# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.083 0.048 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.084 0.092 0.567 2 N 0.384 0.121 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.057 0.064 0.348 3 K 0.040 0.210 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.049 0.096 0.580 4 D 0.010 0.593 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.031 0.057 0.276 5 K 0.015 0.641 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.054 0.039 0.172 6 L 0.007 0.841 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.015 0.082 7 R 0.019 0.786 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.090 0.025 0.007 0.060 8 Y 0.016 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.047 0.051 0.012 0.115 9 A 0.020 0.580 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.187 0.064 0.021 0.115 10 I 0.029 0.705 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.026 0.156 11 L 0.075 0.831 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.007 0.038 12 K 0.095 0.635 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.044 0.030 0.170 13 E 0.130 0.245 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.092 0.087 0.393 14 I 0.101 0.049 0.057 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.286 0.150 0.310 15 F 0.180 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.117 0.139 0.526 16 E 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.041 0.088 0.818 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.104 0.873 18 N 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.109 0.849 19 T 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.074 0.154 0.696 20 P 0.052 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.035 0.134 0.750 21 L 0.031 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.046 0.133 0.711 22 S 0.417 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.081 0.060 0.361 23 E 0.158 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.145 0.076 0.568 24 N 0.258 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.125 0.567 25 D 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.059 0.139 0.690 26 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.020 0.176 0.751 27 G 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.010 0.167 0.713 28 V 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.068 0.012 0.159 0.738 29 T 0.175 0.674 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 0.009 0.054 30 E 0.130 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.015 0.125 31 D 0.010 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.092 0.023 0.242 32 Q 0.007 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.009 0.068 33 F 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.021 34 D 0.004 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.361 0.004 0.026 35 D 0.003 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.006 0.029 36 A 0.012 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.037 37 V 0.015 0.913 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.030 38 N 0.014 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 0.053 39 F 0.067 0.568 0.032 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.031 0.183 40 L 0.026 0.029 0.528 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.021 0.081 41 K 0.588 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.047 0.327 42 R 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.057 0.885 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.123 0.848 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.033 0.136 0.676 45 Y 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.054 0.086 0.473 46 I 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.043 0.065 0.425 47 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 0.002 0.596 0.061 0.047 0.260 48 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.672 0.054 0.032 0.227 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.466 0.044 0.052 0.410 50 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.128 0.128 0.134 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.073 0.038 0.202 51 Y 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.042 0.082 0.722 52 S 0.441 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.092 0.056 0.349 53 D 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.103 0.839 54 D 0.017 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.074 0.838 55 R 0.128 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.044 0.102 0.467 56 P 0.043 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.092 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.056 0.098 0.507 57 H 0.084 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.115 0.007 0.152 0.013 0.012 0.004 0.115 0.087 0.046 0.311 58 L 0.114 0.023 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 0.003 0.073 0.003 0.011 0.147 0.083 0.066 0.440 59 Y 0.059 0.005 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.086 0.003 0.180 0.029 0.091 0.508 60 K 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.115 0.014 0.089 0.748 61 L 0.030 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.031 0.161 0.683 62 G 0.229 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.124 0.104 0.451 63 P 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.053 0.107 0.742 64 E 0.025 0.025 0.001 0.001 0.011 0.036 0.033 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.026 0.109 0.650 65 L 0.006 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.026 0.120 0.759 66 T 0.232 0.475 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 0.030 0.167 67 E 0.143 0.296 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.114 0.053 0.383 68 K 0.006 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.021 0.317 69 G 0.025 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.008 0.084 70 E 0.027 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.006 0.077 71 N 0.010 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.007 0.046 72 Y 0.055 0.479 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.292 0.023 0.104 73 L 0.132 0.344 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.028 0.140 74 K 0.269 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.209 0.069 0.428 75 E 0.002 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.078 0.729 76 N 0.201 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.230 0.117 0.398 77 G 0.010 0.300 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.133 0.098 0.435 78 T 0.017 0.754 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.020 0.170 79 W 0.016 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.011 0.063 80 S 0.020 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.010 0.058 81 K 0.012 0.422 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.464 0.022 0.070 82 A 0.005 0.863 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.011 0.043 83 Y 0.013 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.007 0.069 84 K 0.005 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.005 0.074 85 T 0.004 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.004 0.046 86 I 0.019 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.005 0.055 87 K 0.013 0.815 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.014 0.115 88 E 0.029 0.797 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.014 0.116 89 I 0.105 0.718 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.066 0.016 0.075 90 K 0.070 0.422 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.044 0.056 0.374 91 D 0.076 0.352 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.028 0.055 0.426 92 W 0.110 0.369 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.042 0.073 0.345 93 I 0.065 0.210 0.022 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.076 0.116 0.402 94 K 0.117 0.205 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.079 0.063 0.481 95 L 0.130 0.170 0.024 0.004 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.127 0.094 0.406 96 E 0.143 0.100 0.016 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.078 0.097 0.507 97 H 0.110 0.047 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.065 0.068 0.665 98 H 0.102 0.025 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.067 0.075 0.685 99 H 0.102 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.035 0.080 0.731 100 H 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.022 0.090 0.824 101 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.091 0.852 102 H 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.027 0.115 0.802