# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4532 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.001 0.002 0.042 0.949 2 S 0.058 0.005 0.001 0.002 0.051 0.882 3 R 0.168 0.003 0.001 0.001 0.094 0.733 4 T 0.578 0.001 0.001 0.001 0.074 0.346 5 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 6 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 8 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 9 D 0.773 0.004 0.001 0.001 0.087 0.134 10 I 0.204 0.006 0.016 0.005 0.561 0.207 11 D 0.054 0.006 0.038 0.009 0.755 0.139 12 G 0.042 0.003 0.069 0.020 0.795 0.070 13 T 0.210 0.020 0.077 0.070 0.465 0.157 14 L 0.484 0.041 0.061 0.123 0.165 0.125 15 L 0.513 0.041 0.042 0.168 0.108 0.128 16 K 0.354 0.014 0.023 0.189 0.198 0.222 17 V 0.092 0.005 0.051 0.505 0.173 0.174 18 E 0.035 0.004 0.068 0.724 0.093 0.075 19 S 0.016 0.003 0.111 0.734 0.096 0.039 20 M 0.011 0.003 0.096 0.752 0.094 0.045 21 N 0.011 0.003 0.027 0.827 0.065 0.067 22 R 0.003 0.001 0.012 0.936 0.024 0.025 23 R 0.001 0.001 0.010 0.958 0.018 0.012 24 V 0.001 0.001 0.010 0.970 0.013 0.006 25 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.004 26 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 27 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 28 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 29 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 30 I 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 31 E 0.001 0.001 0.007 0.970 0.014 0.009 32 V 0.001 0.002 0.011 0.889 0.039 0.058 33 Y 0.004 0.003 0.026 0.457 0.197 0.313 34 G 0.007 0.004 0.043 0.137 0.371 0.437 35 T 0.019 0.010 0.054 0.090 0.434 0.393 36 E 0.038 0.017 0.053 0.089 0.390 0.413 37 G 0.049 0.014 0.033 0.064 0.360 0.480 38 S 0.097 0.013 0.034 0.061 0.315 0.479 39 T 0.194 0.018 0.041 0.079 0.253 0.416 40 G 0.297 0.022 0.042 0.066 0.232 0.340 41 S 0.374 0.024 0.056 0.066 0.201 0.278 42 H 0.381 0.022 0.065 0.065 0.209 0.258 43 D 0.326 0.016 0.067 0.067 0.258 0.266 44 F 0.238 0.021 0.084 0.086 0.306 0.265 45 S 0.167 0.020 0.049 0.074 0.365 0.325 46 G 0.120 0.019 0.039 0.070 0.391 0.361 47 K 0.080 0.026 0.035 0.107 0.337 0.415 48 M 0.063 0.026 0.035 0.161 0.346 0.370 49 D 0.032 0.009 0.020 0.284 0.257 0.398 50 G 0.018 0.004 0.011 0.634 0.110 0.224 51 A 0.013 0.002 0.007 0.903 0.033 0.043 52 I 0.015 0.003 0.005 0.940 0.016 0.022 53 I 0.012 0.002 0.003 0.965 0.007 0.011 54 Y 0.005 0.001 0.003 0.980 0.005 0.006 55 E 0.003 0.001 0.004 0.983 0.006 0.004 56 V 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 57 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.003 58 S 0.001 0.001 0.007 0.978 0.009 0.005 59 N 0.001 0.001 0.009 0.938 0.025 0.026 60 V 0.001 0.001 0.013 0.802 0.049 0.134 61 G 0.004 0.002 0.010 0.111 0.128 0.746 62 L 0.011 0.005 0.043 0.173 0.204 0.564 63 E 0.025 0.013 0.043 0.241 0.186 0.493 64 R 0.008 0.002 0.101 0.752 0.069 0.068 65 A 0.008 0.001 0.071 0.805 0.064 0.052 66 E 0.009 0.001 0.051 0.849 0.057 0.034 67 I 0.010 0.002 0.022 0.884 0.034 0.047 68 A 0.009 0.002 0.017 0.871 0.042 0.058 69 D 0.004 0.001 0.019 0.901 0.037 0.039 70 K 0.005 0.001 0.017 0.919 0.029 0.029 71 F 0.007 0.001 0.014 0.910 0.033 0.036 72 D 0.004 0.001 0.015 0.913 0.030 0.038 73 K 0.003 0.001 0.011 0.935 0.024 0.026 74 A 0.002 0.001 0.006 0.941 0.018 0.032 75 K 0.002 0.001 0.004 0.956 0.013 0.024 76 E 0.002 0.001 0.006 0.960 0.013 0.018 77 T 0.003 0.001 0.006 0.956 0.016 0.018 78 Y 0.004 0.001 0.005 0.967 0.011 0.013 79 I 0.004 0.001 0.005 0.973 0.009 0.009 80 A 0.005 0.001 0.005 0.969 0.010 0.011 81 L 0.004 0.001 0.006 0.964 0.012 0.014 82 F 0.006 0.001 0.006 0.947 0.017 0.023 83 R 0.007 0.001 0.010 0.945 0.020 0.018 84 E 0.010 0.001 0.014 0.916 0.029 0.031 85 R 0.014 0.002 0.016 0.837 0.048 0.082 86 A 0.018 0.004 0.018 0.794 0.057 0.110 87 R 0.021 0.003 0.025 0.687 0.081 0.182 88 R 0.016 0.003 0.045 0.731 0.091 0.114 89 E 0.017 0.003 0.050 0.669 0.113 0.148 90 D 0.041 0.004 0.095 0.327 0.234 0.299 91 I 0.122 0.012 0.080 0.216 0.226 0.344 92 T 0.209 0.048 0.083 0.173 0.148 0.338 93 L 0.133 0.049 0.048 0.161 0.160 0.450 94 L 0.043 0.010 0.031 0.147 0.317 0.451 95 E 0.003 0.001 0.112 0.609 0.216 0.059 96 G 0.002 0.001 0.090 0.662 0.199 0.045 97 V 0.001 0.001 0.027 0.939 0.027 0.006 98 R 0.001 0.001 0.011 0.969 0.011 0.008 99 E 0.001 0.001 0.010 0.966 0.013 0.009 100 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.003 101 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.003 102 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 103 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 104 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.004 105 S 0.001 0.001 0.019 0.952 0.021 0.007 106 S 0.001 0.001 0.029 0.892 0.048 0.031 107 R 0.003 0.004 0.068 0.480 0.152 0.293 108 S 0.006 0.001 0.019 0.009 0.312 0.654 109 D 0.028 0.002 0.014 0.001 0.304 0.651 110 V 0.483 0.007 0.003 0.001 0.139 0.367 111 L 0.871 0.001 0.001 0.001 0.027 0.100 112 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 L 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 116 T 0.480 0.005 0.001 0.002 0.111 0.402 117 G 0.080 0.005 0.004 0.006 0.270 0.635 118 N 0.028 0.012 0.009 0.028 0.367 0.557 119 F 0.024 0.015 0.031 0.261 0.333 0.337 120 E 0.028 0.009 0.046 0.548 0.208 0.161 121 A 0.019 0.004 0.073 0.662 0.160 0.081 122 S 0.029 0.005 0.063 0.674 0.138 0.091 123 G 0.044 0.008 0.046 0.711 0.099 0.092 124 R 0.033 0.006 0.056 0.742 0.084 0.080 125 H 0.022 0.004 0.075 0.782 0.063 0.054 126 K 0.014 0.005 0.062 0.835 0.047 0.037 127 L 0.014 0.008 0.038 0.812 0.064 0.066 128 K 0.022 0.013 0.042 0.518 0.141 0.264 129 L 0.015 0.012 0.034 0.166 0.377 0.397 130 P 0.009 0.007 0.039 0.074 0.481 0.390 131 G 0.008 0.013 0.025 0.015 0.539 0.400 132 I 0.011 0.027 0.063 0.019 0.543 0.337 133 D 0.021 0.009 0.164 0.024 0.522 0.260 134 H 0.033 0.006 0.253 0.036 0.504 0.167 135 Y 0.097 0.033 0.178 0.035 0.405 0.251 136 F 0.174 0.019 0.038 0.015 0.472 0.282 137 P 0.200 0.006 0.032 0.014 0.362 0.386 138 F 0.604 0.013 0.025 0.017 0.164 0.177 139 G 0.826 0.015 0.009 0.019 0.061 0.069 140 A 0.830 0.021 0.007 0.030 0.028 0.084 141 F 0.603 0.019 0.009 0.058 0.077 0.233 142 A 0.200 0.011 0.049 0.157 0.201 0.383 143 D 0.070 0.007 0.156 0.261 0.282 0.225 144 D 0.030 0.014 0.224 0.359 0.264 0.109 145 A 0.019 0.014 0.192 0.420 0.250 0.105 146 L 0.014 0.013 0.138 0.407 0.297 0.130 147 D 0.008 0.012 0.095 0.270 0.391 0.224 148 R 0.009 0.011 0.070 0.175 0.462 0.273 149 N 0.007 0.011 0.051 0.139 0.464 0.328 150 E 0.005 0.015 0.046 0.215 0.348 0.372 151 L 0.004 0.005 0.018 0.317 0.202 0.454 152 P 0.002 0.001 0.012 0.838 0.059 0.089 153 H 0.001 0.001 0.009 0.942 0.025 0.021 154 I 0.001 0.001 0.008 0.973 0.011 0.006 155 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 156 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 157 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 158 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 159 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 160 R 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 161 R 0.001 0.001 0.007 0.970 0.012 0.011 162 M 0.001 0.002 0.019 0.882 0.061 0.035 163 T 0.001 0.002 0.053 0.606 0.217 0.122 164 G 0.001 0.001 0.125 0.175 0.542 0.156 165 A 0.002 0.003 0.178 0.068 0.520 0.229 166 N 0.003 0.003 0.014 0.003 0.317 0.661 167 Y 0.025 0.043 0.008 0.004 0.216 0.705 168 S 0.042 0.028 0.004 0.002 0.202 0.723 169 P 0.012 0.004 0.678 0.020 0.207 0.079 170 S 0.025 0.001 0.560 0.012 0.308 0.095 171 Q 0.168 0.002 0.560 0.011 0.212 0.048 172 I 0.810 0.012 0.009 0.010 0.066 0.093 173 V 0.943 0.009 0.001 0.004 0.010 0.033 174 I 0.952 0.004 0.001 0.003 0.019 0.020 175 I 0.869 0.006 0.001 0.003 0.038 0.083 176 G 0.359 0.014 0.004 0.004 0.234 0.385 177 D 0.109 0.023 0.003 0.005 0.251 0.610 178 T 0.021 0.008 0.004 0.020 0.190 0.757 179 E 0.001 0.001 0.097 0.821 0.064 0.016 180 H 0.001 0.001 0.071 0.879 0.043 0.006 181 D 0.001 0.001 0.045 0.931 0.018 0.005 182 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.004 183 R 0.001 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 184 C 0.001 0.001 0.009 0.977 0.008 0.004 185 A 0.002 0.001 0.010 0.974 0.011 0.003 186 R 0.001 0.001 0.020 0.966 0.010 0.003 187 E 0.002 0.001 0.025 0.943 0.019 0.010 188 L 0.004 0.001 0.020 0.753 0.050 0.174 189 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.964 190 A 0.049 0.002 0.001 0.001 0.056 0.892 191 R 0.631 0.002 0.001 0.001 0.050 0.315 192 S 0.968 0.002 0.001 0.001 0.006 0.024 193 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 194 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 195 V 0.932 0.002 0.001 0.003 0.014 0.050 196 A 0.593 0.006 0.002 0.004 0.110 0.286 197 T 0.186 0.008 0.010 0.008 0.323 0.465 198 G 0.054 0.010 0.017 0.009 0.431 0.479 199 N 0.070 0.020 0.034 0.035 0.406 0.435 200 F 0.053 0.026 0.020 0.044 0.356 0.502 201 T 0.041 0.042 0.009 0.120 0.191 0.596 202 M 0.002 0.001 0.029 0.913 0.027 0.028 203 E 0.002 0.001 0.035 0.939 0.015 0.007 204 E 0.002 0.001 0.048 0.920 0.023 0.006 205 L 0.001 0.003 0.036 0.935 0.017 0.009 206 A 0.002 0.002 0.028 0.928 0.026 0.014 207 R 0.002 0.002 0.023 0.861 0.057 0.056 208 H 0.003 0.005 0.017 0.591 0.084 0.299 209 K 0.005 0.003 0.003 0.007 0.241 0.741 210 P 0.014 0.001 0.015 0.007 0.506 0.457 211 G 0.071 0.006 0.032 0.012 0.482 0.397 212 T 0.744 0.023 0.019 0.011 0.112 0.092 213 L 0.915 0.013 0.004 0.006 0.019 0.043 214 F 0.868 0.012 0.008 0.009 0.035 0.068 215 K 0.477 0.012 0.011 0.016 0.159 0.326 216 N 0.082 0.008 0.025 0.023 0.277 0.586 217 F 0.005 0.002 0.292 0.380 0.224 0.097 218 A 0.001 0.001 0.277 0.609 0.091 0.021 219 E 0.001 0.001 0.165 0.776 0.049 0.008 220 T 0.001 0.001 0.030 0.950 0.012 0.007 221 D 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.003 222 E 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.001 223 V 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.002 224 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 225 A 0.001 0.001 0.012 0.976 0.009 0.003 226 S 0.001 0.001 0.016 0.941 0.023 0.019 227 I 0.001 0.002 0.026 0.779 0.059 0.132 228 L 0.002 0.007 0.027 0.608 0.101 0.254 229 T 0.003 0.002 0.025 0.095 0.306 0.569 230 P 0.003 0.002 0.091 0.104 0.280 0.519 231 K 0.009 0.006 0.106 0.079 0.246 0.553 232 H 0.009 0.014 0.030 0.058 0.128 0.762 233 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.988