# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.537 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.037 0.342 2 N 0.031 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.009 0.090 3 K 0.050 0.794 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.011 0.084 4 D 0.014 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.010 0.066 5 K 0.007 0.869 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.010 0.072 6 L 0.007 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.005 0.033 7 R 0.012 0.885 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.007 0.058 8 Y 0.018 0.712 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.047 0.023 0.151 9 A 0.044 0.308 0.187 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.135 0.046 0.182 10 I 0.278 0.112 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.052 0.055 0.386 11 L 0.116 0.195 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.054 0.045 0.510 12 K 0.035 0.086 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.042 0.076 0.714 13 E 0.023 0.048 0.005 0.005 0.003 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.068 0.067 0.632 14 I 0.031 0.012 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.045 0.062 0.784 15 F 0.198 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.052 0.068 0.598 16 E 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.025 0.071 0.807 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.083 0.883 18 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.078 0.884 19 T 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.058 0.127 0.691 20 P 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.023 0.141 0.773 21 L 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.002 0.075 0.021 0.132 0.740 22 S 0.595 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.106 0.036 0.173 23 E 0.406 0.013 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.134 0.058 0.363 24 N 0.139 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.149 0.664 25 D 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.087 0.056 0.145 0.673 26 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.024 0.185 0.731 27 G 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.009 0.140 0.689 28 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.099 0.009 0.136 0.743 29 T 0.121 0.729 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.083 0.009 0.053 30 E 0.079 0.765 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.009 0.078 31 D 0.006 0.722 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.013 0.166 32 Q 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.040 33 F 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.016 34 D 0.003 0.514 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.003 0.019 35 D 0.002 0.882 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.006 0.024 36 A 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.034 37 V 0.011 0.910 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.030 38 N 0.012 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.048 39 F 0.059 0.607 0.038 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.028 0.151 40 L 0.025 0.028 0.586 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.016 0.065 41 K 0.594 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.047 0.317 42 R 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.059 0.890 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.125 0.844 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.039 0.136 0.666 45 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.065 0.085 0.477 46 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.530 0.053 0.058 0.353 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.002 0.645 0.067 0.036 0.217 48 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.561 0.074 0.047 0.293 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.622 0.054 0.040 0.257 50 H 0.008 0.003 0.001 0.001 0.169 0.022 0.030 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.116 0.074 0.360 51 Y 0.022 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.048 0.105 0.608 52 S 0.361 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.063 0.084 0.434 53 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.121 0.815 54 D 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.093 0.832 55 R 0.079 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.032 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.046 0.092 0.362 56 P 0.044 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.061 0.103 0.607 57 H 0.039 0.035 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.025 0.009 0.207 0.031 0.022 0.005 0.192 0.089 0.043 0.277 58 L 0.033 0.016 0.005 0.001 0.007 0.011 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.022 0.005 0.072 0.007 0.021 0.217 0.067 0.063 0.441 59 Y 0.061 0.005 0.001 0.001 0.079 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.020 0.004 0.302 0.051 0.058 0.393 60 K 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.182 0.027 0.083 0.653 61 L 0.033 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.025 0.131 0.691 62 G 0.074 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.114 0.120 0.516 63 P 0.017 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.063 0.120 0.627 64 E 0.037 0.060 0.007 0.001 0.007 0.028 0.027 0.006 0.054 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.080 0.079 0.384 65 L 0.011 0.028 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.104 0.062 0.104 0.667 66 T 0.199 0.438 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 0.098 0.032 0.208 67 E 0.138 0.280 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.111 0.052 0.400 68 K 0.005 0.545 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.028 0.383 69 G 0.026 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.006 0.067 70 E 0.026 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.004 0.053 71 N 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 0.045 72 Y 0.051 0.478 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.289 0.022 0.100 73 L 0.130 0.329 0.108 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.264 0.029 0.134 74 K 0.262 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.200 0.068 0.440 75 E 0.003 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.081 0.720 76 N 0.222 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.204 0.120 0.391 77 G 0.013 0.285 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.123 0.101 0.452 78 T 0.022 0.706 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.025 0.199 79 W 0.020 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.016 0.087 80 S 0.021 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.016 0.011 0.065 81 K 0.013 0.414 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.458 0.023 0.077 82 A 0.004 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 0.012 0.044 83 Y 0.011 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.006 0.066 84 K 0.005 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.004 0.068 85 T 0.004 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.040 86 I 0.014 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.005 0.054 87 K 0.012 0.835 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.012 0.103 88 E 0.027 0.794 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.014 0.115 89 I 0.110 0.700 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.071 0.017 0.083 90 K 0.076 0.404 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.042 0.054 0.396 91 D 0.054 0.353 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.030 0.055 0.450 92 W 0.095 0.391 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.049 0.074 0.336 93 I 0.079 0.242 0.016 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.079 0.117 0.364 94 K 0.127 0.255 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.083 0.060 0.429 95 L 0.139 0.209 0.025 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.144 0.094 0.347 96 E 0.142 0.116 0.015 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.093 0.109 0.472 97 H 0.137 0.056 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.088 0.079 0.595 98 H 0.118 0.029 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.086 0.089 0.634 99 H 0.109 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.040 0.091 0.713 100 H 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.026 0.100 0.811 101 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.020 0.100 0.841 102 H 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.032 0.123 0.788