# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0327/T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.068 0.147 0.167 0.084 0.040 0.084 0.019 0.006 0.006 0.063 0.049 0.117 0.045 0.011 0.028 2 N 0.013 0.032 0.061 0.041 0.036 0.285 0.025 0.115 0.006 0.011 0.043 0.076 0.159 0.012 0.072 0.013 3 K 0.011 0.043 0.031 0.022 0.009 0.050 0.015 0.034 0.036 0.031 0.417 0.039 0.168 0.019 0.018 0.057 4 D 0.090 0.067 0.021 0.023 0.001 0.030 0.005 0.008 0.017 0.006 0.048 0.503 0.126 0.002 0.035 0.019 5 K 0.064 0.047 0.223 0.027 0.001 0.014 0.005 0.001 0.011 0.003 0.038 0.093 0.314 0.002 0.007 0.151 6 L 0.034 0.006 0.147 0.031 0.001 0.128 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.085 0.492 0.001 0.001 0.005 7 R 0.002 0.141 0.057 0.043 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.086 0.600 0.001 0.001 0.002 8 Y 0.001 0.001 0.004 0.064 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.052 0.774 0.001 0.001 0.001 9 A 0.001 0.004 0.005 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 0.911 0.001 0.001 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.923 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.006 0.002 0.005 14 I 0.001 0.002 0.018 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.038 0.026 0.068 15 F 0.002 0.002 0.023 0.003 0.018 0.003 0.161 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.492 0.010 0.036 16 E 0.007 0.013 0.035 0.009 0.016 0.010 0.158 0.061 0.001 0.001 0.008 0.003 0.155 0.182 0.308 0.034 17 G 0.008 0.062 0.029 0.016 0.003 0.017 0.029 0.048 0.067 0.040 0.036 0.014 0.111 0.012 0.161 0.346 18 N 0.403 0.089 0.103 0.042 0.001 0.004 0.014 0.003 0.048 0.009 0.013 0.028 0.035 0.005 0.011 0.190 19 T 0.252 0.028 0.418 0.071 0.007 0.084 0.036 0.003 0.003 0.005 0.008 0.040 0.026 0.003 0.006 0.010 20 P 0.018 0.084 0.254 0.109 0.014 0.299 0.009 0.024 0.004 0.004 0.111 0.014 0.035 0.002 0.007 0.011 21 L 0.013 0.257 0.036 0.386 0.006 0.036 0.003 0.014 0.018 0.008 0.086 0.107 0.019 0.001 0.002 0.007 22 S 0.017 0.023 0.034 0.067 0.016 0.514 0.010 0.006 0.009 0.007 0.018 0.203 0.066 0.002 0.003 0.003 23 E 0.005 0.034 0.059 0.040 0.016 0.046 0.019 0.016 0.002 0.001 0.593 0.025 0.115 0.010 0.008 0.010 24 N 0.009 0.092 0.048 0.109 0.005 0.016 0.005 0.030 0.014 0.004 0.030 0.486 0.097 0.003 0.038 0.014 25 D 0.024 0.009 0.055 0.030 0.065 0.019 0.207 0.002 0.016 0.008 0.007 0.008 0.076 0.378 0.005 0.091 26 I 0.036 0.037 0.277 0.062 0.001 0.007 0.017 0.107 0.002 0.001 0.014 0.008 0.041 0.001 0.375 0.012 27 G 0.016 0.029 0.165 0.115 0.003 0.032 0.008 0.002 0.107 0.078 0.006 0.009 0.029 0.002 0.002 0.395 28 V 0.568 0.032 0.068 0.272 0.004 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.012 0.001 0.001 0.004 29 T 0.002 0.013 0.029 0.027 0.006 0.865 0.001 0.005 0.001 0.002 0.009 0.019 0.019 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.015 0.004 0.011 0.002 0.054 0.001 0.005 0.001 0.001 0.854 0.014 0.034 0.001 0.001 0.001 31 D 0.002 0.028 0.003 0.009 0.001 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.028 0.876 0.039 0.001 0.003 0.001 32 Q 0.006 0.004 0.024 0.007 0.001 0.018 0.003 0.001 0.003 0.002 0.044 0.078 0.763 0.002 0.002 0.041 33 F 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.046 0.067 0.847 0.001 0.001 0.001 34 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.070 0.887 0.001 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.956 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.974 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.001 0.008 40 L 0.001 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.008 0.010 0.010 41 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.904 0.028 0.008 0.013 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.950 0.001 0.002 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 0.001 44 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.961 45 Y 0.943 0.006 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 I 0.005 0.001 0.132 0.008 0.054 0.776 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.833 0.007 0.046 0.001 0.003 0.001 0.087 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 48 G 0.001 0.007 0.004 0.747 0.001 0.008 0.001 0.001 0.191 0.009 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.008 49 V 0.155 0.003 0.708 0.109 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 50 H 0.004 0.018 0.126 0.774 0.008 0.049 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 51 Y 0.005 0.031 0.023 0.800 0.049 0.069 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 52 S 0.001 0.019 0.003 0.042 0.041 0.847 0.004 0.007 0.001 0.005 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 53 D 0.002 0.085 0.004 0.016 0.006 0.023 0.002 0.043 0.007 0.004 0.772 0.023 0.006 0.002 0.003 0.002 54 D 0.013 0.304 0.029 0.060 0.001 0.009 0.003 0.011 0.067 0.006 0.017 0.411 0.015 0.002 0.029 0.022 55 R 0.107 0.016 0.455 0.049 0.002 0.053 0.031 0.002 0.018 0.008 0.012 0.024 0.121 0.002 0.012 0.086 56 P 0.069 0.110 0.461 0.127 0.001 0.050 0.007 0.005 0.002 0.001 0.054 0.022 0.073 0.001 0.003 0.015 57 H 0.022 0.078 0.090 0.344 0.008 0.212 0.005 0.004 0.008 0.003 0.037 0.091 0.084 0.004 0.001 0.010 58 L 0.011 0.045 0.121 0.267 0.069 0.110 0.053 0.006 0.002 0.001 0.068 0.036 0.179 0.020 0.004 0.007 59 Y 0.004 0.090 0.102 0.382 0.008 0.037 0.007 0.059 0.005 0.002 0.032 0.056 0.173 0.002 0.029 0.012 60 K 0.016 0.020 0.051 0.195 0.119 0.079 0.100 0.008 0.030 0.027 0.032 0.017 0.112 0.094 0.003 0.096 61 L 0.049 0.131 0.242 0.282 0.002 0.010 0.006 0.085 0.003 0.001 0.017 0.014 0.046 0.001 0.098 0.011 62 G 0.010 0.023 0.160 0.226 0.007 0.256 0.012 0.003 0.045 0.096 0.010 0.023 0.061 0.002 0.002 0.064 63 P 0.200 0.081 0.060 0.198 0.007 0.124 0.009 0.007 0.002 0.001 0.199 0.024 0.081 0.001 0.002 0.004 64 E 0.006 0.286 0.067 0.321 0.005 0.054 0.004 0.005 0.010 0.002 0.040 0.151 0.032 0.004 0.003 0.011 65 L 0.014 0.047 0.158 0.448 0.014 0.069 0.018 0.006 0.005 0.003 0.017 0.054 0.116 0.003 0.010 0.016 66 T 0.006 0.019 0.043 0.029 0.028 0.515 0.012 0.008 0.002 0.006 0.055 0.027 0.238 0.003 0.002 0.006 67 E 0.005 0.020 0.008 0.011 0.032 0.019 0.022 0.017 0.002 0.003 0.661 0.053 0.084 0.058 0.002 0.003 68 K 0.003 0.018 0.008 0.016 0.001 0.023 0.001 0.103 0.006 0.004 0.030 0.443 0.148 0.001 0.193 0.004 69 G 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.014 0.014 0.083 0.026 0.709 0.003 0.002 0.122 70 E 0.025 0.002 0.004 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.068 0.175 0.712 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.918 0.001 0.002 0.002 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.954 0.003 0.001 0.009 73 L 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.958 0.003 0.003 0.002 74 K 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.899 0.040 0.006 0.015 75 E 0.004 0.003 0.005 0.003 0.002 0.003 0.034 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 0.468 0.361 0.051 0.047 76 N 0.002 0.003 0.032 0.001 0.001 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.010 0.009 0.618 0.003 0.267 0.035 77 G 0.015 0.003 0.012 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.007 0.041 0.043 0.757 0.002 0.002 0.104 78 T 0.032 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.140 0.711 0.001 0.001 0.002 79 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.092 0.823 0.001 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.155 0.831 0.001 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.989 0.001 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.003 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 87 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.003 88 E 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.012 0.001 0.013 89 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.966 0.003 0.006 0.002 90 K 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.944 0.008 0.003 0.005 91 D 0.002 0.004 0.002 0.007 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.912 0.004 0.023 0.012 92 W 0.006 0.019 0.063 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.005 0.008 0.458 0.010 0.013 0.394 93 I 0.053 0.005 0.188 0.037 0.003 0.017 0.087 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.537 0.019 0.006 0.025 94 K 0.007 0.031 0.125 0.041 0.005 0.154 0.014 0.014 0.001 0.001 0.022 0.008 0.545 0.006 0.013 0.012 95 L 0.004 0.073 0.011 0.068 0.019 0.091 0.030 0.006 0.011 0.005 0.232 0.047 0.309 0.051 0.004 0.037 96 E 0.018 0.073 0.065 0.056 0.008 0.023 0.035 0.027 0.005 0.001 0.043 0.230 0.319 0.014 0.071 0.012 97 H 0.008 0.026 0.121 0.056 0.008 0.034 0.033 0.018 0.018 0.012 0.035 0.037 0.430 0.027 0.029 0.110 98 H 0.072 0.041 0.129 0.082 0.014 0.037 0.050 0.016 0.011 0.006 0.050 0.049 0.314 0.031 0.039 0.060 99 H 0.035 0.046 0.164 0.089 0.017 0.062 0.049 0.024 0.011 0.009 0.051 0.051 0.277 0.024 0.036 0.053 100 H 0.039 0.067 0.135 0.123 0.033 0.064 0.052 0.025 0.017 0.011 0.058 0.060 0.202 0.031 0.026 0.058 101 H 0.044 0.073 0.114 0.110 0.050 0.085 0.069 0.032 0.016 0.012 0.054 0.068 0.164 0.038 0.031 0.041 102 H 0.031 0.077 0.131 0.090 0.025 0.092 0.048 0.059 0.017 0.015 0.084 0.067 0.149 0.019 0.052 0.043