# TARGET T0329 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1744 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.015 0.040 0.075 0.080 0.099 0.023 0.540 2 K 0.130 0.006 0.059 0.107 0.115 0.144 0.023 0.416 3 Y 0.051 0.002 0.157 0.147 0.215 0.107 0.007 0.315 4 K 0.010 0.001 0.207 0.304 0.311 0.054 0.002 0.110 5 A 0.004 0.001 0.394 0.200 0.278 0.022 0.001 0.101 6 A 0.001 0.001 0.739 0.133 0.116 0.003 0.001 0.007 7 I 0.001 0.001 0.804 0.092 0.082 0.003 0.001 0.018 8 F 0.001 0.001 0.747 0.092 0.126 0.005 0.001 0.029 9 D 0.001 0.001 0.489 0.126 0.258 0.024 0.001 0.102 10 M 0.002 0.001 0.323 0.048 0.164 0.141 0.002 0.319 11 D 0.005 0.001 0.023 0.007 0.019 0.704 0.005 0.237 12 G 0.209 0.006 0.052 0.032 0.017 0.155 0.059 0.470 13 T 0.326 0.003 0.037 0.008 0.018 0.507 0.008 0.093 14 I 0.066 0.017 0.172 0.120 0.160 0.179 0.009 0.277 15 L 0.041 0.054 0.087 0.171 0.348 0.090 0.005 0.205 16 D 0.029 0.031 0.075 0.129 0.250 0.134 0.010 0.342 17 T 0.071 0.040 0.039 0.036 0.091 0.172 0.008 0.544 18 S 0.036 0.021 0.010 0.008 0.044 0.528 0.007 0.347 19 A 0.033 0.031 0.003 0.003 0.007 0.243 0.004 0.675 20 D 0.023 0.144 0.002 0.002 0.003 0.423 0.004 0.400 21 L 0.042 0.695 0.004 0.002 0.004 0.051 0.004 0.197 22 T 0.009 0.882 0.002 0.001 0.002 0.019 0.002 0.083 23 S 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.039 24 A 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 25 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 26 N 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 27 Y 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 28 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 29 F 0.009 0.965 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 30 E 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 31 Q 0.041 0.921 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 32 T 0.095 0.811 0.010 0.002 0.001 0.001 0.057 0.023 33 G 0.520 0.153 0.052 0.008 0.004 0.008 0.137 0.118 34 H 0.111 0.074 0.563 0.018 0.017 0.042 0.022 0.153 35 R 0.023 0.036 0.062 0.012 0.020 0.061 0.008 0.779 36 H 0.040 0.036 0.104 0.012 0.022 0.080 0.006 0.700 37 D 0.016 0.021 0.027 0.007 0.009 0.110 0.004 0.806 38 F 0.057 0.030 0.035 0.009 0.014 0.102 0.006 0.747 39 T 0.062 0.047 0.010 0.008 0.015 0.406 0.007 0.445 40 V 0.093 0.118 0.012 0.008 0.023 0.115 0.005 0.625 41 E 0.033 0.406 0.009 0.012 0.020 0.128 0.005 0.387 42 D 0.049 0.590 0.009 0.010 0.018 0.063 0.009 0.253 43 I 0.049 0.805 0.008 0.009 0.019 0.014 0.007 0.089 44 K 0.045 0.799 0.009 0.014 0.019 0.015 0.012 0.088 45 N 0.112 0.628 0.022 0.022 0.025 0.020 0.035 0.136 46 F 0.245 0.431 0.027 0.022 0.028 0.027 0.045 0.175 47 F 0.144 0.295 0.067 0.041 0.048 0.053 0.039 0.314 48 G 0.058 0.108 0.041 0.025 0.033 0.078 0.026 0.631 49 S 0.078 0.055 0.025 0.015 0.021 0.077 0.017 0.711 50 G 0.087 0.047 0.027 0.017 0.024 0.099 0.014 0.685 51 V 0.097 0.064 0.041 0.033 0.044 0.192 0.012 0.517 52 V 0.047 0.141 0.042 0.050 0.063 0.114 0.007 0.536 53 V 0.054 0.303 0.046 0.078 0.135 0.080 0.006 0.296 54 A 0.034 0.423 0.039 0.078 0.105 0.053 0.007 0.262 55 V 0.037 0.517 0.037 0.053 0.080 0.042 0.009 0.226 56 T 0.026 0.707 0.023 0.035 0.050 0.027 0.008 0.125 57 R 0.036 0.688 0.017 0.022 0.037 0.025 0.013 0.163 58 A 0.050 0.658 0.016 0.015 0.022 0.047 0.016 0.176 59 L 0.111 0.655 0.018 0.013 0.017 0.041 0.023 0.122 60 A 0.096 0.682 0.014 0.009 0.012 0.028 0.019 0.139 61 Y 0.114 0.593 0.030 0.014 0.021 0.033 0.026 0.169 62 E 0.120 0.506 0.023 0.014 0.017 0.057 0.027 0.237 63 A 0.197 0.423 0.042 0.016 0.027 0.041 0.028 0.226 64 G 0.148 0.242 0.031 0.016 0.019 0.060 0.034 0.450 65 S 0.149 0.130 0.049 0.013 0.018 0.084 0.027 0.529 66 S 0.101 0.091 0.025 0.009 0.016 0.087 0.015 0.654 67 R 0.085 0.073 0.024 0.008 0.017 0.203 0.014 0.575 68 E 0.102 0.121 0.031 0.011 0.016 0.289 0.014 0.415 69 S 0.126 0.338 0.036 0.018 0.023 0.150 0.014 0.296 70 L 0.104 0.362 0.048 0.026 0.039 0.061 0.014 0.346 71 V 0.077 0.358 0.060 0.039 0.064 0.082 0.015 0.304 72 A 0.072 0.369 0.050 0.042 0.078 0.075 0.016 0.298 73 F 0.100 0.347 0.033 0.040 0.066 0.052 0.021 0.340 74 G 0.161 0.179 0.040 0.027 0.038 0.081 0.035 0.439 75 T 0.207 0.159 0.056 0.029 0.036 0.091 0.024 0.397 76 K 0.082 0.138 0.038 0.022 0.038 0.085 0.013 0.583 77 D 0.059 0.119 0.025 0.019 0.039 0.103 0.014 0.622 78 E 0.142 0.125 0.030 0.015 0.026 0.136 0.024 0.502 79 Q 0.232 0.188 0.026 0.012 0.020 0.199 0.042 0.280 80 I 0.271 0.187 0.044 0.028 0.039 0.083 0.017 0.332 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 82 E 0.015 0.033 0.012 0.015 0.046 0.140 0.005 0.734 83 A 0.372 0.092 0.012 0.008 0.012 0.075 0.020 0.409 84 V 0.307 0.214 0.020 0.012 0.021 0.054 0.011 0.363 85 T 0.162 0.194 0.026 0.013 0.018 0.119 0.011 0.456 86 Q 0.115 0.168 0.024 0.006 0.014 0.063 0.010 0.600 87 T 0.061 0.215 0.008 0.005 0.009 0.151 0.009 0.542 88 E 0.091 0.294 0.008 0.004 0.008 0.204 0.012 0.379 89 V 0.044 0.754 0.006 0.003 0.006 0.033 0.005 0.149 90 N 0.016 0.800 0.005 0.003 0.005 0.029 0.005 0.137 91 R 0.023 0.852 0.004 0.003 0.004 0.016 0.004 0.094 92 V 0.022 0.924 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.035 93 L 0.015 0.947 0.003 0.002 0.004 0.004 0.003 0.023 94 E 0.018 0.929 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.036 95 V 0.056 0.856 0.004 0.002 0.002 0.005 0.014 0.060 96 F 0.053 0.862 0.007 0.003 0.003 0.005 0.022 0.046 97 K 0.064 0.681 0.020 0.011 0.011 0.016 0.015 0.183 98 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 99 Y 0.033 0.446 0.013 0.015 0.027 0.082 0.008 0.378 100 Y 0.075 0.743 0.013 0.007 0.007 0.016 0.010 0.128 101 A 0.040 0.761 0.014 0.009 0.015 0.019 0.007 0.135 102 D 0.062 0.740 0.013 0.010 0.010 0.019 0.009 0.137 103 H 0.100 0.720 0.013 0.009 0.011 0.017 0.017 0.113 104 C 0.107 0.676 0.021 0.017 0.019 0.023 0.025 0.113 105 Q 0.157 0.468 0.042 0.023 0.033 0.044 0.040 0.194 106 I 0.147 0.373 0.052 0.032 0.032 0.040 0.031 0.294 107 K 0.122 0.185 0.049 0.025 0.032 0.072 0.036 0.480 108 T 0.157 0.150 0.063 0.020 0.031 0.059 0.039 0.481 109 G 0.092 0.042 0.064 0.027 0.025 0.058 0.019 0.673 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 111 F 0.084 0.024 0.055 0.024 0.071 0.175 0.007 0.561 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 113 G 0.013 0.014 0.004 0.004 0.010 0.239 0.002 0.715 114 I 0.320 0.094 0.011 0.002 0.005 0.075 0.007 0.485 115 L 0.033 0.516 0.011 0.002 0.006 0.030 0.002 0.399 116 D 0.022 0.498 0.003 0.001 0.003 0.099 0.002 0.373 117 L 0.019 0.856 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.104 118 M 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 119 K 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 120 N 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 121 L 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 122 R 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 123 Q 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 124 K 0.146 0.725 0.005 0.001 0.001 0.001 0.115 0.008 125 G 0.854 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.132 0.006 126 V 0.010 0.002 0.966 0.004 0.002 0.004 0.003 0.009 127 K 0.002 0.004 0.544 0.054 0.053 0.037 0.003 0.303 128 L 0.002 0.001 0.488 0.024 0.059 0.026 0.001 0.399 129 A 0.001 0.001 0.952 0.025 0.015 0.003 0.001 0.004 130 V 0.001 0.001 0.892 0.030 0.019 0.006 0.001 0.051 131 V 0.001 0.001 0.824 0.066 0.079 0.006 0.001 0.024 132 S 0.002 0.002 0.454 0.119 0.163 0.049 0.002 0.208 133 N 0.012 0.002 0.189 0.046 0.137 0.069 0.013 0.533 134 K 0.020 0.001 0.018 0.006 0.015 0.616 0.002 0.321 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 N 0.007 0.004 0.004 0.007 0.018 0.227 0.002 0.730 137 E 0.097 0.020 0.007 0.006 0.008 0.165 0.007 0.689 138 A 0.131 0.168 0.007 0.011 0.023 0.161 0.005 0.494 139 V 0.128 0.500 0.014 0.025 0.053 0.063 0.006 0.210 140 Q 0.025 0.719 0.015 0.017 0.028 0.028 0.004 0.165 141 V 0.021 0.787 0.008 0.016 0.024 0.016 0.006 0.124 142 L 0.029 0.868 0.006 0.012 0.019 0.008 0.007 0.053 143 V 0.034 0.845 0.009 0.011 0.024 0.007 0.008 0.062 144 E 0.042 0.731 0.012 0.010 0.020 0.018 0.017 0.149 145 E 0.134 0.543 0.012 0.009 0.009 0.017 0.048 0.228 146 L 0.362 0.211 0.011 0.006 0.005 0.019 0.111 0.275 147 F 0.248 0.149 0.099 0.023 0.026 0.057 0.043 0.354 148 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 149 G 0.015 0.033 0.017 0.017 0.031 0.101 0.008 0.778 150 S 0.351 0.062 0.044 0.016 0.019 0.101 0.025 0.381 151 F 0.184 0.114 0.170 0.060 0.067 0.100 0.017 0.287 152 D 0.071 0.078 0.212 0.150 0.133 0.081 0.014 0.262 153 F 0.057 0.062 0.281 0.131 0.200 0.065 0.011 0.195 154 A 0.066 0.080 0.260 0.197 0.247 0.050 0.014 0.087 155 L 0.038 0.036 0.382 0.192 0.208 0.035 0.013 0.096 156 G 0.029 0.031 0.207 0.167 0.219 0.048 0.013 0.286 157 E 0.028 0.014 0.189 0.071 0.184 0.071 0.011 0.432 158 K 0.020 0.011 0.044 0.038 0.076 0.126 0.012 0.673 159 S 0.077 0.008 0.026 0.026 0.045 0.141 0.014 0.664 160 G 0.117 0.017 0.043 0.046 0.056 0.113 0.015 0.592 161 I 0.071 0.022 0.048 0.044 0.070 0.141 0.009 0.595 162 R 0.080 0.039 0.079 0.106 0.145 0.100 0.013 0.438 163 R 0.131 0.053 0.033 0.032 0.072 0.097 0.035 0.547 164 K 0.311 0.030 0.113 0.066 0.086 0.085 0.016 0.293 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 166 A 0.016 0.007 0.026 0.028 0.102 0.160 0.003 0.659 167 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 168 D 0.020 0.008 0.003 0.005 0.011 0.167 0.001 0.784 169 M 0.269 0.040 0.006 0.002 0.003 0.125 0.004 0.552 170 T 0.103 0.460 0.011 0.004 0.010 0.110 0.004 0.298 171 S 0.020 0.830 0.006 0.002 0.005 0.024 0.002 0.112 172 E 0.014 0.784 0.002 0.001 0.001 0.020 0.002 0.177 173 C 0.015 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 174 V 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 175 K 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 176 V 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 177 L 0.033 0.928 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 0.006 178 G 0.732 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.203 0.035 179 V 0.045 0.013 0.879 0.016 0.008 0.006 0.007 0.027 180 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 181 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.005 0.001 0.983 182 D 0.030 0.003 0.060 0.012 0.013 0.210 0.008 0.664 183 K 0.657 0.001 0.060 0.008 0.007 0.170 0.014 0.082 184 C 0.420 0.010 0.293 0.057 0.053 0.041 0.009 0.118 185 V 0.003 0.003 0.820 0.059 0.058 0.009 0.001 0.048 186 Y 0.003 0.003 0.478 0.096 0.138 0.033 0.002 0.247 187 I 0.002 0.003 0.686 0.060 0.140 0.017 0.001 0.089 188 G 0.003 0.006 0.346 0.049 0.100 0.087 0.003 0.407 189 D 0.016 0.004 0.147 0.019 0.043 0.136 0.006 0.629 190 S 0.041 0.006 0.036 0.007 0.014 0.259 0.004 0.634 191 E 0.046 0.009 0.013 0.003 0.009 0.463 0.006 0.451 192 I 0.059 0.030 0.008 0.003 0.005 0.510 0.005 0.381 193 D 0.046 0.258 0.007 0.004 0.007 0.378 0.006 0.294 194 I 0.017 0.851 0.008 0.004 0.009 0.016 0.002 0.092 195 Q 0.016 0.745 0.006 0.004 0.015 0.089 0.005 0.121 196 T 0.025 0.908 0.001 0.002 0.005 0.016 0.003 0.039 197 A 0.019 0.956 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 198 R 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 199 N 0.073 0.883 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 200 S 0.374 0.441 0.019 0.007 0.005 0.003 0.115 0.036 201 E 0.686 0.031 0.012 0.007 0.005 0.007 0.149 0.104 202 M 0.049 0.018 0.729 0.019 0.024 0.032 0.011 0.118 203 D 0.010 0.017 0.166 0.066 0.070 0.126 0.007 0.537 204 E 0.013 0.005 0.213 0.021 0.032 0.065 0.004 0.647 205 I 0.017 0.010 0.731 0.075 0.056 0.035 0.004 0.073 206 A 0.008 0.008 0.750 0.060 0.062 0.024 0.003 0.086 207 V 0.005 0.010 0.540 0.120 0.182 0.017 0.003 0.122 208 N 0.006 0.018 0.382 0.095 0.189 0.056 0.004 0.250 209 W 0.021 0.013 0.174 0.051 0.107 0.085 0.010 0.538 210 G 0.067 0.011 0.069 0.025 0.043 0.169 0.017 0.599 211 F 0.210 0.012 0.058 0.019 0.036 0.149 0.018 0.499 212 R 0.109 0.030 0.049 0.033 0.035 0.142 0.017 0.584 213 S 0.081 0.023 0.027 0.012 0.023 0.122 0.019 0.693 214 V 0.091 0.033 0.033 0.018 0.038 0.082 0.006 0.699 215 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 216 F 0.013 0.046 0.007 0.010 0.030 0.199 0.003 0.692 217 L 0.219 0.389 0.011 0.009 0.021 0.059 0.009 0.283 218 Q 0.117 0.636 0.008 0.008 0.019 0.033 0.011 0.169 219 K 0.187 0.607 0.011 0.008 0.009 0.019 0.018 0.141 220 H 0.212 0.505 0.025 0.012 0.011 0.017 0.058 0.160 221 G 0.496 0.099 0.024 0.016 0.013 0.022 0.101 0.229 222 A 0.070 0.030 0.335 0.024 0.023 0.057 0.025 0.435 223 T 0.073 0.034 0.359 0.064 0.071 0.110 0.016 0.273 224 V 0.042 0.015 0.683 0.046 0.060 0.031 0.004 0.119 225 I 0.017 0.017 0.564 0.052 0.092 0.071 0.004 0.182 226 V 0.007 0.010 0.810 0.043 0.039 0.016 0.003 0.072 227 D 0.015 0.014 0.324 0.040 0.065 0.202 0.005 0.335 228 T 0.049 0.009 0.064 0.010 0.041 0.416 0.007 0.404 229 A 0.032 0.017 0.030 0.003 0.036 0.093 0.005 0.784 230 E 0.016 0.007 0.004 0.001 0.002 0.358 0.003 0.608 231 K 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.953 0.001 0.036 232 L 0.137 0.688 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.166 233 E 0.003 0.834 0.002 0.001 0.005 0.010 0.001 0.144 234 E 0.012 0.841 0.002 0.002 0.002 0.007 0.005 0.129 235 A 0.043 0.917 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.028 236 I 0.090 0.850 0.002 0.002 0.005 0.002 0.012 0.038 237 L 0.046 0.865 0.016 0.004 0.004 0.004 0.014 0.047 238 G 0.358 0.283 0.014 0.005 0.003 0.007 0.118 0.212 239 E 0.462 0.120 0.122 0.007 0.005 0.016 0.077 0.191