# TARGET T0330 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2277 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.002 0.003 0.002 0.091 0.888 2 S 0.058 0.010 0.002 0.002 0.082 0.846 3 R 0.169 0.010 0.001 0.001 0.102 0.717 4 T 0.542 0.004 0.001 0.001 0.076 0.376 5 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 6 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 9 D 0.838 0.002 0.001 0.001 0.069 0.089 10 I 0.250 0.005 0.008 0.003 0.518 0.215 11 D 0.056 0.006 0.023 0.004 0.782 0.130 12 G 0.102 0.008 0.044 0.011 0.749 0.085 13 T 0.327 0.015 0.055 0.032 0.387 0.184 14 L 0.631 0.019 0.042 0.048 0.157 0.104 15 L 0.545 0.048 0.029 0.111 0.105 0.163 16 K 0.292 0.022 0.011 0.139 0.166 0.371 17 V 0.048 0.005 0.016 0.544 0.101 0.286 18 E 0.012 0.001 0.023 0.869 0.043 0.052 19 S 0.003 0.001 0.025 0.942 0.022 0.007 20 M 0.003 0.001 0.020 0.939 0.024 0.013 21 N 0.003 0.001 0.007 0.970 0.010 0.009 22 R 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 23 R 0.002 0.001 0.003 0.985 0.005 0.005 24 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 25 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 27 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 28 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 29 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 30 I 0.001 0.001 0.010 0.974 0.011 0.005 31 E 0.001 0.001 0.017 0.963 0.011 0.008 32 V 0.001 0.001 0.016 0.952 0.016 0.014 33 Y 0.001 0.001 0.018 0.865 0.038 0.077 34 G 0.001 0.001 0.006 0.024 0.112 0.855 35 T 0.004 0.005 0.004 0.002 0.144 0.841 36 E 0.026 0.014 0.009 0.003 0.162 0.787 37 G 0.033 0.034 0.010 0.005 0.199 0.719 38 S 0.025 0.019 0.014 0.006 0.350 0.586 39 T 0.016 0.007 0.227 0.064 0.431 0.256 40 G 0.040 0.011 0.170 0.091 0.469 0.218 41 S 0.051 0.017 0.218 0.098 0.439 0.176 42 H 0.093 0.022 0.108 0.084 0.299 0.395 43 D 0.147 0.038 0.125 0.101 0.276 0.313 44 F 0.149 0.041 0.128 0.118 0.300 0.265 45 S 0.157 0.034 0.049 0.099 0.323 0.338 46 G 0.073 0.016 0.027 0.052 0.379 0.453 47 K 0.030 0.019 0.025 0.092 0.333 0.501 48 M 0.021 0.018 0.017 0.130 0.240 0.574 49 D 0.008 0.005 0.015 0.623 0.129 0.220 50 G 0.001 0.001 0.008 0.942 0.023 0.026 51 A 0.002 0.001 0.007 0.969 0.012 0.009 52 I 0.003 0.001 0.005 0.981 0.006 0.004 53 I 0.004 0.001 0.003 0.987 0.003 0.004 54 Y 0.004 0.001 0.004 0.986 0.003 0.003 55 E 0.002 0.001 0.005 0.985 0.005 0.003 56 V 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 57 L 0.001 0.001 0.007 0.976 0.010 0.005 58 S 0.001 0.001 0.010 0.967 0.012 0.011 59 N 0.001 0.001 0.013 0.891 0.028 0.066 60 V 0.001 0.002 0.016 0.777 0.052 0.151 61 G 0.002 0.002 0.007 0.057 0.125 0.807 62 L 0.008 0.007 0.022 0.120 0.198 0.645 63 E 0.022 0.017 0.021 0.153 0.173 0.615 64 R 0.014 0.006 0.032 0.589 0.112 0.247 65 A 0.005 0.002 0.023 0.865 0.046 0.059 66 E 0.004 0.001 0.019 0.938 0.023 0.015 67 I 0.006 0.001 0.009 0.946 0.018 0.019 68 A 0.004 0.001 0.005 0.964 0.013 0.013 69 D 0.002 0.001 0.004 0.978 0.008 0.008 70 K 0.001 0.001 0.004 0.973 0.009 0.012 71 F 0.001 0.001 0.005 0.963 0.012 0.018 72 D 0.001 0.001 0.008 0.955 0.014 0.021 73 K 0.001 0.001 0.011 0.952 0.016 0.019 74 A 0.001 0.001 0.009 0.925 0.020 0.045 75 K 0.001 0.001 0.002 0.973 0.007 0.017 76 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 77 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 78 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 79 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 82 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 83 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 84 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 85 R 0.001 0.001 0.011 0.961 0.012 0.016 86 A 0.001 0.002 0.021 0.864 0.045 0.067 87 R 0.002 0.002 0.049 0.727 0.107 0.113 88 R 0.004 0.003 0.101 0.465 0.231 0.197 89 E 0.009 0.006 0.093 0.258 0.330 0.304 90 D 0.017 0.006 0.061 0.058 0.390 0.467 91 I 0.081 0.043 0.037 0.029 0.291 0.518 92 T 0.173 0.047 0.046 0.029 0.233 0.472 93 L 0.133 0.077 0.040 0.037 0.196 0.517 94 L 0.035 0.021 0.026 0.048 0.709 0.162 95 E 0.005 0.004 0.082 0.257 0.569 0.083 96 G 0.002 0.002 0.072 0.453 0.412 0.059 97 V 0.006 0.013 0.044 0.755 0.157 0.025 98 R 0.004 0.005 0.012 0.908 0.028 0.044 99 E 0.008 0.008 0.020 0.895 0.035 0.035 100 L 0.002 0.001 0.019 0.955 0.012 0.010 101 L 0.003 0.001 0.009 0.971 0.008 0.008 102 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 103 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 104 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 105 S 0.001 0.001 0.014 0.964 0.019 0.003 106 S 0.001 0.001 0.011 0.942 0.038 0.009 107 R 0.001 0.002 0.027 0.645 0.175 0.149 108 S 0.002 0.003 0.015 0.017 0.516 0.448 109 D 0.007 0.002 0.014 0.001 0.391 0.585 110 V 0.139 0.007 0.006 0.001 0.343 0.504 111 L 0.633 0.002 0.001 0.001 0.112 0.251 112 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 113 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 116 T 0.467 0.003 0.001 0.003 0.107 0.419 117 G 0.047 0.003 0.004 0.011 0.331 0.604 118 N 0.017 0.014 0.015 0.047 0.474 0.433 119 F 0.016 0.019 0.068 0.278 0.380 0.239 120 E 0.027 0.011 0.133 0.438 0.270 0.121 121 A 0.025 0.005 0.139 0.528 0.216 0.086 122 S 0.027 0.004 0.099 0.598 0.165 0.106 123 G 0.086 0.012 0.070 0.503 0.172 0.156 124 R 0.103 0.009 0.087 0.519 0.148 0.133 125 H 0.090 0.005 0.120 0.582 0.114 0.089 126 K 0.092 0.010 0.083 0.656 0.085 0.075 127 L 0.051 0.013 0.039 0.698 0.085 0.115 128 K 0.035 0.008 0.026 0.414 0.134 0.382 129 L 0.020 0.014 0.045 0.296 0.311 0.313 130 P 0.017 0.021 0.045 0.178 0.398 0.340 131 G 0.010 0.011 0.047 0.043 0.468 0.421 132 I 0.017 0.028 0.080 0.030 0.428 0.416 133 D 0.029 0.019 0.129 0.015 0.390 0.418 134 H 0.034 0.009 0.275 0.017 0.441 0.225 135 Y 0.081 0.028 0.166 0.013 0.422 0.290 136 F 0.157 0.019 0.029 0.004 0.433 0.359 137 P 0.132 0.002 0.016 0.002 0.381 0.468 138 F 0.787 0.010 0.006 0.002 0.078 0.117 139 G 0.965 0.007 0.001 0.002 0.009 0.016 140 A 0.967 0.007 0.001 0.002 0.004 0.019 141 F 0.784 0.008 0.003 0.013 0.037 0.156 142 A 0.143 0.003 0.218 0.168 0.217 0.252 143 D 0.032 0.001 0.469 0.146 0.249 0.103 144 D 0.007 0.003 0.629 0.147 0.183 0.032 145 A 0.006 0.007 0.393 0.331 0.209 0.054 146 L 0.013 0.013 0.256 0.393 0.233 0.091 147 D 0.013 0.008 0.252 0.298 0.287 0.143 148 R 0.025 0.016 0.119 0.239 0.291 0.310 149 N 0.015 0.017 0.044 0.128 0.281 0.515 150 E 0.008 0.015 0.017 0.198 0.192 0.569 151 L 0.004 0.005 0.004 0.139 0.093 0.755 152 P 0.002 0.001 0.004 0.898 0.025 0.070 153 H 0.001 0.001 0.007 0.962 0.013 0.016 154 I 0.001 0.001 0.006 0.975 0.009 0.007 155 A 0.002 0.001 0.006 0.979 0.007 0.006 156 L 0.002 0.001 0.005 0.985 0.005 0.004 157 E 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 158 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.003 159 A 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.005 160 R 0.001 0.001 0.011 0.958 0.017 0.014 161 R 0.001 0.002 0.015 0.790 0.066 0.127 162 M 0.001 0.009 0.021 0.264 0.359 0.345 163 T 0.001 0.006 0.032 0.050 0.659 0.253 164 G 0.001 0.002 0.051 0.017 0.816 0.114 165 A 0.003 0.003 0.087 0.023 0.728 0.156 166 N 0.020 0.012 0.018 0.007 0.362 0.581 167 Y 0.080 0.100 0.004 0.004 0.112 0.700 168 S 0.117 0.042 0.005 0.002 0.136 0.698 169 P 0.038 0.004 0.655 0.030 0.173 0.100 170 S 0.081 0.001 0.547 0.016 0.248 0.108 171 Q 0.274 0.002 0.425 0.013 0.212 0.074 172 I 0.866 0.007 0.006 0.010 0.032 0.079 173 V 0.970 0.004 0.001 0.004 0.005 0.016 174 I 0.978 0.002 0.001 0.003 0.007 0.009 175 I 0.930 0.004 0.001 0.005 0.024 0.036 176 G 0.377 0.009 0.003 0.005 0.241 0.364 177 D 0.065 0.009 0.001 0.004 0.308 0.612 178 T 0.011 0.005 0.002 0.021 0.162 0.800 179 E 0.001 0.001 0.012 0.952 0.022 0.012 180 H 0.001 0.001 0.013 0.976 0.009 0.002 181 D 0.001 0.001 0.016 0.968 0.009 0.005 182 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 183 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 184 C 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 185 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 186 R 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.002 187 E 0.001 0.001 0.017 0.959 0.012 0.011 188 L 0.003 0.002 0.026 0.735 0.052 0.183 189 D 0.002 0.001 0.002 0.002 0.036 0.958 190 A 0.033 0.001 0.001 0.001 0.056 0.909 191 R 0.553 0.003 0.001 0.001 0.055 0.388 192 S 0.951 0.002 0.001 0.001 0.007 0.039 193 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 194 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 195 V 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 196 A 0.675 0.005 0.001 0.001 0.085 0.233 197 T 0.170 0.010 0.006 0.004 0.376 0.433 198 G 0.038 0.008 0.018 0.006 0.581 0.350 199 N 0.046 0.022 0.037 0.020 0.527 0.349 200 F 0.046 0.029 0.017 0.027 0.384 0.497 201 T 0.040 0.029 0.010 0.119 0.151 0.651 202 M 0.003 0.001 0.025 0.921 0.023 0.027 203 E 0.002 0.001 0.022 0.955 0.013 0.007 204 E 0.002 0.001 0.029 0.954 0.011 0.003 205 L 0.002 0.001 0.018 0.961 0.013 0.005 206 A 0.002 0.001 0.020 0.945 0.022 0.009 207 R 0.003 0.002 0.019 0.852 0.060 0.064 208 H 0.004 0.005 0.014 0.667 0.085 0.225 209 K 0.009 0.011 0.005 0.014 0.449 0.511 210 P 0.012 0.002 0.019 0.009 0.647 0.310 211 G 0.035 0.003 0.038 0.010 0.681 0.234 212 T 0.682 0.052 0.023 0.007 0.178 0.058 213 L 0.886 0.020 0.004 0.005 0.026 0.060 214 F 0.907 0.009 0.008 0.004 0.034 0.038 215 K 0.523 0.014 0.013 0.024 0.172 0.254 216 N 0.075 0.006 0.034 0.054 0.276 0.555 217 F 0.006 0.001 0.271 0.465 0.192 0.064 218 A 0.004 0.002 0.395 0.479 0.094 0.026 219 E 0.004 0.002 0.216 0.695 0.067 0.015 220 T 0.004 0.003 0.035 0.884 0.033 0.041 221 D 0.002 0.001 0.012 0.958 0.012 0.015 222 E 0.002 0.001 0.009 0.974 0.009 0.005 223 V 0.001 0.001 0.004 0.981 0.008 0.005 224 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.004 225 A 0.001 0.001 0.011 0.970 0.010 0.008 226 S 0.001 0.001 0.022 0.920 0.029 0.029 227 I 0.003 0.003 0.034 0.692 0.101 0.167 228 L 0.006 0.013 0.021 0.480 0.166 0.314 229 T 0.008 0.005 0.027 0.116 0.327 0.517 230 P 0.010 0.004 0.048 0.062 0.354 0.522 231 K 0.017 0.017 0.062 0.060 0.279 0.565 232 H 0.023 0.038 0.016 0.047 0.171 0.706 233 S 0.006 0.004 0.001 0.005 0.044 0.940