# TARGET T0329 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4931 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.003 0.042 0.045 0.073 0.172 0.041 0.610 2 K 0.021 0.003 0.050 0.030 0.049 0.163 0.074 0.611 3 Y 0.005 0.002 0.081 0.056 0.061 0.191 0.089 0.515 4 K 0.001 0.001 0.512 0.066 0.136 0.054 0.103 0.126 5 A 0.001 0.001 0.570 0.066 0.117 0.022 0.111 0.112 6 A 0.001 0.001 0.829 0.069 0.047 0.007 0.019 0.028 7 I 0.002 0.001 0.710 0.072 0.096 0.020 0.036 0.062 8 F 0.003 0.001 0.703 0.037 0.060 0.063 0.041 0.092 9 D 0.136 0.004 0.268 0.020 0.027 0.194 0.117 0.234 10 M 0.103 0.008 0.059 0.008 0.011 0.248 0.104 0.458 11 D 0.016 0.005 0.045 0.005 0.021 0.229 0.038 0.640 12 G 0.029 0.008 0.170 0.030 0.110 0.144 0.147 0.362 13 T 0.023 0.010 0.182 0.132 0.131 0.094 0.155 0.272 14 I 0.011 0.012 0.199 0.078 0.115 0.085 0.080 0.419 15 L 0.025 0.022 0.147 0.092 0.109 0.118 0.043 0.445 16 D 0.106 0.079 0.084 0.044 0.046 0.122 0.095 0.424 17 T 0.169 0.350 0.013 0.007 0.010 0.065 0.058 0.328 18 S 0.099 0.158 0.012 0.004 0.007 0.058 0.390 0.273 19 A 0.023 0.243 0.010 0.007 0.007 0.055 0.489 0.166 20 D 0.017 0.818 0.003 0.002 0.003 0.020 0.047 0.090 21 L 0.016 0.917 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.032 22 T 0.014 0.642 0.004 0.002 0.003 0.009 0.297 0.030 23 S 0.008 0.847 0.003 0.001 0.001 0.007 0.108 0.024 24 A 0.006 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.009 25 L 0.006 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 26 N 0.005 0.969 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 27 Y 0.013 0.939 0.009 0.001 0.001 0.004 0.017 0.017 28 A 0.027 0.107 0.044 0.002 0.001 0.011 0.788 0.020 29 F 0.057 0.177 0.045 0.002 0.002 0.028 0.609 0.080 30 E 0.238 0.186 0.022 0.002 0.003 0.044 0.066 0.439 31 Q 0.059 0.049 0.028 0.004 0.004 0.076 0.045 0.734 32 T 0.023 0.018 0.022 0.005 0.009 0.139 0.051 0.733 33 G 0.163 0.016 0.020 0.006 0.007 0.131 0.062 0.595 34 H 0.229 0.013 0.015 0.007 0.007 0.107 0.035 0.586 35 R 0.032 0.006 0.015 0.004 0.007 0.113 0.032 0.791 36 H 0.022 0.031 0.043 0.009 0.021 0.130 0.051 0.693 37 D 0.021 0.053 0.062 0.017 0.020 0.129 0.029 0.668 38 F 0.022 0.092 0.091 0.032 0.019 0.100 0.045 0.599 39 T 0.076 0.729 0.016 0.006 0.008 0.021 0.047 0.097 40 V 0.117 0.721 0.013 0.004 0.005 0.017 0.047 0.076 41 E 0.028 0.427 0.044 0.023 0.023 0.047 0.168 0.239 42 D 0.053 0.584 0.017 0.010 0.015 0.035 0.135 0.151 43 I 0.138 0.512 0.020 0.010 0.015 0.045 0.109 0.152 44 K 0.091 0.218 0.039 0.031 0.044 0.068 0.136 0.373 45 N 0.101 0.090 0.016 0.014 0.022 0.079 0.147 0.532 46 F 0.061 0.056 0.033 0.022 0.023 0.135 0.141 0.529 47 F 0.101 0.072 0.022 0.014 0.022 0.124 0.055 0.589 48 G 0.099 0.163 0.008 0.006 0.009 0.072 0.038 0.605 49 S 0.024 0.333 0.011 0.008 0.011 0.078 0.022 0.514 50 G 0.017 0.717 0.017 0.009 0.014 0.034 0.042 0.150 51 V 0.029 0.815 0.006 0.006 0.007 0.016 0.059 0.063 52 V 0.008 0.120 0.013 0.005 0.005 0.009 0.812 0.026 53 V 0.005 0.640 0.010 0.009 0.010 0.012 0.276 0.038 54 A 0.019 0.885 0.009 0.004 0.009 0.008 0.029 0.038 55 V 0.025 0.799 0.018 0.015 0.014 0.014 0.057 0.058 56 T 0.045 0.720 0.016 0.010 0.014 0.020 0.068 0.108 57 R 0.071 0.593 0.021 0.009 0.007 0.041 0.073 0.186 58 A 0.089 0.490 0.038 0.010 0.009 0.066 0.068 0.231 59 L 0.164 0.340 0.030 0.008 0.010 0.059 0.085 0.305 60 A 0.108 0.200 0.025 0.006 0.010 0.068 0.096 0.487 61 Y 0.099 0.080 0.044 0.010 0.012 0.082 0.187 0.487 62 E 0.056 0.055 0.026 0.015 0.015 0.130 0.154 0.548 63 A 0.041 0.051 0.024 0.007 0.012 0.137 0.053 0.675 64 G 0.072 0.065 0.024 0.008 0.012 0.144 0.039 0.634 65 S 0.098 0.134 0.016 0.008 0.011 0.108 0.127 0.498 66 S 0.073 0.378 0.011 0.006 0.010 0.083 0.100 0.339 67 R 0.051 0.571 0.012 0.007 0.015 0.063 0.050 0.231 68 E 0.035 0.553 0.022 0.017 0.025 0.057 0.065 0.225 69 S 0.028 0.552 0.043 0.027 0.050 0.049 0.094 0.156 70 L 0.101 0.408 0.045 0.031 0.056 0.054 0.135 0.170 71 V 0.052 0.067 0.052 0.044 0.047 0.059 0.497 0.183 72 A 0.029 0.116 0.039 0.034 0.052 0.101 0.255 0.374 73 F 0.063 0.190 0.033 0.020 0.044 0.106 0.073 0.471 74 G 0.091 0.172 0.027 0.028 0.034 0.106 0.060 0.483 75 T 0.101 0.154 0.027 0.022 0.030 0.085 0.104 0.476 76 K 0.161 0.187 0.013 0.012 0.017 0.088 0.069 0.454 77 D 0.197 0.113 0.028 0.013 0.014 0.089 0.118 0.428 78 E 0.032 0.068 0.027 0.016 0.019 0.123 0.057 0.659 79 Q 0.032 0.034 0.043 0.010 0.017 0.101 0.047 0.715 80 I 0.369 0.066 0.021 0.013 0.011 0.085 0.052 0.384 81 P 0.158 0.026 0.019 0.006 0.009 0.077 0.164 0.540 82 E 0.032 0.060 0.016 0.005 0.012 0.120 0.052 0.703 83 A 0.015 0.038 0.014 0.006 0.010 0.125 0.047 0.744 84 V 0.027 0.218 0.024 0.012 0.007 0.114 0.053 0.543 85 T 0.082 0.783 0.003 0.001 0.001 0.013 0.058 0.060 86 Q 0.050 0.624 0.008 0.001 0.001 0.017 0.224 0.074 87 T 0.010 0.810 0.007 0.002 0.002 0.018 0.088 0.063 88 E 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 89 V 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.009 90 N 0.008 0.912 0.007 0.001 0.001 0.004 0.050 0.017 91 R 0.017 0.896 0.005 0.001 0.001 0.007 0.047 0.026 92 V 0.077 0.616 0.044 0.002 0.002 0.014 0.205 0.039 93 L 0.119 0.629 0.015 0.002 0.003 0.020 0.097 0.114 94 E 0.098 0.263 0.024 0.002 0.003 0.042 0.078 0.491 95 V 0.021 0.155 0.035 0.006 0.005 0.098 0.102 0.578 96 F 0.074 0.305 0.025 0.006 0.006 0.090 0.072 0.422 97 K 0.259 0.317 0.012 0.003 0.003 0.053 0.045 0.306 98 P 0.055 0.259 0.030 0.006 0.006 0.083 0.061 0.500 99 Y 0.073 0.309 0.034 0.007 0.008 0.074 0.086 0.409 100 Y 0.169 0.370 0.030 0.008 0.008 0.062 0.073 0.278 101 A 0.123 0.226 0.038 0.009 0.011 0.073 0.070 0.449 102 D 0.065 0.168 0.035 0.012 0.018 0.082 0.083 0.536 103 H 0.073 0.089 0.048 0.019 0.029 0.117 0.116 0.510 104 C 0.066 0.031 0.060 0.042 0.055 0.107 0.195 0.444 105 Q 0.116 0.017 0.024 0.026 0.050 0.099 0.117 0.551 106 I 0.105 0.008 0.017 0.021 0.026 0.105 0.034 0.684 107 K 0.017 0.004 0.016 0.018 0.043 0.112 0.025 0.766 108 T 0.038 0.008 0.013 0.009 0.020 0.119 0.026 0.766 109 G 0.015 0.010 0.043 0.053 0.038 0.198 0.053 0.590 110 P 0.056 0.053 0.011 0.005 0.006 0.071 0.021 0.776 111 F 0.478 0.279 0.005 0.003 0.002 0.019 0.139 0.075 112 P 0.029 0.348 0.016 0.005 0.005 0.065 0.057 0.475 113 G 0.014 0.835 0.005 0.001 0.002 0.013 0.030 0.100 114 I 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 115 L 0.017 0.960 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 116 D 0.014 0.551 0.008 0.002 0.001 0.005 0.395 0.025 117 L 0.014 0.926 0.004 0.001 0.001 0.003 0.047 0.006 118 M 0.015 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 119 K 0.008 0.898 0.015 0.003 0.001 0.003 0.012 0.059 120 N 0.056 0.776 0.015 0.001 0.001 0.013 0.033 0.104 121 L 0.189 0.008 0.266 0.004 0.001 0.011 0.488 0.033 122 R 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.030 123 Q 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.921 124 K 0.001 0.001 0.039 0.001 0.003 0.233 0.003 0.720 125 G 0.002 0.001 0.034 0.001 0.005 0.061 0.015 0.882 126 V 0.004 0.001 0.091 0.031 0.008 0.193 0.030 0.642 127 K 0.001 0.001 0.928 0.006 0.009 0.011 0.019 0.027 128 L 0.001 0.001 0.704 0.044 0.053 0.013 0.116 0.068 129 A 0.001 0.001 0.961 0.010 0.009 0.001 0.014 0.004 130 V 0.001 0.001 0.872 0.039 0.042 0.006 0.014 0.025 131 V 0.008 0.001 0.696 0.080 0.080 0.032 0.031 0.073 132 S 0.009 0.004 0.248 0.024 0.060 0.155 0.082 0.418 133 N 0.043 0.016 0.036 0.008 0.018 0.249 0.031 0.601 134 K 0.095 0.101 0.014 0.006 0.006 0.172 0.064 0.541 135 P 0.064 0.722 0.002 0.001 0.001 0.028 0.038 0.144 136 N 0.030 0.893 0.002 0.001 0.001 0.008 0.033 0.034 137 E 0.006 0.926 0.001 0.003 0.002 0.007 0.023 0.032 138 A 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.009 139 V 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 140 Q 0.004 0.946 0.004 0.001 0.002 0.001 0.037 0.006 141 V 0.012 0.921 0.010 0.003 0.002 0.004 0.033 0.015 142 L 0.123 0.601 0.063 0.006 0.005 0.012 0.150 0.040 143 V 0.452 0.218 0.033 0.005 0.004 0.020 0.142 0.126 144 E 0.168 0.048 0.011 0.002 0.002 0.036 0.068 0.666 145 E 0.017 0.009 0.009 0.002 0.002 0.061 0.036 0.864 146 L 0.056 0.006 0.011 0.003 0.003 0.115 0.043 0.763 147 F 0.325 0.008 0.004 0.002 0.002 0.075 0.040 0.544 148 P 0.053 0.006 0.006 0.001 0.002 0.093 0.016 0.823 149 G 0.026 0.009 0.033 0.004 0.009 0.197 0.029 0.693 150 S 0.040 0.018 0.064 0.008 0.013 0.133 0.061 0.663 151 F 0.043 0.024 0.169 0.027 0.031 0.165 0.091 0.449 152 D 0.009 0.012 0.319 0.033 0.074 0.086 0.107 0.359 153 F 0.008 0.010 0.500 0.078 0.130 0.048 0.068 0.158 154 A 0.007 0.008 0.475 0.093 0.134 0.043 0.043 0.199 155 L 0.006 0.005 0.432 0.148 0.174 0.043 0.047 0.145 156 G 0.025 0.013 0.235 0.099 0.165 0.087 0.135 0.241 157 E 0.127 0.030 0.071 0.060 0.076 0.134 0.079 0.423 158 K 0.134 0.024 0.024 0.020 0.035 0.117 0.042 0.604 159 S 0.035 0.016 0.030 0.021 0.040 0.114 0.076 0.668 160 G 0.123 0.018 0.022 0.037 0.073 0.108 0.068 0.552 161 I 0.132 0.006 0.017 0.059 0.059 0.089 0.062 0.575 162 R 0.016 0.003 0.016 0.040 0.066 0.104 0.020 0.734 163 R 0.018 0.003 0.013 0.017 0.038 0.104 0.018 0.789 164 K 0.012 0.005 0.015 0.030 0.022 0.171 0.012 0.732 165 P 0.069 0.046 0.008 0.003 0.005 0.086 0.020 0.763 166 A 0.225 0.113 0.002 0.001 0.001 0.026 0.522 0.111 167 P 0.030 0.114 0.002 0.001 0.001 0.021 0.758 0.074 168 D 0.021 0.513 0.002 0.001 0.001 0.026 0.333 0.102 169 M 0.006 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.027 170 T 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.008 171 S 0.005 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.008 172 E 0.005 0.978 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 173 C 0.086 0.809 0.053 0.001 0.002 0.006 0.031 0.012 174 V 0.090 0.025 0.634 0.005 0.002 0.010 0.208 0.026 175 K 0.811 0.009 0.024 0.001 0.001 0.009 0.006 0.139 176 V 0.203 0.001 0.018 0.001 0.001 0.022 0.008 0.748 177 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.112 0.003 0.872 178 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.042 0.001 0.952 179 V 0.006 0.001 0.006 0.004 0.001 0.093 0.005 0.885 180 P 0.687 0.018 0.019 0.004 0.002 0.047 0.063 0.160 181 R 0.367 0.016 0.010 0.001 0.002 0.112 0.038 0.453 182 D 0.007 0.005 0.083 0.004 0.013 0.110 0.042 0.737 183 K 0.006 0.005 0.439 0.041 0.108 0.075 0.127 0.198 184 C 0.004 0.004 0.268 0.060 0.121 0.087 0.127 0.330 185 V 0.004 0.002 0.697 0.086 0.102 0.026 0.025 0.059 186 Y 0.013 0.003 0.413 0.089 0.167 0.064 0.062 0.188 187 I 0.028 0.008 0.328 0.073 0.106 0.126 0.094 0.236 188 G 0.054 0.016 0.074 0.020 0.042 0.182 0.055 0.556 189 D 0.082 0.053 0.040 0.013 0.017 0.158 0.104 0.533 190 S 0.112 0.329 0.020 0.007 0.011 0.087 0.072 0.362 191 E 0.101 0.405 0.018 0.005 0.009 0.078 0.073 0.311 192 I 0.020 0.236 0.016 0.014 0.014 0.073 0.318 0.309 193 D 0.018 0.855 0.003 0.001 0.002 0.012 0.075 0.033 194 I 0.025 0.914 0.002 0.001 0.001 0.007 0.028 0.022 195 Q 0.029 0.446 0.045 0.012 0.011 0.020 0.359 0.077 196 T 0.053 0.241 0.017 0.003 0.005 0.023 0.605 0.053 197 A 0.185 0.118 0.051 0.005 0.004 0.033 0.503 0.100 198 R 0.377 0.107 0.012 0.008 0.009 0.050 0.076 0.361 199 N 0.023 0.014 0.004 0.001 0.002 0.053 0.026 0.877 200 S 0.012 0.015 0.045 0.006 0.010 0.229 0.042 0.640 201 E 0.148 0.032 0.069 0.011 0.018 0.171 0.129 0.422 202 M 0.045 0.010 0.047 0.006 0.007 0.179 0.059 0.646 203 D 0.011 0.011 0.453 0.016 0.054 0.107 0.084 0.264 204 E 0.006 0.005 0.431 0.028 0.067 0.047 0.128 0.288 205 I 0.002 0.002 0.793 0.049 0.041 0.023 0.028 0.064 206 A 0.003 0.002 0.708 0.043 0.067 0.029 0.035 0.113 207 V 0.031 0.005 0.423 0.086 0.071 0.078 0.054 0.251 208 N 0.133 0.009 0.170 0.031 0.048 0.120 0.091 0.399 209 W 0.061 0.006 0.047 0.016 0.032 0.142 0.059 0.637 210 G 0.044 0.010 0.041 0.018 0.039 0.121 0.059 0.667 211 F 0.053 0.015 0.023 0.021 0.026 0.124 0.044 0.694 212 R 0.019 0.029 0.023 0.041 0.042 0.124 0.035 0.688 213 S 0.053 0.216 0.011 0.009 0.018 0.072 0.024 0.598 214 V 0.191 0.516 0.013 0.012 0.010 0.038 0.053 0.167 215 P 0.068 0.470 0.045 0.031 0.021 0.043 0.060 0.262 216 F 0.196 0.417 0.021 0.011 0.016 0.035 0.086 0.218 217 L 0.293 0.056 0.095 0.021 0.015 0.050 0.258 0.212 218 Q 0.367 0.036 0.011 0.012 0.016 0.056 0.065 0.435 219 K 0.058 0.004 0.006 0.001 0.003 0.043 0.025 0.860 220 H 0.016 0.004 0.014 0.005 0.009 0.183 0.018 0.752 221 G 0.044 0.010 0.013 0.004 0.009 0.086 0.030 0.803 222 A 0.029 0.020 0.034 0.019 0.028 0.150 0.063 0.658 223 T 0.015 0.017 0.267 0.038 0.092 0.085 0.103 0.383 224 V 0.009 0.012 0.272 0.149 0.131 0.052 0.106 0.268 225 I 0.009 0.045 0.451 0.046 0.059 0.047 0.059 0.284 226 V 0.047 0.129 0.302 0.056 0.046 0.059 0.083 0.278 227 D 0.026 0.132 0.176 0.034 0.019 0.076 0.114 0.424 228 T 0.072 0.808 0.007 0.001 0.002 0.010 0.036 0.063 229 A 0.187 0.722 0.005 0.001 0.001 0.009 0.031 0.044 230 E 0.033 0.681 0.010 0.005 0.003 0.025 0.056 0.187 231 K 0.017 0.842 0.002 0.001 0.001 0.011 0.018 0.108 232 L 0.060 0.865 0.005 0.001 0.001 0.008 0.031 0.029 233 E 0.119 0.694 0.019 0.004 0.003 0.018 0.058 0.085 234 E 0.109 0.212 0.045 0.007 0.007 0.037 0.154 0.430 235 A 0.393 0.077 0.045 0.006 0.007 0.076 0.062 0.335 236 I 0.290 0.013 0.027 0.007 0.007 0.080 0.060 0.517 237 L 0.010 0.002 0.004 0.001 0.002 0.062 0.009 0.908 238 G 0.025 0.007 0.009 0.004 0.008 0.081 0.031 0.835 239 E 0.046 0.011 0.015 0.023 0.020 0.163 0.032 0.691