.028 0.005 0.001 0.353 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 65 T 0.201 0.149 0.022 0.008 0.525 0.009 0.006 0.004 0.002 0.012 0.062 66 A 0.208 0.209 0.051 0.003 0.458 0.001 0.002 0.003 0.002 0.015 0.049 67 I 0.171 0.246 0.042 0.021 0.342 0.015 0.013 0.022 0.017 0.045 0.068 68 S 0.024 0.190 0.564 0.096 0.063 0.017 0.008 0.016 0.009 0.005 0.008 69 E 0.015 0.031 0.047 0.064 0.018 0.044 0.076 0.430 0.206 0.054 0.015 70 E 0.007 0.413 0.190 0.130 0.056 0.052 0.075 0.032 0.021 0.020 0.004 71 G 0.070 0.026 0.024 0.049 0.030 0.026 0.026 0.031 0.041 0.386 0.292 72 Y 0.087 0.154 0.100 0.029 0.156 0.053 0.112 0.111 0.078 0.082 0.038 73 L 0.287 0.121 0.047 0.014 0.251 0.014 0.019 0.049 0.044 0.063 0.091 74 I 0.138 0.230 0.050 0.044 0.282 0.054 0.038 0.059 0.038 0.035 0.033 75 Q 0.226 0.132 0.029 0.009 0.440 0.008 0.025 0.057 0.019 0.024 0.031 76 V 0.289 0.087 0.008 0.008 0.508 0.009 0.011 0.028 0.009 0.013 0.031 77 V 0.201 0.120 0.008 0.003 0.637 0.003 0.002 0.005 0.002 0.003 0.016 78 R 0.435 0.053 0.007 0.001 0.414 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.072 79 V 0.368 0.075 0.028 0.017 0.290 0.019 0.012 0.009 0.005 0.049 0.127 80 E 0.050 0.016 0.030 0.129 0.034 0.106 0.234 0.056 0.078 0.220 0.047 81 G 0.007 0.248 0.458 0.194 0.037 0.033 0.002 0.003 0.005 0.008 0.006 82 T 0.217 0.148 0.010 0.001 0.543 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.051 83 A 0.322 0.140 0.026 0.002 0.418 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.076 84 R 0.001 0.784 0.135 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 P 0.505 0.082 0.016 0.001 0.262 0.001 0.011 0.009 0.004 0.009 0.100 86 V 0.030 0.201 0.178 0.116 0.116 0.098 0.138 0.053 0.038 0.018 0.014 87 E 0.131 0.198 0.092 0.026 0.193 0.032 0.054 0.060 0.030 0.081 0.104 88 N 0.146 0.130 0.054 0.014 0.269 0.005 0.007 0.135 0.077 0.078 0.086 89 D 0.008 0.019 0.006 0.002 0.020 0.006 0.015 0.548 0.317 0.052 0.006 90 Y 0.008 0.018 0.007 0.001 0.012 0.002 0.010 0.746 0.126 0.067 0.005 91 L 0.023 0.012 0.003 0.001 0.023 0.001 0.004 0.703 0.134 0.081 0.015 92 K 0.009 0.015 0.003 0.004 0.020 0.010 0.021 0.764 0.133 0.016 0.005 93 T 0.017 0.021 0.011 0.002 0.025 0.002 0.022 0.834 0.057 0.006 0.005 94 V 0.009 0.009 0.007 0.004 0.013 0.007 0.044 0.811 0.079 0.015 0.003 95 F 0.025 0.020 0.005 0.003 0.027 0.005 0.015 0.590 0.216 0.078 0.015 96 A 0.007 0.019 0.008 0.005 0.010 0.016 0.096 0.693 0.128 0.015 0.003 97 D 0.009 0.024 0.025 0.022 0.016 0.052 0.177 0.151 0.112 0.386 0.026 98 N 0.304 0.098 0.023 0.002 0.432 0.001 0.004 0.019 0.010 0.017 0.090 99 P 0.009 0.026 0.007 0.002 0.018 0.005 0.013 0.412 0.460 0.044 0.006 100 Y 0.016 0.038 0.016 0.004 0.026 0.007 0.042 0.483 0.162 0.194 0.012 101 Y 0.090 0.050 0.011 0.005 0.087 0.006 0.012 0.304 0.190 0.200 0.046 102 Q 0.014 0.047 0.018 0.023 0.039 0.047 0.061 0.505 0.210 0.027 0.010 103 H 0.109 0.038 0.017 0.003 0.118 0.004 0.040 0.467 0.113 0.061 0.031 104 I 0.038 0.054 0.020 0.015 0.082 0.043 0.083 0.452 0.139 0.061 0.014 105 Y 0.142 0.140 0.039 0.006 0.201 0.004 0.016 0.254 0.064 0.077 0.056 106 K 0.071 0.117 0.042 0.027 0.119 0.049 0.067 0.171 0.121 0.167 0.050 107 D 0.058 0.307 0.171 0.027 0.297 0.011 0.023 0.042 0.025 0.025 0.014 108 E 0.041 0.026 0.027 0.017 0.024 0.016 0.058 0.303 0.272 0.165 0.052 109 S 0.025 0.097 0.090 0.042 0.042 0.033 0.162 0.120 0.128 0.232 0.029 110 S 0.029 0.422 0.130 0.038 0.111 0.016 0.020 0.100 0.077 0.038 0.018 111 D 0.046 0.044 0.016 0.003 0.057 0.010 0.022 0.183 0.286 0.277 0.055 112 T 0.114 0.202 0.057 0.007 0.251 0.008 0.029 0.132 0.103 0.074 0.022 113 M 0.238 0.168 0.019 0.001 0.514 0.001 0.001 0.008 0.004 0.011 0.034 114 Q 0.195 0.171 0.026 0.003 0.559 0.002 0.005 0.011 0.003 0.005 0.020 115 V 0.492 0.048 0.007 0.003 0.371 0.002 0.004 0.009 0.002 0.006 0.057 116 F 0.133 0.194 0.040 0.030 0.462 0.039 0.029 0.034 0.010 0.008 0.021 117 Q 0.317 0.135 0.022 0.002 0.446 0.001 0.004 0.017 0.004 0.009 0.044 118 I 0.280 0.082 0.018 0.031 0.210 0.045 0.054 0.095 0.039 0.041 0.104 119 Y 0.125 0.154 0.113 0.105 0.206 0.077 0.047 0.064 0.036 0.039 0.034 120 A 0.063 0.128 0.062 0.116 0.096 0.108 0.117 0.166 0.074 0.042 0.027 121 G 0.051 0.058 0.060 0.182 0.059 0.088 0.065 0.097 0.066 0.220 0.054 122 H 0.193 0.105 0.035 0.047 0.212 0.037 0.060 0.064 0.055 0.105 0.087 123 G 0.118 0.267 0.078 0.048 0.314 0.028 0.019 0.041 0.028 0.026 0.033 124 F 0.259 0.118 0.022 0.005 0.445 0.007 0.019 0.043 0.018 0.022 0.042 125 Y 0.313 0.084 0.021 0.014 0.305 0.015 0.021 0.060 0.031 0.057 0.079 126 H 0.081 0.182 0.066 0.050 0.191 0.065 0.080 0.096 0.079 0.069 0.043 127 S 0.286 0.119 0.044 0.004 0.376 0.003 0.008 0.016 0.013 0.050 0.080 128 L 0.120 0.117 0.039 0.020 0.135 0.020 0.036 0.137 0.189 0.124 0.064 129 T 0.064 0.120 0.157 0.109 0.104 0.072 0.072 0.072 0.073 0.120 0.036 130 Q 0.033 0.162 0.172 0.132 0.076 0.062 0.103 0.118 0.071 0.053 0.019 131 G 0.064 0.112 0.135 0.095 0.084 0.050 0.046 0.068 0.076 0.184 0.086 132 H 0.141 0.242 0.076 0.014 0.328 0.012 0.017 0.031 0.031 0.064 0.044 133 K 0.254 0.169 0.021 0.005 0.459 0.007 0.011 0.015 0.009 0.013 0.038 134 Y 0.222 0.148 0.019 0.003 0.576 0.002 0.004 0.005 0.002 0.004 0.016 135 I 0.357 0.056 0.005 0.004 0.503 0.009 0.011 0.010 0.004 0.007 0.034 136 F 0.188 0.169 0.015 0.005 0.578 0.005 0.003 0.007 0.002 0.004 0.025 137 S 0.333 0.100 0.020 0.002 0.442 0.001 0.003 0.010 0.003 0.019 0.066 138 I 0.159 0.079 0.029 0.090 0.129 0.096 0.074 0.070 0.046 0.127 0.099 139 G 0.024 0.113 0.212 0.401 0.053 0.067 0.019 0.030 0.019 0.046 0.016 140 Q 0.034 0.091 0.100 0.105 0.057 0.056 0.054 0.150 0.114 0.204 0.035 141 G 0.020 0.093 0.140 0.142 0.045 0.054 0.054 0.218 0.100 0.106 0.028 142 E 0.085 0.118 0.050 0.015 0.115 0.019 0.047 0.226 0.109 0.170 0.047 143 H 0.050 0.136 0.062 0.013 0.122 0.008 0.017 0.354 0.149 0.061 0.027 144 S 0.019 0.038 0.015 0.004 0.033 0.007 0.021 0.605 0.203 0.042 0.012 145 E 0.024 0.021 0.009 0.002 0.029 0.004 0.024 0.698 0.121 0.059 0.010 146 V 0.039 0.029 0.006 0.006 0.045 0.010 0.022 0.629 0.145 0.055 0.015 147 R 0.022 0.042 0.014 0.013 0.042 0.018 0.042 0.564 0.164 0.064 0.014 148 A 0.053 0.062 0.029 0.008 0.081 0.009 0.044 0.463 0.118 0.111 0.022 149 L 0.061 0.153 0.055 0.016 0.125 0.017 0.047 0.367 0.088 0.046 0.025