# TARGET T0329 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1744 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.541 0.322 0.104 0.029 0.004 0.001 0.001 2 K 0.324 0.475 0.145 0.046 0.008 0.001 0.001 3 Y 0.004 0.030 0.095 0.266 0.434 0.164 0.007 4 K 0.003 0.046 0.149 0.333 0.293 0.158 0.017 5 A 0.001 0.001 0.003 0.019 0.105 0.478 0.396 6 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.269 0.690 7 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.247 0.718 8 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.227 0.737 9 D 0.001 0.005 0.018 0.050 0.122 0.345 0.459 10 M 0.001 0.003 0.008 0.031 0.118 0.341 0.498 11 D 0.004 0.022 0.050 0.112 0.194 0.305 0.313 12 G 0.010 0.025 0.056 0.116 0.169 0.326 0.299 13 T 0.008 0.013 0.024 0.059 0.127 0.360 0.409 14 I 0.005 0.006 0.013 0.041 0.122 0.386 0.428 15 L 0.003 0.007 0.016 0.038 0.120 0.374 0.442 16 D 0.006 0.023 0.056 0.129 0.203 0.339 0.244 17 T 0.006 0.022 0.042 0.105 0.240 0.393 0.192 18 S 0.016 0.084 0.166 0.266 0.268 0.158 0.042 19 A 0.068 0.207 0.251 0.244 0.144 0.069 0.016 20 D 0.005 0.027 0.086 0.197 0.321 0.279 0.085 21 L 0.002 0.007 0.014 0.052 0.195 0.532 0.200 22 T 0.003 0.042 0.143 0.272 0.314 0.197 0.028 23 S 0.009 0.097 0.300 0.347 0.169 0.072 0.007 24 A 0.001 0.003 0.008 0.043 0.231 0.553 0.161 25 L 0.001 0.002 0.005 0.031 0.170 0.591 0.201 26 N 0.004 0.087 0.283 0.367 0.184 0.070 0.005 27 Y 0.008 0.092 0.246 0.362 0.233 0.058 0.002 28 A 0.001 0.005 0.015 0.078 0.330 0.520 0.050 29 F 0.007 0.029 0.111 0.317 0.366 0.160 0.010 30 E 0.170 0.460 0.238 0.098 0.026 0.007 0.001 31 Q 0.217 0.356 0.227 0.138 0.050 0.012 0.001 32 T 0.080 0.146 0.248 0.284 0.181 0.056 0.005 33 G 0.360 0.286 0.173 0.104 0.056 0.020 0.002 34 H 0.213 0.218 0.194 0.208 0.123 0.040 0.005 35 R 0.350 0.295 0.176 0.111 0.051 0.017 0.002 36 H 0.197 0.177 0.178 0.199 0.164 0.075 0.010 37 D 0.296 0.218 0.167 0.158 0.105 0.047 0.008 38 F 0.327 0.241 0.169 0.139 0.082 0.035 0.006 39 T 0.333 0.235 0.159 0.137 0.085 0.042 0.008 40 V 0.276 0.226 0.172 0.146 0.104 0.061 0.014 41 E 0.176 0.167 0.169 0.192 0.163 0.108 0.025 42 D 0.146 0.139 0.155 0.195 0.192 0.141 0.031 43 I 0.185 0.180 0.172 0.178 0.148 0.108 0.028 44 K 0.138 0.125 0.132 0.175 0.195 0.181 0.053 45 N 0.089 0.088 0.111 0.173 0.225 0.236 0.077 46 F 0.113 0.119 0.137 0.178 0.197 0.190 0.067 47 F 0.167 0.143 0.140 0.162 0.171 0.163 0.054 48 G 0.147 0.165 0.160 0.176 0.164 0.140 0.049 49 S 0.128 0.157 0.155 0.180 0.183 0.147 0.050 50 G 0.126 0.144 0.155 0.194 0.191 0.149 0.041 51 V 0.203 0.257 0.208 0.156 0.099 0.063 0.014 52 V 0.132 0.183 0.188 0.205 0.171 0.102 0.019 53 V 0.076 0.087 0.113 0.188 0.246 0.244 0.047 54 A 0.146 0.181 0.192 0.201 0.155 0.105 0.020 55 V 0.225 0.253 0.189 0.149 0.103 0.066 0.014 56 T 0.114 0.131 0.159 0.207 0.207 0.153 0.029 57 R 0.170 0.139 0.159 0.190 0.180 0.137 0.025 58 A 0.283 0.219 0.164 0.141 0.107 0.072 0.015 59 L 0.257 0.204 0.172 0.165 0.121 0.069 0.011 60 A 0.276 0.206 0.160 0.156 0.117 0.073 0.013 61 Y 0.300 0.191 0.158 0.148 0.120 0.072 0.012 62 E 0.339 0.215 0.159 0.144 0.093 0.044 0.006 63 A 0.342 0.200 0.149 0.146 0.105 0.051 0.007 64 G 0.405 0.229 0.147 0.113 0.068 0.031 0.006 65 S 0.376 0.221 0.154 0.124 0.078 0.040 0.007 66 S 0.388 0.211 0.136 0.125 0.086 0.045 0.009 67 R 0.369 0.214 0.150 0.122 0.085 0.049 0.011 68 E 0.317 0.195 0.153 0.148 0.109 0.063 0.013 69 S 0.303 0.195 0.143 0.143 0.118 0.079 0.019 70 L 0.298 0.191 0.150 0.144 0.115 0.079 0.023 71 V 0.274 0.174 0.142 0.151 0.132 0.099 0.028 72 A 0.247 0.158 0.128 0.149 0.150 0.125 0.043 73 F 0.260 0.182 0.150 0.145 0.126 0.100 0.037 74 G 0.257 0.178 0.144 0.153 0.134 0.103 0.032 75 T 0.241 0.177 0.139 0.147 0.138 0.117 0.041 76 K 0.219 0.169 0.148 0.159 0.148 0.120 0.038 77 D 0.216 0.169 0.153 0.166 0.149 0.115 0.031 78 E 0.252 0.181 0.145 0.151 0.135 0.107 0.030 79 Q 0.243 0.178 0.151 0.159 0.139 0.103 0.028 80 I 0.242 0.171 0.151 0.164 0.146 0.103 0.023 81 P 0.280 0.203 0.157 0.147 0.116 0.079 0.019 82 E 0.290 0.197 0.155 0.153 0.116 0.072 0.016 83 A 0.337 0.210 0.150 0.134 0.098 0.058 0.013 84 V 0.312 0.208 0.156 0.145 0.106 0.060 0.013 85 T 0.370 0.231 0.152 0.120 0.077 0.041 0.008 86 Q 0.387 0.226 0.146 0.118 0.074 0.041 0.009 87 T 0.424 0.221 0.132 0.104 0.069 0.040 0.009 88 E 0.285 0.221 0.166 0.146 0.108 0.060 0.013 89 V 0.221 0.197 0.179 0.180 0.135 0.075 0.014 90 N 0.352 0.248 0.155 0.120 0.075 0.041 0.008 91 R 0.326 0.247 0.169 0.128 0.080 0.043 0.008 92 V 0.172 0.163 0.163 0.197 0.182 0.107 0.017 93 L 0.171 0.170 0.181 0.203 0.165 0.094 0.016 94 E 0.367 0.267 0.156 0.108 0.062 0.034 0.006 95 V 0.263 0.251 0.186 0.147 0.095 0.050 0.009 96 F 0.116 0.122 0.149 0.213 0.224 0.153 0.024 97 K 0.160 0.170 0.185 0.208 0.168 0.095 0.014 98 P 0.305 0.263 0.170 0.130 0.083 0.043 0.006 99 Y 0.170 0.185 0.180 0.197 0.161 0.094 0.013 100 Y 0.115 0.119 0.150 0.219 0.229 0.148 0.019 101 A 0.204 0.197 0.177 0.181 0.146 0.084 0.012 102 D 0.311 0.237 0.164 0.142 0.091 0.047 0.007 103 H 0.240 0.209 0.181 0.179 0.123 0.060 0.008 104 C 0.178 0.180 0.186 0.213 0.160 0.073 0.009 105 Q 0.257 0.207 0.180 0.178 0.123 0.049 0.006 106 I 0.381 0.278 0.166 0.108 0.049 0.016 0.002 107 K 0.256 0.269 0.196 0.155 0.086 0.034 0.004 108 T 0.076 0.093 0.129 0.249 0.273 0.166 0.015 109 G 0.132 0.252 0.242 0.198 0.121 0.049 0.006 110 P 0.035 0.094 0.148 0.291 0.289 0.133 0.010 111 F 0.013 0.105 0.272 0.335 0.220 0.051 0.002 112 P 0.206 0.418 0.238 0.099 0.029 0.008 0.001 113 G 0.010 0.117 0.283 0.355 0.183 0.045 0.007 114 I 0.001 0.002 0.008 0.054 0.348 0.521 0.066 115 L 0.004 0.116 0.376 0.348 0.124 0.029 0.003 116 D 0.014 0.313 0.408 0.208 0.046 0.010 0.001 117 L 0.001 0.002 0.008 0.053 0.299 0.578 0.060 118 M 0.001 0.001 0.006 0.080 0.402 0.483 0.029 119 K 0.013 0.365 0.407 0.168 0.040 0.007 0.002 120 N 0.007 0.090 0.371 0.394 0.119 0.018 0.001 121 L 0.001 0.005 0.015 0.114 0.526 0.331 0.008 122 R 0.024 0.182 0.419 0.311 0.058 0.006 0.001 123 Q 0.556 0.370 0.053 0.017 0.004 0.001 0.001 124 K 0.034 0.273 0.464 0.206 0.022 0.001 0.001 125 G 0.232 0.555 0.166 0.041 0.006 0.001 0.001 126 V 0.001 0.010 0.065 0.235 0.473 0.212 0.004 127 K 0.001 0.010 0.066 0.362 0.417 0.141 0.004 128 L 0.001 0.001 0.002 0.013 0.115 0.637 0.233 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.281 0.703 130 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.183 0.806 131 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.240 0.736 132 S 0.001 0.003 0.015 0.067 0.223 0.484 0.209 133 N 0.004 0.038 0.111 0.224 0.328 0.237 0.057 134 K 0.057 0.188 0.224 0.213 0.177 0.111 0.030 135 P 0.135 0.242 0.237 0.203 0.126 0.050 0.007 136 N 0.135 0.191 0.250 0.230 0.135 0.053 0.006 137 E 0.324 0.300 0.190 0.112 0.051 0.020 0.002 138 A 0.109 0.202 0.234 0.228 0.160 0.061 0.007 139 V 0.083 0.121 0.167 0.248 0.257 0.115 0.010 140 Q 0.208 0.292 0.242 0.159 0.068 0.027 0.004 141 V 0.248 0.285 0.203 0.147 0.078 0.035 0.004 142 L 0.114 0.160 0.178 0.218 0.203 0.112 0.015 143 V 0.071 0.102 0.201 0.291 0.236 0.089 0.010 144 E 0.303 0.360 0.207 0.095 0.027 0.007 0.001 145 E 0.289 0.271 0.186 0.150 0.081 0.021 0.002 146 L 0.256 0.305 0.237 0.135 0.052 0.014 0.001 147 F 0.071 0.107 0.162 0.288 0.260 0.104 0.009 148 P 0.149 0.277 0.249 0.199 0.095 0.028 0.004 149 G 0.223 0.308 0.197 0.142 0.086 0.037 0.006 150 S 0.056 0.141 0.217 0.270 0.201 0.098 0.016 151 F 0.039 0.048 0.077 0.161 0.277 0.315 0.084 152 D 0.080 0.172 0.228 0.252 0.162 0.086 0.020 153 F 0.075 0.091 0.110 0.166 0.230 0.264 0.064 154 A 0.028 0.034 0.054 0.119 0.210 0.375 0.180 155 L 0.043 0.053 0.077 0.150 0.235 0.315 0.128 156 G 0.103 0.150 0.165 0.192 0.199 0.150 0.040 157 E 0.120 0.172 0.173 0.213 0.180 0.111 0.032 158 K 0.227 0.235 0.188 0.165 0.107 0.062 0.016 159 S 0.283 0.269 0.204 0.138 0.070 0.030 0.006 160 G 0.151 0.168 0.184 0.216 0.178 0.088 0.016 161 I 0.259 0.241 0.193 0.158 0.098 0.043 0.008 162 R 0.288 0.239 0.205 0.151 0.080 0.032 0.005 163 R 0.209 0.231 0.176 0.189 0.123 0.062 0.010 164 K 0.046 0.086 0.129 0.214 0.271 0.215 0.040 165 P 0.042 0.094 0.137 0.218 0.259 0.202 0.048 166 A 0.053 0.229 0.268 0.227 0.138 0.073 0.012 167 P 0.034 0.148 0.265 0.288 0.190 0.067 0.008 168 D 0.140 0.386 0.291 0.130 0.039 0.012 0.001 169 M 0.007 0.038 0.095 0.228 0.373 0.214 0.045 170 T 0.003 0.009 0.021 0.090 0.296 0.488 0.093 171 S 0.010 0.144 0.334 0.351 0.132 0.027 0.001 172 E 0.025 0.207 0.343 0.280 0.121 0.023 0.001 173 C 0.003 0.009 0.019 0.093 0.352 0.485 0.038 174 V 0.004 0.019 0.110 0.398 0.345 0.117 0.007 175 K 0.201 0.577 0.185 0.032 0.004 0.001 0.001 176 V 0.160 0.383 0.264 0.142 0.043 0.007 0.001 177 L 0.006 0.045 0.189 0.393 0.290 0.073 0.004 178 G 0.227 0.468 0.208 0.072 0.021 0.003 0.001 179 V 0.028 0.086 0.154 0.363 0.298 0.065 0.005 180 P 0.168 0.399 0.280 0.120 0.029 0.004 0.001 181 R 0.046 0.169 0.237 0.295 0.207 0.044 0.002 182 D 0.033 0.205 0.270 0.292 0.153 0.045 0.003 183 K 0.003 0.044 0.135 0.309 0.339 0.157 0.013 184 C 0.001 0.001 0.004 0.025 0.129 0.530 0.311 185 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.048 0.340 0.601 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.212 0.754 187 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.262 0.682 188 G 0.001 0.005 0.015 0.044 0.111 0.318 0.505 189 D 0.001 0.007 0.017 0.052 0.168 0.384 0.371 190 S 0.006 0.036 0.083 0.158 0.274 0.307 0.137 191 E 0.026 0.093 0.169 0.234 0.226 0.193 0.060 192 I 0.067 0.150 0.177 0.216 0.208 0.134 0.048 193 D 0.020 0.058 0.107 0.183 0.248 0.271 0.112 194 I 0.006 0.024 0.063 0.166 0.315 0.324 0.102 195 Q 0.045 0.175 0.226 0.244 0.174 0.102 0.034 196 T 0.017 0.047 0.097 0.194 0.259 0.299 0.087 197 A 0.006 0.009 0.017 0.055 0.207 0.502 0.203 198 R 0.025 0.103 0.203 0.319 0.212 0.112 0.026 199 N 0.058 0.165 0.213 0.235 0.203 0.109 0.016 200 S 0.010 0.038 0.068 0.178 0.343 0.309 0.054 201 E 0.010 0.069 0.155 0.241 0.249 0.238 0.037 202 M 0.001 0.003 0.014 0.063 0.206 0.521 0.192 203 D 0.001 0.006 0.026 0.118 0.316 0.408 0.123 204 E 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.332 0.619 205 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.176 0.811 206 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.234 0.723 207 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.055 0.306 0.625 208 N 0.002 0.010 0.029 0.082 0.217 0.433 0.227 209 W 0.011 0.051 0.118 0.207 0.268 0.264 0.082 210 G 0.037 0.115 0.164 0.233 0.253 0.166 0.032 211 F 0.095 0.157 0.204 0.233 0.190 0.106 0.014 212 R 0.180 0.254 0.223 0.180 0.108 0.048 0.006 213 S 0.313 0.286 0.179 0.124 0.068 0.027 0.004 214 V 0.313 0.265 0.196 0.148 0.062 0.016 0.002 215 P 0.584 0.286 0.086 0.033 0.009 0.002 0.001 216 F 0.341 0.334 0.186 0.097 0.032 0.008 0.001 217 L 0.138 0.147 0.182 0.250 0.207 0.071 0.005 218 Q 0.277 0.292 0.223 0.146 0.050 0.012 0.001 219 K 0.487 0.319 0.120 0.051 0.017 0.005 0.001 220 H 0.179 0.256 0.236 0.203 0.100 0.024 0.002 221 G 0.155 0.311 0.266 0.174 0.069 0.022 0.002 222 A 0.029 0.056 0.100 0.227 0.329 0.229 0.029 223 T 0.064 0.152 0.236 0.260 0.198 0.081 0.009 224 V 0.028 0.062 0.106 0.216 0.292 0.257 0.040 225 I 0.013 0.035 0.067 0.173 0.296 0.353 0.064 226 V 0.007 0.024 0.065 0.192 0.344 0.318 0.050 227 D 0.046 0.217 0.258 0.217 0.159 0.086 0.018 228 T 0.027 0.156 0.258 0.322 0.173 0.056 0.006 229 A 0.011 0.048 0.105 0.234 0.372 0.214 0.016 230 E 0.246 0.441 0.225 0.069 0.016 0.003 0.001 231 K 0.161 0.368 0.300 0.135 0.030 0.005 0.001 232 L 0.021 0.027 0.049 0.164 0.416 0.307 0.016 233 E 0.074 0.218 0.330 0.260 0.105 0.013 0.001 234 E 0.442 0.456 0.087 0.013 0.001 0.001 0.001 235 A 0.093 0.182 0.326 0.302 0.088 0.010 0.001 236 I 0.087 0.103 0.183 0.357 0.236 0.033 0.001 237 L 0.516 0.383 0.085 0.015 0.002 0.001 0.001 238 G 0.816 0.161 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 239 E 0.526 0.263 0.129 0.061 0.018 0.002 0.001