# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.143 0.143 0.139 0.181 0.122 0.106 0.091 0.040 0.021 0.009 0.004 2 N 0.041 0.095 0.078 0.083 0.075 0.097 0.158 0.139 0.116 0.075 0.043 3 K 0.061 0.069 0.076 0.154 0.181 0.183 0.152 0.061 0.036 0.019 0.009 4 D 0.247 0.116 0.324 0.176 0.070 0.035 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 5 K 0.018 0.040 0.050 0.153 0.165 0.178 0.217 0.104 0.044 0.021 0.008 6 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.045 0.097 0.245 0.295 0.301 7 R 0.010 0.034 0.132 0.209 0.232 0.187 0.120 0.043 0.020 0.010 0.003 8 Y 0.007 0.017 0.165 0.127 0.112 0.137 0.179 0.120 0.068 0.048 0.020 9 A 0.004 0.005 0.020 0.022 0.025 0.044 0.141 0.170 0.226 0.190 0.153 10 I 0.005 0.009 0.020 0.026 0.034 0.062 0.173 0.185 0.211 0.171 0.105 11 L 0.013 0.038 0.168 0.138 0.135 0.123 0.149 0.079 0.069 0.057 0.031 12 K 0.050 0.064 0.154 0.203 0.166 0.156 0.135 0.036 0.020 0.010 0.004 13 E 0.182 0.097 0.179 0.184 0.090 0.076 0.094 0.039 0.031 0.019 0.007 14 I 0.053 0.054 0.051 0.104 0.089 0.115 0.244 0.126 0.075 0.056 0.032 15 F 0.064 0.071 0.063 0.072 0.079 0.104 0.176 0.147 0.102 0.075 0.049 16 E 0.180 0.219 0.171 0.203 0.110 0.055 0.031 0.015 0.008 0.005 0.003 17 G 0.371 0.179 0.081 0.117 0.094 0.063 0.043 0.024 0.016 0.008 0.004 18 N 0.311 0.112 0.031 0.111 0.109 0.090 0.085 0.053 0.050 0.028 0.019 19 T 0.213 0.109 0.051 0.131 0.111 0.101 0.117 0.061 0.056 0.031 0.018 20 P 0.089 0.092 0.080 0.179 0.130 0.093 0.110 0.092 0.062 0.046 0.028 21 L 0.011 0.014 0.012 0.019 0.031 0.056 0.126 0.186 0.186 0.174 0.185 22 S 0.145 0.262 0.070 0.212 0.122 0.071 0.050 0.033 0.020 0.009 0.006 23 E 0.197 0.120 0.058 0.155 0.140 0.094 0.084 0.047 0.044 0.035 0.025 24 N 0.445 0.184 0.040 0.135 0.084 0.044 0.034 0.014 0.011 0.006 0.002 25 D 0.206 0.179 0.039 0.183 0.145 0.094 0.064 0.046 0.028 0.012 0.004 26 I 0.008 0.005 0.004 0.008 0.020 0.053 0.129 0.192 0.222 0.200 0.159 27 G 0.178 0.216 0.144 0.268 0.114 0.045 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 28 V 0.004 0.006 0.008 0.013 0.022 0.047 0.126 0.164 0.193 0.219 0.199 29 T 0.087 0.236 0.057 0.130 0.101 0.085 0.086 0.083 0.065 0.038 0.032 30 E 0.108 0.094 0.035 0.202 0.192 0.153 0.120 0.044 0.031 0.014 0.006 31 D 0.645 0.103 0.103 0.083 0.033 0.015 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 32 Q 0.037 0.109 0.023 0.172 0.163 0.166 0.191 0.083 0.038 0.014 0.005 33 F 0.001 0.003 0.004 0.004 0.006 0.018 0.074 0.133 0.234 0.271 0.253 34 D 0.037 0.062 0.164 0.293 0.235 0.125 0.058 0.014 0.006 0.003 0.001 35 D 0.064 0.077 0.394 0.233 0.116 0.068 0.030 0.011 0.004 0.001 0.001 36 A 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.020 0.091 0.154 0.247 0.256 0.209 37 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.054 0.184 0.222 0.243 0.162 0.112 38 N 0.012 0.028 0.513 0.218 0.116 0.053 0.031 0.013 0.009 0.005 0.002 39 F 0.002 0.007 0.051 0.085 0.111 0.176 0.330 0.136 0.053 0.032 0.016 40 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.021 0.060 0.220 0.335 0.354 41 K 0.014 0.034 0.065 0.123 0.184 0.195 0.223 0.085 0.041 0.025 0.012 42 R 0.043 0.100 0.374 0.186 0.108 0.075 0.051 0.027 0.019 0.012 0.005 43 E 0.103 0.069 0.058 0.135 0.149 0.179 0.176 0.072 0.037 0.015 0.007 44 G 0.116 0.061 0.039 0.065 0.060 0.080 0.147 0.132 0.138 0.103 0.060 45 Y 0.038 0.064 0.046 0.147 0.135 0.127 0.158 0.115 0.077 0.053 0.039 46 I 0.004 0.006 0.010 0.014 0.024 0.045 0.109 0.143 0.191 0.213 0.239 47 I 0.047 0.091 0.065 0.222 0.171 0.124 0.116 0.068 0.046 0.029 0.021 48 G 0.029 0.028 0.029 0.086 0.089 0.087 0.136 0.119 0.153 0.144 0.100 49 V 0.026 0.014 0.010 0.029 0.040 0.055 0.128 0.132 0.202 0.197 0.167 50 H 0.095 0.138 0.058 0.223 0.148 0.100 0.100 0.059 0.042 0.023 0.013 51 Y 0.014 0.018 0.014 0.028 0.038 0.060 0.145 0.154 0.171 0.187 0.171 52 S 0.283 0.253 0.061 0.158 0.099 0.056 0.042 0.024 0.013 0.007 0.004 53 D 0.377 0.197 0.051 0.125 0.090 0.060 0.043 0.024 0.019 0.010 0.005 54 D 0.424 0.198 0.040 0.096 0.087 0.058 0.040 0.024 0.018 0.010 0.005 55 R 0.214 0.140 0.030 0.142 0.130 0.113 0.100 0.057 0.043 0.020 0.011 56 P 0.099 0.067 0.064 0.100 0.102 0.106 0.124 0.101 0.105 0.077 0.054 57 H 0.030 0.049 0.049 0.148 0.139 0.138 0.179 0.114 0.071 0.048 0.035 58 L 0.007 0.010 0.022 0.029 0.033 0.045 0.104 0.128 0.190 0.218 0.214 59 Y 0.030 0.036 0.044 0.100 0.100 0.104 0.165 0.127 0.121 0.099 0.076 60 K 0.099 0.104 0.098 0.169 0.135 0.106 0.100 0.066 0.058 0.040 0.023 61 L 0.036 0.053 0.019 0.070 0.085 0.113 0.183 0.146 0.128 0.098 0.069 62 G 0.172 0.176 0.039 0.150 0.126 0.097 0.086 0.066 0.048 0.026 0.014 63 P 0.128 0.046 0.029 0.075 0.089 0.105 0.143 0.107 0.123 0.091 0.064 64 E 0.296 0.167 0.098 0.204 0.118 0.057 0.033 0.013 0.008 0.004 0.002 65 L 0.005 0.009 0.007 0.020 0.025 0.041 0.134 0.147 0.199 0.216 0.197 66 T 0.032 0.050 0.033 0.079 0.097 0.112 0.184 0.153 0.112 0.081 0.066 67 E 0.241 0.143 0.189 0.205 0.095 0.054 0.034 0.018 0.012 0.007 0.003 68 K 0.162 0.186 0.089 0.183 0.162 0.111 0.061 0.026 0.012 0.005 0.002 69 G 0.042 0.052 0.019 0.043 0.046 0.070 0.138 0.154 0.211 0.137 0.089 70 E 0.050 0.041 0.029 0.122 0.167 0.193 0.203 0.087 0.059 0.031 0.017 71 N 0.113 0.086 0.366 0.213 0.106 0.055 0.032 0.015 0.008 0.004 0.001 72 Y 0.002 0.005 0.017 0.043 0.052 0.078 0.237 0.188 0.148 0.130 0.100 73 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.014 0.062 0.123 0.246 0.282 0.256 74 K 0.021 0.046 0.239 0.242 0.192 0.121 0.081 0.027 0.017 0.010 0.005 75 E 0.045 0.081 0.259 0.172 0.142 0.132 0.095 0.041 0.021 0.009 0.003 76 N 0.023 0.014 0.015 0.030 0.035 0.063 0.178 0.180 0.196 0.152 0.115 77 G 0.188 0.116 0.062 0.105 0.095 0.110 0.138 0.086 0.057 0.027 0.016 78 T 0.127 0.134 0.228 0.180 0.115 0.073 0.057 0.033 0.028 0.017 0.010 79 W 0.051 0.050 0.050 0.081 0.099 0.135 0.208 0.109 0.093 0.066 0.058 80 S 0.198 0.144 0.110 0.177 0.112 0.081 0.077 0.040 0.034 0.018 0.009 81 K 0.067 0.060 0.072 0.146 0.123 0.131 0.168 0.089 0.066 0.048 0.029 82 A 0.078 0.068 0.095 0.095 0.092 0.112 0.139 0.099 0.107 0.069 0.045 83 Y 0.033 0.048 0.059 0.128 0.106 0.125 0.195 0.106 0.089 0.066 0.045 84 K 0.053 0.062 0.102 0.124 0.108 0.118 0.161 0.094 0.076 0.061 0.040 85 T 0.046 0.065 0.075 0.126 0.106 0.118 0.161 0.104 0.094 0.063 0.041 86 I 0.086 0.072 0.084 0.128 0.119 0.127 0.152 0.086 0.075 0.046 0.025 87 K 0.086 0.053 0.076 0.123 0.101 0.105 0.155 0.092 0.090 0.073 0.046 88 E 0.036 0.070 0.077 0.157 0.138 0.128 0.181 0.085 0.061 0.041 0.025 89 I 0.016 0.038 0.041 0.077 0.064 0.081 0.176 0.153 0.145 0.130 0.079 90 K 0.047 0.050 0.073 0.141 0.167 0.163 0.158 0.072 0.058 0.044 0.028 91 D 0.149 0.128 0.201 0.235 0.114 0.070 0.059 0.021 0.014 0.008 0.003 92 W 0.027 0.039 0.033 0.147 0.149 0.135 0.194 0.139 0.067 0.049 0.021 93 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.052 0.165 0.273 0.275 0.212 94 K 0.075 0.231 0.116 0.309 0.176 0.064 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 95 L 0.006 0.007 0.012 0.012 0.021 0.043 0.099 0.121 0.197 0.257 0.224 96 E 0.168 0.160 0.045 0.212 0.153 0.093 0.082 0.037 0.026 0.014 0.010 97 H 0.062 0.060 0.033 0.105 0.079 0.105 0.180 0.114 0.121 0.090 0.051 98 H 0.072 0.078 0.069 0.133 0.118 0.108 0.130 0.089 0.080 0.070 0.052 99 H 0.105 0.105 0.068 0.154 0.108 0.111 0.146 0.076 0.064 0.039 0.024 100 H 0.104 0.094 0.084 0.139 0.113 0.102 0.122 0.081 0.070 0.055 0.035 101 H 0.139 0.121 0.070 0.135 0.112 0.107 0.129 0.074 0.056 0.035 0.023 102 H 0.165 0.123 0.071 0.139 0.110 0.096 0.108 0.068 0.059 0.038 0.023