# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.153 0.023 0.009 0.008 0.017 0.056 0.009 0.001 0.003 0.532 2 N 0.180 0.040 0.005 0.008 0.009 0.007 0.071 0.027 0.001 0.004 0.648 3 K 0.150 0.032 0.077 0.012 0.003 0.006 0.037 0.002 0.001 0.008 0.674 4 D 0.009 0.015 0.002 0.010 0.006 0.006 0.210 0.002 0.001 0.001 0.739 5 K 0.109 0.070 0.004 0.028 0.009 0.018 0.185 0.003 0.001 0.016 0.558 6 L 0.059 0.493 0.004 0.047 0.025 0.060 0.109 0.002 0.001 0.007 0.195 7 R 0.023 0.534 0.001 0.049 0.043 0.107 0.124 0.005 0.001 0.005 0.109 8 Y 0.047 0.780 0.001 0.022 0.014 0.019 0.005 0.005 0.001 0.001 0.107 9 A 0.033 0.894 0.001 0.010 0.009 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 0.035 10 I 0.017 0.835 0.003 0.019 0.023 0.048 0.006 0.010 0.001 0.001 0.037 11 L 0.051 0.608 0.007 0.023 0.023 0.066 0.012 0.022 0.001 0.001 0.188 12 K 0.082 0.569 0.010 0.019 0.023 0.044 0.026 0.027 0.001 0.001 0.200 13 E 0.253 0.262 0.014 0.012 0.019 0.026 0.032 0.029 0.001 0.005 0.349 14 I 0.160 0.259 0.096 0.015 0.027 0.032 0.065 0.013 0.001 0.004 0.329 15 F 0.063 0.172 0.011 0.049 0.057 0.079 0.052 0.013 0.001 0.003 0.501 16 E 0.101 0.082 0.008 0.026 0.032 0.051 0.069 0.009 0.001 0.004 0.618 17 G 0.121 0.041 0.007 0.020 0.021 0.034 0.060 0.011 0.001 0.006 0.678 18 N 0.150 0.018 0.033 0.044 0.022 0.040 0.083 0.007 0.001 0.013 0.589 19 T 0.090 0.004 0.009 0.028 0.028 0.024 0.259 0.003 0.001 0.006 0.549 20 P 0.008 0.001 0.004 0.005 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.965 21 L 0.014 0.002 0.002 0.075 0.059 0.123 0.406 0.001 0.001 0.008 0.311 22 S 0.180 0.005 0.001 0.046 0.048 0.052 0.374 0.001 0.001 0.018 0.276 23 E 0.023 0.008 0.001 0.035 0.013 0.013 0.032 0.001 0.001 0.003 0.871 24 N 0.031 0.007 0.001 0.018 0.018 0.035 0.542 0.001 0.001 0.027 0.318 25 D 0.455 0.010 0.002 0.025 0.014 0.022 0.208 0.004 0.001 0.119 0.140 26 I 0.328 0.080 0.031 0.077 0.028 0.037 0.164 0.009 0.001 0.029 0.217 27 G 0.102 0.026 0.024 0.069 0.037 0.040 0.255 0.007 0.001 0.016 0.424 28 V 0.078 0.016 0.054 0.133 0.055 0.102 0.104 0.002 0.001 0.010 0.445 29 T 0.011 0.009 0.003 0.075 0.070 0.120 0.320 0.001 0.001 0.002 0.389 30 E 0.006 0.004 0.001 0.013 0.005 0.007 0.036 0.001 0.001 0.002 0.926 31 D 0.008 0.011 0.001 0.005 0.002 0.005 0.497 0.001 0.001 0.010 0.461 32 Q 0.045 0.010 0.001 0.003 0.002 0.003 0.798 0.002 0.001 0.032 0.103 33 F 0.207 0.477 0.005 0.017 0.003 0.006 0.134 0.004 0.001 0.012 0.133 34 D 0.018 0.806 0.001 0.003 0.001 0.002 0.029 0.003 0.001 0.002 0.134 35 D 0.014 0.749 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.223 36 A 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.041 37 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 38 N 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 39 F 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 40 L 0.018 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 41 K 0.015 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.010 42 R 0.029 0.880 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.055 43 E 0.168 0.650 0.004 0.003 0.002 0.003 0.003 0.087 0.001 0.001 0.080 44 G 0.477 0.181 0.027 0.012 0.012 0.005 0.009 0.100 0.001 0.002 0.173 45 Y 0.060 0.075 0.608 0.037 0.023 0.025 0.031 0.004 0.001 0.002 0.134 46 I 0.006 0.028 0.020 0.225 0.170 0.305 0.042 0.002 0.001 0.001 0.200 47 I 0.008 0.011 0.002 0.383 0.138 0.222 0.027 0.001 0.001 0.001 0.207 48 G 0.014 0.010 0.002 0.187 0.118 0.150 0.049 0.001 0.001 0.003 0.466 49 V 0.014 0.005 0.005 0.270 0.183 0.225 0.036 0.001 0.001 0.003 0.258 50 H 0.006 0.002 0.001 0.110 0.153 0.264 0.066 0.001 0.001 0.003 0.395 51 Y 0.016 0.002 0.001 0.112 0.155 0.227 0.059 0.001 0.001 0.006 0.420 52 S 0.028 0.004 0.001 0.057 0.091 0.138 0.183 0.001 0.001 0.007 0.490 53 D 0.019 0.002 0.001 0.011 0.010 0.016 0.080 0.001 0.001 0.005 0.856 54 D 0.071 0.003 0.002 0.014 0.011 0.018 0.202 0.001 0.001 0.021 0.657 55 R 0.343 0.005 0.004 0.011 0.012 0.013 0.239 0.001 0.001 0.031 0.342 56 P 0.024 0.004 0.004 0.007 0.006 0.009 0.059 0.001 0.001 0.003 0.884 57 H 0.027 0.006 0.002 0.040 0.107 0.162 0.180 0.001 0.001 0.005 0.471 58 L 0.089 0.023 0.002 0.090 0.153 0.257 0.096 0.001 0.001 0.006 0.283 59 Y 0.019 0.045 0.001 0.081 0.241 0.315 0.043 0.001 0.001 0.001 0.252 60 K 0.028 0.041 0.002 0.075 0.134 0.361 0.043 0.002 0.001 0.003 0.312 61 L 0.040 0.049 0.005 0.147 0.113 0.302 0.047 0.008 0.001 0.006 0.283 62 G 0.054 0.023 0.013 0.100 0.121 0.184 0.079 0.006 0.001 0.008 0.412 63 P 0.003 0.001 0.005 0.014 0.008 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.944 64 E 0.015 0.003 0.001 0.066 0.087 0.127 0.127 0.001 0.001 0.004 0.568 65 L 0.210 0.020 0.003 0.070 0.073 0.121 0.093 0.001 0.001 0.013 0.395 66 T 0.047 0.138 0.001 0.154 0.156 0.195 0.105 0.003 0.001 0.004 0.197 67 E 0.110 0.094 0.004 0.066 0.037 0.068 0.134 0.003 0.001 0.009 0.473 68 K 0.128 0.067 0.005 0.023 0.013 0.033 0.398 0.005 0.001 0.021 0.306 69 G 0.238 0.047 0.019 0.016 0.013 0.020 0.357 0.014 0.001 0.052 0.224 70 E 0.066 0.162 0.128 0.014 0.006 0.011 0.198 0.002 0.001 0.013 0.400 71 N 0.006 0.127 0.002 0.013 0.023 0.024 0.164 0.002 0.001 0.003 0.637 72 Y 0.107 0.215 0.002 0.005 0.015 0.020 0.092 0.003 0.001 0.006 0.535 73 L 0.083 0.684 0.002 0.006 0.021 0.045 0.042 0.004 0.001 0.003 0.110 74 K 0.031 0.774 0.002 0.005 0.018 0.033 0.022 0.006 0.001 0.002 0.107 75 E 0.091 0.748 0.002 0.001 0.005 0.009 0.017 0.015 0.001 0.002 0.110 76 N 0.238 0.542 0.004 0.003 0.003 0.003 0.015 0.128 0.001 0.003 0.062 77 G 0.460 0.226 0.084 0.002 0.001 0.001 0.056 0.043 0.001 0.011 0.116 78 T 0.035 0.077 0.504 0.005 0.002 0.002 0.105 0.004 0.001 0.003 0.262 79 W 0.020 0.080 0.012 0.015 0.005 0.013 0.228 0.004 0.001 0.003 0.621 80 S 0.055 0.203 0.003 0.027 0.006 0.014 0.110 0.003 0.001 0.007 0.570 81 K 0.044 0.330 0.001 0.002 0.002 0.003 0.055 0.002 0.001 0.002 0.559 82 A 0.083 0.697 0.002 0.007 0.007 0.013 0.060 0.007 0.001 0.003 0.122 83 Y 0.030 0.886 0.001 0.006 0.003 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.060 84 K 0.012 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 85 T 0.017 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.036 86 I 0.043 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 87 K 0.018 0.927 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.040 88 E 0.029 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.079 89 I 0.065 0.875 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.042 90 K 0.031 0.878 0.004 0.003 0.003 0.007 0.006 0.009 0.001 0.001 0.060 91 D 0.068 0.695 0.009 0.002 0.004 0.007 0.018 0.022 0.001 0.001 0.175 92 W 0.297 0.575 0.008 0.006 0.003 0.006 0.006 0.022 0.001 0.001 0.076 93 I 0.242 0.377 0.037 0.014 0.020 0.020 0.038 0.023 0.001 0.003 0.227 94 K 0.022 0.063 0.077 0.012 0.010 0.020 0.021 0.002 0.001 0.001 0.772 95 L 0.029 0.057 0.004 0.046 0.056 0.118 0.038 0.004 0.001 0.001 0.647 96 E 0.120 0.068 0.002 0.036 0.041 0.063 0.056 0.004 0.001 0.004 0.605 97 H 0.117 0.108 0.004 0.028 0.050 0.076 0.089 0.005 0.001 0.004 0.517 98 H 0.143 0.082 0.007 0.041 0.036 0.057 0.108 0.005 0.001 0.005 0.517 99 H 0.140 0.059 0.005 0.029 0.025 0.039 0.134 0.004 0.001 0.007 0.558 100 H 0.103 0.046 0.010 0.018 0.024 0.041 0.132 0.003 0.001 0.008 0.615 101 H 0.114 0.040 0.009 0.017 0.026 0.036 0.119 0.003 0.001 0.006 0.629 102 H 0.072 0.026 0.005 0.013 0.016 0.025 0.093 0.002 0.001 0.005 0.743