# TARGET T0329 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4931 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.001 0.002 0.001 0.056 0.929 2 K 0.087 0.009 0.002 0.001 0.063 0.839 3 Y 0.266 0.011 0.001 0.001 0.075 0.647 4 K 0.661 0.003 0.001 0.001 0.050 0.286 5 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 6 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 9 D 0.777 0.002 0.001 0.001 0.110 0.110 10 M 0.181 0.005 0.006 0.002 0.611 0.196 11 D 0.044 0.006 0.020 0.002 0.807 0.121 12 G 0.126 0.013 0.033 0.007 0.747 0.074 13 T 0.383 0.022 0.031 0.014 0.340 0.209 14 I 0.629 0.036 0.022 0.017 0.175 0.121 15 L 0.503 0.073 0.015 0.031 0.156 0.222 16 D 0.192 0.037 0.008 0.044 0.320 0.399 17 T 0.037 0.010 0.009 0.114 0.326 0.504 18 S 0.017 0.007 0.024 0.406 0.278 0.268 19 A 0.004 0.003 0.026 0.846 0.092 0.028 20 D 0.005 0.003 0.026 0.844 0.068 0.054 21 L 0.002 0.001 0.006 0.972 0.009 0.009 22 T 0.003 0.001 0.005 0.972 0.009 0.011 23 S 0.002 0.001 0.004 0.981 0.008 0.006 24 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 25 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 30 E 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.002 31 Q 0.001 0.001 0.008 0.971 0.011 0.009 32 T 0.001 0.001 0.012 0.867 0.031 0.088 33 G 0.001 0.002 0.009 0.049 0.131 0.809 34 H 0.006 0.010 0.027 0.037 0.334 0.587 35 R 0.016 0.012 0.039 0.034 0.490 0.409 36 H 0.023 0.008 0.034 0.040 0.462 0.432 37 D 0.045 0.018 0.026 0.038 0.327 0.546 38 F 0.079 0.062 0.006 0.030 0.153 0.670 39 T 0.047 0.019 0.002 0.040 0.076 0.816 40 V 0.001 0.001 0.019 0.967 0.006 0.007 41 E 0.002 0.001 0.035 0.950 0.009 0.003 42 D 0.003 0.001 0.053 0.927 0.013 0.003 43 I 0.007 0.002 0.022 0.947 0.014 0.008 44 K 0.008 0.002 0.030 0.929 0.020 0.011 45 N 0.005 0.001 0.032 0.899 0.040 0.023 46 F 0.008 0.004 0.030 0.776 0.101 0.082 47 F 0.006 0.008 0.019 0.695 0.127 0.147 48 G 0.007 0.004 0.013 0.300 0.260 0.416 49 S 0.006 0.002 0.010 0.504 0.160 0.319 50 G 0.017 0.006 0.006 0.562 0.099 0.310 51 V 0.017 0.003 0.003 0.883 0.027 0.066 52 V 0.014 0.001 0.002 0.955 0.008 0.019 53 V 0.017 0.001 0.002 0.964 0.007 0.008 54 A 0.028 0.001 0.004 0.948 0.010 0.009 55 V 0.017 0.001 0.004 0.963 0.008 0.007 56 T 0.014 0.001 0.006 0.962 0.008 0.009 57 R 0.013 0.001 0.009 0.946 0.014 0.018 58 A 0.016 0.002 0.010 0.912 0.024 0.037 59 L 0.018 0.003 0.017 0.854 0.046 0.063 60 A 0.023 0.003 0.029 0.750 0.091 0.104 61 Y 0.026 0.002 0.055 0.660 0.131 0.126 62 E 0.046 0.007 0.053 0.574 0.163 0.157 63 A 0.050 0.008 0.042 0.565 0.157 0.178 64 G 0.051 0.012 0.029 0.224 0.210 0.473 65 S 0.036 0.018 0.019 0.136 0.278 0.513 66 S 0.024 0.010 0.059 0.330 0.303 0.275 67 R 0.017 0.002 0.060 0.645 0.178 0.096 68 E 0.021 0.002 0.051 0.769 0.123 0.033 69 S 0.052 0.005 0.031 0.786 0.081 0.044 70 L 0.090 0.006 0.023 0.801 0.041 0.038 71 V 0.102 0.003 0.028 0.803 0.033 0.031 72 A 0.083 0.003 0.025 0.817 0.035 0.038 73 F 0.072 0.006 0.027 0.759 0.054 0.081 74 G 0.068 0.010 0.032 0.440 0.173 0.278 75 T 0.058 0.010 0.067 0.325 0.252 0.288 76 K 0.057 0.015 0.108 0.258 0.288 0.274 77 D 0.052 0.012 0.188 0.188 0.317 0.243 78 E 0.060 0.015 0.161 0.193 0.295 0.276 79 Q 0.088 0.031 0.108 0.175 0.302 0.295 80 I 0.067 0.046 0.048 0.117 0.411 0.311 81 P 0.035 0.017 0.067 0.073 0.588 0.220 82 E 0.019 0.007 0.069 0.057 0.612 0.237 83 A 0.025 0.013 0.033 0.025 0.501 0.403 84 V 0.028 0.050 0.004 0.016 0.190 0.713 85 T 0.013 0.012 0.001 0.016 0.049 0.911 86 Q 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.006 87 T 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 90 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 91 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 92 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 93 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 94 E 0.001 0.001 0.012 0.978 0.006 0.002 95 V 0.001 0.001 0.010 0.958 0.012 0.019 96 F 0.001 0.002 0.008 0.901 0.019 0.069 97 K 0.005 0.003 0.025 0.632 0.095 0.240 98 P 0.002 0.001 0.073 0.779 0.086 0.060 99 Y 0.006 0.002 0.107 0.742 0.098 0.045 100 Y 0.009 0.004 0.070 0.807 0.081 0.029 101 A 0.010 0.002 0.062 0.794 0.083 0.049 102 D 0.013 0.001 0.074 0.748 0.100 0.064 103 H 0.045 0.006 0.094 0.595 0.156 0.105 104 C 0.091 0.011 0.074 0.470 0.162 0.193 105 Q 0.097 0.013 0.071 0.458 0.158 0.203 106 I 0.116 0.017 0.059 0.414 0.156 0.238 107 K 0.102 0.020 0.051 0.194 0.242 0.391 108 T 0.077 0.032 0.025 0.067 0.255 0.544 109 G 0.062 0.025 0.017 0.018 0.236 0.642 110 P 0.040 0.048 0.012 0.016 0.204 0.679 111 F 0.012 0.026 0.009 0.013 0.808 0.131 112 P 0.002 0.005 0.036 0.101 0.772 0.085 113 G 0.001 0.002 0.040 0.370 0.501 0.087 114 I 0.002 0.004 0.012 0.903 0.071 0.008 115 L 0.003 0.003 0.003 0.948 0.015 0.028 116 D 0.004 0.004 0.006 0.962 0.013 0.012 117 L 0.005 0.001 0.011 0.966 0.009 0.009 118 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 119 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 120 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 124 K 0.001 0.001 0.013 0.852 0.025 0.110 125 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.984 126 V 0.014 0.001 0.001 0.001 0.030 0.955 127 K 0.696 0.001 0.001 0.001 0.027 0.275 128 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 132 S 0.487 0.002 0.001 0.001 0.136 0.374 133 N 0.026 0.003 0.002 0.002 0.328 0.640 134 K 0.009 0.013 0.002 0.004 0.339 0.633 135 P 0.009 0.013 0.013 0.102 0.293 0.571 136 N 0.006 0.005 0.044 0.648 0.163 0.133 137 E 0.003 0.001 0.021 0.925 0.034 0.016 138 A 0.002 0.001 0.007 0.974 0.008 0.007 139 V 0.003 0.001 0.003 0.988 0.003 0.003 140 Q 0.006 0.001 0.003 0.982 0.004 0.004 141 V 0.003 0.001 0.003 0.987 0.004 0.003 142 L 0.002 0.001 0.003 0.990 0.003 0.002 143 V 0.001 0.001 0.008 0.984 0.004 0.003 144 E 0.001 0.001 0.027 0.958 0.009 0.005 145 E 0.001 0.001 0.026 0.933 0.017 0.022 146 L 0.002 0.004 0.021 0.821 0.040 0.112 147 F 0.004 0.007 0.015 0.071 0.332 0.570 148 P 0.003 0.001 0.165 0.046 0.548 0.237 149 G 0.012 0.002 0.228 0.024 0.595 0.139 150 S 0.055 0.023 0.330 0.037 0.464 0.091 151 F 0.141 0.021 0.049 0.029 0.359 0.402 152 D 0.205 0.003 0.022 0.018 0.323 0.428 153 F 0.753 0.009 0.008 0.011 0.089 0.130 154 A 0.918 0.010 0.002 0.010 0.022 0.039 155 L 0.890 0.016 0.002 0.011 0.016 0.064 156 G 0.612 0.012 0.003 0.015 0.099 0.259 157 E 0.208 0.007 0.028 0.022 0.386 0.350 158 K 0.091 0.008 0.054 0.016 0.571 0.259 159 S 0.058 0.019 0.093 0.031 0.615 0.184 160 G 0.064 0.026 0.082 0.040 0.496 0.292 161 I 0.110 0.074 0.096 0.054 0.319 0.348 162 R 0.108 0.066 0.105 0.052 0.332 0.337 163 R 0.084 0.047 0.044 0.037 0.354 0.433 164 K 0.033 0.029 0.010 0.014 0.323 0.591 165 P 0.017 0.026 0.004 0.022 0.209 0.722 166 A 0.009 0.014 0.003 0.072 0.183 0.719 167 P 0.001 0.001 0.011 0.865 0.065 0.056 168 D 0.001 0.001 0.015 0.936 0.032 0.016 169 M 0.001 0.001 0.013 0.978 0.006 0.003 170 T 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 171 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 172 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 173 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 174 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 175 K 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 176 V 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 177 L 0.001 0.001 0.007 0.937 0.015 0.040 178 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.958 179 V 0.011 0.021 0.002 0.001 0.102 0.863 180 P 0.039 0.015 0.007 0.001 0.170 0.768 181 R 0.011 0.002 0.751 0.015 0.180 0.041 182 D 0.028 0.001 0.687 0.012 0.230 0.043 183 K 0.162 0.002 0.526 0.023 0.244 0.042 184 C 0.727 0.009 0.015 0.029 0.077 0.143 185 V 0.908 0.013 0.002 0.012 0.016 0.049 186 Y 0.945 0.006 0.001 0.007 0.025 0.016 187 I 0.853 0.009 0.002 0.006 0.059 0.071 188 G 0.229 0.010 0.004 0.009 0.366 0.382 189 D 0.066 0.013 0.002 0.009 0.358 0.551 190 S 0.023 0.008 0.009 0.143 0.219 0.598 191 E 0.003 0.002 0.049 0.883 0.048 0.016 192 I 0.002 0.001 0.042 0.901 0.042 0.012 193 D 0.003 0.002 0.026 0.934 0.017 0.017 194 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 195 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 196 T 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 197 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 198 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 199 N 0.001 0.001 0.017 0.945 0.017 0.020 200 S 0.002 0.001 0.025 0.753 0.056 0.163 201 E 0.002 0.001 0.002 0.003 0.040 0.953 202 M 0.027 0.002 0.002 0.001 0.098 0.870 203 D 0.297 0.002 0.003 0.001 0.106 0.590 204 E 0.929 0.003 0.002 0.001 0.014 0.051 205 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 206 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 207 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.007 0.034 208 N 0.699 0.005 0.001 0.002 0.105 0.188 209 W 0.210 0.013 0.005 0.005 0.323 0.444 210 G 0.053 0.012 0.013 0.005 0.537 0.381 211 F 0.056 0.026 0.031 0.012 0.507 0.368 212 R 0.040 0.016 0.034 0.022 0.413 0.474 213 S 0.043 0.038 0.037 0.111 0.272 0.499 214 V 0.024 0.008 0.037 0.340 0.176 0.415 215 P 0.009 0.002 0.058 0.760 0.094 0.077 216 F 0.009 0.007 0.073 0.817 0.065 0.029 217 L 0.009 0.007 0.042 0.881 0.044 0.018 218 Q 0.011 0.001 0.051 0.879 0.038 0.020 219 K 0.008 0.002 0.027 0.855 0.052 0.055 220 H 0.006 0.002 0.020 0.800 0.059 0.113 221 G 0.011 0.002 0.002 0.007 0.130 0.847 222 A 0.048 0.002 0.008 0.009 0.178 0.755 223 T 0.335 0.006 0.020 0.019 0.183 0.438 224 V 0.895 0.012 0.008 0.007 0.031 0.048 225 I 0.944 0.005 0.003 0.006 0.014 0.029 226 V 0.931 0.003 0.005 0.006 0.017 0.039 227 D 0.522 0.009 0.008 0.025 0.120 0.317 228 T 0.047 0.004 0.030 0.087 0.207 0.625 229 A 0.002 0.001 0.177 0.709 0.072 0.039 230 E 0.002 0.001 0.179 0.778 0.033 0.008 231 K 0.001 0.001 0.060 0.913 0.020 0.005 232 L 0.001 0.001 0.017 0.965 0.009 0.007 233 E 0.001 0.001 0.012 0.976 0.006 0.004 234 E 0.001 0.001 0.020 0.955 0.015 0.008 235 A 0.001 0.001 0.013 0.939 0.027 0.019 236 I 0.002 0.002 0.010 0.907 0.055 0.025 237 L 0.001 0.002 0.008 0.757 0.121 0.110 238 G 0.002 0.001 0.008 0.120 0.259 0.611 239 E 0.009 0.004 0.018 0.070 0.385 0.514