# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.009 0.051 0.047 0.089 0.008 0.090 0.108 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.045 0.020 0.211 0.077 0.088 0.131 0.001 2 N 0.005 0.005 0.039 0.030 0.068 0.009 0.095 0.111 0.017 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.020 0.027 0.113 0.075 0.145 0.228 0.001 3 K 0.002 0.001 0.021 0.011 0.033 0.004 0.093 0.056 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.016 0.522 0.057 0.050 0.099 0.001 4 D 0.002 0.003 0.015 0.012 0.028 0.022 0.455 0.154 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.013 0.081 0.076 0.051 0.062 0.001 5 K 0.008 0.008 0.063 0.021 0.051 0.009 0.098 0.255 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.027 0.028 0.205 0.090 0.066 0.050 0.002 6 L 0.021 0.019 0.042 0.031 0.066 0.008 0.040 0.439 0.004 0.001 0.004 0.007 0.018 0.022 0.023 0.028 0.105 0.032 0.060 0.028 0.003 7 R 0.016 0.024 0.031 0.035 0.022 0.009 0.033 0.579 0.004 0.001 0.002 0.006 0.010 0.030 0.046 0.014 0.095 0.013 0.013 0.013 0.002 8 Y 0.009 0.015 0.006 0.018 0.014 0.008 0.021 0.784 0.007 0.001 0.002 0.004 0.008 0.025 0.018 0.009 0.035 0.004 0.006 0.005 0.001 9 A 0.007 0.008 0.010 0.011 0.006 0.006 0.012 0.837 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.020 0.005 0.040 0.003 0.003 0.003 0.001 10 I 0.006 0.008 0.003 0.008 0.012 0.005 0.018 0.815 0.008 0.002 0.001 0.002 0.003 0.010 0.009 0.007 0.070 0.004 0.004 0.004 0.001 11 L 0.002 0.004 0.003 0.005 0.004 0.006 0.024 0.829 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.004 0.073 0.004 0.002 0.004 0.001 12 K 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.012 0.031 0.860 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.054 0.005 0.002 0.005 0.001 13 E 0.001 0.003 0.004 0.005 0.009 0.017 0.050 0.778 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.075 0.011 0.005 0.007 0.001 14 I 0.004 0.004 0.009 0.009 0.019 0.009 0.118 0.491 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.009 0.213 0.023 0.024 0.020 0.001 15 F 0.004 0.003 0.020 0.021 0.018 0.018 0.149 0.212 0.057 0.020 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.014 0.230 0.058 0.065 0.075 0.001 16 E 0.001 0.001 0.005 0.010 0.018 0.022 0.232 0.040 0.046 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.016 0.378 0.058 0.043 0.093 0.001 17 G 0.001 0.001 0.008 0.010 0.013 0.013 0.449 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.124 0.091 0.088 0.153 0.001 18 N 0.001 0.001 0.015 0.008 0.048 0.002 0.101 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.088 0.283 0.212 0.194 0.001 19 T 0.001 0.001 0.057 0.020 0.020 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.014 0.041 0.028 0.174 0.600 0.001 20 P 0.001 0.001 0.017 0.011 0.177 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.035 0.173 0.064 0.212 0.262 0.001 21 L 0.001 0.002 0.090 0.052 0.022 0.007 0.054 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.018 0.130 0.072 0.102 0.306 0.001 22 S 0.001 0.002 0.015 0.020 0.095 0.005 0.052 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 0.055 0.043 0.206 0.430 0.001 23 E 0.001 0.001 0.038 0.019 0.039 0.003 0.068 0.020 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.042 0.025 0.441 0.082 0.118 0.092 0.001 24 N 0.002 0.004 0.025 0.024 0.030 0.044 0.547 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.013 0.094 0.038 0.040 0.066 0.001 25 D 0.006 0.006 0.049 0.033 0.057 0.006 0.186 0.018 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.026 0.029 0.099 0.132 0.246 0.085 0.002 26 I 0.005 0.009 0.031 0.034 0.143 0.003 0.049 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.005 0.038 0.068 0.052 0.039 0.213 0.285 0.002 27 G 0.013 0.018 0.112 0.092 0.079 0.004 0.057 0.012 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.010 0.125 0.043 0.060 0.120 0.122 0.104 0.005 28 V 0.013 0.014 0.062 0.059 0.164 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.008 0.005 0.016 0.012 0.076 0.156 0.056 0.035 0.121 0.175 0.004 29 T 0.005 0.006 0.033 0.036 0.089 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.008 0.047 0.048 0.012 0.016 0.175 0.485 0.002 30 E 0.001 0.001 0.015 0.003 0.015 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.010 0.841 0.032 0.008 0.019 0.001 31 D 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 0.036 0.416 0.415 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 0.050 0.010 0.013 0.017 0.001 32 Q 0.001 0.002 0.010 0.007 0.012 0.007 0.211 0.478 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.147 0.051 0.030 0.021 0.001 33 F 0.002 0.002 0.004 0.006 0.013 0.002 0.030 0.661 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.155 0.028 0.044 0.029 0.001 34 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.155 0.002 0.002 0.004 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.910 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 0.006 0.002 0.002 0.001 41 K 0.002 0.001 0.009 0.005 0.005 0.010 0.062 0.724 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.119 0.007 0.007 0.005 0.001 42 R 0.003 0.001 0.005 0.009 0.004 0.008 0.124 0.035 0.471 0.144 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.150 0.019 0.007 0.008 0.001 43 E 0.001 0.002 0.002 0.007 0.022 0.002 0.600 0.006 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.106 0.017 0.049 0.149 0.001 44 G 0.003 0.004 0.016 0.006 0.042 0.001 0.104 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.017 0.707 0.044 0.024 0.003 45 Y 0.055 0.062 0.199 0.093 0.079 0.002 0.009 0.004 0.002 0.001 0.011 0.009 0.028 0.053 0.080 0.095 0.028 0.032 0.076 0.060 0.022 46 I 0.086 0.121 0.036 0.031 0.270 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.034 0.033 0.094 0.081 0.070 0.025 0.009 0.004 0.037 0.009 0.054 47 I 0.085 0.138 0.104 0.084 0.053 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.040 0.067 0.080 0.215 0.023 0.005 0.003 0.007 0.010 0.035 48 G 0.080 0.151 0.023 0.082 0.137 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.081 0.040 0.121 0.086 0.050 0.042 0.004 0.006 0.011 0.009 0.073 49 V 0.104 0.133 0.072 0.050 0.118 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.038 0.080 0.081 0.157 0.059 0.005 0.005 0.009 0.010 0.022 50 H 0.148 0.135 0.131 0.161 0.117 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.050 0.034 0.052 0.028 0.010 0.008 0.030 0.027 0.018 51 Y 0.055 0.051 0.041 0.062 0.439 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.012 0.074 0.067 0.034 0.028 0.034 0.060 0.004 52 S 0.014 0.013 0.107 0.124 0.048 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.010 0.138 0.018 0.032 0.021 0.178 0.247 0.004 53 D 0.006 0.003 0.017 0.021 0.163 0.003 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.026 0.549 0.033 0.043 0.093 0.001 54 D 0.003 0.004 0.027 0.019 0.056 0.009 0.443 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.019 0.086 0.078 0.058 0.143 0.001 55 R 0.004 0.007 0.067 0.039 0.043 0.002 0.033 0.018 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.046 0.019 0.204 0.102 0.142 0.263 0.002 56 P 0.008 0.018 0.039 0.024 0.224 0.009 0.070 0.085 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.005 0.029 0.047 0.220 0.060 0.058 0.087 0.002 57 H 0.029 0.047 0.127 0.125 0.079 0.019 0.116 0.138 0.003 0.001 0.005 0.006 0.012 0.010 0.048 0.024 0.096 0.033 0.044 0.035 0.003 58 L 0.050 0.057 0.040 0.060 0.247 0.007 0.082 0.080 0.008 0.003 0.006 0.011 0.023 0.022 0.044 0.047 0.111 0.035 0.037 0.024 0.004 59 Y 0.053 0.059 0.133 0.180 0.041 0.023 0.087 0.046 0.006 0.002 0.006 0.013 0.028 0.043 0.090 0.015 0.093 0.015 0.020 0.043 0.004 60 K 0.032 0.038 0.025 0.060 0.259 0.010 0.132 0.023 0.005 0.003 0.006 0.007 0.015 0.024 0.035 0.058 0.093 0.066 0.052 0.053 0.005 61 L 0.016 0.018 0.087 0.084 0.062 0.002 0.053 0.008 0.004 0.001 0.006 0.005 0.010 0.010 0.142 0.022 0.092 0.090 0.102 0.183 0.003 62 G 0.003 0.003 0.029 0.029 0.044 0.001 0.008 0.005 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.016 0.019 0.037 0.024 0.211 0.558 0.001 63 P 0.001 0.002 0.020 0.010 0.087 0.006 0.034 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.031 0.496 0.078 0.046 0.148 0.001 64 E 0.003 0.006 0.050 0.030 0.029 0.053 0.411 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.030 0.015 0.129 0.057 0.040 0.056 0.001 65 L 0.012 0.013 0.043 0.038 0.145 0.005 0.101 0.043 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.006 0.037 0.054 0.102 0.081 0.177 0.122 0.003 66 T 0.009 0.010 0.074 0.067 0.090 0.003 0.025 0.041 0.003 0.001 0.004 0.004 0.007 0.008 0.099 0.037 0.077 0.048 0.155 0.239 0.003 67 E 0.006 0.004 0.020 0.029 0.100 0.003 0.029 0.036 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.033 0.030 0.519 0.046 0.048 0.079 0.001 68 K 0.003 0.003 0.017 0.018 0.045 0.010 0.327 0.118 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.016 0.239 0.036 0.037 0.092 0.001 69 G 0.003 0.007 0.012 0.016 0.061 0.007 0.285 0.169 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.027 0.079 0.167 0.064 0.075 0.001 70 E 0.008 0.005 0.101 0.020 0.025 0.002 0.019 0.287 0.004 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.026 0.006 0.375 0.029 0.052 0.028 0.001 71 N 0.004 0.011 0.012 0.011 0.048 0.015 0.053 0.662 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.008 0.115 0.011 0.011 0.018 0.001 72 Y 0.002 0.008 0.008 0.011 0.026 0.006 0.071 0.733 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.077 0.015 0.005 0.010 0.001 73 L 0.007 0.008 0.009 0.015 0.017 0.003 0.034 0.745 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.005 0.095 0.017 0.009 0.007 0.001 74 K 0.004 0.006 0.012 0.011 0.010 0.022 0.106 0.676 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.087 0.008 0.006 0.010 0.001 75 E 0.006 0.006 0.008 0.013 0.021 0.016 0.354 0.237 0.100 0.013 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.007 0.144 0.026 0.015 0.016 0.001 76 N 0.003 0.004 0.012 0.015 0.029 0.006 0.256 0.136 0.013 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.018 0.120 0.077 0.122 0.156 0.001 77 G 0.002 0.002 0.026 0.009 0.024 0.006 0.073 0.172 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.311 0.181 0.061 0.101 0.001 78 T 0.003 0.005 0.019 0.012 0.061 0.014 0.072 0.339 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.034 0.121 0.060 0.082 0.153 0.001 79 W 0.002 0.003 0.022 0.008 0.022 0.003 0.032 0.458 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.006 0.313 0.037 0.026 0.034 0.001 80 S 0.001 0.002 0.005 0.006 0.005 0.007 0.033 0.841 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.065 0.004 0.009 0.008 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.063 0.797 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.081 0.006 0.006 0.008 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.097 0.724 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.108 0.015 0.009 0.012 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.003 0.053 0.717 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.119 0.016 0.037 0.018 0.001 84 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.009 0.024 0.841 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.085 0.006 0.006 0.010 0.001 85 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.008 0.042 0.794 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.086 0.009 0.010 0.017 0.001 86 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.012 0.765 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.164 0.006 0.012 0.010 0.001 87 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.024 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.062 0.004 0.002 0.007 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.005 0.052 0.796 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.072 0.010 0.011 0.015 0.001 89 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.002 0.030 0.653 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.216 0.017 0.014 0.014 0.001 90 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.083 0.777 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.088 0.008 0.008 0.008 0.001 91 D 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.032 0.102 0.688 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.069 0.024 0.014 0.024 0.001 92 W 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.005 0.173 0.360 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.258 0.057 0.048 0.021 0.001 93 I 0.003 0.003 0.029 0.036 0.012 0.006 0.062 0.343 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.007 0.140 0.047 0.160 0.116 0.001 94 K 0.001 0.002 0.003 0.006 0.059 0.013 0.092 0.434 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.173 0.060 0.031 0.078 0.001 95 L 0.001 0.002 0.021 0.026 0.016 0.012 0.081 0.437 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.010 0.163 0.036 0.064 0.070 0.001 96 E 0.002 0.002 0.014 0.013 0.044 0.011 0.081 0.374 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.012 0.222 0.041 0.076 0.074 0.001 97 H 0.002 0.003 0.015 0.023 0.035 0.017 0.257 0.241 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.017 0.183 0.043 0.063 0.067 0.001 98 H 0.003 0.003 0.023 0.027 0.046 0.012 0.197 0.163 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.017 0.169 0.095 0.095 0.097 0.001 99 H 0.003 0.003 0.033 0.032 0.053 0.011 0.112 0.124 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.021 0.192 0.087 0.141 0.140 0.001 100 H 0.004 0.005 0.034 0.040 0.083 0.014 0.136 0.082 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.026 0.180 0.079 0.117 0.146 0.001 101 H 0.004 0.005 0.038 0.047 0.092 0.009 0.150 0.058 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.042 0.029 0.144 0.076 0.113 0.175 0.001 102 H 0.004 0.006 0.055 0.053 0.106 0.007 0.085 0.057 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.046 0.034 0.110 0.098 0.137 0.180 0.002