# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.286 0.117 0.020 0.167 0.015 0.028 0.151 0.082 0.055 0.025 2 E 0.123 0.260 0.067 0.006 0.195 0.005 0.016 0.189 0.043 0.055 0.042 3 L 0.077 0.058 0.013 0.004 0.090 0.007 0.013 0.462 0.178 0.067 0.033 4 K 0.006 0.030 0.016 0.010 0.018 0.029 0.036 0.707 0.111 0.030 0.007 5 D 0.045 0.041 0.017 0.002 0.059 0.001 0.005 0.713 0.072 0.033 0.012 6 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.844 0.115 0.025 0.001 7 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.890 0.092 0.005 0.001 8 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.934 0.047 0.003 0.001 9 I 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.888 0.071 0.018 0.001 10 L 0.005 0.009 0.004 0.002 0.007 0.002 0.010 0.766 0.164 0.029 0.003 11 E 0.001 0.022 0.009 0.004 0.004 0.016 0.096 0.682 0.153 0.010 0.001 12 D 0.034 0.014 0.004 0.002 0.027 0.003 0.043 0.180 0.150 0.494 0.049 13 M 0.061 0.517 0.098 0.002 0.251 0.001 0.004 0.016 0.015 0.022 0.014 14 K 0.259 0.078 0.017 0.016 0.186 0.029 0.071 0.094 0.048 0.091 0.112 15 V 0.224 0.178 0.043 0.019 0.377 0.010 0.024 0.018 0.021 0.038 0.050 16 G 0.067 0.295 0.111 0.054 0.365 0.033 0.011 0.015 0.011 0.022 0.016 17 V 0.338 0.066 0.008 0.002 0.520 0.002 0.005 0.007 0.003 0.006 0.045 18 F 0.345 0.066 0.017 0.008 0.391 0.009 0.014 0.010 0.009 0.026 0.103 19 A 0.151 0.287 0.045 0.007 0.422 0.005 0.008 0.011 0.006 0.018 0.040 20 T 0.149 0.337 0.054 0.002 0.402 0.001 0.002 0.012 0.005 0.011 0.027 21 L 0.081 0.168 0.045 0.023 0.191 0.033 0.028 0.134 0.146 0.102 0.048 22 D 0.043 0.168 0.264 0.060 0.075 0.027 0.080 0.150 0.098 0.019 0.016 23 E 0.029 0.030 0.018 0.012 0.030 0.022 0.118 0.441 0.191 0.089 0.021 24 Y 0.007 0.567 0.199 0.046 0.068 0.017 0.033 0.019 0.012 0.028 0.004 25 G 0.027 0.022 0.076 0.209 0.015 0.078 0.025 0.012 0.014 0.294 0.228 26 N 0.177 0.214 0.105 0.014 0.370 0.005 0.010 0.027 0.011 0.013 0.055 27 P 0.044 0.091 0.026 0.007 0.100 0.008 0.011 0.322 0.314 0.053 0.024 28 H 0.050 0.060 0.020 0.012 0.060 0.021 0.078 0.371 0.182 0.121 0.024 29 A 0.082 0.098 0.029 0.012 0.126 0.015 0.041 0.361 0.124 0.090 0.020 30 R 0.050 0.168 0.052 0.014 0.116 0.017 0.040 0.347 0.094 0.075 0.025 31 H 0.143 0.063 0.018 0.010 0.156 0.010 0.026 0.289 0.125 0.096 0.065 32 A 0.057 0.248 0.044 0.010 0.238 0.018 0.026 0.262 0.061 0.020 0.015 33 H 0.188 0.087 0.015 0.004 0.266 0.004 0.018 0.204 0.051 0.104 0.060 34 I 0.371 0.051 0.009 0.002 0.289 0.003 0.009 0.125 0.045 0.041 0.055 35 T 0.122 0.174 0.034 0.013 0.298 0.021 0.039 0.178 0.045 0.041 0.035 36 A 0.199 0.156 0.062 0.010 0.255 0.006 0.014 0.118 0.038 0.073 0.070 37 A 0.044 0.175 0.071 0.049 0.130 0.066 0.095 0.240 0.070 0.043 0.017 38 N 0.075 0.174 0.206 0.058 0.076 0.023 0.046 0.131 0.077 0.085 0.049 39 E 0.037 0.085 0.046 0.026 0.068 0.027 0.065 0.322 0.198 0.101 0.024 40 E 0.020 0.490 0.119 0.046 0.093 0.036 0.047 0.064 0.037 0.035 0.012 41 G 0.095 0.048 0.038 0.082 0.071 0.033 0.023 0.034 0.038 0.356 0.181 42 I 0.242 0.151 0.018 0.004 0.509 0.005 0.008 0.016 0.008 0.011 0.027 43 F 0.170 0.155 0.025 0.006 0.552 0.005 0.008 0.019 0.010 0.013 0.036 44 F 0.246 0.166 0.037 0.006 0.433 0.005 0.010 0.021 0.010 0.020 0.045 45 M 0.213 0.171 0.044 0.007 0.380 0.008 0.023 0.036 0.018 0.038 0.062 46 T 0.067 0.316 0.207 0.024 0.178 0.011 0.022 0.040 0.030 0.064 0.042 47 S 0.065 0.308 0.231 0.019 0.206 0.007 0.014 0.063 0.038 0.022 0.027 48 P 0.017 0.116 0.049 0.011 0.037 0.026 0.064 0.399 0.237 0.034 0.011 49 E 0.042 0.054 0.022 0.008 0.056 0.012 0.046 0.221 0.177 0.302 0.058 50 T 0.031 0.434 0.135 0.010 0.150 0.007 0.014 0.143 0.032 0.034 0.013 51 H 0.065 0.060 0.024 0.006 0.086 0.006 0.019 0.501 0.108 0.075 0.050 52 F 0.018 0.026 0.012 0.005 0.020 0.005 0.009 0.773 0.093 0.032 0.009 53 Y 0.008 0.014 0.004 0.002 0.018 0.002 0.006 0.771 0.144 0.025 0.005 54 D 0.006 0.011 0.004 0.002 0.014 0.004 0.016 0.819 0.112 0.009 0.002 55 Q 0.006 0.011 0.008 0.003 0.011 0.006 0.082 0.747 0.098 0.025 0.003 56 L 0.024 0.016 0.026 0.014 0.024 0.028 0.088 0.531 0.126 0.107 0.016 57 M 0.033 0.137 0.059 0.060 0.045 0.070 0.154 0.313 0.055 0.056 0.018 58 G 0.012 0.048 0.066 0.126 0.020 0.087 0.053 0.070 0.060 0.408 0.051 59 D 0.267 0.094 0.031 0.006 0.378 0.005 0.011 0.023 0.022 0.066 0.096 60 Q 0.060 0.055 0.011 0.003 0.100 0.004 0.008 0.291 0.290 0.144 0.033 61 R 0.135 0.067 0.011 0.013 0.221 0.020 0.097 0.237 0.072 0.094 0.031 62 V 0.261 0.124 0.011 0.007 0.485 0.008 0.011 0.044 0.012 0.017 0.020 63 A 0.158 0.124 0.019 0.006 0.579 0.008 0.010 0.055 0.008 0.009 0.024 64 M 0.468 0.040 0.007 0.003 0.348 0.003 0.007 0.026 0.007 0.016 0.075 65 T 0.206 0.139 0.035 0.014 0.345 0.023 0.038 0.065 0.019 0.046 0.069 66 A 0.178 0.236 0.062 0.009 0.325 0.007 0.015 0.051 0.016 0.043 0.060 67 I 0.114 0.222 0.042 0.020 0.245 0.027 0.029 0.106 0.053 0.086 0.056 68 S 0.061 0.234 0.345 0.062 0.087 0.021 0.024 0.086 0.042 0.022 0.016 69 E 0.019 0.037 0.058 0.056 0.019 0.055 0.072 0.426 0.186 0.059 0.014 70 E 0.005 0.357 0.142 0.149 0.031 0.063 0.121 0.087 0.027 0.013 0.004 71 G 0.034 0.021 0.023 0.043 0.017 0.017 0.011 0.022 0.042 0.554 0.216 72 Y 0.061 0.395 0.091 0.008 0.281 0.008 0.018 0.055 0.033 0.039 0.011 73 L 0.493 0.044 0.005 0.001 0.383 0.001 0.003 0.005 0.004 0.009 0.054 74 I 0.231 0.114 0.025 0.035 0.447 0.059 0.042 0.011 0.006 0.008 0.021 75 Q 0.190 0.120 0.015 0.004 0.644 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.013 76 V 0.454 0.039 0.004 0.002 0.424 0.003 0.004 0.005 0.002 0.008 0.056 77 V 0.182 0.186 0.015 0.003 0.577 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.022 78 R 0.402 0.079 0.012 0.001 0.420 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.071 79 V 0.214 0.099 0.047 0.080 0.255 0.115 0.045 0.039 0.019 0.029 0.058 80 E 0.036 0.036 0.045 0.266 0.039 0.164 0.210 0.078 0.060 0.048 0.018 81 G 0.041 0.126 0.197 0.165 0.076 0.067 0.018 0.040 0.047 0.175 0.050 82 T 0.086 0.289 0.081 0.012 0.305 0.006 0.022 0.069 0.040 0.056 0.034 83 A 0.199 0.182 0.075 0.014 0.228 0.012 0.019 0.042 0.049 0.085 0.095 84 R 0.006 0.526 0.301 0.022 0.082 0.008 0.009 0.035 0.009 0.002 0.001 85 P 0.279 0.120 0.027 0.003 0.264 0.004 0.029 0.114 0.025 0.028 0.108 86 V 0.069 0.166 0.061 0.042 0.125 0.077 0.098 0.187 0.073 0.060 0.041 87 E 0.068 0.167 0.051 0.035 0.131 0.054 0.049 0.262 0.076 0.061 0.046 88 N 0.042 0.147 0.063 0.042 0.100 0.031 0.024 0.373 0.084 0.063 0.031 89 D 0.017 0.038 0.017 0.011 0.037 0.021 0.052 0.562 0.111 0.111 0.024 90 Y 0.008 0.020 0.009 0.003 0.009 0.002 0.010 0.792 0.083 0.058 0.006 91 L 0.009 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.848 0.102 0.022 0.006 92 K 0.002 0.006 0.001 0.002 0.008 0.004 0.014 0.880 0.079 0.003 0.001 93 T 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.024 0.909 0.047 0.003 0.001 94 V 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.004 0.033 0.870 0.066 0.013 0.001 95 F 0.016 0.017 0.004 0.002 0.019 0.004 0.019 0.571 0.215 0.120 0.013 96 A 0.004 0.029 0.011 0.003 0.010 0.017 0.105 0.683 0.114 0.021 0.003 97 D 0.011 0.033 0.030 0.022 0.025 0.038 0.135 0.107 0.099 0.464 0.035 98 N 0.352 0.080 0.019 0.001 0.447 0.001 0.003 0.011 0.006 0.008 0.072 99 P 0.006 0.014 0.004 0.001 0.015 0.003 0.010 0.439 0.473 0.028 0.006 100 Y 0.012 0.027 0.009 0.003 0.018 0.005 0.046 0.539 0.175 0.158 0.008 101 Y 0.059 0.022 0.005 0.004 0.055 0.005 0.017 0.432 0.227 0.148 0.023 102 Q 0.017 0.027 0.008 0.009 0.045 0.037 0.068 0.565 0.191 0.023 0.010 103 H 0.099 0.040 0.013 0.007 0.129 0.007 0.072 0.413 0.106 0.083 0.031 104 I 0.079 0.092 0.033 0.013 0.155 0.046 0.096 0.309 0.075 0.072 0.030 105 Y 0.169 0.192 0.061 0.010 0.290 0.005 0.010 0.092 0.029 0.068 0.074 106 K 0.051 0.152 0.079 0.019 0.130 0.035 0.041 0.215 0.138 0.114 0.026 107 D 0.060 0.150 0.096 0.019 0.109 0.017 0.071 0.250 0.123 0.074 0.032 108 E 0.044 0.034 0.021 0.013 0.035 0.018 0.062 0.236 0.199 0.285 0.054 109 S 0.046 0.308 0.131 0.029 0.172 0.016 0.046 0.077 0.070 0.080 0.024 110 S 0.027 0.033 0.015 0.012 0.030 0.019 0.031 0.251 0.283 0.241 0.058 111 D 0.082 0.089 0.031 0.007 0.134 0.008 0.039 0.221 0.141 0.202 0.046 112 T 0.176 0.102 0.019 0.006 0.294 0.008 0.027 0.153 0.091 0.095 0.027 113 M 0.216 0.150 0.017 0.005 0.471 0.006 0.007 0.066 0.015 0.015 0.032 114 Q 0.233 0.099 0.012 0.007 0.520 0.006 0.015 0.060 0.008 0.010 0.029 115 V 0.369 0.055 0.006 0.004 0.468 0.005 0.011 0.033 0.006 0.013 0.032 116 F 0.163 0.166 0.015 0.008 0.539 0.010 0.011 0.056 0.009 0.005 0.018 117 Q 0.310 0.085 0.011 0.002 0.477 0.001 0.005 0.033 0.006 0.014 0.056 118 I 0.169 0.102 0.018 0.014 0.190 0.040 0.090 0.174 0.057 0.069 0.078 119 Y 0.156 0.161 0.087 0.049 0.232 0.032 0.058 0.075 0.044 0.056 0.051 120 A 0.055 0.125 0.078 0.081 0.079 0.096 0.118 0.153 0.095 0.079 0.040 121 G 0.044 0.091 0.107 0.175 0.059 0.082 0.052 0.088 0.065 0.198 0.039 122 H 0.077 0.161 0.083 0.103 0.112 0.061 0.097 0.069 0.062 0.118 0.057 123 G 0.025 0.075 0.117 0.310 0.045 0.101 0.029 0.068 0.064 0.126 0.041 124 F 0.129 0.135 0.037 0.015 0.260 0.017 0.047 0.170 0.086 0.058 0.043 125 Y 0.187 0.065 0.019 0.008 0.184 0.012 0.029 0.160 0.122 0.140 0.074 126 H 0.073 0.224 0.071 0.021 0.202 0.026 0.039 0.153 0.099 0.058 0.034 127 S 0.217 0.138 0.047 0.004 0.322 0.004 0.020 0.079 0.039 0.067 0.063 128 L 0.134 0.128 0.035 0.009 0.149 0.013 0.032 0.151 0.142 0.140 0.068 129 T 0.041 0.187 0.276 0.121 0.094 0.055 0.037 0.070 0.052 0.050 0.017 130 Q 0.013 0.064 0.080 0.132 0.027 0.102 0.227 0.207 0.097 0.040 0.012 131 G 0.029 0.058 0.079 0.094 0.033 0.036 0.023 0.068 0.089 0.390 0.100 132 H 0.144 0.197 0.042 0.011 0.327 0.011 0.024 0.042 0.055 0.097 0.050 133 K 0.244 0.119 0.021 0.007 0.393 0.013 0.020 0.037 0.034 0.046 0.066 134 Y 0.231 0.135 0.029 0.009 0.497 0.007 0.013 0.014 0.011 0.020 0.035 135 I 0.345 0.076 0.010 0.004 0.465 0.007 0.017 0.013 0.007 0.016 0.040 136 F 0.211 0.178 0.018 0.007 0.491 0.008 0.007 0.014 0.007 0.013 0.046 137 S 0.271 0.139 0.041 0.007 0.415 0.005 0.008 0.017 0.007 0.023 0.067 138 I 0.096 0.075 0.028 0.095 0.086 0.119 0.113 0.104 0.078 0.135 0.071 139 G 0.024 0.088 0.140 0.375 0.048 0.111 0.038 0.041 0.035 0.078 0.021 140 Q 0.073 0.110 0.084 0.058 0.090 0.025 0.049 0.106 0.106 0.232 0.068 141 G 0.025 0.184 0.223 0.096 0.075 0.047 0.036 0.126 0.094 0.072 0.021 142 E 0.077 0.187 0.053 0.012 0.154 0.013 0.041 0.275 0.106 0.050 0.033 143 H 0.106 0.056 0.014 0.007 0.098 0.012 0.031 0.342 0.187 0.089 0.058 144 S 0.039 0.150 0.037 0.013 0.133 0.019 0.028 0.384 0.135 0.045 0.016 145 E 0.146 0.070 0.017 0.004 0.153 0.005 0.023 0.347 0.086 0.109 0.041 146 V 0.110 0.132 0.035 0.008 0.157 0.007 0.015 0.352 0.082 0.066 0.036 147 R 0.038 0.054 0.020 0.017 0.061 0.027 0.056 0.496 0.154 0.054 0.023 148 A 0.053 0.088 0.039 0.015 0.092 0.014 0.050 0.443 0.119 0.065 0.024 149 L 0.050 0.096 0.038 0.017 0.097 0.027 0.057 0.375 0.124 0.089 0.029