# TARGET T0330 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0330.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.54411 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.700 0.165 0.081 0.040 0.012 0.002 0.001 2 K 0.749 0.179 0.050 0.016 0.004 0.001 0.001 3 V 0.468 0.178 0.150 0.119 0.062 0.022 0.001 4 E 0.511 0.248 0.124 0.066 0.033 0.015 0.002 5 S 0.439 0.272 0.148 0.082 0.040 0.016 0.003 6 M 0.227 0.220 0.208 0.179 0.106 0.052 0.009 7 N 0.122 0.166 0.194 0.209 0.175 0.114 0.020 8 R 0.071 0.129 0.204 0.264 0.201 0.114 0.018 9 R 0.159 0.245 0.248 0.203 0.103 0.037 0.005 10 V 0.087 0.091 0.128 0.234 0.270 0.166 0.025 11 L 0.019 0.019 0.020 0.056 0.197 0.516 0.173 12 A 0.020 0.050 0.143 0.305 0.305 0.159 0.018 13 D 0.036 0.131 0.249 0.309 0.193 0.074 0.009 14 A 0.022 0.028 0.049 0.123 0.274 0.410 0.093 15 L 0.023 0.023 0.037 0.105 0.247 0.445 0.120 16 I 0.068 0.194 0.271 0.248 0.141 0.065 0.012 17 E 0.074 0.147 0.243 0.304 0.169 0.055 0.008 18 V 0.028 0.031 0.054 0.163 0.310 0.335 0.081 19 Y 0.092 0.183 0.234 0.232 0.157 0.088 0.015 20 G 0.260 0.241 0.171 0.159 0.102 0.051 0.015 21 T 0.164 0.206 0.207 0.218 0.128 0.061 0.016 22 E 0.288 0.273 0.198 0.138 0.064 0.031 0.008 23 G 0.325 0.204 0.148 0.138 0.104 0.063 0.019 24 S 0.347 0.260 0.174 0.124 0.062 0.028 0.005 25 T 0.238 0.190 0.168 0.180 0.132 0.074 0.017 26 G 0.264 0.267 0.194 0.150 0.081 0.037 0.008 27 S 0.262 0.295 0.204 0.141 0.067 0.026 0.004 28 H 0.143 0.154 0.181 0.238 0.181 0.090 0.014 29 D 0.273 0.304 0.217 0.129 0.051 0.021 0.004 30 F 0.157 0.126 0.137 0.201 0.200 0.152 0.028 31 S 0.251 0.205 0.162 0.156 0.122 0.087 0.017 32 G 0.371 0.243 0.145 0.110 0.070 0.050 0.012 33 K 0.314 0.217 0.169 0.142 0.089 0.056 0.013 34 M 0.216 0.151 0.139 0.164 0.159 0.140 0.032 35 D 0.155 0.116 0.125 0.150 0.176 0.212 0.066 36 G 0.116 0.138 0.162 0.175 0.169 0.177 0.062 37 A 0.193 0.147 0.156 0.180 0.160 0.116 0.047 38 I 0.087 0.089 0.108 0.152 0.197 0.273 0.094 39 I 0.056 0.044 0.052 0.092 0.185 0.386 0.184 40 Y 0.141 0.157 0.189 0.232 0.171 0.097 0.014 41 E 0.136 0.243 0.239 0.216 0.116 0.046 0.005 42 V 0.093 0.093 0.127 0.267 0.281 0.131 0.008 43 L 0.092 0.109 0.156 0.261 0.276 0.102 0.004 44 S 0.418 0.358 0.153 0.059 0.011 0.001 0.001 45 N 0.500 0.311 0.129 0.047 0.011 0.002 0.001 46 V 0.365 0.309 0.214 0.090 0.019 0.003 0.001 47 G 0.484 0.329 0.129 0.046 0.010 0.001 0.001 48 L 0.168 0.119 0.188 0.284 0.194 0.045 0.001 49 E 0.567 0.313 0.094 0.023 0.004 0.001 0.001 50 R 0.401 0.366 0.167 0.055 0.010 0.001 0.001 51 A 0.767 0.174 0.041 0.014 0.004 0.001 0.001 52 E 0.382 0.395 0.164 0.050 0.008 0.001 0.001 53 I 0.057 0.070 0.168 0.382 0.270 0.052 0.001 54 A 0.187 0.343 0.296 0.140 0.031 0.004 0.001 55 D 0.468 0.416 0.095 0.018 0.003 0.001 0.001 56 K 0.092 0.184 0.290 0.299 0.117 0.017 0.001 57 F 0.035 0.058 0.145 0.325 0.330 0.105 0.002 58 D 0.460 0.391 0.122 0.024 0.003 0.001 0.001 59 K 0.380 0.422 0.151 0.040 0.005 0.001 0.001 60 A 0.077 0.086 0.146 0.332 0.279 0.078 0.001 61 K 0.105 0.231 0.304 0.242 0.098 0.020 0.001 62 E 0.515 0.360 0.098 0.023 0.003 0.001 0.001 63 T 0.195 0.286 0.271 0.178 0.058 0.010 0.001 64 Y 0.127 0.130 0.152 0.246 0.234 0.107 0.003 65 I 0.085 0.142 0.234 0.264 0.196 0.076 0.004 66 A 0.314 0.413 0.185 0.069 0.016 0.003 0.001 67 L 0.121 0.163 0.272 0.278 0.129 0.034 0.002 68 F 0.096 0.084 0.099 0.209 0.319 0.185 0.008 69 R 0.197 0.276 0.266 0.181 0.066 0.013 0.001 70 E 0.610 0.300 0.069 0.018 0.003 0.001 0.001 71 R 0.333 0.270 0.222 0.135 0.033 0.006 0.001 72 A 0.248 0.162 0.191 0.231 0.138 0.031 0.001 73 R 0.632 0.262 0.077 0.023 0.005 0.001 0.001 74 R 0.574 0.266 0.103 0.045 0.010 0.001 0.001 75 E 0.535 0.276 0.120 0.051 0.015 0.003 0.001 76 D 0.318 0.233 0.205 0.163 0.066 0.015 0.001 77 I 0.324 0.157 0.163 0.181 0.122 0.050 0.004 78 T 0.484 0.298 0.135 0.061 0.017 0.004 0.001 79 L 0.507 0.196 0.126 0.102 0.049 0.017 0.002