# TARGET T0329 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1744 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.004 0.004 0.003 0.201 0.742 2 K 0.192 0.016 0.004 0.003 0.081 0.704 3 Y 0.612 0.008 0.005 0.002 0.061 0.313 4 K 0.893 0.002 0.005 0.001 0.025 0.075 5 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 6 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 7 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 8 F 0.945 0.005 0.001 0.001 0.012 0.036 9 D 0.654 0.012 0.002 0.001 0.264 0.067 10 M 0.118 0.004 0.009 0.007 0.762 0.099 11 D 0.042 0.006 0.010 0.007 0.851 0.085 12 G 0.079 0.010 0.014 0.017 0.778 0.101 13 T 0.329 0.031 0.012 0.045 0.227 0.356 14 I 0.562 0.060 0.019 0.068 0.113 0.178 15 L 0.488 0.017 0.038 0.096 0.161 0.199 16 D 0.190 0.018 0.050 0.115 0.260 0.368 17 T 0.029 0.010 0.048 0.231 0.248 0.434 18 S 0.005 0.002 0.097 0.516 0.171 0.210 19 A 0.001 0.001 0.138 0.752 0.078 0.030 20 D 0.002 0.002 0.102 0.786 0.079 0.029 21 L 0.002 0.002 0.045 0.862 0.058 0.031 22 T 0.001 0.001 0.016 0.908 0.041 0.034 23 S 0.001 0.001 0.019 0.941 0.027 0.012 24 A 0.001 0.002 0.018 0.949 0.021 0.010 25 L 0.001 0.001 0.008 0.964 0.016 0.011 26 N 0.001 0.001 0.005 0.967 0.016 0.012 27 Y 0.001 0.001 0.003 0.975 0.013 0.009 28 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.012 0.006 29 F 0.001 0.001 0.010 0.951 0.028 0.009 30 E 0.001 0.001 0.022 0.917 0.043 0.017 31 Q 0.001 0.001 0.023 0.902 0.043 0.031 32 T 0.001 0.001 0.011 0.853 0.040 0.095 33 G 0.002 0.001 0.005 0.066 0.113 0.814 34 H 0.009 0.004 0.010 0.067 0.182 0.728 35 R 0.028 0.010 0.013 0.074 0.196 0.679 36 H 0.030 0.014 0.015 0.125 0.222 0.594 37 D 0.030 0.005 0.016 0.154 0.152 0.644 38 F 0.027 0.004 0.041 0.550 0.146 0.231 39 T 0.022 0.003 0.041 0.755 0.093 0.087 40 V 0.025 0.003 0.042 0.744 0.109 0.077 41 E 0.025 0.003 0.032 0.791 0.086 0.064 42 D 0.022 0.003 0.033 0.792 0.083 0.067 43 I 0.019 0.002 0.032 0.777 0.090 0.080 44 K 0.021 0.003 0.029 0.734 0.102 0.112 45 N 0.028 0.006 0.027 0.627 0.147 0.164 46 F 0.032 0.006 0.020 0.535 0.170 0.237 47 F 0.032 0.005 0.019 0.399 0.211 0.334 48 G 0.025 0.006 0.020 0.355 0.221 0.373 49 S 0.026 0.007 0.027 0.452 0.181 0.306 50 G 0.024 0.004 0.041 0.637 0.147 0.146 51 V 0.036 0.004 0.055 0.693 0.122 0.091 52 V 0.050 0.005 0.058 0.727 0.097 0.064 53 V 0.056 0.004 0.050 0.745 0.080 0.064 54 A 0.052 0.004 0.054 0.764 0.070 0.056 55 V 0.047 0.004 0.044 0.763 0.074 0.068 56 T 0.037 0.004 0.032 0.734 0.085 0.107 57 R 0.034 0.007 0.040 0.591 0.143 0.186 58 A 0.033 0.005 0.049 0.473 0.206 0.233 59 L 0.028 0.006 0.061 0.407 0.262 0.235 60 A 0.034 0.010 0.064 0.334 0.312 0.246 61 Y 0.047 0.010 0.081 0.299 0.335 0.229 62 E 0.056 0.011 0.080 0.288 0.334 0.232 63 A 0.057 0.013 0.084 0.308 0.313 0.225 64 G 0.067 0.011 0.074 0.287 0.317 0.243 65 S 0.069 0.009 0.075 0.335 0.287 0.224 66 S 0.077 0.011 0.072 0.364 0.262 0.214 67 R 0.090 0.010 0.062 0.428 0.217 0.193 68 E 0.089 0.010 0.048 0.486 0.173 0.193 69 S 0.092 0.009 0.040 0.505 0.158 0.195 70 L 0.077 0.008 0.036 0.548 0.138 0.193 71 V 0.075 0.009 0.034 0.570 0.124 0.188 72 A 0.060 0.006 0.032 0.615 0.119 0.169 73 F 0.050 0.005 0.028 0.660 0.105 0.152 74 G 0.047 0.004 0.029 0.723 0.095 0.102 75 T 0.035 0.003 0.025 0.777 0.076 0.084 76 K 0.032 0.003 0.022 0.799 0.066 0.078 77 D 0.027 0.003 0.021 0.811 0.060 0.078 78 E 0.020 0.003 0.021 0.821 0.059 0.077 79 Q 0.016 0.003 0.021 0.818 0.058 0.084 80 I 0.012 0.003 0.024 0.772 0.074 0.115 81 P 0.010 0.003 0.025 0.708 0.099 0.156 82 E 0.007 0.002 0.029 0.655 0.122 0.184 83 A 0.007 0.003 0.029 0.550 0.161 0.250 84 V 0.005 0.003 0.033 0.527 0.186 0.246 85 T 0.005 0.003 0.029 0.495 0.194 0.274 86 Q 0.004 0.002 0.033 0.639 0.175 0.149 87 T 0.004 0.003 0.026 0.706 0.134 0.128 88 E 0.004 0.003 0.023 0.708 0.124 0.138 89 V 0.004 0.002 0.014 0.787 0.088 0.105 90 N 0.004 0.002 0.011 0.804 0.087 0.091 91 R 0.004 0.002 0.011 0.827 0.078 0.079 92 V 0.003 0.002 0.010 0.810 0.073 0.102 93 L 0.003 0.001 0.007 0.849 0.059 0.081 94 E 0.002 0.001 0.005 0.868 0.058 0.065 95 V 0.002 0.001 0.004 0.870 0.047 0.076 96 F 0.004 0.002 0.005 0.830 0.047 0.112 97 K 0.004 0.001 0.005 0.873 0.040 0.077 98 P 0.004 0.001 0.004 0.910 0.033 0.048 99 Y 0.005 0.001 0.004 0.917 0.031 0.042 100 Y 0.007 0.001 0.006 0.905 0.031 0.049 101 A 0.006 0.001 0.008 0.903 0.034 0.047 102 D 0.007 0.001 0.011 0.886 0.045 0.050 103 H 0.006 0.002 0.016 0.854 0.058 0.063 104 C 0.011 0.004 0.032 0.651 0.116 0.186 105 Q 0.011 0.005 0.116 0.492 0.206 0.170 106 I 0.013 0.003 0.148 0.357 0.247 0.232 107 K 0.023 0.006 0.086 0.168 0.287 0.431 108 T 0.048 0.027 0.024 0.077 0.252 0.571 109 G 0.036 0.015 0.008 0.039 0.176 0.724 110 P 0.029 0.022 0.009 0.049 0.146 0.745 111 F 0.018 0.028 0.015 0.078 0.432 0.430 112 P 0.009 0.006 0.034 0.273 0.435 0.244 113 G 0.009 0.010 0.041 0.327 0.360 0.252 114 I 0.001 0.001 0.008 0.951 0.029 0.009 115 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.002 116 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 120 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 121 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.002 122 R 0.001 0.001 0.011 0.970 0.014 0.004 123 Q 0.001 0.001 0.022 0.924 0.039 0.014 124 K 0.002 0.001 0.020 0.730 0.103 0.145 125 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.086 0.907 126 V 0.030 0.001 0.001 0.001 0.109 0.858 127 K 0.315 0.004 0.002 0.001 0.096 0.582 128 L 0.970 0.004 0.001 0.001 0.006 0.020 129 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 130 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 131 V 0.935 0.001 0.001 0.001 0.016 0.045 132 S 0.670 0.006 0.002 0.003 0.087 0.232 133 N 0.111 0.009 0.004 0.009 0.312 0.555 134 K 0.029 0.017 0.005 0.019 0.375 0.555 135 P 0.019 0.007 0.018 0.202 0.363 0.390 136 N 0.004 0.001 0.044 0.797 0.112 0.041 137 E 0.007 0.001 0.029 0.895 0.045 0.023 138 A 0.007 0.002 0.030 0.922 0.026 0.013 139 V 0.014 0.001 0.021 0.922 0.021 0.020 140 Q 0.029 0.003 0.034 0.892 0.026 0.017 141 V 0.017 0.001 0.040 0.886 0.033 0.022 142 L 0.008 0.001 0.033 0.900 0.034 0.024 143 V 0.006 0.001 0.036 0.874 0.045 0.038 144 E 0.007 0.001 0.025 0.816 0.084 0.068 145 E 0.004 0.001 0.026 0.700 0.111 0.158 146 L 0.007 0.003 0.030 0.202 0.280 0.478 147 F 0.013 0.007 0.118 0.248 0.375 0.239 148 P 0.025 0.009 0.297 0.186 0.359 0.124 149 G 0.045 0.003 0.326 0.198 0.313 0.116 150 S 0.184 0.011 0.217 0.200 0.226 0.162 151 F 0.378 0.019 0.091 0.176 0.193 0.143 152 D 0.595 0.005 0.049 0.107 0.117 0.128 153 F 0.858 0.003 0.013 0.053 0.031 0.042 154 A 0.922 0.005 0.004 0.030 0.017 0.022 155 L 0.876 0.011 0.002 0.035 0.023 0.052 156 G 0.491 0.012 0.015 0.070 0.126 0.284 157 E 0.091 0.009 0.215 0.121 0.302 0.262 158 K 0.029 0.005 0.389 0.109 0.349 0.119 159 S 0.026 0.012 0.413 0.103 0.354 0.092 160 G 0.028 0.023 0.233 0.122 0.461 0.132 161 I 0.019 0.007 0.159 0.098 0.464 0.253 162 R 0.026 0.005 0.064 0.058 0.488 0.359 163 R 0.024 0.015 0.029 0.030 0.438 0.463 164 K 0.028 0.036 0.009 0.021 0.379 0.526 165 P 0.025 0.022 0.029 0.042 0.418 0.463 166 A 0.009 0.010 0.012 0.034 0.267 0.668 167 P 0.004 0.003 0.059 0.616 0.150 0.168 168 D 0.002 0.001 0.020 0.826 0.067 0.084 169 M 0.001 0.001 0.010 0.972 0.009 0.008 170 T 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 171 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 172 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 173 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 174 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 175 K 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.002 176 V 0.001 0.001 0.008 0.969 0.012 0.009 177 L 0.002 0.001 0.009 0.847 0.030 0.111 178 G 0.003 0.001 0.001 0.006 0.039 0.951 179 V 0.015 0.010 0.001 0.001 0.051 0.922 180 P 0.030 0.008 0.003 0.005 0.184 0.770 181 R 0.016 0.005 0.583 0.049 0.286 0.060 182 D 0.037 0.001 0.636 0.029 0.247 0.050 183 K 0.197 0.002 0.556 0.025 0.184 0.037 184 C 0.846 0.005 0.010 0.012 0.026 0.101 185 V 0.967 0.007 0.002 0.004 0.006 0.015 186 Y 0.973 0.002 0.001 0.003 0.005 0.016 187 I 0.849 0.001 0.006 0.008 0.046 0.090 188 G 0.261 0.012 0.012 0.017 0.232 0.465 189 D 0.050 0.015 0.005 0.012 0.316 0.602 190 S 0.013 0.026 0.004 0.024 0.350 0.583 191 E 0.002 0.001 0.039 0.691 0.219 0.048 192 I 0.001 0.001 0.032 0.820 0.129 0.018 193 D 0.001 0.001 0.013 0.944 0.036 0.006 194 I 0.001 0.001 0.005 0.973 0.017 0.004 195 Q 0.001 0.001 0.004 0.980 0.012 0.003 196 T 0.001 0.001 0.005 0.984 0.008 0.001 197 A 0.001 0.001 0.008 0.977 0.011 0.002 198 R 0.001 0.001 0.015 0.969 0.012 0.004 199 N 0.001 0.001 0.018 0.956 0.016 0.008 200 S 0.003 0.001 0.013 0.856 0.044 0.083 201 E 0.004 0.001 0.001 0.006 0.065 0.924 202 M 0.048 0.001 0.001 0.002 0.097 0.851 203 D 0.497 0.005 0.002 0.002 0.075 0.419 204 E 0.961 0.004 0.001 0.001 0.008 0.025 205 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 206 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 207 V 0.890 0.004 0.002 0.004 0.030 0.070 208 N 0.543 0.015 0.005 0.009 0.200 0.228 209 W 0.086 0.013 0.019 0.016 0.523 0.343 210 G 0.031 0.008 0.023 0.018 0.599 0.321 211 F 0.039 0.016 0.033 0.034 0.530 0.349 212 R 0.040 0.030 0.024 0.064 0.371 0.471 213 S 0.031 0.013 0.037 0.185 0.300 0.433 214 V 0.009 0.003 0.086 0.455 0.263 0.184 215 P 0.008 0.003 0.097 0.582 0.211 0.098 216 F 0.005 0.002 0.118 0.683 0.153 0.039 217 L 0.007 0.004 0.103 0.678 0.149 0.059 218 Q 0.007 0.003 0.146 0.663 0.140 0.041 219 K 0.007 0.003 0.114 0.647 0.167 0.063 220 H 0.009 0.004 0.068 0.487 0.233 0.199 221 G 0.011 0.007 0.058 0.073 0.443 0.408 222 A 0.032 0.003 0.067 0.049 0.478 0.371 223 T 0.193 0.004 0.088 0.028 0.449 0.238 224 V 0.725 0.016 0.036 0.013 0.127 0.084 225 I 0.886 0.014 0.007 0.006 0.032 0.055 226 V 0.779 0.014 0.017 0.018 0.087 0.085 227 D 0.179 0.014 0.025 0.066 0.315 0.402 228 T 0.036 0.013 0.007 0.052 0.248 0.644 229 A 0.001 0.001 0.059 0.895 0.033 0.012 230 E 0.001 0.001 0.039 0.930 0.021 0.010 231 K 0.001 0.001 0.062 0.925 0.010 0.001 232 L 0.001 0.001 0.011 0.982 0.005 0.002 233 E 0.001 0.001 0.008 0.984 0.006 0.001 234 E 0.001 0.001 0.010 0.976 0.011 0.002 235 A 0.001 0.001 0.017 0.951 0.023 0.009 236 I 0.001 0.004 0.018 0.944 0.019 0.014 237 L 0.001 0.002 0.029 0.891 0.025 0.051 238 G 0.001 0.001 0.005 0.129 0.047 0.818 239 E 0.001 0.001 0.029 0.143 0.062 0.765