# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4532 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.040 0.049 0.061 0.147 0.039 0.647 2 S 0.024 0.004 0.053 0.032 0.055 0.161 0.083 0.588 3 R 0.003 0.002 0.106 0.050 0.080 0.208 0.078 0.475 4 T 0.001 0.001 0.612 0.066 0.133 0.027 0.099 0.061 5 L 0.001 0.001 0.549 0.084 0.107 0.020 0.105 0.133 6 V 0.001 0.001 0.870 0.055 0.037 0.006 0.012 0.020 7 L 0.002 0.001 0.687 0.071 0.110 0.023 0.038 0.068 8 F 0.004 0.001 0.688 0.041 0.065 0.068 0.040 0.093 9 D 0.145 0.005 0.220 0.021 0.030 0.196 0.126 0.258 10 I 0.115 0.011 0.060 0.010 0.014 0.244 0.113 0.433 11 D 0.017 0.008 0.047 0.006 0.029 0.224 0.039 0.631 12 G 0.033 0.013 0.142 0.036 0.119 0.137 0.115 0.404 13 T 0.023 0.026 0.178 0.168 0.185 0.079 0.087 0.253 14 L 0.016 0.032 0.146 0.073 0.124 0.078 0.041 0.491 15 L 0.011 0.016 0.187 0.209 0.197 0.073 0.075 0.233 16 K 0.074 0.076 0.065 0.048 0.062 0.118 0.151 0.406 17 V 0.172 0.228 0.026 0.017 0.019 0.056 0.269 0.214 18 E 0.079 0.388 0.014 0.012 0.017 0.063 0.074 0.353 19 S 0.058 0.465 0.012 0.008 0.012 0.055 0.075 0.314 20 M 0.020 0.766 0.004 0.007 0.006 0.025 0.043 0.129 21 N 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.021 22 R 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.012 23 R 0.005 0.900 0.004 0.002 0.001 0.004 0.069 0.015 24 V 0.008 0.917 0.003 0.001 0.001 0.003 0.058 0.009 25 L 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 26 A 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.009 27 D 0.005 0.938 0.006 0.001 0.001 0.003 0.026 0.019 28 A 0.033 0.908 0.008 0.001 0.001 0.005 0.024 0.020 29 L 0.223 0.303 0.111 0.003 0.002 0.021 0.265 0.071 30 I 0.289 0.223 0.020 0.003 0.003 0.038 0.069 0.357 31 E 0.111 0.016 0.023 0.001 0.002 0.052 0.077 0.718 32 V 0.022 0.014 0.027 0.007 0.006 0.168 0.086 0.669 33 Y 0.056 0.010 0.016 0.004 0.009 0.099 0.026 0.780 34 G 0.054 0.004 0.008 0.004 0.005 0.111 0.019 0.796 35 T 0.039 0.011 0.024 0.011 0.012 0.137 0.117 0.650 36 E 0.057 0.021 0.014 0.006 0.011 0.159 0.045 0.688 37 G 0.064 0.023 0.026 0.012 0.015 0.135 0.064 0.661 38 S 0.103 0.087 0.022 0.016 0.019 0.106 0.103 0.544 39 T 0.076 0.155 0.030 0.015 0.034 0.116 0.068 0.505 40 G 0.067 0.116 0.045 0.051 0.085 0.122 0.059 0.455 41 S 0.054 0.062 0.045 0.053 0.096 0.094 0.185 0.411 42 H 0.046 0.061 0.046 0.072 0.116 0.115 0.162 0.383 43 D 0.113 0.065 0.038 0.072 0.127 0.104 0.074 0.408 44 F 0.065 0.037 0.027 0.052 0.078 0.100 0.045 0.595 45 S 0.037 0.038 0.035 0.043 0.086 0.128 0.047 0.586 46 G 0.044 0.046 0.035 0.048 0.079 0.113 0.085 0.550 47 K 0.115 0.067 0.023 0.035 0.037 0.112 0.046 0.565 48 M 0.169 0.128 0.020 0.024 0.025 0.085 0.085 0.464 49 D 0.048 0.390 0.009 0.009 0.018 0.063 0.038 0.425 50 G 0.025 0.611 0.011 0.007 0.013 0.035 0.043 0.255 51 A 0.010 0.787 0.011 0.023 0.014 0.024 0.030 0.101 52 I 0.008 0.934 0.004 0.005 0.006 0.006 0.014 0.024 53 I 0.015 0.954 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.008 54 Y 0.016 0.404 0.010 0.005 0.006 0.007 0.526 0.025 55 E 0.006 0.310 0.012 0.008 0.007 0.011 0.607 0.041 56 V 0.068 0.710 0.016 0.005 0.008 0.022 0.104 0.067 57 L 0.172 0.308 0.057 0.021 0.020 0.047 0.194 0.181 58 S 0.157 0.163 0.010 0.006 0.010 0.057 0.041 0.556 59 N 0.085 0.073 0.012 0.004 0.005 0.074 0.054 0.693 60 V 0.035 0.119 0.023 0.010 0.009 0.177 0.038 0.591 61 G 0.130 0.152 0.027 0.006 0.009 0.101 0.056 0.520 62 L 0.078 0.169 0.025 0.007 0.005 0.093 0.043 0.580 63 E 0.098 0.491 0.032 0.004 0.005 0.041 0.077 0.253 64 R 0.114 0.582 0.013 0.002 0.003 0.033 0.048 0.205 65 A 0.054 0.570 0.019 0.004 0.004 0.042 0.053 0.254 66 E 0.043 0.651 0.014 0.002 0.003 0.030 0.052 0.205 67 I 0.058 0.813 0.004 0.001 0.001 0.013 0.049 0.060 68 A 0.065 0.738 0.008 0.002 0.002 0.016 0.084 0.085 69 D 0.018 0.806 0.006 0.002 0.001 0.017 0.042 0.108 70 K 0.016 0.910 0.003 0.001 0.001 0.008 0.015 0.047 71 F 0.031 0.890 0.005 0.001 0.001 0.007 0.033 0.032 72 D 0.067 0.803 0.004 0.001 0.001 0.010 0.054 0.061 73 K 0.013 0.079 0.004 0.001 0.001 0.012 0.834 0.057 74 A 0.008 0.748 0.002 0.001 0.001 0.012 0.183 0.045 75 K 0.012 0.915 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.043 76 E 0.005 0.918 0.004 0.001 0.001 0.008 0.017 0.045 77 T 0.012 0.916 0.004 0.001 0.001 0.008 0.036 0.022 78 Y 0.025 0.904 0.005 0.001 0.001 0.005 0.043 0.017 79 I 0.018 0.896 0.007 0.001 0.001 0.007 0.045 0.025 80 A 0.015 0.873 0.009 0.001 0.001 0.010 0.038 0.055 81 L 0.016 0.820 0.019 0.002 0.002 0.014 0.067 0.060 82 F 0.039 0.841 0.015 0.002 0.002 0.009 0.049 0.044 83 R 0.061 0.704 0.011 0.003 0.003 0.019 0.069 0.131 84 E 0.048 0.548 0.027 0.006 0.005 0.034 0.076 0.256 85 R 0.117 0.317 0.032 0.009 0.008 0.074 0.105 0.339 86 A 0.082 0.118 0.054 0.012 0.009 0.103 0.112 0.509 87 R 0.227 0.101 0.016 0.004 0.007 0.065 0.075 0.504 88 R 0.155 0.044 0.011 0.005 0.006 0.078 0.146 0.555 89 E 0.034 0.038 0.013 0.008 0.010 0.114 0.039 0.743 90 D 0.035 0.045 0.018 0.012 0.029 0.081 0.065 0.715 91 I 0.108 0.076 0.018 0.013 0.013 0.125 0.037 0.611 92 T 0.021 0.049 0.073 0.036 0.029 0.133 0.104 0.556 93 L 0.049 0.171 0.008 0.003 0.003 0.064 0.032 0.669 94 L 0.295 0.532 0.005 0.001 0.001 0.013 0.111 0.042 95 E 0.020 0.608 0.007 0.003 0.002 0.037 0.063 0.261 96 G 0.010 0.928 0.002 0.001 0.001 0.004 0.024 0.032 97 V 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 98 R 0.005 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 99 E 0.004 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 100 L 0.027 0.949 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 101 L 0.062 0.335 0.024 0.001 0.001 0.004 0.556 0.018 102 D 0.012 0.126 0.013 0.001 0.001 0.009 0.728 0.111 103 A 0.091 0.313 0.027 0.001 0.001 0.037 0.199 0.331 104 L 0.227 0.039 0.056 0.008 0.004 0.069 0.283 0.313 105 S 0.278 0.005 0.004 0.002 0.002 0.038 0.055 0.614 106 S 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.896 107 R 0.020 0.001 0.021 0.002 0.004 0.223 0.014 0.715 108 S 0.046 0.002 0.062 0.009 0.021 0.175 0.045 0.640 109 D 0.008 0.001 0.123 0.008 0.015 0.142 0.032 0.672 110 V 0.001 0.001 0.723 0.014 0.025 0.058 0.025 0.155 111 L 0.001 0.001 0.782 0.052 0.047 0.020 0.045 0.055 112 L 0.001 0.001 0.793 0.046 0.045 0.010 0.049 0.056 113 G 0.001 0.001 0.894 0.027 0.046 0.003 0.023 0.008 114 L 0.002 0.001 0.685 0.103 0.133 0.011 0.026 0.039 115 L 0.012 0.002 0.634 0.111 0.110 0.032 0.027 0.072 116 T 0.029 0.016 0.189 0.048 0.116 0.141 0.061 0.399 117 G 0.043 0.028 0.059 0.013 0.038 0.225 0.038 0.555 118 N 0.051 0.036 0.029 0.011 0.014 0.151 0.147 0.560 119 F 0.103 0.264 0.013 0.010 0.009 0.074 0.321 0.206 120 E 0.106 0.558 0.008 0.005 0.007 0.047 0.064 0.206 121 A 0.043 0.456 0.008 0.015 0.021 0.056 0.057 0.343 122 S 0.026 0.727 0.007 0.007 0.014 0.027 0.048 0.145 123 G 0.048 0.804 0.004 0.006 0.011 0.019 0.045 0.063 124 R 0.054 0.580 0.028 0.031 0.027 0.031 0.136 0.112 125 H 0.054 0.694 0.015 0.017 0.027 0.022 0.046 0.125 126 K 0.307 0.281 0.043 0.017 0.026 0.051 0.065 0.210 127 L 0.047 0.036 0.132 0.068 0.042 0.088 0.139 0.447 128 K 0.179 0.028 0.012 0.006 0.009 0.056 0.028 0.682 129 L 0.404 0.011 0.013 0.004 0.004 0.063 0.055 0.447 130 P 0.012 0.005 0.012 0.006 0.007 0.146 0.017 0.796 131 G 0.026 0.009 0.010 0.002 0.005 0.060 0.026 0.861 132 I 0.180 0.034 0.016 0.013 0.008 0.102 0.053 0.594 133 D 0.242 0.025 0.044 0.011 0.012 0.088 0.101 0.477 134 H 0.027 0.016 0.054 0.009 0.020 0.162 0.074 0.639 135 Y 0.013 0.007 0.115 0.009 0.020 0.144 0.051 0.642 136 F 0.079 0.016 0.128 0.042 0.034 0.173 0.111 0.418 137 P 0.012 0.014 0.179 0.021 0.049 0.116 0.093 0.516 138 F 0.008 0.014 0.515 0.029 0.103 0.071 0.069 0.192 139 G 0.008 0.013 0.460 0.087 0.114 0.056 0.067 0.196 140 A 0.009 0.015 0.542 0.101 0.086 0.048 0.040 0.158 141 F 0.061 0.083 0.324 0.053 0.090 0.079 0.099 0.210 142 A 0.151 0.126 0.114 0.034 0.044 0.117 0.091 0.323 143 D 0.091 0.063 0.056 0.019 0.027 0.109 0.069 0.565 144 D 0.113 0.062 0.035 0.023 0.033 0.106 0.127 0.502 145 A 0.130 0.025 0.022 0.029 0.047 0.103 0.118 0.525 146 L 0.116 0.010 0.012 0.027 0.035 0.100 0.058 0.643 147 D 0.044 0.006 0.006 0.017 0.029 0.091 0.027 0.778 148 R 0.023 0.004 0.005 0.007 0.014 0.108 0.018 0.822 149 N 0.020 0.016 0.010 0.016 0.019 0.166 0.025 0.728 150 E 0.044 0.102 0.006 0.005 0.006 0.088 0.026 0.722 151 L 0.073 0.815 0.002 0.002 0.001 0.014 0.025 0.068 152 P 0.014 0.920 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 0.038 153 H 0.007 0.942 0.003 0.001 0.001 0.004 0.025 0.017 154 I 0.006 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.007 155 A 0.005 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 156 L 0.002 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 157 E 0.005 0.971 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 158 R 0.155 0.793 0.006 0.001 0.001 0.005 0.023 0.017 159 A 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.976 0.006 160 R 0.014 0.116 0.005 0.001 0.001 0.029 0.525 0.309 161 R 0.115 0.149 0.009 0.001 0.001 0.065 0.023 0.637 162 M 0.039 0.022 0.041 0.016 0.007 0.139 0.131 0.605 163 T 0.422 0.016 0.006 0.001 0.003 0.052 0.029 0.470 164 G 0.378 0.004 0.004 0.001 0.001 0.061 0.028 0.522 165 A 0.012 0.002 0.021 0.005 0.005 0.198 0.016 0.741 166 N 0.007 0.001 0.011 0.002 0.005 0.100 0.012 0.862 167 Y 0.009 0.001 0.029 0.004 0.002 0.148 0.017 0.790 168 S 0.411 0.031 0.091 0.006 0.004 0.079 0.083 0.296 169 P 0.178 0.026 0.021 0.004 0.006 0.155 0.053 0.558 170 S 0.007 0.009 0.081 0.006 0.023 0.143 0.048 0.682 171 Q 0.007 0.008 0.394 0.054 0.143 0.081 0.140 0.172 172 I 0.005 0.005 0.296 0.072 0.143 0.075 0.136 0.269 173 V 0.004 0.002 0.639 0.100 0.130 0.027 0.030 0.067 174 I 0.014 0.003 0.412 0.107 0.183 0.058 0.069 0.154 175 I 0.033 0.009 0.278 0.072 0.104 0.133 0.086 0.285 176 G 0.042 0.013 0.073 0.024 0.052 0.193 0.054 0.549 177 D 0.055 0.032 0.038 0.012 0.017 0.155 0.090 0.601 178 T 0.205 0.263 0.018 0.009 0.012 0.082 0.075 0.337 179 E 0.122 0.357 0.015 0.007 0.011 0.077 0.068 0.343 180 H 0.024 0.454 0.011 0.014 0.022 0.061 0.059 0.355 181 D 0.019 0.863 0.005 0.003 0.006 0.015 0.032 0.057 182 I 0.012 0.917 0.004 0.004 0.003 0.008 0.025 0.027 183 R 0.016 0.864 0.035 0.011 0.010 0.007 0.030 0.027 184 C 0.089 0.793 0.016 0.005 0.006 0.009 0.051 0.031 185 A 0.195 0.132 0.162 0.011 0.008 0.020 0.397 0.074 186 R 0.354 0.146 0.014 0.015 0.010 0.034 0.077 0.350 187 E 0.057 0.015 0.008 0.001 0.003 0.044 0.028 0.843 188 L 0.011 0.007 0.037 0.009 0.011 0.204 0.061 0.660 189 D 0.085 0.017 0.028 0.009 0.017 0.132 0.131 0.580 190 A 0.025 0.008 0.017 0.006 0.007 0.128 0.047 0.763 191 R 0.008 0.010 0.403 0.035 0.096 0.130 0.093 0.226 192 S 0.013 0.007 0.293 0.036 0.090 0.057 0.157 0.346 193 I 0.002 0.001 0.714 0.081 0.052 0.024 0.044 0.080 194 A 0.003 0.002 0.678 0.041 0.076 0.031 0.053 0.116 195 V 0.024 0.004 0.350 0.124 0.115 0.083 0.095 0.205 196 A 0.078 0.005 0.145 0.032 0.053 0.131 0.062 0.494 197 T 0.069 0.006 0.033 0.017 0.031 0.131 0.085 0.627 198 G 0.035 0.017 0.028 0.013 0.026 0.152 0.050 0.679 199 N 0.046 0.045 0.018 0.015 0.024 0.131 0.032 0.689 200 F 0.036 0.129 0.017 0.028 0.021 0.103 0.029 0.636 201 T 0.055 0.705 0.006 0.006 0.008 0.027 0.024 0.169 202 M 0.079 0.830 0.005 0.003 0.003 0.010 0.020 0.050 203 E 0.061 0.729 0.019 0.012 0.008 0.017 0.055 0.100 204 E 0.127 0.462 0.030 0.011 0.013 0.031 0.154 0.170 205 L 0.360 0.188 0.037 0.013 0.014 0.050 0.132 0.207 206 A 0.278 0.077 0.013 0.013 0.016 0.061 0.077 0.464 207 R 0.012 0.010 0.007 0.003 0.006 0.055 0.030 0.877 208 H 0.047 0.009 0.011 0.005 0.008 0.124 0.042 0.754 209 K 0.356 0.031 0.010 0.008 0.006 0.096 0.070 0.424 210 P 0.026 0.028 0.015 0.005 0.012 0.148 0.033 0.732 211 G 0.018 0.023 0.097 0.015 0.068 0.103 0.055 0.621 212 T 0.011 0.024 0.269 0.158 0.106 0.061 0.107 0.263 213 L 0.021 0.093 0.324 0.055 0.048 0.059 0.063 0.336 214 F 0.088 0.112 0.325 0.052 0.047 0.053 0.063 0.260 215 K 0.047 0.058 0.130 0.019 0.015 0.091 0.076 0.564 216 N 0.057 0.093 0.020 0.002 0.003 0.025 0.653 0.147 217 F 0.136 0.387 0.011 0.002 0.002 0.034 0.286 0.142 218 A 0.047 0.470 0.009 0.003 0.003 0.051 0.077 0.339 219 E 0.011 0.736 0.003 0.001 0.001 0.019 0.023 0.205 220 T 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.012 221 D 0.031 0.923 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.013 222 E 0.028 0.561 0.026 0.002 0.002 0.017 0.301 0.062 223 V 0.056 0.534 0.052 0.002 0.002 0.025 0.267 0.061 224 L 0.339 0.368 0.060 0.002 0.002 0.029 0.093 0.105 225 A 0.133 0.083 0.055 0.004 0.005 0.051 0.113 0.557 226 S 0.036 0.033 0.013 0.002 0.003 0.074 0.050 0.789 227 I 0.040 0.029 0.034 0.010 0.010 0.164 0.048 0.666 228 L 0.060 0.011 0.020 0.009 0.011 0.127 0.028 0.734 229 T 0.141 0.011 0.017 0.008 0.011 0.108 0.064 0.639 230 P 0.076 0.007 0.017 0.007 0.010 0.121 0.047 0.715 231 K 0.102 0.007 0.018 0.009 0.014 0.110 0.042 0.699 232 H 0.037 0.004 0.010 0.006 0.010 0.101 0.020 0.811 233 S 0.042 0.009 0.020 0.013 0.026 0.114 0.033 0.743