# TARGET T0330 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 784 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.994 2 S 0.114 0.027 0.001 0.004 0.007 0.012 0.835 3 R 0.316 0.011 0.003 0.003 0.057 0.008 0.602 4 T 0.708 0.002 0.002 0.003 0.176 0.003 0.107 5 L 0.970 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 6 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 7 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 8 F 0.930 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.055 9 D 0.371 0.005 0.003 0.002 0.048 0.010 0.561 10 I 0.104 0.012 0.032 0.008 0.257 0.283 0.303 11 D 0.051 0.017 0.035 0.011 0.311 0.393 0.182 12 G 0.143 0.010 0.049 0.028 0.274 0.197 0.299 13 T 0.268 0.028 0.041 0.050 0.229 0.090 0.293 14 L 0.393 0.043 0.040 0.049 0.129 0.066 0.279 15 L 0.339 0.054 0.035 0.050 0.113 0.051 0.358 16 K 0.114 0.036 0.012 0.035 0.231 0.046 0.526 17 V 0.029 0.009 0.010 0.116 0.172 0.053 0.611 18 E 0.001 0.001 0.018 0.911 0.024 0.028 0.019 19 S 0.001 0.001 0.009 0.971 0.006 0.011 0.003 20 M 0.001 0.001 0.005 0.984 0.002 0.006 0.002 21 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 29 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 30 I 0.001 0.001 0.003 0.965 0.002 0.027 0.003 31 E 0.001 0.001 0.005 0.857 0.005 0.128 0.004 32 V 0.001 0.001 0.006 0.432 0.039 0.491 0.031 33 Y 0.001 0.003 0.007 0.041 0.091 0.656 0.202 34 G 0.004 0.009 0.009 0.010 0.146 0.032 0.790 35 T 0.019 0.025 0.019 0.018 0.155 0.032 0.733 36 E 0.020 0.019 0.060 0.096 0.193 0.069 0.545 37 G 0.018 0.015 0.041 0.141 0.120 0.067 0.599 38 S 0.014 0.007 0.050 0.447 0.074 0.077 0.331 39 T 0.004 0.001 0.036 0.865 0.021 0.036 0.037 40 G 0.006 0.001 0.035 0.886 0.015 0.029 0.028 41 S 0.011 0.002 0.026 0.891 0.015 0.026 0.028 42 H 0.019 0.003 0.020 0.891 0.016 0.025 0.027 43 D 0.019 0.002 0.026 0.875 0.013 0.045 0.020 44 F 0.018 0.003 0.033 0.815 0.018 0.091 0.021 45 S 0.019 0.007 0.046 0.647 0.052 0.171 0.058 46 G 0.017 0.007 0.034 0.402 0.104 0.329 0.107 47 K 0.012 0.005 0.027 0.187 0.200 0.259 0.309 48 M 0.009 0.007 0.031 0.209 0.278 0.156 0.310 49 D 0.012 0.008 0.029 0.378 0.157 0.122 0.295 50 G 0.002 0.001 0.027 0.877 0.026 0.029 0.038 51 A 0.002 0.001 0.013 0.943 0.008 0.016 0.017 52 I 0.004 0.001 0.008 0.959 0.005 0.011 0.012 53 I 0.005 0.001 0.004 0.966 0.006 0.009 0.009 54 Y 0.008 0.001 0.003 0.968 0.005 0.009 0.008 55 E 0.009 0.001 0.004 0.958 0.005 0.015 0.009 56 V 0.007 0.001 0.004 0.938 0.007 0.030 0.012 57 L 0.009 0.003 0.007 0.889 0.017 0.045 0.030 58 S 0.007 0.002 0.012 0.838 0.030 0.070 0.041 59 N 0.005 0.002 0.017 0.753 0.037 0.125 0.060 60 V 0.004 0.004 0.026 0.590 0.076 0.179 0.120 61 G 0.006 0.005 0.036 0.413 0.103 0.294 0.142 62 L 0.010 0.007 0.052 0.299 0.148 0.225 0.259 63 E 0.011 0.013 0.076 0.306 0.163 0.139 0.291 64 R 0.010 0.010 0.075 0.280 0.167 0.135 0.323 65 A 0.007 0.006 0.096 0.355 0.133 0.168 0.236 66 E 0.006 0.006 0.109 0.373 0.112 0.161 0.233 67 I 0.004 0.005 0.120 0.365 0.094 0.161 0.251 68 A 0.003 0.003 0.084 0.412 0.077 0.153 0.267 69 D 0.002 0.002 0.073 0.595 0.067 0.130 0.132 70 K 0.002 0.003 0.048 0.676 0.052 0.110 0.109 71 F 0.001 0.002 0.025 0.749 0.039 0.056 0.126 72 D 0.001 0.001 0.007 0.875 0.026 0.023 0.067 73 K 0.001 0.001 0.003 0.948 0.011 0.016 0.021 74 A 0.001 0.001 0.002 0.966 0.006 0.013 0.012 75 K 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.012 0.008 76 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.011 0.004 77 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.013 0.004 78 Y 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.012 0.006 79 I 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.009 0.008 80 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.009 0.004 81 L 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.014 0.004 82 F 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.012 0.007 83 R 0.001 0.001 0.001 0.966 0.006 0.016 0.009 84 E 0.001 0.001 0.004 0.941 0.008 0.034 0.010 85 R 0.002 0.001 0.009 0.890 0.014 0.066 0.019 86 A 0.002 0.001 0.016 0.787 0.025 0.132 0.037 87 R 0.004 0.004 0.039 0.565 0.062 0.236 0.090 88 R 0.008 0.006 0.102 0.356 0.107 0.240 0.180 89 E 0.007 0.003 0.126 0.245 0.117 0.375 0.127 90 D 0.011 0.007 0.114 0.156 0.163 0.360 0.188 91 I 0.025 0.010 0.059 0.086 0.228 0.081 0.511 92 T 0.051 0.032 0.065 0.056 0.149 0.088 0.559 93 L 0.067 0.049 0.042 0.083 0.125 0.046 0.588 94 L 0.025 0.005 0.019 0.033 0.059 0.028 0.832 95 E 0.008 0.004 0.112 0.238 0.111 0.434 0.093 96 G 0.011 0.017 0.066 0.340 0.129 0.266 0.170 97 V 0.001 0.001 0.022 0.921 0.023 0.010 0.021 98 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.003 0.003 0.005 99 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.007 0.002 100 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.001 102 D 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.014 0.002 103 A 0.001 0.001 0.003 0.957 0.003 0.033 0.004 104 L 0.001 0.002 0.006 0.934 0.007 0.032 0.019 105 S 0.001 0.001 0.019 0.875 0.011 0.078 0.015 106 S 0.001 0.001 0.028 0.708 0.014 0.233 0.016 107 R 0.001 0.003 0.075 0.473 0.057 0.307 0.083 108 S 0.001 0.003 0.040 0.127 0.075 0.699 0.055 109 D 0.003 0.002 0.013 0.007 0.076 0.780 0.119 110 V 0.032 0.002 0.001 0.001 0.113 0.008 0.844 111 L 0.241 0.002 0.001 0.001 0.274 0.004 0.479 112 L 0.960 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.024 113 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 114 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 115 L 0.926 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.064 116 T 0.271 0.003 0.001 0.002 0.187 0.030 0.506 117 G 0.021 0.002 0.006 0.008 0.682 0.104 0.177 118 N 0.011 0.013 0.020 0.031 0.532 0.104 0.290 119 F 0.011 0.015 0.089 0.365 0.151 0.101 0.267 120 E 0.003 0.001 0.071 0.808 0.031 0.038 0.046 121 A 0.002 0.001 0.036 0.903 0.009 0.037 0.012 122 S 0.002 0.001 0.015 0.948 0.004 0.023 0.008 123 G 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.006 0.005 124 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 0.002 125 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 126 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.001 128 K 0.001 0.001 0.007 0.967 0.001 0.023 0.002 129 L 0.001 0.001 0.016 0.844 0.006 0.131 0.003 130 P 0.001 0.001 0.021 0.269 0.029 0.666 0.014 131 G 0.002 0.007 0.010 0.027 0.069 0.720 0.164 132 I 0.008 0.023 0.081 0.038 0.081 0.053 0.715 133 D 0.025 0.014 0.405 0.049 0.068 0.066 0.374 134 H 0.037 0.006 0.503 0.063 0.076 0.165 0.150 135 Y 0.111 0.027 0.287 0.098 0.088 0.193 0.195 136 F 0.231 0.007 0.012 0.024 0.159 0.029 0.539 137 P 0.387 0.001 0.006 0.013 0.393 0.027 0.173 138 F 0.923 0.009 0.004 0.017 0.013 0.007 0.026 139 G 0.958 0.005 0.002 0.011 0.002 0.003 0.019 140 A 0.939 0.005 0.001 0.010 0.006 0.004 0.035 141 F 0.611 0.006 0.004 0.016 0.046 0.022 0.295 142 A 0.135 0.006 0.036 0.044 0.236 0.142 0.401 143 D 0.055 0.009 0.085 0.073 0.296 0.237 0.246 144 D 0.040 0.026 0.175 0.113 0.224 0.188 0.234 145 A 0.045 0.029 0.155 0.146 0.195 0.171 0.259 146 L 0.032 0.011 0.117 0.139 0.134 0.324 0.243 147 D 0.030 0.015 0.069 0.089 0.206 0.358 0.233 148 R 0.022 0.016 0.025 0.039 0.350 0.157 0.392 149 N 0.024 0.019 0.008 0.023 0.397 0.036 0.493 150 E 0.022 0.039 0.007 0.028 0.165 0.028 0.712 151 L 0.014 0.013 0.005 0.048 0.058 0.020 0.841 152 P 0.004 0.002 0.022 0.485 0.045 0.046 0.396 153 H 0.002 0.001 0.019 0.890 0.016 0.037 0.034 154 I 0.002 0.001 0.013 0.937 0.011 0.016 0.019 155 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.005 0.005 0.007 156 L 0.002 0.001 0.002 0.982 0.004 0.005 0.005 157 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.009 0.003 158 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.011 0.004 159 A 0.001 0.001 0.002 0.967 0.005 0.019 0.006 160 R 0.001 0.001 0.004 0.912 0.010 0.059 0.013 161 R 0.001 0.002 0.008 0.801 0.018 0.129 0.041 162 M 0.003 0.007 0.018 0.544 0.078 0.211 0.140 163 T 0.004 0.010 0.046 0.357 0.074 0.351 0.159 164 G 0.005 0.018 0.085 0.160 0.134 0.340 0.258 165 A 0.005 0.005 0.074 0.062 0.187 0.319 0.348 166 N 0.007 0.006 0.040 0.018 0.151 0.432 0.345 167 Y 0.017 0.033 0.006 0.007 0.282 0.030 0.624 168 S 0.017 0.015 0.002 0.002 0.058 0.007 0.897 169 P 0.014 0.006 0.386 0.102 0.096 0.296 0.101 170 S 0.017 0.006 0.455 0.057 0.070 0.328 0.068 171 Q 0.096 0.009 0.383 0.048 0.114 0.099 0.251 172 I 0.667 0.032 0.015 0.018 0.019 0.010 0.239 173 V 0.827 0.012 0.007 0.010 0.024 0.017 0.102 174 I 0.918 0.016 0.005 0.004 0.011 0.014 0.033 175 I 0.849 0.006 0.004 0.006 0.025 0.015 0.095 176 G 0.382 0.017 0.004 0.005 0.145 0.048 0.399 177 D 0.035 0.007 0.003 0.005 0.255 0.024 0.671 178 T 0.011 0.005 0.002 0.013 0.199 0.026 0.744 179 E 0.001 0.001 0.039 0.785 0.049 0.117 0.010 180 H 0.001 0.001 0.035 0.880 0.010 0.061 0.011 181 D 0.001 0.001 0.010 0.952 0.008 0.015 0.014 182 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.003 183 R 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.004 184 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 185 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 0.002 186 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.011 0.001 187 E 0.001 0.001 0.007 0.907 0.004 0.078 0.003 188 L 0.001 0.001 0.008 0.362 0.034 0.581 0.013 189 D 0.002 0.001 0.002 0.005 0.012 0.909 0.069 190 A 0.015 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.961 191 R 0.403 0.002 0.001 0.001 0.346 0.002 0.245 192 S 0.977 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 193 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 194 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 195 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 196 A 0.653 0.006 0.003 0.004 0.066 0.010 0.259 197 T 0.125 0.005 0.013 0.010 0.275 0.091 0.481 198 G 0.029 0.017 0.033 0.013 0.394 0.178 0.336 199 N 0.030 0.022 0.058 0.034 0.345 0.201 0.310 200 F 0.020 0.033 0.048 0.041 0.371 0.129 0.359 201 T 0.011 0.019 0.031 0.075 0.217 0.077 0.570 202 M 0.002 0.002 0.138 0.663 0.055 0.085 0.056 203 E 0.002 0.001 0.164 0.719 0.020 0.067 0.026 204 E 0.002 0.002 0.177 0.724 0.016 0.051 0.028 205 L 0.002 0.002 0.141 0.767 0.015 0.046 0.027 206 A 0.004 0.002 0.232 0.634 0.011 0.098 0.019 207 R 0.009 0.002 0.215 0.554 0.021 0.168 0.031 208 H 0.009 0.010 0.106 0.500 0.088 0.221 0.066 209 K 0.048 0.035 0.026 0.079 0.154 0.275 0.383 210 P 0.054 0.003 0.003 0.007 0.067 0.021 0.844 211 G 0.302 0.004 0.007 0.011 0.475 0.023 0.178 212 T 0.906 0.030 0.004 0.006 0.011 0.004 0.039 213 L 0.934 0.008 0.004 0.007 0.004 0.005 0.038 214 F 0.795 0.009 0.002 0.007 0.024 0.011 0.152 215 K 0.185 0.019 0.004 0.003 0.348 0.037 0.404 216 N 0.019 0.006 0.001 0.002 0.664 0.008 0.300 217 F 0.001 0.002 0.150 0.685 0.050 0.060 0.051 218 A 0.001 0.001 0.222 0.705 0.013 0.051 0.007 219 E 0.001 0.003 0.238 0.698 0.008 0.048 0.005 220 T 0.001 0.002 0.040 0.927 0.006 0.018 0.007 221 D 0.001 0.001 0.018 0.960 0.003 0.014 0.003 222 E 0.001 0.001 0.027 0.931 0.003 0.032 0.005 223 V 0.001 0.001 0.031 0.917 0.003 0.042 0.006 224 L 0.001 0.004 0.039 0.874 0.009 0.057 0.015 225 A 0.001 0.001 0.081 0.708 0.013 0.188 0.009 226 S 0.001 0.001 0.102 0.618 0.032 0.213 0.033 227 I 0.002 0.004 0.150 0.525 0.047 0.214 0.058 228 L 0.010 0.022 0.040 0.241 0.231 0.239 0.217 229 T 0.013 0.006 0.022 0.066 0.226 0.142 0.524 230 P 0.023 0.005 0.076 0.235 0.227 0.195 0.240 231 K 0.043 0.016 0.100 0.227 0.144 0.175 0.295 232 H 0.037 0.026 0.050 0.157 0.027 0.093 0.610 233 S 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.988