# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.405 0.009 0.009 0.006 0.055 0.074 0.421 2 N 0.060 0.820 0.001 0.001 0.002 0.009 0.053 0.054 3 K 0.042 0.851 0.002 0.001 0.001 0.014 0.036 0.054 4 D 0.008 0.895 0.002 0.002 0.002 0.008 0.024 0.059 5 K 0.007 0.917 0.003 0.001 0.002 0.009 0.033 0.029 6 L 0.004 0.951 0.003 0.001 0.001 0.003 0.028 0.009 7 R 0.007 0.936 0.009 0.002 0.003 0.003 0.029 0.010 8 Y 0.012 0.875 0.018 0.004 0.004 0.008 0.048 0.031 9 A 0.034 0.638 0.091 0.017 0.020 0.022 0.125 0.053 10 I 0.117 0.511 0.048 0.019 0.016 0.031 0.105 0.153 11 L 0.078 0.280 0.033 0.012 0.014 0.049 0.096 0.437 12 K 0.076 0.110 0.025 0.020 0.023 0.087 0.082 0.576 13 E 0.075 0.035 0.028 0.025 0.024 0.113 0.158 0.542 14 I 0.086 0.008 0.018 0.014 0.016 0.109 0.049 0.699 15 F 0.218 0.006 0.014 0.010 0.013 0.088 0.059 0.592 16 E 0.032 0.003 0.007 0.007 0.010 0.122 0.029 0.789 17 G 0.018 0.002 0.008 0.005 0.011 0.109 0.009 0.837 18 N 0.031 0.003 0.016 0.022 0.029 0.122 0.036 0.741 19 T 0.086 0.018 0.029 0.036 0.033 0.135 0.063 0.598 20 P 0.030 0.013 0.050 0.044 0.069 0.169 0.055 0.569 21 L 0.018 0.004 0.037 0.018 0.016 0.092 0.027 0.787 22 S 0.776 0.032 0.008 0.009 0.010 0.023 0.047 0.095 23 E 0.138 0.014 0.017 0.006 0.014 0.110 0.046 0.655 24 N 0.046 0.006 0.031 0.019 0.071 0.131 0.020 0.676 25 D 0.013 0.003 0.037 0.047 0.135 0.096 0.070 0.598 26 I 0.004 0.008 0.061 0.079 0.134 0.153 0.034 0.527 27 G 0.005 0.015 0.145 0.151 0.287 0.075 0.027 0.295 28 V 0.009 0.021 0.074 0.104 0.055 0.068 0.038 0.631 29 T 0.173 0.546 0.030 0.015 0.012 0.012 0.172 0.041 30 E 0.085 0.704 0.012 0.005 0.005 0.019 0.076 0.093 31 D 0.016 0.605 0.014 0.007 0.007 0.038 0.054 0.259 32 Q 0.010 0.926 0.003 0.001 0.001 0.007 0.025 0.027 33 F 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.009 34 D 0.009 0.701 0.003 0.001 0.001 0.005 0.263 0.017 35 D 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.010 36 A 0.008 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 37 V 0.013 0.940 0.005 0.003 0.002 0.004 0.022 0.011 38 N 0.020 0.856 0.009 0.006 0.005 0.009 0.029 0.065 39 F 0.033 0.570 0.034 0.013 0.014 0.031 0.160 0.144 40 L 0.055 0.068 0.109 0.032 0.031 0.063 0.526 0.116 41 K 0.601 0.016 0.016 0.007 0.007 0.039 0.142 0.171 42 R 0.081 0.012 0.003 0.003 0.003 0.031 0.017 0.850 43 E 0.006 0.004 0.026 0.006 0.038 0.154 0.010 0.757 44 G 0.003 0.002 0.125 0.060 0.172 0.135 0.082 0.421 45 Y 0.015 0.002 0.140 0.266 0.135 0.077 0.057 0.307 46 I 0.019 0.002 0.196 0.153 0.097 0.046 0.071 0.418 47 I 0.009 0.001 0.208 0.185 0.233 0.076 0.043 0.244 48 G 0.005 0.001 0.276 0.075 0.207 0.041 0.048 0.347 49 V 0.005 0.001 0.168 0.288 0.210 0.051 0.035 0.243 50 H 0.015 0.001 0.201 0.130 0.198 0.068 0.054 0.334 51 Y 0.065 0.002 0.048 0.085 0.099 0.106 0.042 0.552 52 S 0.117 0.003 0.029 0.022 0.027 0.119 0.040 0.645 53 D 0.035 0.004 0.012 0.008 0.016 0.144 0.024 0.757 54 D 0.033 0.011 0.014 0.009 0.021 0.126 0.024 0.762 55 R 0.065 0.043 0.036 0.049 0.065 0.142 0.107 0.492 56 P 0.035 0.039 0.060 0.077 0.145 0.092 0.081 0.471 57 H 0.022 0.019 0.105 0.152 0.256 0.062 0.102 0.282 58 L 0.014 0.010 0.153 0.165 0.238 0.065 0.060 0.295 59 Y 0.071 0.015 0.126 0.149 0.214 0.070 0.063 0.292 60 K 0.026 0.011 0.084 0.088 0.116 0.113 0.052 0.510 61 L 0.038 0.016 0.035 0.021 0.055 0.130 0.025 0.682 62 G 0.077 0.032 0.028 0.037 0.057 0.113 0.208 0.447 63 P 0.031 0.100 0.047 0.044 0.064 0.120 0.104 0.490 64 E 0.040 0.130 0.094 0.060 0.111 0.095 0.072 0.399 65 L 0.020 0.101 0.088 0.073 0.065 0.083 0.092 0.478 66 T 0.255 0.306 0.055 0.019 0.025 0.046 0.142 0.152 67 E 0.117 0.201 0.034 0.023 0.019 0.068 0.254 0.283 68 K 0.014 0.380 0.015 0.008 0.016 0.070 0.032 0.465 69 G 0.036 0.827 0.005 0.003 0.005 0.018 0.027 0.079 70 E 0.010 0.937 0.004 0.004 0.003 0.007 0.009 0.026 71 N 0.015 0.905 0.011 0.005 0.007 0.006 0.014 0.037 72 Y 0.046 0.375 0.083 0.019 0.017 0.024 0.372 0.064 73 L 0.309 0.270 0.102 0.018 0.014 0.030 0.190 0.068 74 K 0.406 0.052 0.018 0.005 0.006 0.034 0.144 0.335 75 E 0.016 0.050 0.005 0.002 0.003 0.058 0.040 0.826 76 N 0.008 0.068 0.009 0.003 0.006 0.106 0.141 0.659 77 G 0.027 0.278 0.013 0.016 0.010 0.096 0.190 0.370 78 T 0.031 0.856 0.003 0.004 0.003 0.016 0.022 0.064 79 W 0.017 0.921 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.034 80 S 0.038 0.724 0.005 0.003 0.005 0.010 0.176 0.039 81 K 0.008 0.463 0.006 0.004 0.003 0.014 0.459 0.041 82 A 0.002 0.896 0.003 0.001 0.002 0.005 0.078 0.014 83 Y 0.009 0.920 0.006 0.003 0.005 0.003 0.039 0.014 84 K 0.012 0.785 0.020 0.018 0.013 0.018 0.079 0.055 85 T 0.012 0.871 0.008 0.002 0.003 0.007 0.066 0.032 86 I 0.062 0.746 0.018 0.005 0.004 0.012 0.103 0.050 87 K 0.041 0.373 0.043 0.017 0.011 0.062 0.200 0.252 88 E 0.049 0.286 0.064 0.006 0.006 0.062 0.169 0.358 89 I 0.243 0.213 0.058 0.011 0.013 0.068 0.126 0.268 90 K 0.219 0.044 0.031 0.008 0.008 0.069 0.078 0.542 91 D 0.021 0.055 0.026 0.006 0.011 0.082 0.025 0.774 92 W 0.011 0.032 0.048 0.007 0.017 0.105 0.017 0.763 93 I 0.040 0.045 0.159 0.103 0.054 0.141 0.069 0.390 94 K 0.105 0.081 0.085 0.021 0.027 0.106 0.094 0.481 95 L 0.231 0.111 0.080 0.028 0.031 0.083 0.128 0.309 96 E 0.081 0.049 0.063 0.030 0.039 0.110 0.066 0.560 97 H 0.088 0.029 0.046 0.019 0.033 0.087 0.082 0.616 98 H 0.082 0.027 0.056 0.044 0.060 0.124 0.080 0.527 99 H 0.100 0.012 0.032 0.028 0.047 0.108 0.052 0.622 100 H 0.062 0.008 0.018 0.026 0.039 0.118 0.044 0.684 101 H 0.026 0.007 0.018 0.022 0.044 0.122 0.039 0.722 102 H 0.047 0.011 0.021 0.034 0.059 0.112 0.050 0.666