# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.268 0.082 0.181 0.091 0.123 0.011 0.093 0.087 0.013 0.050 0.001 2 E 0.388 0.127 0.213 0.091 0.036 0.050 0.049 0.011 0.021 0.012 0.002 3 L 0.491 0.123 0.151 0.133 0.015 0.051 0.013 0.003 0.016 0.003 0.001 4 K 0.635 0.106 0.105 0.070 0.029 0.020 0.017 0.004 0.009 0.004 0.001 5 D 0.488 0.063 0.158 0.054 0.037 0.098 0.034 0.004 0.060 0.003 0.002 6 I 0.962 0.004 0.005 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 M 0.959 0.008 0.009 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.957 0.007 0.005 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 9 I 0.952 0.007 0.008 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.810 0.019 0.027 0.133 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 E 0.847 0.020 0.075 0.029 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 12 D 0.187 0.008 0.016 0.700 0.005 0.018 0.043 0.012 0.009 0.001 0.001 13 M 0.027 0.277 0.547 0.061 0.013 0.038 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 14 K 0.083 0.347 0.331 0.027 0.034 0.099 0.042 0.005 0.027 0.004 0.001 15 V 0.034 0.666 0.163 0.039 0.050 0.018 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 16 G 0.066 0.356 0.192 0.015 0.302 0.015 0.013 0.014 0.013 0.013 0.001 17 V 0.050 0.707 0.125 0.016 0.053 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 18 F 0.073 0.553 0.193 0.031 0.037 0.055 0.008 0.001 0.047 0.001 0.001 19 A 0.122 0.380 0.218 0.033 0.171 0.033 0.010 0.006 0.019 0.007 0.001 20 T 0.076 0.475 0.237 0.031 0.079 0.049 0.006 0.001 0.042 0.002 0.001 21 L 0.324 0.248 0.177 0.091 0.030 0.078 0.008 0.001 0.039 0.002 0.001 22 D 0.283 0.133 0.302 0.066 0.062 0.086 0.024 0.003 0.032 0.008 0.001 23 E 0.771 0.028 0.026 0.126 0.009 0.011 0.018 0.004 0.006 0.001 0.001 24 Y 0.318 0.027 0.055 0.579 0.005 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 25 G 0.055 0.008 0.060 0.059 0.040 0.004 0.095 0.542 0.003 0.134 0.001 26 N 0.015 0.163 0.573 0.004 0.018 0.051 0.011 0.001 0.163 0.002 0.001 27 P 0.632 0.005 0.300 0.024 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 28 H 0.574 0.051 0.087 0.216 0.015 0.020 0.016 0.009 0.009 0.002 0.001 29 A 0.340 0.196 0.262 0.096 0.049 0.025 0.008 0.003 0.017 0.002 0.001 30 R 0.469 0.208 0.137 0.094 0.033 0.027 0.013 0.003 0.013 0.003 0.001 31 H 0.329 0.254 0.176 0.112 0.047 0.032 0.014 0.003 0.030 0.002 0.001 32 A 0.387 0.178 0.249 0.068 0.072 0.011 0.014 0.007 0.006 0.007 0.001 33 H 0.304 0.204 0.174 0.115 0.046 0.075 0.044 0.006 0.030 0.001 0.001 34 I 0.210 0.487 0.203 0.025 0.023 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 35 T 0.354 0.425 0.071 0.079 0.029 0.019 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 36 A 0.180 0.381 0.240 0.051 0.075 0.033 0.010 0.002 0.025 0.002 0.001 37 A 0.272 0.294 0.201 0.101 0.058 0.033 0.010 0.002 0.027 0.004 0.001 38 N 0.207 0.135 0.208 0.120 0.120 0.067 0.079 0.012 0.032 0.020 0.001 39 E 0.441 0.136 0.090 0.196 0.054 0.025 0.029 0.010 0.016 0.004 0.001 40 E 0.165 0.216 0.191 0.346 0.044 0.008 0.015 0.004 0.009 0.002 0.001 41 G 0.049 0.103 0.140 0.041 0.310 0.010 0.137 0.138 0.012 0.060 0.001 42 I 0.017 0.710 0.181 0.008 0.054 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 43 F 0.022 0.746 0.128 0.010 0.030 0.025 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 44 F 0.020 0.641 0.234 0.009 0.033 0.039 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 45 M 0.036 0.636 0.173 0.020 0.053 0.048 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 46 T 0.073 0.392 0.233 0.112 0.115 0.033 0.008 0.002 0.023 0.008 0.001 47 S 0.022 0.272 0.458 0.002 0.107 0.012 0.006 0.001 0.111 0.009 0.001 48 P 0.330 0.004 0.530 0.024 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 49 E 0.268 0.095 0.146 0.189 0.052 0.035 0.107 0.075 0.022 0.008 0.002 50 T 0.178 0.354 0.272 0.068 0.068 0.022 0.012 0.005 0.016 0.004 0.001 51 H 0.314 0.162 0.313 0.064 0.049 0.031 0.032 0.011 0.016 0.006 0.001 52 F 0.504 0.195 0.107 0.085 0.041 0.032 0.011 0.004 0.018 0.003 0.001 53 Y 0.799 0.065 0.051 0.047 0.012 0.011 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 54 D 0.852 0.027 0.045 0.038 0.005 0.017 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 55 Q 0.808 0.044 0.058 0.054 0.007 0.013 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 56 L 0.649 0.050 0.105 0.169 0.003 0.013 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 57 M 0.350 0.119 0.233 0.212 0.026 0.016 0.021 0.003 0.017 0.003 0.001 58 G 0.105 0.012 0.053 0.051 0.056 0.002 0.054 0.283 0.003 0.380 0.001 59 D 0.084 0.097 0.445 0.113 0.039 0.103 0.059 0.005 0.049 0.004 0.003 60 Q 0.392 0.142 0.211 0.149 0.028 0.029 0.027 0.010 0.008 0.002 0.001 61 R 0.189 0.405 0.298 0.032 0.023 0.032 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 62 V 0.098 0.695 0.118 0.018 0.026 0.014 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 63 A 0.110 0.472 0.298 0.014 0.046 0.039 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 64 M 0.105 0.559 0.187 0.024 0.061 0.038 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 65 T 0.118 0.609 0.107 0.040 0.084 0.018 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 66 A 0.146 0.403 0.189 0.040 0.140 0.034 0.015 0.005 0.020 0.005 0.001 67 I 0.157 0.388 0.240 0.081 0.033 0.060 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 68 S 0.168 0.183 0.384 0.046 0.128 0.035 0.013 0.005 0.015 0.023 0.001 69 E 0.725 0.064 0.045 0.101 0.024 0.010 0.012 0.004 0.010 0.005 0.001 70 E 0.314 0.067 0.145 0.408 0.016 0.006 0.029 0.004 0.006 0.004 0.001 71 G 0.046 0.010 0.026 0.040 0.048 0.002 0.237 0.559 0.003 0.030 0.001 72 Y 0.110 0.320 0.400 0.047 0.061 0.036 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 73 L 0.042 0.584 0.286 0.013 0.017 0.044 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 74 I 0.122 0.609 0.117 0.068 0.058 0.010 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 75 Q 0.011 0.626 0.227 0.004 0.096 0.021 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 76 V 0.013 0.714 0.215 0.003 0.013 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 77 V 0.008 0.807 0.103 0.008 0.036 0.013 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 78 R 0.007 0.493 0.435 0.001 0.014 0.037 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 79 V 0.033 0.694 0.134 0.013 0.019 0.056 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 80 E 0.067 0.381 0.220 0.131 0.036 0.033 0.036 0.001 0.091 0.002 0.001 81 G 0.020 0.020 0.075 0.013 0.272 0.003 0.061 0.343 0.001 0.192 0.001 82 T 0.091 0.510 0.182 0.104 0.076 0.016 0.003 0.001 0.012 0.003 0.001 83 A 0.081 0.280 0.418 0.043 0.086 0.026 0.017 0.007 0.017 0.023 0.002 84 R 0.025 0.439 0.358 0.002 0.025 0.024 0.006 0.001 0.119 0.001 0.001 85 P 0.087 0.011 0.817 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 86 V 0.353 0.366 0.118 0.057 0.039 0.030 0.006 0.002 0.026 0.001 0.001 87 E 0.357 0.212 0.281 0.032 0.032 0.054 0.008 0.002 0.015 0.007 0.001 88 N 0.619 0.053 0.098 0.060 0.039 0.059 0.029 0.005 0.033 0.005 0.001 89 D 0.917 0.004 0.007 0.039 0.002 0.011 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 90 Y 0.966 0.003 0.002 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.987 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.970 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.969 0.004 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.522 0.009 0.012 0.447 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.017 0.072 0.281 0.008 0.012 0.037 0.010 0.001 0.561 0.001 0.001 99 P 0.917 0.001 0.047 0.023 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 100 Y 0.742 0.032 0.051 0.147 0.007 0.010 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 101 Y 0.544 0.074 0.111 0.220 0.010 0.021 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 102 Q 0.717 0.050 0.102 0.086 0.010 0.011 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 103 H 0.465 0.133 0.210 0.085 0.032 0.030 0.022 0.004 0.017 0.001 0.001 104 I 0.432 0.183 0.227 0.117 0.007 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 105 Y 0.109 0.315 0.303 0.046 0.053 0.058 0.012 0.001 0.099 0.003 0.001 106 K 0.433 0.053 0.417 0.044 0.007 0.026 0.004 0.002 0.007 0.004 0.001 107 D 0.599 0.045 0.149 0.110 0.028 0.021 0.019 0.011 0.010 0.006 0.001 108 E 0.503 0.046 0.097 0.285 0.018 0.018 0.013 0.005 0.011 0.003 0.001 109 S 0.360 0.095 0.245 0.189 0.041 0.033 0.008 0.005 0.016 0.006 0.001 110 S 0.583 0.043 0.090 0.163 0.039 0.010 0.028 0.020 0.008 0.017 0.001 111 D 0.259 0.078 0.185 0.214 0.048 0.082 0.080 0.009 0.039 0.003 0.002 112 T 0.501 0.197 0.091 0.157 0.019 0.020 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 113 M 0.191 0.405 0.242 0.058 0.050 0.019 0.009 0.001 0.022 0.002 0.001 114 Q 0.162 0.436 0.296 0.018 0.042 0.031 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 115 V 0.122 0.696 0.116 0.014 0.020 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 116 F 0.099 0.695 0.092 0.026 0.043 0.013 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 117 Q 0.052 0.536 0.293 0.005 0.026 0.055 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 118 I 0.156 0.475 0.240 0.025 0.015 0.060 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 119 Y 0.235 0.357 0.170 0.085 0.057 0.043 0.011 0.002 0.033 0.005 0.001 120 A 0.143 0.207 0.249 0.179 0.130 0.015 0.042 0.008 0.018 0.008 0.001 121 G 0.055 0.016 0.051 0.029 0.111 0.005 0.070 0.400 0.003 0.260 0.001 122 H 0.134 0.255 0.220 0.248 0.062 0.025 0.022 0.003 0.026 0.004 0.001 123 G 0.071 0.039 0.107 0.029 0.227 0.004 0.037 0.200 0.003 0.282 0.001 124 F 0.196 0.319 0.238 0.087 0.100 0.030 0.008 0.004 0.012 0.004 0.001 125 Y 0.170 0.387 0.198 0.102 0.045 0.045 0.016 0.003 0.031 0.003 0.001 126 H 0.149 0.423 0.186 0.054 0.098 0.034 0.011 0.002 0.041 0.003 0.001 127 S 0.165 0.174 0.383 0.066 0.036 0.104 0.024 0.003 0.039 0.002 0.002 128 L 0.319 0.151 0.231 0.177 0.030 0.048 0.015 0.004 0.022 0.002 0.002 129 T 0.273 0.250 0.232 0.106 0.065 0.019 0.013 0.006 0.025 0.010 0.001 130 Q 0.269 0.077 0.364 0.149 0.028 0.020 0.047 0.009 0.020 0.015 0.002 131 G 0.098 0.013 0.085 0.038 0.061 0.003 0.088 0.371 0.002 0.241 0.001 132 H 0.249 0.165 0.250 0.168 0.052 0.040 0.043 0.012 0.013 0.005 0.002 133 K 0.101 0.467 0.265 0.062 0.047 0.024 0.013 0.003 0.016 0.001 0.001 134 Y 0.047 0.567 0.245 0.020 0.051 0.037 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 135 I 0.045 0.752 0.127 0.011 0.024 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 136 F 0.032 0.645 0.134 0.019 0.108 0.026 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 137 S 0.040 0.487 0.267 0.017 0.121 0.037 0.005 0.002 0.017 0.005 0.001 138 I 0.092 0.495 0.153 0.125 0.071 0.021 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 139 G 0.047 0.031 0.064 0.025 0.175 0.004 0.047 0.152 0.003 0.451 0.001 140 Q 0.137 0.172 0.213 0.232 0.082 0.044 0.062 0.012 0.036 0.007 0.002 141 G 0.134 0.091 0.284 0.052 0.186 0.010 0.047 0.078 0.005 0.110 0.001 142 E 0.286 0.219 0.293 0.073 0.043 0.048 0.011 0.003 0.017 0.005 0.002 143 H 0.342 0.234 0.211 0.122 0.039 0.024 0.009 0.003 0.013 0.002 0.001 144 S 0.518 0.121 0.149 0.066 0.089 0.009 0.017 0.010 0.009 0.010 0.001 145 E 0.471 0.141 0.169 0.110 0.046 0.027 0.013 0.005 0.014 0.002 0.001 146 V 0.279 0.307 0.251 0.054 0.023 0.046 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 147 R 0.540 0.128 0.197 0.079 0.014 0.022 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 148 A 0.420 0.129 0.142 0.118 0.073 0.022 0.046 0.016 0.024 0.008 0.001 149 L 0.395 0.165 0.215 0.132 0.027 0.029 0.012 0.003 0.017 0.003 0.001