# TARGET T0330 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2277 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.008 0.041 0.052 0.069 0.108 0.018 0.606 2 S 0.078 0.003 0.044 0.058 0.068 0.138 0.016 0.596 3 R 0.031 0.001 0.108 0.067 0.094 0.100 0.006 0.593 4 T 0.021 0.001 0.225 0.169 0.202 0.177 0.005 0.199 5 L 0.008 0.001 0.618 0.103 0.142 0.041 0.002 0.085 6 V 0.001 0.001 0.821 0.092 0.073 0.004 0.001 0.008 7 L 0.001 0.001 0.881 0.051 0.054 0.002 0.001 0.012 8 F 0.001 0.001 0.853 0.050 0.072 0.003 0.001 0.021 9 D 0.001 0.001 0.613 0.096 0.184 0.020 0.001 0.085 10 I 0.001 0.001 0.400 0.048 0.165 0.113 0.001 0.271 11 D 0.004 0.001 0.036 0.007 0.026 0.665 0.004 0.257 12 G 0.195 0.005 0.042 0.023 0.014 0.153 0.048 0.520 13 T 0.314 0.004 0.028 0.007 0.014 0.516 0.008 0.109 14 L 0.079 0.034 0.099 0.083 0.129 0.202 0.012 0.362 15 L 0.049 0.131 0.062 0.144 0.285 0.099 0.006 0.224 16 K 0.037 0.092 0.044 0.086 0.179 0.172 0.012 0.378 17 V 0.091 0.164 0.037 0.036 0.098 0.083 0.010 0.482 18 E 0.058 0.202 0.019 0.021 0.060 0.173 0.012 0.455 19 S 0.047 0.193 0.009 0.011 0.015 0.145 0.013 0.569 20 M 0.075 0.482 0.009 0.006 0.010 0.112 0.010 0.295 21 N 0.063 0.680 0.010 0.005 0.009 0.070 0.010 0.152 22 R 0.025 0.814 0.009 0.003 0.006 0.028 0.005 0.110 23 R 0.010 0.876 0.003 0.001 0.002 0.019 0.002 0.087 24 V 0.011 0.935 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.040 25 L 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 26 A 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 27 D 0.015 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 28 A 0.019 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 29 L 0.028 0.875 0.007 0.003 0.006 0.006 0.009 0.068 30 I 0.024 0.848 0.011 0.004 0.006 0.009 0.008 0.089 31 E 0.051 0.786 0.010 0.003 0.004 0.011 0.022 0.112 32 V 0.055 0.804 0.027 0.004 0.003 0.008 0.023 0.077 33 Y 0.084 0.657 0.048 0.019 0.011 0.013 0.046 0.123 34 G 0.207 0.152 0.131 0.028 0.024 0.030 0.083 0.344 35 T 0.181 0.059 0.270 0.037 0.041 0.071 0.024 0.318 36 E 0.007 0.009 0.026 0.008 0.009 0.025 0.003 0.912 37 G 0.031 0.015 0.057 0.020 0.037 0.089 0.006 0.746 38 S 0.058 0.014 0.045 0.021 0.031 0.182 0.008 0.641 39 T 0.030 0.010 0.017 0.010 0.021 0.053 0.003 0.855 40 G 0.045 0.016 0.011 0.008 0.022 0.369 0.007 0.522 41 S 0.223 0.034 0.013 0.010 0.022 0.302 0.014 0.381 42 H 0.086 0.090 0.014 0.016 0.021 0.063 0.009 0.702 43 D 0.063 0.082 0.029 0.028 0.050 0.098 0.017 0.634 44 F 0.247 0.090 0.063 0.043 0.082 0.103 0.020 0.351 45 S 0.164 0.128 0.064 0.109 0.169 0.111 0.019 0.236 46 G 0.142 0.060 0.051 0.067 0.100 0.061 0.025 0.493 47 K 0.141 0.049 0.123 0.053 0.087 0.133 0.013 0.401 48 M 0.016 0.023 0.019 0.017 0.027 0.126 0.005 0.768 49 D 0.028 0.033 0.015 0.010 0.026 0.083 0.005 0.801 50 G 0.039 0.042 0.012 0.005 0.011 0.103 0.007 0.780 51 A 0.107 0.079 0.010 0.006 0.009 0.370 0.007 0.412 52 I 0.063 0.475 0.008 0.008 0.012 0.119 0.005 0.309 53 I 0.025 0.759 0.008 0.007 0.023 0.032 0.004 0.143 54 Y 0.006 0.905 0.005 0.004 0.007 0.009 0.002 0.062 55 E 0.008 0.938 0.002 0.002 0.003 0.004 0.003 0.041 56 V 0.018 0.937 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.030 57 L 0.014 0.938 0.002 0.002 0.006 0.002 0.003 0.032 58 S 0.023 0.881 0.004 0.002 0.004 0.007 0.013 0.067 59 N 0.187 0.663 0.007 0.002 0.001 0.006 0.050 0.084 60 V 0.299 0.544 0.021 0.004 0.002 0.006 0.063 0.062 61 G 0.260 0.171 0.073 0.011 0.008 0.043 0.098 0.338 62 L 0.107 0.102 0.381 0.017 0.022 0.068 0.015 0.289 63 E 0.037 0.073 0.044 0.009 0.018 0.235 0.008 0.577 64 R 0.081 0.092 0.058 0.006 0.017 0.113 0.007 0.625 65 A 0.032 0.171 0.029 0.004 0.007 0.150 0.006 0.601 66 E 0.083 0.159 0.015 0.003 0.006 0.237 0.011 0.486 67 I 0.130 0.527 0.011 0.003 0.008 0.086 0.008 0.227 68 A 0.039 0.701 0.007 0.002 0.007 0.032 0.005 0.207 69 D 0.031 0.645 0.006 0.002 0.003 0.050 0.006 0.257 70 K 0.059 0.780 0.003 0.001 0.002 0.043 0.007 0.105 71 F 0.029 0.915 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.041 72 D 0.010 0.893 0.003 0.001 0.002 0.013 0.003 0.075 73 K 0.017 0.898 0.002 0.001 0.001 0.014 0.004 0.065 74 A 0.021 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.031 75 K 0.015 0.931 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.043 76 E 0.008 0.934 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.045 77 T 0.012 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.030 78 Y 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 79 I 0.002 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 80 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 81 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 F 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 83 R 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 84 E 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 85 R 0.037 0.925 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.019 86 A 0.053 0.849 0.011 0.004 0.003 0.005 0.019 0.055 87 R 0.093 0.578 0.037 0.014 0.015 0.026 0.037 0.200 88 R 0.126 0.424 0.053 0.013 0.021 0.041 0.036 0.285 89 E 0.091 0.241 0.051 0.013 0.014 0.058 0.026 0.505 90 D 0.055 0.085 0.042 0.011 0.010 0.046 0.020 0.731 91 I 0.275 0.052 0.089 0.017 0.021 0.051 0.026 0.468 92 T 0.065 0.038 0.245 0.050 0.036 0.075 0.013 0.478 93 L 0.016 0.014 0.040 0.010 0.020 0.060 0.003 0.836 94 L 0.072 0.089 0.130 0.032 0.109 0.211 0.006 0.351 95 E 0.007 0.016 0.008 0.002 0.005 0.065 0.001 0.896 96 G 0.057 0.049 0.007 0.003 0.005 0.254 0.006 0.619 97 V 0.359 0.128 0.011 0.002 0.004 0.081 0.015 0.400 98 R 0.019 0.584 0.019 0.003 0.006 0.037 0.004 0.329 99 E 0.012 0.576 0.003 0.001 0.003 0.079 0.003 0.323 100 L 0.022 0.833 0.001 0.001 0.002 0.028 0.003 0.111 101 L 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 102 D 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 103 A 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 104 L 0.032 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 105 S 0.044 0.902 0.003 0.002 0.004 0.002 0.010 0.034 106 S 0.124 0.723 0.013 0.004 0.003 0.004 0.049 0.081 107 R 0.318 0.369 0.031 0.004 0.003 0.014 0.159 0.102 108 S 0.508 0.059 0.039 0.009 0.003 0.012 0.193 0.177 109 D 0.085 0.008 0.435 0.019 0.010 0.086 0.051 0.305 110 V 0.036 0.002 0.379 0.029 0.043 0.172 0.007 0.334 111 L 0.008 0.001 0.597 0.079 0.083 0.074 0.002 0.157 112 L 0.003 0.001 0.596 0.083 0.119 0.036 0.001 0.162 113 G 0.001 0.001 0.897 0.047 0.041 0.003 0.001 0.011 114 L 0.001 0.001 0.765 0.079 0.096 0.007 0.001 0.052 115 L 0.001 0.001 0.776 0.081 0.106 0.009 0.001 0.027 116 T 0.002 0.001 0.499 0.083 0.173 0.054 0.001 0.187 117 G 0.009 0.001 0.222 0.031 0.100 0.106 0.006 0.525 118 N 0.020 0.001 0.020 0.004 0.010 0.550 0.004 0.391 119 F 0.064 0.003 0.010 0.005 0.009 0.173 0.007 0.729 120 E 0.039 0.022 0.014 0.007 0.018 0.342 0.005 0.553 121 A 0.029 0.056 0.008 0.007 0.013 0.242 0.006 0.640 122 S 0.079 0.301 0.007 0.009 0.015 0.171 0.008 0.410 123 G 0.109 0.570 0.010 0.011 0.021 0.045 0.011 0.223 124 R 0.034 0.726 0.019 0.011 0.024 0.035 0.005 0.147 125 H 0.026 0.777 0.006 0.010 0.017 0.034 0.008 0.123 126 K 0.055 0.847 0.006 0.006 0.010 0.009 0.009 0.059 127 L 0.047 0.874 0.011 0.008 0.010 0.005 0.011 0.034 128 K 0.107 0.670 0.027 0.012 0.018 0.019 0.060 0.087 129 L 0.174 0.378 0.078 0.020 0.026 0.015 0.031 0.277 130 P 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.985 131 G 0.167 0.023 0.028 0.019 0.028 0.085 0.041 0.609 132 I 0.296 0.051 0.197 0.022 0.023 0.056 0.018 0.337 133 D 0.045 0.044 0.058 0.024 0.043 0.125 0.008 0.653 134 H 0.153 0.031 0.035 0.018 0.026 0.132 0.015 0.590 135 Y 0.286 0.047 0.074 0.018 0.025 0.172 0.032 0.344 136 F 0.162 0.056 0.196 0.062 0.073 0.142 0.024 0.285 137 P 0.001 0.002 0.008 0.003 0.004 0.007 0.001 0.974 138 F 0.012 0.014 0.108 0.075 0.148 0.088 0.006 0.549 139 G 0.140 0.042 0.256 0.120 0.134 0.045 0.017 0.247 140 A 0.026 0.018 0.570 0.129 0.121 0.022 0.007 0.107 141 F 0.023 0.021 0.266 0.137 0.171 0.055 0.005 0.322 142 A 0.030 0.016 0.263 0.078 0.227 0.053 0.005 0.329 143 D 0.015 0.016 0.068 0.053 0.103 0.148 0.007 0.590 144 D 0.087 0.015 0.031 0.019 0.041 0.162 0.017 0.629 145 A 0.245 0.058 0.047 0.033 0.063 0.150 0.014 0.390 146 L 0.077 0.101 0.030 0.037 0.056 0.188 0.019 0.491 147 D 0.175 0.113 0.035 0.034 0.049 0.106 0.026 0.462 148 R 0.218 0.092 0.023 0.012 0.019 0.104 0.033 0.499 149 N 0.314 0.094 0.045 0.019 0.029 0.141 0.024 0.332 150 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.977 151 L 0.043 0.052 0.016 0.010 0.020 0.106 0.004 0.748 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 153 H 0.013 0.030 0.004 0.004 0.009 0.201 0.002 0.737 154 I 0.101 0.275 0.007 0.003 0.004 0.109 0.003 0.498 155 A 0.018 0.843 0.003 0.002 0.004 0.026 0.001 0.104 156 L 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 157 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 158 R 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 159 A 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 160 R 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 161 R 0.104 0.839 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 0.013 162 M 0.156 0.735 0.025 0.003 0.003 0.002 0.047 0.030 163 T 0.069 0.459 0.077 0.009 0.012 0.021 0.057 0.295 164 G 0.109 0.172 0.086 0.008 0.008 0.033 0.052 0.531 165 A 0.392 0.096 0.117 0.011 0.006 0.053 0.060 0.265 166 N 0.104 0.015 0.085 0.007 0.005 0.052 0.032 0.699 167 Y 0.122 0.011 0.365 0.033 0.045 0.064 0.015 0.345 168 S 0.010 0.003 0.042 0.045 0.046 0.175 0.002 0.677 169 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 170 S 0.005 0.001 0.029 0.019 0.051 0.563 0.002 0.330 171 Q 0.638 0.001 0.016 0.006 0.006 0.259 0.014 0.061 172 I 0.484 0.020 0.252 0.037 0.046 0.037 0.006 0.117 173 V 0.004 0.003 0.837 0.057 0.053 0.010 0.001 0.034 174 I 0.005 0.004 0.481 0.079 0.121 0.035 0.002 0.273 175 I 0.003 0.004 0.661 0.064 0.197 0.015 0.002 0.056 176 G 0.004 0.007 0.298 0.061 0.122 0.096 0.003 0.408 177 D 0.022 0.004 0.158 0.020 0.046 0.141 0.009 0.599 178 T 0.043 0.005 0.024 0.006 0.012 0.267 0.004 0.640 179 E 0.034 0.009 0.015 0.003 0.009 0.351 0.005 0.573 180 H 0.031 0.016 0.004 0.001 0.003 0.571 0.004 0.369 181 D 0.073 0.119 0.004 0.002 0.004 0.543 0.007 0.249 182 I 0.018 0.893 0.006 0.003 0.004 0.012 0.002 0.063 183 R 0.009 0.813 0.006 0.003 0.011 0.068 0.003 0.087 184 C 0.021 0.919 0.002 0.003 0.007 0.014 0.002 0.033 185 A 0.019 0.957 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.014 186 R 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 187 E 0.043 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 188 L 0.262 0.605 0.012 0.006 0.004 0.001 0.094 0.016 189 D 0.751 0.022 0.008 0.007 0.004 0.003 0.161 0.044 190 A 0.028 0.007 0.835 0.017 0.016 0.016 0.009 0.071 191 R 0.015 0.009 0.431 0.161 0.154 0.074 0.008 0.147 192 S 0.004 0.001 0.445 0.028 0.040 0.030 0.002 0.448 193 I 0.001 0.001 0.912 0.046 0.029 0.004 0.001 0.007 194 A 0.001 0.001 0.884 0.035 0.028 0.006 0.001 0.045 195 V 0.001 0.001 0.788 0.060 0.106 0.006 0.001 0.038 196 A 0.001 0.002 0.692 0.057 0.094 0.035 0.001 0.119 197 T 0.007 0.003 0.243 0.040 0.111 0.083 0.004 0.509 198 G 0.038 0.003 0.105 0.014 0.039 0.141 0.011 0.647 199 N 0.123 0.003 0.034 0.008 0.012 0.208 0.018 0.593 200 F 0.217 0.008 0.042 0.012 0.013 0.215 0.016 0.478 201 T 0.061 0.016 0.019 0.008 0.016 0.352 0.006 0.521 202 M 0.027 0.027 0.017 0.006 0.031 0.060 0.003 0.830 203 E 0.015 0.037 0.007 0.003 0.013 0.285 0.003 0.637 204 E 0.047 0.088 0.002 0.002 0.005 0.560 0.005 0.291 205 L 0.065 0.851 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.068 206 A 0.027 0.844 0.003 0.004 0.007 0.013 0.008 0.094 207 R 0.220 0.511 0.008 0.007 0.008 0.017 0.048 0.183 208 H 0.367 0.413 0.014 0.006 0.009 0.008 0.090 0.092 209 K 0.270 0.167 0.039 0.024 0.027 0.038 0.044 0.392 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 211 G 0.058 0.022 0.116 0.051 0.065 0.131 0.016 0.541 212 T 0.425 0.019 0.266 0.031 0.030 0.042 0.011 0.177 213 L 0.042 0.023 0.207 0.042 0.067 0.058 0.004 0.557 214 F 0.053 0.030 0.445 0.086 0.128 0.044 0.004 0.211 215 K 0.030 0.022 0.165 0.038 0.059 0.171 0.006 0.510 216 N 0.078 0.029 0.041 0.015 0.046 0.190 0.010 0.591 217 F 0.121 0.051 0.036 0.006 0.044 0.055 0.009 0.676 218 A 0.025 0.024 0.010 0.002 0.005 0.490 0.007 0.435 219 E 0.058 0.013 0.001 0.001 0.001 0.829 0.005 0.094 220 T 0.326 0.441 0.004 0.001 0.003 0.022 0.005 0.199 221 D 0.008 0.544 0.010 0.002 0.005 0.023 0.003 0.406 222 E 0.014 0.466 0.008 0.003 0.005 0.075 0.006 0.423 223 V 0.037 0.865 0.002 0.001 0.003 0.020 0.004 0.069 224 L 0.012 0.956 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 225 A 0.010 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 226 S 0.148 0.740 0.004 0.002 0.001 0.003 0.044 0.058 227 I 0.434 0.428 0.016 0.002 0.002 0.003 0.069 0.045 228 L 0.200 0.393 0.100 0.014 0.016 0.025 0.096 0.156 229 T 0.116 0.149 0.129 0.035 0.036 0.092 0.029 0.413 230 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 231 K 0.025 0.015 0.030 0.011 0.022 0.253 0.008 0.637 232 H 0.261 0.015 0.036 0.007 0.007 0.110 0.017 0.547 233 S 0.065 0.041 0.024 0.015 0.018 0.082 0.006 0.749