# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.018 0.032 0.024 0.036 0.093 0.006 0.750 2 E 0.027 0.017 0.011 0.010 0.016 0.110 0.005 0.804 3 L 0.107 0.039 0.026 0.013 0.039 0.077 0.006 0.694 4 K 0.060 0.100 0.027 0.019 0.027 0.243 0.007 0.517 5 D 0.083 0.140 0.014 0.011 0.018 0.236 0.012 0.487 6 I 0.129 0.432 0.018 0.011 0.022 0.055 0.009 0.324 7 M 0.038 0.646 0.031 0.017 0.030 0.088 0.008 0.142 8 H 0.077 0.527 0.019 0.021 0.031 0.167 0.021 0.136 9 I 0.054 0.830 0.008 0.007 0.014 0.014 0.005 0.069 10 L 0.025 0.863 0.010 0.011 0.028 0.009 0.005 0.049 11 E 0.067 0.645 0.014 0.018 0.023 0.043 0.034 0.156 12 D 0.265 0.433 0.013 0.013 0.013 0.018 0.078 0.167 13 M 0.491 0.174 0.059 0.021 0.024 0.025 0.071 0.135 14 K 0.107 0.120 0.134 0.075 0.055 0.154 0.056 0.300 15 V 0.021 0.032 0.202 0.043 0.051 0.062 0.018 0.572 16 G 0.026 0.033 0.366 0.117 0.115 0.070 0.008 0.264 17 V 0.009 0.017 0.315 0.088 0.101 0.057 0.005 0.409 18 F 0.005 0.017 0.376 0.142 0.192 0.038 0.003 0.227 19 A 0.014 0.016 0.299 0.161 0.193 0.074 0.003 0.239 20 T 0.016 0.030 0.145 0.224 0.250 0.070 0.004 0.260 21 L 0.036 0.042 0.172 0.126 0.314 0.058 0.006 0.247 22 D 0.019 0.094 0.056 0.114 0.199 0.100 0.008 0.410 23 E 0.080 0.083 0.027 0.031 0.059 0.130 0.031 0.559 24 Y 0.193 0.102 0.012 0.014 0.020 0.368 0.066 0.224 25 G 0.630 0.040 0.008 0.007 0.005 0.019 0.165 0.126 26 N 0.107 0.034 0.117 0.021 0.019 0.152 0.014 0.536 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 28 H 0.027 0.009 0.021 0.038 0.161 0.231 0.004 0.509 29 A 0.283 0.018 0.029 0.031 0.062 0.145 0.010 0.422 30 R 0.108 0.138 0.054 0.130 0.118 0.118 0.008 0.325 31 H 0.106 0.103 0.046 0.079 0.134 0.072 0.013 0.448 32 A 0.110 0.066 0.067 0.095 0.144 0.124 0.012 0.381 33 H 0.115 0.065 0.047 0.162 0.177 0.100 0.026 0.310 34 I 0.125 0.060 0.108 0.135 0.285 0.056 0.013 0.216 35 T 0.027 0.059 0.126 0.288 0.321 0.050 0.006 0.123 36 A 0.018 0.063 0.052 0.197 0.292 0.036 0.006 0.337 37 A 0.033 0.060 0.112 0.194 0.389 0.045 0.009 0.157 38 N 0.048 0.061 0.049 0.179 0.223 0.107 0.021 0.312 39 E 0.094 0.039 0.058 0.058 0.136 0.091 0.037 0.487 40 E 0.105 0.035 0.045 0.060 0.073 0.219 0.029 0.434 41 G 0.173 0.025 0.058 0.077 0.062 0.107 0.071 0.428 42 I 0.141 0.017 0.229 0.097 0.150 0.097 0.017 0.252 43 F 0.022 0.008 0.265 0.242 0.274 0.052 0.005 0.133 44 F 0.010 0.008 0.110 0.205 0.329 0.037 0.003 0.299 45 M 0.009 0.006 0.224 0.255 0.394 0.025 0.003 0.084 46 T 0.018 0.010 0.132 0.199 0.297 0.055 0.008 0.282 47 S 0.029 0.005 0.085 0.130 0.237 0.088 0.006 0.419 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 49 E 0.009 0.003 0.012 0.017 0.058 0.361 0.006 0.534 50 T 0.343 0.010 0.010 0.007 0.009 0.155 0.011 0.455 51 H 0.093 0.067 0.020 0.017 0.019 0.107 0.005 0.672 52 F 0.079 0.129 0.030 0.033 0.060 0.170 0.007 0.492 53 Y 0.077 0.265 0.058 0.042 0.141 0.082 0.007 0.327 54 D 0.035 0.433 0.015 0.040 0.086 0.093 0.008 0.289 55 Q 0.108 0.580 0.013 0.020 0.043 0.057 0.015 0.163 56 L 0.097 0.785 0.007 0.012 0.016 0.016 0.012 0.056 57 M 0.131 0.637 0.023 0.026 0.034 0.021 0.032 0.095 58 G 0.241 0.231 0.020 0.017 0.024 0.036 0.076 0.356 59 D 0.393 0.083 0.033 0.011 0.013 0.042 0.074 0.351 60 Q 0.071 0.060 0.066 0.016 0.014 0.078 0.033 0.662 61 R 0.032 0.026 0.053 0.016 0.024 0.362 0.017 0.471 62 V 0.085 0.064 0.167 0.054 0.071 0.259 0.011 0.289 63 A 0.044 0.154 0.224 0.136 0.193 0.109 0.006 0.133 64 M 0.017 0.131 0.169 0.168 0.245 0.056 0.006 0.209 65 T 0.020 0.102 0.175 0.277 0.294 0.032 0.008 0.094 66 A 0.020 0.107 0.069 0.301 0.327 0.029 0.007 0.138 67 I 0.035 0.059 0.069 0.205 0.429 0.037 0.010 0.156 68 S 0.037 0.058 0.048 0.191 0.327 0.077 0.016 0.246 69 E 0.071 0.053 0.029 0.056 0.119 0.097 0.032 0.543 70 E 0.077 0.035 0.017 0.032 0.038 0.181 0.051 0.569 71 G 0.309 0.030 0.021 0.056 0.027 0.078 0.146 0.333 72 Y 0.308 0.013 0.109 0.084 0.095 0.160 0.029 0.203 73 L 0.028 0.005 0.093 0.244 0.335 0.087 0.007 0.202 74 I 0.015 0.003 0.047 0.279 0.512 0.040 0.002 0.102 75 Q 0.005 0.002 0.069 0.426 0.433 0.016 0.001 0.048 76 V 0.004 0.001 0.049 0.289 0.462 0.021 0.001 0.173 77 V 0.002 0.001 0.075 0.445 0.441 0.006 0.001 0.028 78 R 0.003 0.001 0.041 0.257 0.441 0.025 0.001 0.232 79 V 0.003 0.002 0.074 0.295 0.480 0.020 0.002 0.123 80 E 0.004 0.003 0.050 0.122 0.190 0.041 0.002 0.587 81 G 0.023 0.005 0.038 0.144 0.171 0.063 0.013 0.543 82 T 0.144 0.003 0.036 0.041 0.088 0.115 0.011 0.563 83 A 0.037 0.008 0.037 0.072 0.108 0.069 0.007 0.662 84 R 0.043 0.007 0.050 0.208 0.193 0.093 0.004 0.403 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 V 0.018 0.020 0.085 0.115 0.349 0.112 0.003 0.298 87 E 0.080 0.092 0.043 0.058 0.063 0.104 0.007 0.553 88 N 0.073 0.226 0.027 0.037 0.083 0.046 0.012 0.495 89 D 0.195 0.160 0.027 0.014 0.024 0.082 0.010 0.487 90 Y 0.099 0.306 0.020 0.013 0.018 0.216 0.016 0.313 91 L 0.105 0.479 0.018 0.016 0.037 0.133 0.020 0.191 92 K 0.044 0.777 0.010 0.011 0.016 0.030 0.007 0.107 93 T 0.039 0.728 0.013 0.010 0.013 0.027 0.011 0.159 94 V 0.035 0.816 0.013 0.010 0.014 0.012 0.008 0.092 95 F 0.027 0.810 0.016 0.015 0.028 0.015 0.011 0.079 96 A 0.068 0.616 0.022 0.016 0.030 0.030 0.024 0.194 97 D 0.118 0.450 0.026 0.009 0.012 0.029 0.062 0.293 98 N 0.316 0.188 0.025 0.011 0.008 0.043 0.043 0.365 99 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 100 Y 0.022 0.033 0.021 0.016 0.037 0.454 0.008 0.409 101 Y 0.266 0.125 0.038 0.016 0.037 0.189 0.010 0.319 102 Q 0.064 0.385 0.026 0.034 0.049 0.109 0.007 0.327 103 H 0.095 0.275 0.032 0.024 0.031 0.097 0.014 0.432 104 I 0.161 0.398 0.042 0.033 0.046 0.056 0.018 0.246 105 Y 0.087 0.450 0.036 0.063 0.105 0.035 0.013 0.209 106 K 0.055 0.203 0.032 0.039 0.098 0.051 0.018 0.504 107 D 0.057 0.160 0.022 0.021 0.041 0.054 0.019 0.626 108 E 0.169 0.107 0.010 0.009 0.013 0.110 0.036 0.543 109 S 0.153 0.091 0.024 0.015 0.016 0.265 0.044 0.393 110 S 0.087 0.078 0.030 0.018 0.018 0.105 0.025 0.640 111 D 0.086 0.060 0.023 0.016 0.022 0.326 0.016 0.450 112 T 0.214 0.084 0.037 0.024 0.053 0.307 0.014 0.268 113 M 0.080 0.306 0.057 0.101 0.129 0.145 0.008 0.172 114 Q 0.049 0.144 0.073 0.202 0.235 0.126 0.014 0.157 115 V 0.035 0.136 0.069 0.126 0.192 0.058 0.006 0.377 116 F 0.010 0.161 0.094 0.318 0.351 0.016 0.004 0.047 117 Q 0.012 0.143 0.072 0.226 0.301 0.028 0.007 0.210 118 I 0.013 0.171 0.144 0.186 0.322 0.021 0.009 0.135 119 Y 0.031 0.219 0.121 0.179 0.246 0.050 0.012 0.142 120 A 0.052 0.206 0.067 0.119 0.147 0.052 0.032 0.325 121 G 0.125 0.107 0.088 0.067 0.100 0.069 0.061 0.382 122 H 0.170 0.045 0.075 0.043 0.048 0.084 0.042 0.493 123 G 0.079 0.065 0.085 0.092 0.080 0.091 0.036 0.472 124 F 0.117 0.028 0.075 0.054 0.114 0.117 0.020 0.475 125 Y 0.061 0.043 0.121 0.129 0.185 0.086 0.009 0.366 126 H 0.082 0.031 0.090 0.153 0.232 0.109 0.011 0.291 127 S 0.046 0.040 0.067 0.173 0.177 0.066 0.011 0.421 128 L 0.078 0.027 0.077 0.092 0.220 0.075 0.011 0.421 129 T 0.048 0.022 0.023 0.081 0.144 0.367 0.009 0.306 130 Q 0.059 0.019 0.016 0.037 0.059 0.090 0.010 0.709 131 G 0.041 0.027 0.014 0.025 0.040 0.254 0.014 0.585 132 H 0.220 0.022 0.027 0.026 0.035 0.182 0.032 0.456 133 K 0.045 0.059 0.058 0.044 0.047 0.155 0.010 0.582 134 Y 0.051 0.050 0.076 0.109 0.211 0.139 0.012 0.352 135 I 0.087 0.056 0.130 0.148 0.262 0.071 0.009 0.238 136 F 0.032 0.057 0.167 0.233 0.305 0.037 0.009 0.161 137 S 0.036 0.052 0.156 0.208 0.287 0.053 0.011 0.198 138 I 0.042 0.044 0.123 0.151 0.284 0.044 0.012 0.300 139 G 0.049 0.031 0.073 0.140 0.205 0.096 0.019 0.387 140 Q 0.070 0.014 0.059 0.052 0.096 0.099 0.015 0.595 141 G 0.065 0.019 0.045 0.062 0.092 0.104 0.012 0.600 142 E 0.099 0.018 0.035 0.049 0.092 0.180 0.013 0.513 143 H 0.051 0.035 0.044 0.051 0.081 0.072 0.008 0.659 144 S 0.054 0.060 0.066 0.092 0.131 0.114 0.010 0.474 145 E 0.070 0.046 0.035 0.046 0.079 0.116 0.014 0.592 146 V 0.142 0.118 0.085 0.066 0.146 0.091 0.012 0.340 147 R 0.033 0.151 0.048 0.079 0.099 0.096 0.009 0.486 148 A 0.048 0.134 0.032 0.041 0.077 0.056 0.014 0.597 149 L 0.166 0.143 0.051 0.050 0.097 0.083 0.025 0.384