# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.045 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.013 0.118 0.694 2 N 0.074 0.055 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.014 0.127 0.660 3 K 0.057 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.009 0.060 0.799 4 D 0.042 0.044 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.015 0.172 0.677 5 K 0.241 0.053 0.011 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.024 0.150 0.474 6 L 0.095 0.316 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.011 0.092 0.403 7 R 0.023 0.403 0.003 0.001 0.009 0.006 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.005 0.121 0.290 8 Y 0.017 0.648 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 0.025 0.240 9 A 0.016 0.761 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.002 0.035 0.127 10 I 0.009 0.810 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.015 0.142 11 L 0.016 0.838 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.005 0.098 12 K 0.013 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.008 0.114 13 E 0.029 0.815 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.007 0.129 14 I 0.057 0.858 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.002 0.059 15 F 0.046 0.858 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.004 0.058 16 E 0.113 0.642 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.010 0.135 17 G 0.193 0.308 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.101 0.024 0.343 18 N 0.206 0.038 0.258 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.047 0.402 19 T 0.046 0.021 0.034 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.060 0.005 0.225 0.588 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 21 L 0.030 0.003 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.003 0.206 0.644 22 S 0.138 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.008 0.203 0.579 23 E 0.152 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.006 0.054 0.713 24 N 0.060 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.011 0.124 0.712 25 D 0.467 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.033 0.076 0.372 26 I 0.178 0.041 0.008 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.013 0.121 0.529 27 G 0.048 0.021 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.201 0.019 0.170 0.509 28 V 0.051 0.012 0.036 0.009 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.221 0.007 0.127 0.519 29 T 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.002 0.448 0.416 30 E 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.005 0.074 0.794 31 D 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.310 0.649 32 Q 0.175 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.381 0.402 33 F 0.040 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.042 0.217 34 D 0.007 0.765 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.040 0.179 35 D 0.005 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.155 36 A 0.008 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.056 37 V 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 38 N 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 39 F 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 40 L 0.012 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 41 K 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 42 R 0.022 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.042 43 E 0.109 0.657 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.001 0.101 44 G 0.536 0.105 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.161 0.006 0.168 45 Y 0.006 0.002 0.799 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.076 0.087 46 I 0.008 0.001 0.002 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.001 0.052 0.424 47 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.833 0.001 0.021 0.115 48 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.351 0.004 0.050 0.573 49 V 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.010 0.767 0.002 0.024 0.167 50 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.106 0.062 0.026 0.225 0.002 0.090 0.449 51 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.344 0.003 0.094 0.531 52 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.017 0.031 0.076 0.009 0.009 0.003 0.002 0.229 0.006 0.117 0.393 53 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.017 0.959 54 D 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.009 0.498 0.437 55 R 0.525 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.061 0.124 0.239 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 H 0.012 0.013 0.002 0.001 0.041 0.026 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.007 0.305 0.485 58 L 0.188 0.134 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.005 0.092 0.384 59 Y 0.115 0.256 0.001 0.001 0.005 0.006 0.149 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.200 0.006 0.024 0.193 60 K 0.198 0.183 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.111 0.018 0.059 0.366 61 L 0.212 0.223 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.176 0.020 0.019 0.302 62 G 0.073 0.115 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.244 0.015 0.076 0.454 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 E 0.041 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.103 0.007 0.179 0.638 65 L 0.314 0.044 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.010 0.074 0.434 66 T 0.106 0.091 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.010 0.132 0.522 67 E 0.035 0.037 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.087 0.718 68 K 0.010 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.479 0.443 69 G 0.183 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.396 0.312 70 E 0.056 0.724 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.032 0.156 71 N 0.017 0.661 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.046 0.245 72 Y 0.047 0.760 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.027 0.150 73 L 0.036 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.057 74 K 0.025 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.073 75 E 0.035 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.073 76 N 0.126 0.713 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.005 0.087 77 G 0.306 0.300 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.030 0.260 78 T 0.016 0.063 0.400 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.169 0.327 79 W 0.121 0.076 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.011 0.103 0.590 80 S 0.061 0.149 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.193 0.557 81 K 0.039 0.323 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.141 0.476 82 A 0.060 0.631 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.054 0.235 83 Y 0.058 0.739 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.019 0.161 84 K 0.029 0.864 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.090 85 T 0.016 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.066 86 I 0.017 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.059 87 K 0.004 0.932 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.050 88 E 0.014 0.914 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.055 89 I 0.018 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 90 K 0.007 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 91 D 0.024 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.080 92 W 0.087 0.808 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.076 93 I 0.051 0.788 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.004 0.119 94 K 0.021 0.493 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.011 0.426 95 L 0.064 0.560 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.008 0.299 96 E 0.127 0.606 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.013 0.202 97 H 0.120 0.477 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.018 0.302 98 H 0.203 0.302 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.032 0.021 0.362 99 H 0.209 0.229 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.025 0.033 0.446 100 H 0.118 0.126 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.021 0.057 0.567 101 H 0.116 0.077 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.017 0.072 0.613 102 H 0.111 0.070 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.015 0.080 0.627