# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.039 0.006 0.036 0.045 0.052 0.114 0.005 0.003 0.046 0.577 2 N 0.131 0.161 0.001 0.016 0.022 0.032 0.097 0.008 0.001 0.037 0.493 3 K 0.061 0.290 0.002 0.014 0.011 0.015 0.086 0.007 0.001 0.049 0.464 4 D 0.014 0.624 0.001 0.015 0.012 0.021 0.046 0.004 0.001 0.033 0.230 5 K 0.012 0.714 0.002 0.020 0.015 0.022 0.023 0.002 0.001 0.074 0.117 6 L 0.005 0.785 0.002 0.017 0.022 0.015 0.014 0.002 0.001 0.077 0.061 7 R 0.002 0.968 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 8 Y 0.007 0.952 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.015 0.012 9 A 0.007 0.892 0.002 0.007 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.061 0.020 10 I 0.009 0.904 0.011 0.002 0.002 0.002 0.008 0.006 0.003 0.026 0.027 11 L 0.053 0.832 0.011 0.003 0.003 0.003 0.008 0.030 0.003 0.018 0.036 12 K 0.063 0.527 0.012 0.009 0.005 0.010 0.036 0.007 0.007 0.099 0.226 13 E 0.049 0.104 0.053 0.011 0.008 0.017 0.095 0.004 0.023 0.156 0.480 14 I 0.119 0.041 0.073 0.030 0.006 0.018 0.101 0.023 0.029 0.148 0.411 15 F 0.483 0.006 0.006 0.010 0.004 0.008 0.046 0.011 0.004 0.070 0.351 16 E 0.064 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.055 0.001 0.001 0.013 0.856 17 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.084 0.001 0.001 0.008 0.891 18 N 0.022 0.001 0.001 0.007 0.005 0.006 0.108 0.002 0.001 0.018 0.829 19 T 0.031 0.001 0.001 0.013 0.024 0.024 0.153 0.008 0.001 0.045 0.700 20 P 0.046 0.004 0.001 0.009 0.005 0.008 0.090 0.001 0.001 0.020 0.817 21 L 0.030 0.011 0.001 0.029 0.017 0.037 0.157 0.011 0.001 0.035 0.670 22 S 0.365 0.092 0.003 0.017 0.010 0.019 0.086 0.007 0.002 0.061 0.338 23 E 0.151 0.023 0.012 0.035 0.014 0.036 0.111 0.006 0.003 0.065 0.543 24 N 0.066 0.012 0.001 0.022 0.031 0.060 0.099 0.005 0.001 0.042 0.662 25 D 0.096 0.018 0.001 0.033 0.038 0.062 0.123 0.004 0.001 0.058 0.568 26 I 0.011 0.004 0.001 0.032 0.059 0.077 0.137 0.002 0.001 0.024 0.653 27 G 0.009 0.005 0.001 0.021 0.116 0.165 0.108 0.002 0.001 0.028 0.545 28 V 0.007 0.013 0.001 0.033 0.069 0.069 0.108 0.003 0.001 0.020 0.677 29 T 0.207 0.496 0.002 0.008 0.016 0.017 0.040 0.017 0.001 0.035 0.161 30 E 0.211 0.458 0.002 0.006 0.002 0.003 0.029 0.005 0.001 0.041 0.241 31 D 0.016 0.284 0.002 0.016 0.006 0.012 0.076 0.003 0.001 0.105 0.478 32 Q 0.012 0.778 0.002 0.004 0.004 0.004 0.016 0.002 0.001 0.112 0.065 33 F 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.022 34 D 0.016 0.488 0.001 0.003 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.426 0.051 35 D 0.002 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.056 0.027 36 A 0.005 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.009 37 V 0.012 0.943 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.010 0.016 38 N 0.040 0.812 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.022 0.106 39 F 0.025 0.511 0.043 0.002 0.001 0.001 0.036 0.012 0.027 0.160 0.183 40 L 0.121 0.057 0.340 0.002 0.001 0.001 0.035 0.021 0.202 0.117 0.105 41 K 0.437 0.014 0.004 0.002 0.001 0.002 0.055 0.009 0.006 0.043 0.427 42 R 0.069 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.013 0.844 43 E 0.010 0.003 0.001 0.014 0.002 0.006 0.138 0.002 0.001 0.022 0.801 44 G 0.007 0.002 0.002 0.043 0.024 0.077 0.130 0.003 0.001 0.085 0.625 45 Y 0.023 0.002 0.001 0.097 0.056 0.093 0.095 0.002 0.001 0.110 0.521 46 I 0.015 0.002 0.001 0.232 0.040 0.058 0.085 0.001 0.001 0.065 0.501 47 I 0.006 0.001 0.001 0.334 0.104 0.165 0.064 0.002 0.001 0.071 0.252 48 G 0.004 0.001 0.001 0.152 0.058 0.122 0.089 0.002 0.001 0.040 0.534 49 V 0.002 0.001 0.001 0.199 0.220 0.183 0.059 0.001 0.001 0.031 0.305 50 H 0.006 0.001 0.001 0.277 0.091 0.157 0.098 0.001 0.001 0.052 0.317 51 Y 0.005 0.001 0.001 0.136 0.096 0.147 0.099 0.003 0.001 0.043 0.467 52 S 0.539 0.011 0.002 0.046 0.019 0.022 0.064 0.004 0.002 0.054 0.238 53 D 0.067 0.005 0.003 0.026 0.006 0.011 0.118 0.002 0.001 0.054 0.708 54 D 0.019 0.018 0.001 0.015 0.008 0.018 0.107 0.003 0.001 0.019 0.791 55 R 0.150 0.043 0.002 0.022 0.054 0.069 0.139 0.018 0.001 0.075 0.427 56 P 0.045 0.051 0.002 0.032 0.104 0.132 0.125 0.006 0.001 0.068 0.435 57 H 0.025 0.023 0.002 0.050 0.136 0.345 0.075 0.005 0.001 0.065 0.273 58 L 0.038 0.013 0.002 0.072 0.116 0.170 0.110 0.003 0.001 0.055 0.420 59 Y 0.043 0.005 0.001 0.075 0.170 0.287 0.082 0.002 0.001 0.058 0.277 60 K 0.012 0.004 0.002 0.049 0.092 0.221 0.094 0.001 0.001 0.037 0.488 61 L 0.028 0.008 0.004 0.030 0.054 0.098 0.113 0.010 0.003 0.031 0.621 62 G 0.442 0.041 0.002 0.008 0.021 0.018 0.068 0.026 0.002 0.071 0.303 63 P 0.067 0.012 0.001 0.016 0.023 0.043 0.102 0.007 0.001 0.059 0.670 64 E 0.019 0.012 0.001 0.025 0.029 0.081 0.103 0.001 0.001 0.032 0.696 65 L 0.006 0.006 0.007 0.045 0.091 0.092 0.109 0.002 0.002 0.033 0.605 66 T 0.475 0.035 0.002 0.012 0.025 0.026 0.059 0.010 0.002 0.060 0.293 67 E 0.402 0.035 0.001 0.010 0.006 0.008 0.057 0.005 0.001 0.068 0.407 68 K 0.014 0.083 0.001 0.009 0.003 0.008 0.086 0.002 0.001 0.011 0.783 69 G 0.025 0.501 0.002 0.009 0.016 0.022 0.064 0.013 0.001 0.009 0.340 70 E 0.058 0.554 0.001 0.011 0.081 0.039 0.035 0.016 0.001 0.017 0.189 71 N 0.040 0.508 0.003 0.024 0.050 0.058 0.039 0.008 0.001 0.055 0.214 72 Y 0.094 0.286 0.023 0.039 0.048 0.060 0.069 0.011 0.008 0.147 0.216 73 L 0.194 0.205 0.017 0.050 0.019 0.024 0.095 0.014 0.008 0.089 0.285 74 K 0.135 0.030 0.004 0.032 0.023 0.031 0.094 0.005 0.002 0.238 0.406 75 E 0.018 0.146 0.003 0.025 0.006 0.017 0.074 0.004 0.001 0.062 0.645 76 N 0.053 0.190 0.006 0.011 0.012 0.022 0.067 0.009 0.002 0.146 0.483 77 G 0.025 0.475 0.010 0.011 0.013 0.020 0.048 0.008 0.002 0.133 0.255 78 T 0.041 0.801 0.001 0.002 0.004 0.005 0.017 0.004 0.001 0.015 0.109 79 W 0.041 0.833 0.005 0.004 0.003 0.005 0.009 0.014 0.001 0.009 0.074 80 S 0.077 0.712 0.002 0.006 0.003 0.005 0.025 0.006 0.001 0.040 0.123 81 K 0.038 0.264 0.014 0.012 0.008 0.009 0.061 0.006 0.004 0.406 0.179 82 A 0.044 0.650 0.008 0.012 0.004 0.006 0.051 0.014 0.002 0.051 0.158 83 Y 0.112 0.477 0.010 0.020 0.005 0.009 0.048 0.010 0.004 0.097 0.209 84 K 0.027 0.469 0.006 0.026 0.014 0.015 0.074 0.005 0.002 0.087 0.276 85 T 0.006 0.848 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 0.005 0.001 0.005 0.113 86 I 0.029 0.888 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.013 0.001 0.016 0.041 87 K 0.019 0.835 0.006 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.058 0.060 88 E 0.063 0.630 0.056 0.003 0.001 0.002 0.024 0.009 0.022 0.086 0.104 89 I 0.208 0.504 0.031 0.005 0.002 0.002 0.020 0.059 0.012 0.046 0.110 90 K 0.344 0.082 0.004 0.006 0.003 0.005 0.056 0.008 0.003 0.072 0.416 91 D 0.029 0.069 0.003 0.024 0.004 0.011 0.098 0.002 0.001 0.031 0.729 92 W 0.031 0.055 0.008 0.019 0.005 0.015 0.102 0.003 0.002 0.042 0.719 93 I 0.138 0.075 0.008 0.020 0.029 0.029 0.114 0.015 0.003 0.088 0.480 94 K 0.098 0.076 0.003 0.012 0.008 0.016 0.090 0.005 0.002 0.030 0.660 95 L 0.166 0.052 0.003 0.012 0.009 0.019 0.078 0.013 0.002 0.043 0.603 96 E 0.147 0.052 0.003 0.021 0.015 0.026 0.096 0.006 0.001 0.052 0.581 97 H 0.043 0.029 0.004 0.025 0.011 0.028 0.096 0.004 0.002 0.032 0.726 98 H 0.089 0.020 0.005 0.028 0.025 0.032 0.083 0.006 0.002 0.051 0.661 99 H 0.100 0.007 0.001 0.015 0.016 0.019 0.087 0.004 0.001 0.044 0.706 100 H 0.041 0.006 0.001 0.013 0.014 0.020 0.103 0.002 0.001 0.031 0.770 101 H 0.023 0.007 0.001 0.014 0.012 0.019 0.121 0.002 0.001 0.025 0.777 102 H 0.035 0.009 0.001 0.013 0.026 0.030 0.146 0.008 0.001 0.041 0.691