# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.016 0.020 0.045 0.212 0.672 2 N 0.032 0.021 0.026 0.069 0.276 0.576 3 K 0.018 0.012 0.072 0.193 0.353 0.353 4 D 0.012 0.005 0.045 0.362 0.247 0.329 5 K 0.005 0.001 0.029 0.867 0.053 0.045 6 L 0.017 0.003 0.011 0.840 0.035 0.094 7 R 0.009 0.001 0.003 0.961 0.007 0.019 8 Y 0.017 0.001 0.003 0.958 0.008 0.012 9 A 0.011 0.001 0.004 0.974 0.006 0.005 10 I 0.009 0.001 0.007 0.970 0.007 0.005 11 L 0.004 0.001 0.007 0.978 0.006 0.004 12 K 0.002 0.001 0.011 0.978 0.005 0.002 13 E 0.003 0.001 0.015 0.971 0.007 0.004 14 I 0.004 0.002 0.020 0.940 0.019 0.015 15 F 0.007 0.004 0.025 0.838 0.108 0.018 16 E 0.009 0.004 0.018 0.605 0.288 0.075 17 G 0.004 0.003 0.014 0.218 0.519 0.242 18 N 0.005 0.007 0.010 0.016 0.570 0.392 19 T 0.013 0.019 0.007 0.004 0.327 0.630 20 P 0.020 0.021 0.025 0.008 0.408 0.518 21 L 0.021 0.025 0.085 0.016 0.385 0.468 22 S 0.029 0.024 0.077 0.023 0.450 0.396 23 E 0.005 0.005 0.556 0.052 0.307 0.074 24 N 0.012 0.010 0.301 0.096 0.395 0.186 25 D 0.013 0.010 0.320 0.068 0.461 0.128 26 I 0.020 0.014 0.095 0.081 0.405 0.384 27 G 0.022 0.023 0.025 0.027 0.280 0.622 28 V 0.028 0.069 0.007 0.027 0.212 0.657 29 T 0.021 0.022 0.004 0.031 0.137 0.785 30 E 0.001 0.001 0.110 0.833 0.037 0.018 31 D 0.001 0.001 0.121 0.852 0.021 0.005 32 Q 0.001 0.001 0.091 0.890 0.014 0.004 33 F 0.002 0.001 0.010 0.970 0.007 0.011 34 D 0.001 0.001 0.005 0.979 0.007 0.007 35 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 36 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 39 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 40 L 0.001 0.001 0.009 0.970 0.011 0.007 41 K 0.002 0.001 0.017 0.950 0.027 0.003 42 R 0.002 0.001 0.013 0.925 0.053 0.006 43 E 0.003 0.001 0.015 0.623 0.279 0.079 44 G 0.009 0.002 0.003 0.005 0.387 0.594 45 Y 0.186 0.019 0.003 0.001 0.151 0.640 46 I 0.827 0.010 0.002 0.001 0.049 0.112 47 I 0.883 0.003 0.002 0.001 0.034 0.079 48 G 0.902 0.002 0.002 0.001 0.027 0.066 49 V 0.910 0.004 0.001 0.001 0.021 0.062 50 H 0.929 0.003 0.001 0.001 0.016 0.049 51 Y 0.809 0.015 0.002 0.001 0.044 0.129 52 S 0.321 0.020 0.005 0.002 0.574 0.079 53 D 0.044 0.005 0.009 0.002 0.864 0.076 54 D 0.012 0.003 0.013 0.007 0.889 0.076 55 R 0.084 0.023 0.013 0.009 0.771 0.100 56 P 0.208 0.017 0.018 0.032 0.294 0.430 57 H 0.503 0.051 0.038 0.044 0.146 0.219 58 L 0.728 0.025 0.045 0.053 0.068 0.081 59 Y 0.826 0.008 0.026 0.038 0.039 0.063 60 K 0.689 0.009 0.024 0.037 0.119 0.122 61 L 0.324 0.039 0.017 0.082 0.200 0.338 62 G 0.124 0.009 0.018 0.031 0.459 0.359 63 P 0.037 0.002 0.228 0.117 0.489 0.128 64 E 0.059 0.010 0.313 0.204 0.297 0.117 65 L 0.121 0.089 0.126 0.291 0.225 0.149 66 T 0.059 0.030 0.018 0.307 0.217 0.369 67 E 0.014 0.004 0.028 0.622 0.208 0.125 68 K 0.006 0.003 0.028 0.731 0.176 0.055 69 G 0.016 0.007 0.050 0.663 0.191 0.073 70 E 0.011 0.006 0.055 0.798 0.072 0.059 71 N 0.012 0.006 0.076 0.784 0.069 0.054 72 Y 0.005 0.002 0.135 0.774 0.055 0.029 73 L 0.010 0.004 0.120 0.678 0.160 0.028 74 K 0.006 0.003 0.124 0.659 0.182 0.026 75 E 0.006 0.003 0.072 0.635 0.224 0.060 76 N 0.008 0.008 0.050 0.389 0.459 0.086 77 G 0.009 0.010 0.052 0.413 0.305 0.212 78 T 0.014 0.013 0.073 0.489 0.190 0.221 79 W 0.003 0.002 0.062 0.850 0.050 0.033 80 S 0.002 0.001 0.018 0.944 0.017 0.018 81 K 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.003 82 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 83 Y 0.001 0.001 0.007 0.987 0.003 0.002 84 K 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 85 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 86 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 87 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 88 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 89 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 90 K 0.001 0.001 0.012 0.974 0.007 0.005 91 D 0.003 0.001 0.029 0.910 0.024 0.033 92 W 0.021 0.004 0.033 0.789 0.033 0.120 93 I 0.075 0.023 0.020 0.335 0.082 0.466 94 K 0.124 0.016 0.026 0.105 0.153 0.576 95 L 0.086 0.005 0.120 0.142 0.243 0.406 96 E 0.144 0.011 0.137 0.113 0.285 0.310 97 H 0.155 0.023 0.165 0.136 0.300 0.220 98 H 0.109 0.019 0.089 0.094 0.337 0.352 99 H 0.132 0.016 0.051 0.079 0.340 0.383 100 H 0.097 0.020 0.032 0.074 0.287 0.491 101 H 0.070 0.027 0.010 0.049 0.187 0.656 102 H 0.022 0.005 0.001 0.006 0.066 0.900