# TARGET T0327 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.003 0.007 0.359 0.147 0.469 2 N 0.012 0.007 0.011 0.707 0.070 0.192 3 K 0.008 0.002 0.019 0.851 0.045 0.075 4 D 0.007 0.002 0.026 0.888 0.028 0.050 5 K 0.008 0.002 0.026 0.908 0.020 0.035 6 L 0.014 0.002 0.016 0.926 0.018 0.023 7 R 0.023 0.001 0.015 0.933 0.015 0.012 8 Y 0.041 0.002 0.015 0.915 0.016 0.011 9 A 0.056 0.001 0.016 0.881 0.026 0.020 10 I 0.060 0.001 0.013 0.872 0.031 0.022 11 L 0.040 0.002 0.015 0.846 0.058 0.038 12 K 0.019 0.003 0.015 0.741 0.100 0.123 13 E 0.025 0.005 0.017 0.205 0.271 0.476 14 I 0.064 0.027 0.030 0.143 0.341 0.395 15 F 0.082 0.042 0.029 0.103 0.502 0.242 16 E 0.059 0.016 0.031 0.078 0.539 0.277 17 G 0.047 0.010 0.026 0.033 0.576 0.307 18 N 0.050 0.014 0.056 0.031 0.547 0.302 19 T 0.123 0.041 0.047 0.034 0.331 0.423 20 P 0.151 0.049 0.060 0.021 0.294 0.425 21 L 0.108 0.078 0.015 0.014 0.229 0.556 22 S 0.049 0.026 0.019 0.029 0.441 0.438 23 E 0.009 0.002 0.370 0.130 0.447 0.041 24 N 0.010 0.001 0.369 0.085 0.495 0.041 25 D 0.036 0.005 0.499 0.058 0.360 0.042 26 I 0.329 0.013 0.044 0.052 0.214 0.348 27 G 0.508 0.035 0.014 0.017 0.092 0.334 28 V 0.636 0.064 0.006 0.011 0.059 0.223 29 T 0.478 0.019 0.009 0.041 0.119 0.334 30 E 0.015 0.001 0.087 0.712 0.119 0.065 31 D 0.002 0.001 0.085 0.821 0.073 0.018 32 Q 0.003 0.003 0.056 0.853 0.062 0.022 33 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 34 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 40 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 41 K 0.001 0.001 0.008 0.963 0.020 0.008 42 R 0.002 0.001 0.015 0.859 0.083 0.040 43 E 0.012 0.001 0.026 0.321 0.427 0.213 44 G 0.021 0.002 0.006 0.008 0.414 0.548 45 Y 0.342 0.023 0.005 0.002 0.265 0.364 46 I 0.802 0.014 0.002 0.001 0.093 0.089 47 I 0.880 0.002 0.002 0.001 0.049 0.067 48 G 0.941 0.002 0.001 0.001 0.017 0.038 49 V 0.926 0.004 0.001 0.001 0.023 0.046 50 H 0.864 0.006 0.001 0.001 0.041 0.088 51 Y 0.697 0.016 0.003 0.001 0.121 0.160 52 S 0.255 0.015 0.009 0.003 0.486 0.232 53 D 0.074 0.006 0.021 0.005 0.698 0.195 54 D 0.065 0.009 0.024 0.004 0.717 0.181 55 R 0.199 0.021 0.017 0.003 0.486 0.273 56 P 0.436 0.017 0.014 0.008 0.178 0.347 57 H 0.810 0.015 0.008 0.006 0.058 0.103 58 L 0.886 0.014 0.006 0.006 0.038 0.051 59 Y 0.839 0.008 0.006 0.007 0.075 0.065 60 K 0.689 0.011 0.011 0.011 0.191 0.087 61 L 0.284 0.005 0.017 0.018 0.480 0.196 62 G 0.253 0.006 0.011 0.008 0.477 0.245 63 P 0.515 0.017 0.008 0.009 0.190 0.261 64 E 0.752 0.020 0.005 0.006 0.072 0.145 65 L 0.846 0.028 0.003 0.006 0.039 0.078 66 T 0.730 0.017 0.006 0.028 0.125 0.095 67 E 0.232 0.007 0.025 0.253 0.348 0.135 68 K 0.048 0.004 0.019 0.385 0.422 0.123 69 G 0.027 0.009 0.020 0.626 0.228 0.091 70 E 0.007 0.002 0.008 0.943 0.021 0.019 71 N 0.015 0.003 0.014 0.938 0.021 0.009 72 Y 0.014 0.003 0.019 0.923 0.028 0.014 73 L 0.016 0.003 0.017 0.901 0.042 0.021 74 K 0.014 0.002 0.014 0.850 0.083 0.037 75 E 0.004 0.001 0.005 0.821 0.073 0.095 76 N 0.002 0.001 0.001 0.893 0.029 0.075 77 G 0.001 0.001 0.001 0.950 0.018 0.029 78 T 0.001 0.001 0.001 0.980 0.007 0.011 79 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.005 85 T 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.008 86 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 87 K 0.001 0.001 0.003 0.982 0.006 0.008 88 E 0.001 0.001 0.005 0.979 0.007 0.007 89 I 0.001 0.001 0.006 0.968 0.014 0.012 90 K 0.001 0.001 0.013 0.956 0.021 0.010 91 D 0.001 0.001 0.020 0.930 0.032 0.017 92 W 0.001 0.001 0.022 0.890 0.049 0.037 93 I 0.006 0.012 0.042 0.467 0.211 0.262 94 K 0.017 0.014 0.056 0.181 0.308 0.424 95 L 0.020 0.010 0.130 0.166 0.413 0.261 96 E 0.033 0.013 0.140 0.137 0.450 0.227 97 H 0.052 0.009 0.131 0.129 0.451 0.228 98 H 0.077 0.007 0.083 0.092 0.487 0.254 99 H 0.080 0.029 0.069 0.095 0.378 0.348 100 H 0.064 0.023 0.032 0.077 0.256 0.549 101 H 0.035 0.018 0.011 0.057 0.167 0.712 102 H 0.001 0.002 0.001 0.003 0.017 0.977