# TARGET T0329 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1744 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.993 2 K 0.115 0.023 0.001 0.003 0.008 0.014 0.835 3 Y 0.353 0.009 0.001 0.001 0.039 0.005 0.592 4 K 0.777 0.001 0.001 0.001 0.144 0.001 0.075 5 A 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 6 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 7 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 8 F 0.948 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 9 D 0.413 0.004 0.002 0.001 0.036 0.006 0.539 10 M 0.114 0.010 0.030 0.005 0.255 0.301 0.285 11 D 0.044 0.013 0.036 0.007 0.278 0.487 0.135 12 G 0.138 0.008 0.043 0.016 0.300 0.212 0.283 13 T 0.302 0.032 0.027 0.031 0.213 0.064 0.332 14 I 0.484 0.069 0.024 0.031 0.092 0.047 0.254 15 L 0.450 0.056 0.022 0.035 0.089 0.043 0.306 16 D 0.166 0.034 0.012 0.029 0.221 0.058 0.480 17 T 0.038 0.009 0.013 0.085 0.218 0.067 0.570 18 S 0.002 0.001 0.047 0.775 0.059 0.064 0.051 19 A 0.001 0.001 0.033 0.911 0.015 0.032 0.008 20 D 0.001 0.001 0.019 0.950 0.006 0.017 0.008 21 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.003 0.006 0.004 22 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 23 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 24 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 25 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.003 29 F 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.009 0.004 30 E 0.001 0.001 0.004 0.949 0.003 0.039 0.004 31 Q 0.001 0.001 0.006 0.845 0.007 0.133 0.008 32 T 0.001 0.001 0.008 0.443 0.039 0.468 0.040 33 G 0.001 0.003 0.012 0.066 0.105 0.582 0.231 34 H 0.008 0.014 0.021 0.033 0.187 0.052 0.685 35 R 0.023 0.024 0.031 0.052 0.178 0.050 0.643 36 H 0.021 0.015 0.046 0.141 0.166 0.064 0.547 37 D 0.019 0.011 0.037 0.215 0.098 0.067 0.554 38 F 0.012 0.005 0.056 0.593 0.059 0.084 0.192 39 T 0.008 0.002 0.039 0.788 0.032 0.053 0.078 40 V 0.011 0.002 0.037 0.814 0.029 0.047 0.059 41 E 0.020 0.004 0.026 0.822 0.028 0.039 0.061 42 D 0.030 0.005 0.022 0.812 0.030 0.042 0.059 43 I 0.031 0.004 0.024 0.807 0.025 0.065 0.044 44 K 0.031 0.005 0.030 0.751 0.033 0.095 0.056 45 N 0.031 0.008 0.040 0.654 0.051 0.132 0.085 46 F 0.030 0.006 0.036 0.511 0.074 0.214 0.127 47 F 0.024 0.007 0.033 0.389 0.126 0.196 0.226 48 G 0.020 0.008 0.034 0.381 0.159 0.122 0.276 49 S 0.019 0.008 0.035 0.531 0.093 0.090 0.225 50 G 0.011 0.004 0.037 0.739 0.043 0.057 0.111 51 V 0.017 0.003 0.037 0.788 0.029 0.054 0.072 52 V 0.025 0.003 0.031 0.811 0.026 0.041 0.062 53 V 0.037 0.005 0.026 0.807 0.031 0.035 0.060 54 A 0.047 0.005 0.025 0.790 0.026 0.048 0.059 55 V 0.046 0.007 0.027 0.734 0.032 0.086 0.069 56 T 0.036 0.009 0.030 0.651 0.051 0.112 0.112 57 R 0.027 0.007 0.034 0.556 0.081 0.133 0.162 58 A 0.020 0.006 0.048 0.479 0.084 0.181 0.181 59 L 0.015 0.006 0.060 0.415 0.112 0.187 0.205 60 A 0.019 0.007 0.077 0.371 0.118 0.192 0.217 61 Y 0.028 0.008 0.082 0.387 0.126 0.177 0.192 62 E 0.038 0.014 0.071 0.401 0.106 0.156 0.214 63 A 0.041 0.015 0.054 0.370 0.111 0.100 0.308 64 G 0.045 0.012 0.051 0.400 0.091 0.128 0.274 65 S 0.042 0.010 0.059 0.454 0.091 0.136 0.209 66 S 0.040 0.007 0.065 0.485 0.088 0.145 0.170 67 R 0.056 0.008 0.055 0.496 0.085 0.148 0.153 68 E 0.069 0.010 0.043 0.529 0.083 0.087 0.179 69 S 0.079 0.012 0.033 0.560 0.078 0.064 0.174 70 L 0.073 0.008 0.029 0.612 0.060 0.065 0.153 71 V 0.058 0.008 0.030 0.657 0.050 0.066 0.132 72 A 0.048 0.005 0.028 0.700 0.043 0.055 0.120 73 F 0.042 0.004 0.025 0.734 0.037 0.057 0.100 74 G 0.036 0.004 0.023 0.773 0.038 0.045 0.082 75 T 0.035 0.003 0.023 0.788 0.033 0.045 0.073 76 K 0.040 0.004 0.023 0.790 0.029 0.047 0.067 77 D 0.040 0.004 0.025 0.777 0.032 0.050 0.070 78 E 0.041 0.004 0.029 0.758 0.036 0.058 0.074 79 Q 0.034 0.005 0.033 0.737 0.040 0.066 0.086 80 I 0.025 0.005 0.040 0.694 0.049 0.087 0.100 81 P 0.016 0.005 0.049 0.609 0.064 0.134 0.124 82 E 0.010 0.004 0.050 0.541 0.096 0.148 0.152 83 A 0.007 0.004 0.052 0.478 0.105 0.157 0.198 84 V 0.004 0.004 0.054 0.416 0.112 0.174 0.236 85 T 0.003 0.004 0.049 0.437 0.103 0.141 0.263 86 Q 0.002 0.003 0.050 0.589 0.082 0.118 0.155 87 T 0.003 0.003 0.040 0.682 0.055 0.103 0.115 88 E 0.002 0.003 0.028 0.746 0.041 0.065 0.115 89 V 0.002 0.002 0.013 0.839 0.032 0.036 0.077 90 N 0.002 0.001 0.007 0.902 0.019 0.029 0.041 91 R 0.001 0.001 0.004 0.926 0.014 0.026 0.028 92 V 0.001 0.001 0.003 0.937 0.010 0.026 0.022 93 L 0.001 0.001 0.002 0.947 0.010 0.026 0.015 94 E 0.001 0.001 0.001 0.951 0.008 0.026 0.013 95 V 0.001 0.001 0.001 0.953 0.008 0.021 0.016 96 F 0.001 0.001 0.001 0.956 0.008 0.016 0.017 97 K 0.001 0.001 0.001 0.967 0.007 0.013 0.010 98 P 0.001 0.001 0.001 0.970 0.005 0.014 0.008 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.969 0.005 0.014 0.009 100 Y 0.002 0.001 0.002 0.961 0.007 0.018 0.010 101 A 0.003 0.001 0.005 0.941 0.008 0.032 0.011 102 D 0.004 0.001 0.010 0.895 0.014 0.059 0.018 103 H 0.004 0.001 0.017 0.796 0.026 0.123 0.034 104 C 0.007 0.004 0.038 0.588 0.063 0.212 0.089 105 Q 0.013 0.006 0.095 0.347 0.117 0.231 0.190 106 I 0.012 0.003 0.124 0.232 0.114 0.376 0.139 107 K 0.019 0.008 0.110 0.135 0.166 0.362 0.199 108 T 0.038 0.012 0.047 0.070 0.238 0.077 0.517 109 G 0.072 0.035 0.039 0.038 0.164 0.070 0.582 110 P 0.085 0.056 0.026 0.053 0.116 0.036 0.627 111 F 0.025 0.005 0.013 0.017 0.052 0.023 0.864 112 P 0.006 0.004 0.097 0.135 0.124 0.555 0.080 113 G 0.010 0.018 0.057 0.193 0.166 0.362 0.194 114 I 0.001 0.001 0.025 0.911 0.024 0.009 0.028 115 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.002 0.003 0.005 116 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 117 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 120 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 122 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.006 0.926 0.003 0.062 0.002 124 K 0.001 0.001 0.004 0.189 0.015 0.789 0.002 125 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.956 0.024 126 V 0.019 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.943 127 K 0.430 0.001 0.001 0.001 0.231 0.001 0.338 128 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 129 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 130 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 131 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 132 S 0.283 0.002 0.001 0.001 0.177 0.016 0.521 133 N 0.025 0.002 0.006 0.007 0.655 0.074 0.232 134 K 0.010 0.013 0.020 0.029 0.527 0.086 0.316 135 P 0.016 0.018 0.071 0.270 0.184 0.102 0.339 136 N 0.005 0.002 0.110 0.727 0.042 0.068 0.047 137 E 0.006 0.002 0.079 0.792 0.021 0.071 0.029 138 A 0.005 0.002 0.041 0.875 0.014 0.040 0.023 139 V 0.006 0.002 0.021 0.911 0.012 0.021 0.026 140 Q 0.011 0.001 0.019 0.920 0.012 0.019 0.017 141 V 0.010 0.001 0.019 0.920 0.011 0.023 0.016 142 L 0.007 0.002 0.026 0.902 0.013 0.034 0.016 143 V 0.006 0.003 0.048 0.814 0.016 0.090 0.022 144 E 0.008 0.003 0.062 0.645 0.035 0.191 0.056 145 E 0.005 0.002 0.051 0.353 0.080 0.436 0.072 146 L 0.009 0.007 0.030 0.131 0.093 0.496 0.235 147 F 0.010 0.017 0.165 0.292 0.080 0.117 0.320 148 P 0.012 0.008 0.449 0.220 0.051 0.121 0.137 149 G 0.020 0.004 0.398 0.186 0.061 0.248 0.083 150 S 0.072 0.021 0.252 0.235 0.055 0.232 0.131 151 F 0.243 0.010 0.018 0.086 0.143 0.053 0.446 152 D 0.403 0.002 0.010 0.037 0.332 0.034 0.182 153 F 0.896 0.009 0.005 0.037 0.014 0.009 0.029 154 A 0.936 0.005 0.004 0.025 0.003 0.005 0.023 155 L 0.903 0.008 0.002 0.022 0.011 0.008 0.047 156 G 0.536 0.007 0.005 0.030 0.055 0.029 0.338 157 E 0.096 0.006 0.054 0.084 0.219 0.164 0.378 158 K 0.042 0.009 0.127 0.122 0.255 0.270 0.175 159 S 0.037 0.021 0.227 0.152 0.177 0.218 0.167 160 G 0.052 0.026 0.143 0.163 0.197 0.165 0.255 161 I 0.037 0.012 0.088 0.134 0.134 0.317 0.278 162 R 0.039 0.016 0.052 0.077 0.240 0.318 0.258 163 R 0.030 0.014 0.020 0.026 0.352 0.150 0.408 164 K 0.031 0.022 0.007 0.014 0.407 0.030 0.489 165 P 0.023 0.050 0.005 0.017 0.150 0.018 0.738 166 A 0.012 0.009 0.004 0.031 0.048 0.013 0.882 167 P 0.003 0.002 0.023 0.578 0.037 0.048 0.309 168 D 0.001 0.001 0.013 0.936 0.009 0.024 0.016 169 M 0.001 0.001 0.007 0.964 0.007 0.010 0.010 170 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 171 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 172 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 173 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 174 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 175 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 176 V 0.001 0.001 0.001 0.937 0.002 0.059 0.001 177 L 0.001 0.001 0.003 0.376 0.020 0.593 0.007 178 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.054 0.835 0.097 179 V 0.007 0.015 0.001 0.001 0.135 0.007 0.835 180 P 0.016 0.010 0.001 0.001 0.026 0.002 0.946 181 R 0.011 0.003 0.632 0.022 0.110 0.159 0.064 182 D 0.006 0.002 0.612 0.015 0.050 0.299 0.016 183 K 0.063 0.004 0.576 0.018 0.071 0.171 0.096 184 C 0.746 0.019 0.014 0.008 0.012 0.012 0.191 185 V 0.896 0.012 0.004 0.003 0.011 0.011 0.063 186 Y 0.942 0.014 0.003 0.002 0.007 0.009 0.022 187 I 0.897 0.005 0.002 0.002 0.017 0.010 0.066 188 G 0.461 0.014 0.003 0.003 0.139 0.053 0.326 189 D 0.041 0.005 0.003 0.005 0.267 0.038 0.640 190 S 0.013 0.006 0.003 0.016 0.259 0.038 0.666 191 E 0.001 0.001 0.043 0.775 0.056 0.112 0.013 192 I 0.001 0.001 0.038 0.865 0.013 0.069 0.014 193 D 0.001 0.001 0.012 0.932 0.010 0.023 0.021 194 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.004 0.004 195 Q 0.003 0.001 0.001 0.983 0.002 0.005 0.005 196 T 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.006 0.002 197 A 0.003 0.001 0.003 0.983 0.003 0.005 0.004 198 R 0.001 0.001 0.010 0.971 0.002 0.014 0.002 199 N 0.002 0.001 0.013 0.888 0.006 0.085 0.006 200 S 0.001 0.001 0.013 0.355 0.038 0.574 0.017 201 E 0.003 0.001 0.004 0.007 0.019 0.891 0.075 202 M 0.036 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 0.921 203 D 0.398 0.002 0.001 0.001 0.389 0.003 0.206 204 E 0.974 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 205 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 206 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 207 V 0.944 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 208 N 0.590 0.006 0.002 0.003 0.074 0.011 0.313 209 W 0.109 0.006 0.014 0.011 0.260 0.132 0.467 210 G 0.021 0.015 0.040 0.019 0.372 0.253 0.281 211 F 0.021 0.014 0.065 0.057 0.362 0.227 0.253 212 R 0.017 0.023 0.063 0.090 0.301 0.156 0.351 213 S 0.011 0.018 0.058 0.172 0.181 0.139 0.423 214 V 0.006 0.005 0.101 0.483 0.094 0.124 0.187 215 P 0.006 0.003 0.136 0.616 0.044 0.104 0.091 216 F 0.005 0.004 0.156 0.646 0.035 0.078 0.076 217 L 0.006 0.003 0.156 0.665 0.032 0.072 0.066 218 Q 0.008 0.003 0.235 0.573 0.021 0.117 0.043 219 K 0.016 0.002 0.206 0.507 0.037 0.171 0.061 220 H 0.018 0.013 0.115 0.457 0.102 0.197 0.099 221 G 0.063 0.027 0.034 0.110 0.176 0.196 0.394 222 A 0.076 0.005 0.007 0.014 0.080 0.036 0.783 223 T 0.352 0.007 0.011 0.015 0.378 0.034 0.203 224 V 0.876 0.031 0.005 0.007 0.018 0.007 0.056 225 I 0.901 0.013 0.005 0.007 0.006 0.006 0.062 226 V 0.680 0.017 0.003 0.007 0.028 0.013 0.253 227 D 0.140 0.024 0.004 0.003 0.378 0.040 0.412 228 T 0.025 0.011 0.001 0.002 0.679 0.009 0.271 229 A 0.001 0.002 0.178 0.687 0.036 0.054 0.041 230 E 0.001 0.001 0.211 0.731 0.010 0.040 0.006 231 K 0.001 0.003 0.198 0.749 0.006 0.039 0.004 232 L 0.001 0.001 0.023 0.948 0.007 0.014 0.007 233 E 0.001 0.001 0.021 0.947 0.004 0.017 0.011 234 E 0.001 0.001 0.026 0.902 0.006 0.054 0.011 235 A 0.001 0.001 0.037 0.865 0.006 0.080 0.010 236 I 0.004 0.014 0.032 0.748 0.052 0.109 0.040 237 L 0.004 0.004 0.018 0.430 0.041 0.451 0.052 238 G 0.005 0.006 0.013 0.185 0.009 0.334 0.448 239 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997