# TARGET T0328 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0328.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 163.711 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.008 0.005 0.014 0.111 0.843 2 D 0.041 0.025 0.011 0.026 0.164 0.733 3 I 0.031 0.029 0.085 0.048 0.335 0.471 4 Q 0.030 0.029 0.094 0.059 0.372 0.415 5 N 0.025 0.015 0.094 0.063 0.366 0.436 6 M 0.020 0.018 0.028 0.033 0.273 0.628 7 P 0.020 0.020 0.041 0.076 0.419 0.424 8 R 0.010 0.014 0.224 0.177 0.441 0.133 9 E 0.025 0.021 0.202 0.206 0.422 0.124 10 Q 0.025 0.029 0.169 0.181 0.509 0.088 11 L 0.026 0.011 0.099 0.183 0.490 0.191 12 G 0.063 0.030 0.113 0.127 0.470 0.196 13 V 0.167 0.048 0.110 0.137 0.382 0.158 14 C 0.186 0.060 0.098 0.107 0.279 0.270 15 A 0.121 0.029 0.060 0.071 0.423 0.295 16 E 0.067 0.016 0.046 0.062 0.523 0.286 17 G 0.031 0.013 0.037 0.039 0.495 0.386 18 N 0.055 0.016 0.045 0.017 0.495 0.371 19 L 0.183 0.022 0.096 0.026 0.414 0.258 20 H 0.492 0.017 0.029 0.007 0.227 0.230 21 S 0.861 0.004 0.007 0.001 0.063 0.064 22 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 23 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 24 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 25 M 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 26 F 0.923 0.002 0.001 0.003 0.007 0.065 27 N 0.805 0.004 0.001 0.003 0.052 0.135 28 A 0.428 0.012 0.004 0.008 0.215 0.334 29 N 0.117 0.009 0.009 0.008 0.508 0.348 30 D 0.031 0.011 0.019 0.015 0.695 0.230 31 N 0.010 0.009 0.036 0.042 0.533 0.370 32 V 0.007 0.008 0.185 0.447 0.235 0.118 33 E 0.006 0.005 0.166 0.615 0.132 0.077 34 S 0.003 0.002 0.187 0.646 0.113 0.048 35 Q 0.001 0.001 0.115 0.826 0.035 0.021 36 L 0.001 0.001 0.021 0.956 0.011 0.009 37 R 0.001 0.001 0.011 0.971 0.009 0.007 38 P 0.001 0.001 0.007 0.978 0.008 0.007 39 C 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 40 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 41 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 42 N 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.007 43 V 0.001 0.001 0.004 0.984 0.004 0.007 44 A 0.001 0.001 0.007 0.976 0.008 0.008 45 Q 0.001 0.001 0.006 0.981 0.007 0.005 46 Y 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.007 47 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 48 Y 0.001 0.001 0.010 0.979 0.007 0.003 49 E 0.001 0.001 0.012 0.969 0.011 0.007 50 L 0.001 0.001 0.014 0.917 0.027 0.038 51 T 0.003 0.002 0.028 0.820 0.077 0.071 52 D 0.005 0.002 0.049 0.609 0.186 0.149 53 Q 0.008 0.004 0.052 0.453 0.252 0.231 54 Y 0.028 0.020 0.048 0.145 0.406 0.353 55 S 0.029 0.023 0.044 0.059 0.405 0.440 56 D 0.021 0.012 0.145 0.037 0.621 0.165 57 S 0.030 0.007 0.157 0.022 0.647 0.136 58 A 0.057 0.004 0.107 0.012 0.639 0.181 59 F 0.307 0.012 0.025 0.008 0.392 0.257 60 N 0.756 0.009 0.004 0.005 0.072 0.154 61 G 0.950 0.005 0.001 0.003 0.012 0.029 62 F 0.976 0.002 0.001 0.003 0.006 0.012 63 V 0.968 0.002 0.002 0.004 0.009 0.015 64 A 0.859 0.006 0.003 0.008 0.047 0.075 65 I 0.436 0.017 0.010 0.018 0.189 0.330 66 G 0.099 0.009 0.021 0.027 0.353 0.489 67 A 0.010 0.002 0.352 0.262 0.274 0.099 68 N 0.007 0.007 0.344 0.364 0.225 0.053 69 Y 0.001 0.003 0.472 0.465 0.054 0.006 70 W 0.002 0.004 0.264 0.655 0.058 0.017 71 D 0.003 0.002 0.382 0.515 0.084 0.016 72 S 0.005 0.006 0.207 0.597 0.122 0.063 73 L 0.007 0.019 0.096 0.516 0.164 0.198 74 Y 0.004 0.012 0.027 0.070 0.502 0.385 75 P 0.001 0.002 0.115 0.070 0.613 0.199 76 E 0.002 0.005 0.171 0.063 0.604 0.155 77 S 0.005 0.022 0.151 0.073 0.566 0.183 78 R 0.004 0.018 0.083 0.055 0.425 0.415 79 P 0.001 0.007 0.452 0.116 0.282 0.142 80 E 0.003 0.006 0.579 0.092 0.252 0.069 81 M 0.008 0.006 0.536 0.066 0.308 0.076 82 L 0.028 0.037 0.129 0.071 0.413 0.321 83 K 0.043 0.033 0.041 0.034 0.332 0.517 84 P 0.049 0.033 0.042 0.035 0.350 0.490 85 F 0.033 0.027 0.149 0.033 0.368 0.390 86 P 0.034 0.027 0.307 0.044 0.326 0.262 87 A 0.024 0.021 0.396 0.059 0.312 0.188 88 M 0.021 0.033 0.191 0.069 0.423 0.263 89 Q 0.017 0.026 0.136 0.062 0.550 0.209 90 E 0.008 0.009 0.203 0.078 0.574 0.128 91 G 0.009 0.009 0.141 0.055 0.636 0.150 92 N 0.018 0.025 0.142 0.049 0.573 0.193 93 R 0.034 0.058 0.061 0.048 0.408 0.391 94 E 0.033 0.062 0.037 0.038 0.409 0.421 95 A 0.023 0.023 0.036 0.036 0.538 0.344 96 P 0.029 0.021 0.081 0.041 0.551 0.276 97 A 0.035 0.025 0.122 0.039 0.524 0.255 98 I 0.078 0.026 0.097 0.030 0.585 0.184 99 E 0.146 0.023 0.035 0.010 0.460 0.327 100 Y 0.232 0.011 0.011 0.003 0.433 0.309 101 D 0.593 0.004 0.003 0.001 0.187 0.212 102 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.007 0.012 103 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 H 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 106 L 0.891 0.001 0.001 0.002 0.010 0.095 107 R 0.613 0.007 0.002 0.005 0.088 0.285 108 C 0.169 0.028 0.010 0.020 0.223 0.551 109 D 0.040 0.009 0.020 0.046 0.286 0.600 110 R 0.005 0.002 0.066 0.774 0.089 0.064 111 Y 0.001 0.001 0.021 0.942 0.021 0.015 112 D 0.001 0.001 0.013 0.979 0.005 0.002 113 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 120 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 121 I 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.003 122 S 0.001 0.001 0.014 0.972 0.008 0.005 123 Q 0.001 0.001 0.019 0.949 0.017 0.013 124 M 0.003 0.002 0.027 0.816 0.041 0.112 125 F 0.007 0.005 0.052 0.538 0.137 0.260 126 E 0.010 0.002 0.190 0.401 0.267 0.130 127 D 0.019 0.001 0.181 0.505 0.204 0.089 128 L 0.068 0.004 0.090 0.742 0.058 0.038 129 V 0.136 0.002 0.034 0.732 0.033 0.063 130 E 0.307 0.003 0.022 0.620 0.018 0.031 131 L 0.377 0.002 0.015 0.555 0.020 0.030 132 V 0.398 0.004 0.016 0.472 0.050 0.059 133 E 0.498 0.005 0.023 0.302 0.106 0.066 134 E 0.407 0.009 0.054 0.335 0.129 0.066 135 E 0.197 0.010 0.060 0.488 0.160 0.085 136 R 0.094 0.010 0.066 0.336 0.239 0.256 137 G 0.070 0.011 0.050 0.084 0.276 0.510 138 F 0.270 0.030 0.054 0.037 0.258 0.351 139 R 0.430 0.038 0.046 0.032 0.209 0.245 140 F 0.309 0.034 0.035 0.042 0.308 0.273 141 M 0.164 0.042 0.017 0.035 0.351 0.390 142 D 0.077 0.020 0.018 0.024 0.487 0.374 143 S 0.016 0.009 0.319 0.178 0.404 0.074 144 R 0.028 0.008 0.393 0.101 0.397 0.073 145 D 0.032 0.017 0.514 0.097 0.282 0.058 146 L 0.063 0.036 0.237 0.147 0.303 0.216 147 T 0.079 0.026 0.099 0.123 0.354 0.319 148 G 0.080 0.013 0.024 0.027 0.365 0.491 149 F 0.167 0.105 0.010 0.030 0.333 0.355 150 V 0.188 0.094 0.011 0.033 0.409 0.265 151 D 0.097 0.019 0.018 0.031 0.607 0.227 152 G 0.082 0.011 0.047 0.044 0.628 0.188 153 T 0.215 0.058 0.063 0.092 0.382 0.189 154 E 0.230 0.058 0.047 0.103 0.320 0.242 155 N 0.068 0.027 0.017 0.039 0.442 0.407 156 P 0.025 0.012 0.043 0.045 0.497 0.377 157 K 0.021 0.014 0.074 0.050 0.492 0.350 158 G 0.012 0.007 0.100 0.027 0.548 0.306 159 R 0.025 0.011 0.217 0.031 0.459 0.257 160 H 0.067 0.018 0.203 0.025 0.375 0.311 161 R 0.085 0.022 0.239 0.028 0.369 0.257 162 Q 0.149 0.007 0.078 0.012 0.346 0.408 163 E 0.347 0.007 0.040 0.009 0.234 0.363 164 V 0.732 0.011 0.013 0.011 0.076 0.156 165 A 0.905 0.011 0.003 0.005 0.021 0.054 166 L 0.937 0.007 0.002 0.003 0.017 0.034 167 V 0.774 0.014 0.003 0.004 0.061 0.144 168 G 0.328 0.013 0.005 0.004 0.349 0.302 169 S 0.079 0.007 0.031 0.012 0.589 0.282 170 E 0.030 0.018 0.062 0.017 0.566 0.307 171 D 0.015 0.032 0.054 0.014 0.745 0.141 172 P 0.004 0.010 0.385 0.039 0.475 0.087 173 E 0.008 0.020 0.371 0.062 0.467 0.072 174 F 0.007 0.026 0.198 0.028 0.732 0.009 175 K 0.009 0.010 0.057 0.027 0.852 0.045 176 G 0.007 0.008 0.024 0.050 0.829 0.081 177 G 0.027 0.022 0.023 0.121 0.697 0.110 178 S 0.109 0.024 0.017 0.296 0.107 0.447 179 Y 0.068 0.013 0.010 0.876 0.011 0.022 180 I 0.134 0.004 0.014 0.809 0.017 0.023 181 H 0.090 0.001 0.011 0.881 0.008 0.009 182 V 0.089 0.001 0.011 0.875 0.016 0.008 183 Q 0.030 0.001 0.012 0.925 0.025 0.007 184 K 0.039 0.001 0.031 0.876 0.043 0.010 185 Y 0.022 0.002 0.048 0.847 0.057 0.024 186 A 0.009 0.002 0.031 0.900 0.035 0.023 187 H 0.008 0.004 0.020 0.846 0.040 0.081 188 N 0.006 0.004 0.013 0.364 0.065 0.548 189 L 0.001 0.002 0.060 0.851 0.047 0.039 190 S 0.007 0.002 0.179 0.663 0.104 0.045 191 K 0.006 0.003 0.235 0.637 0.088 0.031 192 W 0.010 0.006 0.282 0.482 0.185 0.036 193 H 0.018 0.004 0.181 0.294 0.363 0.140 194 R 0.021 0.007 0.046 0.066 0.403 0.457 195 L 0.030 0.032 0.003 0.012 0.252 0.671 196 P 0.012 0.009 0.002 0.006 0.057 0.915 197 L 0.003 0.001 0.159 0.768 0.035 0.035 198 K 0.009 0.001 0.182 0.737 0.052 0.019 199 K 0.013 0.002 0.217 0.674 0.077 0.018 200 Q 0.015 0.003 0.124 0.772 0.063 0.023 201 E 0.019 0.003 0.085 0.787 0.077 0.029 202 D 0.037 0.002 0.075 0.670 0.125 0.091 203 I 0.113 0.021 0.023 0.418 0.101 0.324 204 I 0.133 0.056 0.014 0.286 0.095 0.416 205 G 0.136 0.019 0.013 0.036 0.130 0.666 206 R 0.103 0.011 0.013 0.016 0.119 0.739 207 T 0.130 0.025 0.016 0.010 0.166 0.653 208 K 0.112 0.024 0.026 0.012 0.365 0.461 209 Q 0.063 0.020 0.028 0.015 0.496 0.378 210 D 0.046 0.011 0.029 0.023 0.607 0.284 211 N 0.055 0.010 0.089 0.032 0.532 0.282 212 I 0.221 0.045 0.140 0.054 0.274 0.266 213 E 0.324 0.056 0.119 0.051 0.211 0.239 214 Y 0.250 0.091 0.051 0.043 0.177 0.388 215 E 0.110 0.031 0.018 0.021 0.540 0.280 216 S 0.013 0.006 0.146 0.041 0.709 0.084 217 E 0.009 0.005 0.124 0.038 0.756 0.068 218 D 0.014 0.013 0.122 0.026 0.746 0.078 219 K 0.021 0.024 0.032 0.031 0.445 0.446 220 P 0.030 0.040 0.025 0.044 0.321 0.540 221 L 0.037 0.032 0.063 0.137 0.300 0.432 222 T 0.079 0.017 0.039 0.135 0.281 0.448 223 S 0.113 0.012 0.055 0.337 0.296 0.188 224 H 0.197 0.016 0.047 0.291 0.222 0.228 225 I 0.311 0.011 0.067 0.331 0.158 0.122 226 K 0.444 0.007 0.072 0.234 0.126 0.117 227 R 0.425 0.013 0.035 0.243 0.103 0.180 228 V 0.265 0.019 0.013 0.120 0.119 0.465 229 N 0.115 0.014 0.007 0.025 0.213 0.626 230 L 0.128 0.010 0.064 0.039 0.358 0.402 231 K 0.324 0.048 0.052 0.029 0.275 0.273 232 D 0.074 0.023 0.017 0.008 0.859 0.019 233 E 0.004 0.002 0.022 0.006 0.958 0.007 234 N 0.002 0.001 0.010 0.006 0.972 0.010 235 G 0.005 0.005 0.006 0.008 0.959 0.017 236 K 0.094 0.049 0.006 0.052 0.382 0.417 237 S 0.387 0.095 0.006 0.078 0.095 0.339 238 I 0.579 0.014 0.013 0.087 0.115 0.192 239 E 0.736 0.005 0.012 0.071 0.061 0.113 240 I 0.806 0.005 0.023 0.080 0.041 0.046 241 L 0.684 0.007 0.021 0.188 0.038 0.062 242 R 0.536 0.013 0.034 0.248 0.082 0.087 243 Q 0.323 0.022 0.025 0.191 0.165 0.274 244 S 0.099 0.014 0.017 0.044 0.248 0.577 245 M 0.039 0.020 0.004 0.003 0.246 0.687 246 P 0.039 0.016 0.006 0.003 0.528 0.408 247 Y 0.033 0.019 0.011 0.017 0.639 0.281 248 G 0.023 0.023 0.009 0.020 0.636 0.290 249 S 0.046 0.061 0.016 0.057 0.548 0.273 250 L 0.013 0.006 0.333 0.440 0.151 0.057 251 K 0.020 0.005 0.469 0.343 0.133 0.030 252 E 0.034 0.004 0.582 0.237 0.117 0.026 253 Q 0.138 0.013 0.167 0.240 0.241 0.199 254 G 0.290 0.009 0.050 0.119 0.237 0.294 255 L 0.626 0.009 0.010 0.060 0.095 0.200 256 M 0.892 0.004 0.003 0.031 0.027 0.043 257 F 0.932 0.002 0.003 0.040 0.009 0.013 258 I 0.862 0.001 0.005 0.110 0.010 0.012 259 S 0.820 0.001 0.010 0.129 0.022 0.018 260 T 0.817 0.003 0.008 0.089 0.045 0.038 261 C 0.379 0.009 0.008 0.045 0.194 0.364 262 R 0.078 0.022 0.004 0.023 0.230 0.644 263 T 0.013 0.008 0.001 0.008 0.128 0.842 264 P 0.001 0.001 0.070 0.851 0.049 0.028 265 D 0.001 0.001 0.030 0.951 0.015 0.003 266 H 0.001 0.001 0.019 0.972 0.007 0.001 267 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 268 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 269 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 270 M 0.002 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 271 L 0.002 0.001 0.003 0.983 0.007 0.005 272 H 0.004 0.001 0.008 0.967 0.014 0.006 273 S 0.006 0.001 0.011 0.948 0.022 0.012 274 M 0.020 0.002 0.012 0.866 0.041 0.058 275 V 0.053 0.020 0.014 0.670 0.099 0.144 276 F 0.056 0.025 0.018 0.293 0.261 0.348 277 G 0.024 0.011 0.013 0.069 0.435 0.448 278 D 0.014 0.014 0.022 0.030 0.495 0.425 279 G 0.013 0.022 0.038 0.032 0.507 0.387 280 A 0.013 0.023 0.050 0.040 0.592 0.282 281 G 0.012 0.016 0.048 0.053 0.625 0.245 282 N 0.012 0.020 0.118 0.142 0.474 0.234 283 H 0.022 0.025 0.107 0.185 0.414 0.247 284 D 0.017 0.012 0.115 0.122 0.522 0.212 285 H 0.010 0.009 0.237 0.192 0.390 0.161 286 L 0.029 0.029 0.250 0.164 0.372 0.156 287 M 0.049 0.012 0.283 0.145 0.368 0.144 288 H 0.095 0.008 0.164 0.144 0.365 0.224 289 F 0.244 0.034 0.072 0.136 0.258 0.257 290 T 0.394 0.043 0.028 0.202 0.154 0.180 291 S 0.415 0.026 0.016 0.139 0.173 0.231 292 A 0.297 0.017 0.028 0.144 0.289 0.225 293 L 0.238 0.040 0.028 0.074 0.401 0.218 294 T 0.180 0.031 0.036 0.058 0.519 0.177 295 G 0.121 0.017 0.082 0.073 0.512 0.195 296 S 0.218 0.011 0.172 0.113 0.349 0.137 297 S 0.367 0.026 0.188 0.124 0.207 0.089 298 F 0.501 0.036 0.127 0.132 0.131 0.073 299 F 0.517 0.030 0.103 0.136 0.129 0.085 300 A 0.376 0.023 0.111 0.113 0.197 0.179 301 P 0.196 0.032 0.060 0.198 0.204 0.311 302 S 0.038 0.013 0.042 0.368 0.192 0.347 303 L 0.001 0.001 0.071 0.868 0.039 0.020 304 D 0.001 0.001 0.107 0.852 0.033 0.006 305 F 0.001 0.001 0.081 0.899 0.017 0.002 306 L 0.001 0.001 0.029 0.950 0.016 0.004 307 M 0.001 0.001 0.036 0.897 0.044 0.022 308 Q 0.002 0.003 0.032 0.712 0.087 0.165 309 F 0.002 0.007 0.013 0.234 0.129 0.615 310 D 0.001 0.002 0.001 0.008 0.038 0.950 311 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.984