# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.766 0.026 0.058 0.068 0.017 0.004 0.019 0.014 0.005 0.023 0.001 2 N 0.698 0.026 0.053 0.109 0.008 0.051 0.032 0.003 0.014 0.005 0.002 3 K 0.943 0.006 0.012 0.028 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 D 0.872 0.004 0.014 0.083 0.002 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 5 K 0.945 0.004 0.004 0.039 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.911 0.020 0.041 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.989 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.983 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.959 0.011 0.004 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.918 0.012 0.029 0.030 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.587 0.012 0.034 0.320 0.008 0.004 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 13 E 0.274 0.021 0.076 0.075 0.035 0.018 0.400 0.073 0.013 0.016 0.001 14 I 0.497 0.161 0.132 0.148 0.019 0.026 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 15 F 0.168 0.257 0.235 0.120 0.063 0.067 0.032 0.005 0.047 0.006 0.001 16 E 0.253 0.184 0.220 0.224 0.016 0.032 0.019 0.002 0.047 0.001 0.001 17 G 0.096 0.019 0.077 0.064 0.089 0.005 0.089 0.309 0.003 0.249 0.001 18 N 0.191 0.071 0.146 0.401 0.022 0.055 0.072 0.015 0.020 0.004 0.003 19 T 0.024 0.349 0.407 0.004 0.059 0.016 0.016 0.001 0.122 0.001 0.001 20 P 0.105 0.016 0.747 0.016 0.001 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 21 L 0.052 0.319 0.457 0.064 0.035 0.058 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 22 S 0.004 0.266 0.511 0.004 0.091 0.059 0.001 0.001 0.060 0.003 0.001 23 E 0.954 0.003 0.010 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.706 0.003 0.011 0.264 0.001 0.002 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 25 D 0.314 0.015 0.039 0.546 0.005 0.023 0.044 0.002 0.011 0.001 0.001 26 I 0.139 0.146 0.263 0.382 0.020 0.012 0.024 0.004 0.010 0.001 0.001 27 G 0.049 0.101 0.138 0.056 0.199 0.022 0.135 0.166 0.011 0.124 0.001 28 V 0.017 0.603 0.273 0.021 0.066 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 T 0.009 0.402 0.289 0.011 0.186 0.050 0.001 0.001 0.043 0.010 0.001 30 E 0.961 0.005 0.009 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 31 D 0.938 0.001 0.003 0.053 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Q 0.896 0.001 0.002 0.093 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 F 0.974 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.976 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 K 0.976 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.954 0.010 0.010 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 E 0.381 0.012 0.044 0.540 0.004 0.003 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 44 G 0.006 0.001 0.004 0.014 0.012 0.001 0.175 0.778 0.001 0.010 0.001 45 Y 0.068 0.313 0.434 0.046 0.032 0.080 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 46 I 0.008 0.468 0.410 0.002 0.005 0.083 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 47 I 0.141 0.320 0.057 0.395 0.031 0.025 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 48 G 0.003 0.123 0.077 0.005 0.708 0.006 0.054 0.014 0.005 0.005 0.001 49 V 0.012 0.828 0.071 0.009 0.062 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 50 H 0.011 0.685 0.191 0.006 0.046 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 51 Y 0.048 0.587 0.198 0.051 0.055 0.032 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 52 S 0.097 0.489 0.124 0.058 0.105 0.027 0.009 0.003 0.077 0.012 0.001 53 D 0.244 0.051 0.151 0.191 0.056 0.063 0.182 0.007 0.028 0.021 0.006 54 D 0.214 0.026 0.061 0.499 0.020 0.031 0.088 0.038 0.009 0.004 0.010 55 R 0.049 0.352 0.365 0.011 0.025 0.020 0.018 0.001 0.157 0.001 0.001 56 P 0.164 0.014 0.730 0.007 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 57 H 0.217 0.417 0.176 0.045 0.060 0.034 0.012 0.003 0.032 0.001 0.001 58 L 0.252 0.385 0.243 0.041 0.030 0.030 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 59 Y 0.256 0.372 0.153 0.076 0.081 0.034 0.006 0.002 0.015 0.003 0.001 60 K 0.282 0.370 0.184 0.051 0.055 0.026 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 61 L 0.188 0.183 0.194 0.339 0.026 0.024 0.017 0.002 0.024 0.001 0.001 62 G 0.029 0.016 0.098 0.010 0.093 0.003 0.165 0.159 0.020 0.407 0.001 63 P 0.271 0.045 0.591 0.025 0.019 0.010 0.001 0.002 0.001 0.006 0.029 64 E 0.144 0.196 0.457 0.053 0.022 0.076 0.011 0.002 0.036 0.001 0.002 65 L 0.184 0.192 0.496 0.046 0.011 0.052 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 66 T 0.241 0.343 0.221 0.064 0.076 0.029 0.002 0.001 0.017 0.004 0.001 67 E 0.638 0.103 0.113 0.054 0.053 0.013 0.007 0.004 0.007 0.005 0.001 68 K 0.496 0.039 0.228 0.165 0.020 0.016 0.017 0.005 0.010 0.002 0.001 69 G 0.457 0.013 0.072 0.063 0.040 0.011 0.072 0.149 0.011 0.110 0.001 70 E 0.906 0.014 0.038 0.028 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.837 0.017 0.033 0.075 0.005 0.010 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.935 0.006 0.007 0.040 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 73 L 0.940 0.008 0.014 0.028 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.963 0.008 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.855 0.013 0.020 0.100 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 N 0.354 0.027 0.056 0.475 0.007 0.016 0.037 0.004 0.023 0.001 0.001 77 G 0.631 0.020 0.099 0.052 0.022 0.012 0.064 0.064 0.007 0.030 0.001 78 T 0.830 0.023 0.024 0.098 0.004 0.011 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 79 W 0.905 0.015 0.032 0.030 0.002 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 S 0.971 0.003 0.009 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.976 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.970 0.002 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.987 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.963 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.904 0.007 0.014 0.066 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 K 0.938 0.010 0.017 0.024 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 91 D 0.813 0.012 0.020 0.133 0.006 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 92 W 0.721 0.031 0.044 0.170 0.007 0.010 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 93 I 0.225 0.359 0.214 0.047 0.029 0.031 0.008 0.001 0.084 0.001 0.001 94 K 0.277 0.069 0.482 0.026 0.004 0.095 0.013 0.001 0.027 0.002 0.003 95 L 0.636 0.071 0.169 0.062 0.009 0.031 0.007 0.003 0.010 0.002 0.001 96 E 0.598 0.097 0.101 0.116 0.027 0.024 0.017 0.005 0.010 0.004 0.001 97 H 0.322 0.139 0.118 0.250 0.049 0.038 0.044 0.007 0.030 0.003 0.001 98 H 0.257 0.169 0.154 0.209 0.047 0.051 0.063 0.011 0.034 0.005 0.001 99 H 0.251 0.181 0.146 0.182 0.048 0.064 0.069 0.011 0.040 0.007 0.001 100 H 0.252 0.184 0.159 0.213 0.042 0.049 0.050 0.010 0.035 0.005 0.001 101 H 0.199 0.146 0.189 0.234 0.035 0.066 0.071 0.013 0.039 0.006 0.001 102 H 0.181 0.191 0.245 0.132 0.075 0.041 0.064 0.022 0.026 0.022 0.001