# TARGET T0329 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0329.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2251 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.988 2 K 0.085 0.025 0.002 0.002 0.009 0.009 0.868 3 Y 0.245 0.008 0.003 0.001 0.069 0.008 0.666 4 K 0.656 0.001 0.005 0.001 0.138 0.014 0.186 5 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 6 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 7 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 9 D 0.459 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.518 10 M 0.121 0.005 0.007 0.003 0.291 0.198 0.375 11 D 0.017 0.003 0.015 0.009 0.174 0.736 0.046 12 G 0.058 0.003 0.033 0.014 0.273 0.523 0.096 13 T 0.189 0.052 0.033 0.035 0.145 0.067 0.479 14 I 0.554 0.095 0.040 0.032 0.076 0.066 0.136 15 L 0.411 0.050 0.041 0.027 0.088 0.060 0.324 16 D 0.184 0.066 0.025 0.011 0.087 0.100 0.528 17 T 0.035 0.022 0.025 0.021 0.313 0.062 0.521 18 S 0.007 0.006 0.080 0.361 0.139 0.085 0.323 19 A 0.001 0.001 0.053 0.881 0.014 0.038 0.013 20 D 0.001 0.002 0.021 0.944 0.005 0.015 0.011 21 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 23 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 26 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 29 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 30 E 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.015 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.007 0.908 0.003 0.079 0.003 32 T 0.001 0.001 0.008 0.487 0.010 0.480 0.014 33 G 0.001 0.002 0.007 0.058 0.066 0.713 0.152 34 H 0.006 0.008 0.003 0.007 0.123 0.025 0.828 35 R 0.015 0.014 0.009 0.004 0.131 0.027 0.801 36 H 0.035 0.032 0.016 0.006 0.275 0.089 0.546 37 D 0.036 0.024 0.011 0.004 0.197 0.091 0.636 38 F 0.029 0.037 0.001 0.008 0.213 0.010 0.701 39 T 0.017 0.026 0.001 0.012 0.047 0.003 0.895 40 V 0.001 0.001 0.013 0.975 0.001 0.005 0.004 41 E 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.003 0.001 42 D 0.001 0.001 0.018 0.976 0.001 0.002 0.002 43 I 0.001 0.001 0.016 0.973 0.001 0.006 0.003 44 K 0.002 0.001 0.017 0.950 0.002 0.024 0.003 45 N 0.003 0.001 0.017 0.890 0.003 0.079 0.007 46 F 0.006 0.002 0.015 0.859 0.016 0.057 0.046 47 F 0.008 0.005 0.020 0.693 0.048 0.163 0.063 48 G 0.008 0.004 0.017 0.372 0.162 0.261 0.176 49 S 0.007 0.003 0.009 0.542 0.180 0.116 0.143 50 G 0.012 0.004 0.008 0.602 0.092 0.092 0.191 51 V 0.009 0.002 0.003 0.911 0.007 0.011 0.056 52 V 0.012 0.001 0.003 0.961 0.003 0.003 0.017 53 V 0.010 0.001 0.002 0.979 0.002 0.002 0.005 54 A 0.013 0.001 0.003 0.974 0.001 0.003 0.004 55 V 0.028 0.001 0.005 0.950 0.003 0.007 0.006 56 T 0.024 0.001 0.006 0.953 0.004 0.008 0.004 57 R 0.014 0.001 0.008 0.945 0.004 0.025 0.005 58 A 0.008 0.001 0.008 0.910 0.005 0.055 0.014 59 L 0.017 0.005 0.014 0.785 0.028 0.071 0.081 60 A 0.035 0.013 0.035 0.587 0.029 0.093 0.207 61 Y 0.012 0.003 0.094 0.508 0.051 0.181 0.150 62 E 0.011 0.006 0.107 0.378 0.058 0.303 0.137 63 A 0.012 0.009 0.118 0.188 0.105 0.347 0.221 64 G 0.011 0.006 0.063 0.110 0.120 0.417 0.274 65 S 0.018 0.012 0.043 0.103 0.163 0.235 0.426 66 S 0.037 0.020 0.037 0.104 0.159 0.109 0.534 67 R 0.049 0.012 0.080 0.299 0.142 0.139 0.278 68 E 0.047 0.008 0.091 0.412 0.082 0.156 0.204 69 S 0.086 0.012 0.080 0.492 0.066 0.090 0.174 70 L 0.136 0.019 0.047 0.596 0.035 0.043 0.124 71 V 0.188 0.009 0.054 0.513 0.033 0.052 0.151 72 A 0.151 0.011 0.050 0.558 0.038 0.088 0.103 73 F 0.096 0.008 0.039 0.471 0.048 0.222 0.116 74 G 0.066 0.007 0.034 0.251 0.110 0.289 0.242 75 T 0.070 0.020 0.038 0.213 0.096 0.116 0.446 76 K 0.063 0.016 0.058 0.350 0.097 0.136 0.280 77 D 0.040 0.006 0.142 0.420 0.078 0.144 0.169 78 E 0.018 0.006 0.153 0.446 0.095 0.187 0.096 79 Q 0.017 0.009 0.135 0.490 0.056 0.178 0.114 80 I 0.021 0.014 0.071 0.458 0.104 0.050 0.282 81 P 0.009 0.004 0.186 0.531 0.031 0.077 0.161 82 E 0.007 0.002 0.214 0.519 0.046 0.164 0.049 83 A 0.010 0.009 0.175 0.428 0.050 0.213 0.116 84 V 0.016 0.033 0.074 0.352 0.127 0.119 0.278 85 T 0.014 0.009 0.035 0.279 0.077 0.105 0.481 86 Q 0.002 0.001 0.065 0.769 0.026 0.088 0.049 87 T 0.001 0.002 0.035 0.841 0.021 0.068 0.032 88 E 0.002 0.004 0.039 0.821 0.015 0.049 0.071 89 V 0.001 0.001 0.010 0.963 0.002 0.008 0.015 90 N 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.004 0.006 91 R 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.005 0.004 92 V 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.006 0.003 93 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.007 0.001 94 E 0.001 0.001 0.007 0.967 0.002 0.022 0.002 95 V 0.001 0.001 0.010 0.916 0.003 0.066 0.005 96 F 0.001 0.001 0.011 0.854 0.007 0.113 0.014 97 K 0.001 0.001 0.018 0.815 0.039 0.047 0.080 98 P 0.001 0.001 0.046 0.865 0.016 0.045 0.027 99 Y 0.002 0.003 0.043 0.873 0.012 0.047 0.021 100 Y 0.002 0.002 0.045 0.892 0.008 0.038 0.013 101 A 0.003 0.002 0.050 0.873 0.010 0.046 0.016 102 D 0.002 0.001 0.040 0.799 0.009 0.134 0.017 103 H 0.003 0.002 0.061 0.705 0.017 0.168 0.042 104 C 0.018 0.010 0.068 0.497 0.094 0.150 0.163 105 Q 0.043 0.010 0.098 0.300 0.076 0.159 0.315 106 I 0.046 0.012 0.110 0.288 0.144 0.179 0.220 107 K 0.047 0.030 0.077 0.149 0.149 0.243 0.305 108 T 0.040 0.019 0.037 0.040 0.299 0.133 0.432 109 G 0.026 0.023 0.016 0.013 0.224 0.100 0.599 110 P 0.016 0.030 0.018 0.024 0.268 0.122 0.523 111 F 0.008 0.014 0.006 0.025 0.272 0.026 0.649 112 P 0.003 0.007 0.040 0.397 0.131 0.361 0.062 113 G 0.004 0.019 0.023 0.522 0.088 0.221 0.121 114 I 0.001 0.001 0.006 0.967 0.002 0.006 0.018 115 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 116 D 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.002 0.001 118 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 119 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 120 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 122 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.006 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.005 0.925 0.001 0.068 0.001 124 K 0.001 0.001 0.004 0.129 0.003 0.863 0.001 125 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 126 V 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.979 127 K 0.587 0.004 0.001 0.001 0.095 0.001 0.312 128 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 129 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 130 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 V 0.941 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.053 132 S 0.535 0.002 0.003 0.001 0.065 0.016 0.378 133 N 0.050 0.007 0.002 0.001 0.765 0.012 0.164 134 K 0.018 0.009 0.003 0.002 0.651 0.013 0.306 135 P 0.011 0.008 0.037 0.054 0.204 0.142 0.543 136 N 0.003 0.003 0.099 0.539 0.088 0.143 0.125 137 E 0.001 0.001 0.024 0.910 0.022 0.030 0.012 138 A 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.007 0.004 139 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 141 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 142 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.011 0.001 143 V 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.010 0.001 144 E 0.001 0.001 0.042 0.937 0.002 0.018 0.001 145 E 0.001 0.001 0.046 0.844 0.001 0.107 0.001 146 L 0.001 0.002 0.041 0.727 0.047 0.162 0.020 147 F 0.002 0.004 0.015 0.069 0.320 0.038 0.554 148 P 0.002 0.002 0.169 0.071 0.096 0.529 0.131 149 G 0.010 0.003 0.137 0.046 0.152 0.596 0.056 150 S 0.116 0.020 0.200 0.041 0.201 0.264 0.158 151 F 0.404 0.013 0.015 0.005 0.148 0.021 0.393 152 D 0.254 0.002 0.009 0.008 0.494 0.017 0.217 153 F 0.952 0.002 0.006 0.006 0.011 0.009 0.015 154 A 0.983 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 155 L 0.988 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 156 G 0.885 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.099 157 E 0.356 0.005 0.035 0.040 0.085 0.125 0.354 158 K 0.099 0.008 0.093 0.049 0.301 0.219 0.231 159 S 0.054 0.016 0.190 0.062 0.204 0.192 0.283 160 G 0.087 0.024 0.101 0.066 0.222 0.176 0.325 161 I 0.085 0.023 0.118 0.094 0.144 0.177 0.359 162 R 0.098 0.033 0.101 0.058 0.208 0.216 0.286 163 R 0.114 0.020 0.054 0.036 0.228 0.190 0.358 164 K 0.051 0.032 0.009 0.005 0.371 0.033 0.499 165 P 0.024 0.063 0.007 0.007 0.188 0.045 0.666 166 A 0.005 0.010 0.003 0.003 0.168 0.009 0.802 167 P 0.001 0.002 0.126 0.580 0.028 0.228 0.036 168 D 0.001 0.001 0.068 0.848 0.008 0.066 0.008 169 M 0.001 0.001 0.040 0.933 0.002 0.014 0.010 170 T 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.002 171 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 172 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 173 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 174 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 175 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 176 V 0.001 0.001 0.002 0.964 0.001 0.033 0.001 177 L 0.001 0.001 0.003 0.436 0.006 0.553 0.002 178 G 0.001 0.002 0.002 0.011 0.054 0.851 0.080 179 V 0.006 0.013 0.001 0.001 0.099 0.001 0.882 180 P 0.014 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.965 181 R 0.010 0.008 0.830 0.011 0.014 0.098 0.029 182 D 0.008 0.001 0.764 0.003 0.051 0.161 0.012 183 K 0.111 0.001 0.666 0.007 0.050 0.098 0.067 184 C 0.907 0.010 0.009 0.009 0.003 0.004 0.059 185 V 0.983 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 186 Y 0.983 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 187 I 0.894 0.003 0.001 0.005 0.006 0.012 0.080 188 G 0.347 0.006 0.006 0.003 0.212 0.126 0.299 189 D 0.099 0.020 0.009 0.006 0.381 0.117 0.368 190 S 0.069 0.014 0.012 0.038 0.352 0.062 0.453 191 E 0.005 0.002 0.071 0.789 0.037 0.065 0.032 192 I 0.003 0.001 0.061 0.865 0.007 0.049 0.014 193 D 0.005 0.002 0.042 0.891 0.005 0.032 0.023 194 I 0.005 0.001 0.009 0.963 0.004 0.012 0.006 195 Q 0.002 0.001 0.003 0.975 0.003 0.012 0.005 196 T 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.006 0.005 197 A 0.004 0.001 0.003 0.981 0.003 0.005 0.004 198 R 0.006 0.001 0.009 0.960 0.002 0.020 0.002 199 N 0.008 0.001 0.027 0.807 0.016 0.132 0.009 200 S 0.006 0.002 0.018 0.235 0.039 0.675 0.026 201 E 0.007 0.003 0.005 0.003 0.024 0.901 0.058 202 M 0.072 0.005 0.002 0.001 0.017 0.004 0.901 203 D 0.349 0.002 0.003 0.001 0.310 0.005 0.330 204 E 0.978 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.014 205 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 206 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 207 V 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 208 N 0.519 0.003 0.001 0.001 0.049 0.010 0.418 209 W 0.129 0.009 0.010 0.003 0.407 0.095 0.347 210 G 0.046 0.017 0.036 0.004 0.330 0.200 0.366 211 F 0.030 0.016 0.080 0.010 0.295 0.212 0.356 212 R 0.029 0.035 0.050 0.020 0.325 0.185 0.356 213 S 0.041 0.019 0.051 0.041 0.219 0.095 0.534 214 V 0.025 0.007 0.096 0.391 0.115 0.040 0.325 215 P 0.009 0.005 0.148 0.661 0.031 0.059 0.089 216 F 0.007 0.004 0.116 0.785 0.014 0.043 0.032 217 L 0.013 0.007 0.117 0.786 0.012 0.031 0.033 218 Q 0.007 0.002 0.098 0.801 0.008 0.069 0.015 219 K 0.010 0.001 0.074 0.682 0.022 0.191 0.020 220 H 0.010 0.006 0.048 0.255 0.070 0.566 0.045 221 G 0.029 0.004 0.013 0.023 0.201 0.489 0.240 222 A 0.087 0.006 0.005 0.007 0.107 0.027 0.762 223 T 0.523 0.020 0.013 0.008 0.105 0.020 0.311 224 V 0.765 0.018 0.008 0.006 0.033 0.005 0.165 225 I 0.895 0.010 0.008 0.006 0.009 0.004 0.067 226 V 0.785 0.027 0.013 0.007 0.020 0.006 0.143 227 D 0.435 0.024 0.010 0.005 0.134 0.030 0.362 228 T 0.140 0.020 0.015 0.006 0.232 0.016 0.572 229 A 0.005 0.002 0.379 0.521 0.009 0.043 0.041 230 E 0.001 0.001 0.313 0.622 0.007 0.050 0.006 231 K 0.001 0.001 0.223 0.730 0.004 0.029 0.011 232 L 0.001 0.001 0.086 0.891 0.002 0.009 0.009 233 E 0.001 0.001 0.057 0.929 0.001 0.008 0.003 234 E 0.001 0.001 0.062 0.892 0.001 0.041 0.003 235 A 0.001 0.001 0.035 0.879 0.005 0.069 0.011 236 I 0.006 0.008 0.036 0.547 0.098 0.183 0.122 237 L 0.005 0.006 0.021 0.158 0.114 0.450 0.245 238 G 0.007 0.004 0.015 0.048 0.150 0.291 0.484 239 E 0.005 0.002 0.006 0.012 0.053 0.023 0.898