# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4532 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.645 0.213 0.084 0.041 0.014 0.003 0.001 2 S 0.470 0.336 0.135 0.048 0.010 0.001 0.001 3 R 0.069 0.229 0.313 0.274 0.099 0.016 0.001 4 T 0.040 0.170 0.257 0.310 0.178 0.041 0.004 5 L 0.001 0.002 0.010 0.052 0.228 0.564 0.144 6 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.040 0.404 0.546 7 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.190 0.779 8 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.149 0.834 9 D 0.001 0.001 0.003 0.013 0.064 0.262 0.657 10 I 0.001 0.001 0.004 0.018 0.079 0.377 0.521 11 D 0.001 0.012 0.035 0.094 0.205 0.377 0.276 12 G 0.004 0.020 0.053 0.120 0.210 0.372 0.220 13 T 0.004 0.012 0.030 0.074 0.176 0.407 0.298 14 L 0.007 0.012 0.023 0.062 0.165 0.416 0.315 15 L 0.015 0.030 0.052 0.108 0.222 0.378 0.195 16 K 0.068 0.143 0.193 0.238 0.202 0.120 0.036 17 V 0.078 0.139 0.161 0.222 0.215 0.143 0.042 18 E 0.244 0.262 0.192 0.153 0.087 0.047 0.014 19 S 0.261 0.258 0.179 0.144 0.091 0.054 0.014 20 M 0.133 0.150 0.174 0.204 0.188 0.127 0.025 21 N 0.069 0.095 0.123 0.172 0.219 0.245 0.077 22 R 0.047 0.104 0.153 0.218 0.226 0.192 0.061 23 R 0.064 0.162 0.233 0.236 0.181 0.098 0.027 24 V 0.012 0.017 0.030 0.093 0.254 0.438 0.157 25 L 0.007 0.013 0.014 0.027 0.095 0.427 0.418 26 A 0.013 0.040 0.148 0.326 0.290 0.157 0.026 27 D 0.011 0.091 0.268 0.335 0.205 0.083 0.009 28 A 0.002 0.006 0.014 0.066 0.273 0.505 0.133 29 L 0.001 0.003 0.010 0.062 0.269 0.540 0.116 30 I 0.023 0.195 0.341 0.284 0.119 0.033 0.005 31 E 0.026 0.162 0.309 0.324 0.141 0.034 0.005 32 V 0.005 0.020 0.058 0.196 0.363 0.311 0.047 33 Y 0.089 0.237 0.288 0.222 0.112 0.045 0.007 34 G 0.199 0.261 0.215 0.183 0.104 0.034 0.005 35 T 0.276 0.300 0.200 0.130 0.063 0.026 0.006 36 E 0.331 0.248 0.175 0.129 0.073 0.036 0.008 37 G 0.284 0.230 0.183 0.144 0.096 0.052 0.011 38 S 0.357 0.236 0.159 0.122 0.078 0.037 0.011 39 T 0.289 0.218 0.170 0.137 0.098 0.066 0.022 40 G 0.205 0.196 0.188 0.174 0.129 0.083 0.025 41 S 0.231 0.197 0.165 0.160 0.126 0.089 0.032 42 H 0.175 0.166 0.169 0.190 0.156 0.111 0.032 43 D 0.238 0.215 0.176 0.153 0.109 0.080 0.030 44 F 0.201 0.164 0.153 0.180 0.155 0.114 0.033 45 S 0.212 0.198 0.167 0.165 0.132 0.097 0.029 46 G 0.256 0.216 0.170 0.158 0.111 0.070 0.019 47 K 0.304 0.237 0.170 0.144 0.087 0.048 0.011 48 M 0.242 0.213 0.185 0.168 0.113 0.063 0.017 49 D 0.218 0.224 0.185 0.160 0.114 0.080 0.020 50 G 0.090 0.169 0.204 0.219 0.170 0.118 0.030 51 A 0.155 0.216 0.189 0.176 0.139 0.095 0.029 52 I 0.029 0.094 0.167 0.257 0.246 0.171 0.036 53 I 0.008 0.019 0.037 0.102 0.250 0.446 0.137 54 Y 0.029 0.112 0.231 0.311 0.214 0.092 0.011 55 E 0.070 0.326 0.307 0.179 0.078 0.035 0.006 56 V 0.010 0.037 0.103 0.259 0.342 0.222 0.026 57 L 0.006 0.016 0.043 0.159 0.384 0.357 0.035 58 S 0.114 0.293 0.284 0.199 0.084 0.023 0.003 59 N 0.215 0.360 0.237 0.124 0.046 0.016 0.002 60 V 0.051 0.115 0.224 0.297 0.218 0.088 0.007 61 G 0.225 0.264 0.226 0.162 0.085 0.034 0.004 62 L 0.248 0.187 0.188 0.194 0.131 0.047 0.004 63 E 0.550 0.267 0.111 0.048 0.018 0.005 0.001 64 R 0.382 0.286 0.173 0.103 0.042 0.012 0.001 65 A 0.486 0.242 0.133 0.083 0.039 0.014 0.002 66 E 0.434 0.289 0.150 0.084 0.033 0.009 0.001 67 I 0.157 0.186 0.244 0.248 0.128 0.036 0.002 68 A 0.273 0.297 0.223 0.139 0.054 0.013 0.001 69 D 0.478 0.298 0.138 0.061 0.020 0.004 0.001 70 K 0.194 0.292 0.257 0.171 0.069 0.016 0.001 71 F 0.042 0.081 0.176 0.336 0.281 0.081 0.003 72 D 0.434 0.372 0.135 0.046 0.011 0.002 0.001 73 K 0.348 0.365 0.179 0.081 0.022 0.005 0.001 74 A 0.067 0.111 0.188 0.314 0.238 0.079 0.003 75 K 0.106 0.218 0.275 0.248 0.118 0.033 0.003 76 E 0.340 0.368 0.185 0.077 0.023 0.006 0.001 77 T 0.057 0.162 0.257 0.283 0.178 0.061 0.003 78 Y 0.022 0.036 0.072 0.194 0.355 0.296 0.025 79 I 0.045 0.157 0.254 0.279 0.181 0.076 0.008 80 A 0.237 0.368 0.210 0.115 0.047 0.019 0.003 81 L 0.036 0.091 0.187 0.299 0.256 0.121 0.010 82 F 0.040 0.074 0.143 0.257 0.301 0.171 0.014 83 R 0.190 0.270 0.249 0.182 0.083 0.024 0.003 84 E 0.435 0.337 0.141 0.061 0.020 0.005 0.001 85 R 0.152 0.258 0.259 0.205 0.094 0.029 0.002 86 A 0.067 0.101 0.176 0.277 0.255 0.116 0.008 87 R 0.365 0.329 0.171 0.093 0.033 0.008 0.001 88 R 0.332 0.302 0.197 0.118 0.041 0.009 0.001 89 E 0.491 0.277 0.131 0.068 0.025 0.006 0.001 90 D 0.220 0.336 0.226 0.147 0.057 0.013 0.001 91 I 0.030 0.087 0.197 0.339 0.256 0.088 0.004 92 T 0.095 0.343 0.308 0.181 0.061 0.011 0.001 93 L 0.007 0.034 0.102 0.272 0.375 0.203 0.007 94 L 0.006 0.050 0.173 0.351 0.311 0.105 0.003 95 E 0.153 0.487 0.250 0.079 0.024 0.006 0.001 96 G 0.012 0.116 0.308 0.363 0.161 0.037 0.002 97 V 0.001 0.002 0.006 0.057 0.349 0.539 0.046 98 R 0.006 0.090 0.349 0.408 0.127 0.019 0.001 99 E 0.036 0.344 0.378 0.183 0.048 0.011 0.001 100 L 0.001 0.006 0.022 0.110 0.378 0.451 0.032 101 L 0.001 0.004 0.023 0.131 0.423 0.399 0.019 102 D 0.063 0.410 0.366 0.132 0.026 0.003 0.001 103 A 0.025 0.170 0.376 0.335 0.085 0.009 0.001 104 L 0.006 0.016 0.041 0.208 0.448 0.270 0.011 105 S 0.086 0.360 0.347 0.165 0.036 0.005 0.001 106 S 0.592 0.306 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 107 R 0.183 0.363 0.272 0.142 0.036 0.005 0.001 108 S 0.236 0.424 0.238 0.085 0.015 0.002 0.001 109 D 0.091 0.387 0.308 0.158 0.049 0.007 0.001 110 V 0.001 0.010 0.055 0.244 0.456 0.222 0.012 111 L 0.001 0.004 0.031 0.145 0.368 0.391 0.060 112 L 0.001 0.001 0.001 0.009 0.066 0.485 0.439 113 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.216 0.764 114 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.147 0.842 115 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.196 0.782 116 T 0.001 0.001 0.003 0.013 0.077 0.423 0.484 117 G 0.001 0.008 0.033 0.130 0.325 0.395 0.108 118 N 0.014 0.122 0.234 0.281 0.212 0.110 0.026 119 F 0.038 0.104 0.170 0.255 0.251 0.152 0.029 120 E 0.127 0.234 0.222 0.198 0.128 0.076 0.015 121 A 0.252 0.266 0.199 0.145 0.089 0.041 0.009 122 S 0.111 0.221 0.240 0.202 0.140 0.076 0.010 123 G 0.030 0.049 0.100 0.222 0.320 0.245 0.033 124 R 0.078 0.211 0.264 0.239 0.138 0.062 0.009 125 H 0.124 0.293 0.257 0.190 0.096 0.034 0.004 126 K 0.046 0.124 0.205 0.289 0.230 0.100 0.006 127 L 0.018 0.028 0.070 0.214 0.387 0.260 0.023 128 K 0.249 0.413 0.226 0.086 0.021 0.005 0.001 129 L 0.150 0.289 0.267 0.187 0.080 0.025 0.002 130 P 0.155 0.194 0.188 0.210 0.167 0.079 0.007 131 G 0.141 0.254 0.247 0.201 0.110 0.042 0.004 132 I 0.035 0.049 0.109 0.276 0.338 0.180 0.014 133 D 0.174 0.327 0.244 0.154 0.073 0.025 0.004 134 H 0.141 0.239 0.252 0.200 0.107 0.051 0.009 135 Y 0.036 0.064 0.112 0.222 0.303 0.234 0.028 136 F 0.025 0.047 0.087 0.188 0.292 0.291 0.070 137 P 0.111 0.216 0.213 0.186 0.130 0.106 0.038 138 F 0.038 0.073 0.125 0.208 0.243 0.233 0.081 139 G 0.023 0.036 0.060 0.122 0.217 0.359 0.184 140 A 0.025 0.034 0.053 0.097 0.181 0.364 0.245 141 F 0.033 0.050 0.078 0.134 0.194 0.302 0.208 142 A 0.041 0.053 0.066 0.127 0.216 0.306 0.190 143 D 0.088 0.150 0.174 0.199 0.177 0.149 0.063 144 D 0.122 0.178 0.194 0.211 0.163 0.103 0.029 145 A 0.109 0.149 0.163 0.205 0.189 0.145 0.040 146 L 0.195 0.191 0.176 0.179 0.141 0.094 0.024 147 D 0.298 0.253 0.178 0.136 0.081 0.043 0.010 148 R 0.275 0.247 0.165 0.144 0.098 0.057 0.013 149 N 0.127 0.163 0.168 0.184 0.168 0.144 0.046 150 E 0.111 0.178 0.193 0.201 0.160 0.113 0.044 151 L 0.052 0.106 0.157 0.221 0.220 0.187 0.057 152 P 0.035 0.080 0.141 0.235 0.255 0.201 0.053 153 H 0.128 0.232 0.242 0.187 0.123 0.070 0.018 154 I 0.031 0.046 0.074 0.161 0.276 0.321 0.092 155 A 0.005 0.008 0.011 0.034 0.141 0.491 0.309 156 L 0.012 0.052 0.184 0.349 0.271 0.116 0.015 157 E 0.022 0.125 0.258 0.319 0.191 0.078 0.007 158 R 0.003 0.007 0.017 0.068 0.272 0.536 0.096 159 A 0.004 0.010 0.042 0.182 0.403 0.331 0.028 160 R 0.092 0.433 0.329 0.117 0.025 0.004 0.001 161 R 0.041 0.216 0.371 0.291 0.073 0.008 0.001 162 M 0.017 0.065 0.146 0.348 0.342 0.081 0.002 163 T 0.346 0.413 0.181 0.052 0.007 0.001 0.001 164 G 0.759 0.186 0.040 0.013 0.002 0.001 0.001 165 A 0.245 0.356 0.267 0.109 0.020 0.003 0.001 166 N 0.494 0.364 0.107 0.029 0.005 0.001 0.001 167 Y 0.054 0.120 0.235 0.337 0.214 0.040 0.001 168 S 0.343 0.383 0.173 0.074 0.024 0.004 0.001 169 P 0.072 0.218 0.303 0.282 0.112 0.013 0.001 170 S 0.148 0.382 0.252 0.153 0.053 0.011 0.001 171 Q 0.007 0.062 0.206 0.400 0.260 0.061 0.004 172 I 0.001 0.003 0.018 0.072 0.236 0.558 0.114 173 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.047 0.454 0.488 174 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.053 0.272 0.662 175 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.232 0.743 176 G 0.001 0.003 0.010 0.044 0.148 0.381 0.414 177 D 0.001 0.008 0.030 0.104 0.247 0.451 0.160 178 T 0.006 0.043 0.107 0.219 0.308 0.242 0.075 179 E 0.045 0.191 0.268 0.255 0.153 0.072 0.016 180 H 0.016 0.070 0.151 0.248 0.279 0.199 0.037 181 D 0.012 0.051 0.087 0.133 0.240 0.362 0.114 182 I 0.009 0.024 0.063 0.160 0.322 0.361 0.061 183 R 0.021 0.186 0.313 0.261 0.143 0.066 0.010 184 C 0.004 0.011 0.039 0.158 0.354 0.365 0.069 185 A 0.002 0.005 0.009 0.039 0.207 0.597 0.141 186 R 0.017 0.121 0.254 0.327 0.203 0.068 0.010 187 E 0.022 0.180 0.319 0.270 0.151 0.053 0.005 188 L 0.002 0.022 0.073 0.235 0.388 0.246 0.034 189 D 0.016 0.185 0.330 0.273 0.130 0.052 0.013 190 A 0.001 0.002 0.014 0.090 0.337 0.483 0.075 191 R 0.001 0.002 0.022 0.140 0.348 0.390 0.097 192 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.412 0.551 193 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.165 0.826 194 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.211 0.754 195 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.065 0.352 0.574 196 A 0.001 0.007 0.028 0.122 0.314 0.432 0.096 197 T 0.006 0.057 0.158 0.279 0.297 0.180 0.022 198 G 0.059 0.163 0.237 0.264 0.191 0.076 0.010 199 N 0.229 0.290 0.215 0.155 0.078 0.029 0.003 200 F 0.104 0.134 0.209 0.249 0.197 0.095 0.012 201 T 0.316 0.293 0.185 0.113 0.061 0.028 0.004 202 M 0.173 0.235 0.249 0.194 0.103 0.042 0.005 203 E 0.507 0.256 0.116 0.068 0.036 0.014 0.002 204 E 0.312 0.343 0.191 0.104 0.039 0.011 0.001 205 L 0.080 0.111 0.200 0.325 0.220 0.061 0.003 206 A 0.296 0.333 0.210 0.116 0.038 0.006 0.001 207 R 0.495 0.315 0.124 0.049 0.014 0.004 0.001 208 H 0.178 0.207 0.242 0.237 0.110 0.026 0.001 209 K 0.226 0.288 0.223 0.161 0.075 0.024 0.002 210 P 0.057 0.098 0.163 0.282 0.264 0.125 0.010 211 G 0.138 0.300 0.263 0.188 0.082 0.027 0.002 212 T 0.025 0.064 0.127 0.251 0.310 0.201 0.022 213 L 0.017 0.058 0.131 0.256 0.310 0.213 0.015 214 F 0.014 0.042 0.097 0.219 0.345 0.259 0.024 215 K 0.080 0.261 0.302 0.224 0.097 0.030 0.005 216 N 0.029 0.175 0.264 0.260 0.178 0.085 0.009 217 F 0.004 0.017 0.056 0.195 0.382 0.313 0.033 218 A 0.115 0.349 0.279 0.157 0.071 0.026 0.004 219 E 0.039 0.207 0.315 0.274 0.124 0.038 0.004 220 T 0.004 0.010 0.024 0.110 0.353 0.448 0.051 221 D 0.015 0.084 0.256 0.391 0.201 0.050 0.003 222 E 0.121 0.487 0.289 0.081 0.017 0.004 0.001 223 V 0.021 0.046 0.128 0.313 0.345 0.140 0.006 224 L 0.051 0.036 0.053 0.165 0.368 0.310 0.017 225 A 0.188 0.362 0.291 0.129 0.027 0.003 0.001 226 S 0.390 0.357 0.168 0.068 0.015 0.002 0.001 227 I 0.105 0.141 0.212 0.278 0.192 0.069 0.003 228 L 0.233 0.199 0.239 0.199 0.096 0.031 0.002 229 T 0.645 0.229 0.083 0.032 0.009 0.002 0.001 230 P 0.667 0.214 0.078 0.031 0.008 0.002 0.001 231 K 0.740 0.185 0.053 0.017 0.004 0.001 0.001 232 H 0.710 0.180 0.070 0.031 0.008 0.001 0.001 233 S 0.817 0.130 0.036 0.013 0.003 0.001 0.001