# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.044 0.019 0.014 0.023 0.134 0.008 0.685 2 N 0.085 0.122 0.017 0.018 0.031 0.148 0.010 0.568 3 K 0.058 0.132 0.016 0.008 0.026 0.065 0.007 0.688 4 D 0.026 0.167 0.006 0.006 0.010 0.197 0.006 0.584 5 K 0.088 0.386 0.005 0.004 0.007 0.235 0.010 0.266 6 L 0.024 0.925 0.003 0.003 0.003 0.009 0.002 0.030 7 R 0.013 0.907 0.008 0.008 0.011 0.012 0.005 0.036 8 Y 0.012 0.911 0.009 0.009 0.009 0.005 0.004 0.042 9 A 0.023 0.900 0.009 0.012 0.022 0.006 0.006 0.023 10 I 0.018 0.882 0.007 0.019 0.025 0.007 0.006 0.037 11 L 0.033 0.829 0.016 0.020 0.031 0.010 0.013 0.048 12 K 0.081 0.643 0.023 0.027 0.025 0.023 0.039 0.139 13 E 0.204 0.383 0.020 0.025 0.020 0.029 0.063 0.257 14 I 0.185 0.298 0.063 0.038 0.051 0.053 0.032 0.281 15 F 0.101 0.192 0.056 0.062 0.074 0.083 0.035 0.399 16 E 0.066 0.107 0.067 0.045 0.052 0.072 0.022 0.569 17 G 0.055 0.056 0.045 0.020 0.033 0.076 0.027 0.689 18 N 0.143 0.030 0.047 0.016 0.020 0.078 0.033 0.634 19 T 0.121 0.013 0.075 0.039 0.033 0.172 0.015 0.532 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 21 L 0.037 0.008 0.092 0.065 0.180 0.238 0.004 0.377 22 S 0.077 0.016 0.029 0.045 0.080 0.364 0.006 0.385 23 E 0.046 0.026 0.017 0.016 0.058 0.035 0.003 0.798 24 N 0.031 0.019 0.010 0.007 0.017 0.455 0.009 0.451 25 D 0.512 0.017 0.007 0.005 0.005 0.181 0.035 0.238 26 I 0.340 0.176 0.071 0.036 0.030 0.073 0.021 0.253 27 G 0.093 0.041 0.128 0.062 0.117 0.136 0.022 0.401 28 V 0.074 0.039 0.234 0.057 0.092 0.097 0.005 0.402 29 T 0.032 0.086 0.072 0.060 0.161 0.245 0.006 0.338 30 E 0.040 0.053 0.043 0.014 0.057 0.063 0.005 0.725 31 D 0.023 0.051 0.011 0.005 0.012 0.539 0.006 0.354 32 Q 0.144 0.041 0.003 0.001 0.002 0.607 0.012 0.191 33 F 0.127 0.620 0.008 0.003 0.004 0.072 0.008 0.158 34 D 0.016 0.613 0.010 0.003 0.008 0.065 0.005 0.279 35 D 0.022 0.594 0.003 0.002 0.004 0.055 0.004 0.317 36 A 0.020 0.901 0.001 0.001 0.002 0.013 0.003 0.060 37 V 0.005 0.969 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 38 N 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 39 F 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 40 L 0.059 0.882 0.004 0.003 0.004 0.002 0.017 0.028 41 K 0.049 0.853 0.012 0.009 0.012 0.005 0.018 0.042 42 R 0.047 0.700 0.029 0.013 0.015 0.017 0.042 0.137 43 E 0.150 0.307 0.044 0.020 0.012 0.035 0.132 0.299 44 G 0.383 0.079 0.047 0.034 0.009 0.015 0.187 0.247 45 Y 0.051 0.004 0.681 0.032 0.032 0.044 0.017 0.139 46 I 0.010 0.003 0.203 0.188 0.175 0.056 0.003 0.364 47 I 0.007 0.001 0.210 0.228 0.381 0.024 0.001 0.147 48 G 0.005 0.001 0.123 0.213 0.315 0.033 0.002 0.309 49 V 0.008 0.001 0.260 0.277 0.306 0.025 0.002 0.122 50 H 0.004 0.001 0.045 0.230 0.245 0.041 0.001 0.434 51 Y 0.012 0.001 0.056 0.147 0.383 0.054 0.002 0.344 52 S 0.013 0.002 0.029 0.108 0.169 0.189 0.003 0.486 53 D 0.025 0.002 0.010 0.023 0.054 0.079 0.007 0.801 54 D 0.064 0.005 0.015 0.018 0.027 0.184 0.022 0.665 55 R 0.152 0.003 0.020 0.021 0.023 0.421 0.017 0.343 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 57 H 0.016 0.006 0.091 0.131 0.328 0.168 0.004 0.256 58 L 0.109 0.016 0.159 0.126 0.233 0.076 0.005 0.277 59 Y 0.028 0.024 0.129 0.248 0.321 0.035 0.005 0.210 60 K 0.047 0.022 0.112 0.157 0.264 0.069 0.007 0.322 61 L 0.028 0.032 0.105 0.084 0.201 0.076 0.015 0.460 62 G 0.044 0.011 0.029 0.045 0.078 0.080 0.012 0.702 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 64 E 0.038 0.006 0.027 0.036 0.061 0.161 0.006 0.665 65 L 0.148 0.053 0.064 0.048 0.067 0.082 0.007 0.531 66 T 0.056 0.114 0.068 0.068 0.156 0.103 0.008 0.427 67 E 0.089 0.124 0.046 0.033 0.057 0.097 0.007 0.547 68 K 0.069 0.142 0.017 0.015 0.023 0.303 0.012 0.419 69 G 0.226 0.207 0.012 0.012 0.024 0.118 0.033 0.369 70 E 0.069 0.514 0.024 0.014 0.024 0.072 0.012 0.272 71 N 0.018 0.448 0.012 0.015 0.021 0.090 0.009 0.388 72 Y 0.066 0.620 0.008 0.013 0.025 0.036 0.009 0.224 73 L 0.040 0.847 0.006 0.010 0.023 0.008 0.004 0.062 74 K 0.020 0.828 0.011 0.013 0.024 0.012 0.008 0.084 75 E 0.043 0.795 0.010 0.008 0.009 0.011 0.023 0.101 76 N 0.249 0.467 0.007 0.008 0.005 0.009 0.117 0.138 77 G 0.563 0.090 0.031 0.012 0.004 0.017 0.117 0.167 78 T 0.082 0.049 0.107 0.011 0.022 0.300 0.014 0.415 79 W 0.073 0.059 0.020 0.017 0.070 0.196 0.007 0.557 80 S 0.049 0.167 0.015 0.013 0.024 0.257 0.007 0.467 81 K 0.050 0.200 0.007 0.006 0.009 0.183 0.006 0.539 82 A 0.039 0.758 0.005 0.009 0.011 0.035 0.004 0.140 83 Y 0.016 0.863 0.003 0.015 0.022 0.013 0.005 0.063 84 K 0.031 0.794 0.005 0.028 0.039 0.015 0.005 0.083 85 T 0.008 0.762 0.005 0.017 0.021 0.012 0.003 0.172 86 I 0.006 0.887 0.004 0.024 0.034 0.005 0.003 0.038 87 K 0.010 0.838 0.006 0.024 0.024 0.010 0.005 0.083 88 E 0.017 0.783 0.006 0.023 0.024 0.014 0.006 0.128 89 I 0.041 0.779 0.010 0.017 0.030 0.011 0.010 0.101 90 K 0.018 0.794 0.007 0.015 0.017 0.011 0.008 0.129 91 D 0.046 0.593 0.010 0.013 0.018 0.022 0.030 0.267 92 W 0.204 0.396 0.033 0.015 0.024 0.028 0.040 0.259 93 I 0.133 0.429 0.048 0.091 0.043 0.022 0.036 0.198 94 K 0.004 0.023 0.026 0.009 0.013 0.015 0.004 0.905 95 L 0.058 0.108 0.097 0.074 0.148 0.090 0.013 0.413 96 E 0.107 0.098 0.071 0.036 0.058 0.256 0.019 0.356 97 H 0.164 0.090 0.037 0.026 0.040 0.130 0.025 0.487 98 H 0.157 0.151 0.106 0.031 0.032 0.081 0.019 0.423 99 H 0.118 0.083 0.058 0.039 0.052 0.111 0.028 0.512 100 H 0.132 0.059 0.056 0.039 0.066 0.100 0.026 0.524 101 H 0.100 0.050 0.052 0.037 0.068 0.100 0.017 0.577 102 H 0.073 0.036 0.042 0.035 0.056 0.103 0.013 0.642