# TARGET T0327 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61673 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.507 0.279 0.123 0.062 0.022 0.006 0.001 2 N 0.472 0.273 0.141 0.079 0.028 0.006 0.001 3 K 0.433 0.300 0.166 0.077 0.021 0.003 0.001 4 D 0.450 0.314 0.133 0.072 0.025 0.006 0.001 5 K 0.250 0.440 0.222 0.071 0.015 0.002 0.001 6 L 0.004 0.024 0.125 0.353 0.395 0.096 0.002 7 R 0.021 0.172 0.288 0.279 0.168 0.066 0.006 8 Y 0.001 0.004 0.021 0.117 0.422 0.415 0.020 9 A 0.004 0.049 0.234 0.432 0.245 0.034 0.002 10 I 0.001 0.005 0.015 0.072 0.247 0.569 0.091 11 L 0.001 0.003 0.011 0.055 0.203 0.528 0.199 12 K 0.009 0.107 0.233 0.289 0.216 0.123 0.023 13 E 0.003 0.035 0.173 0.418 0.284 0.079 0.007 14 I 0.001 0.005 0.013 0.072 0.284 0.549 0.076 15 F 0.007 0.054 0.148 0.304 0.359 0.122 0.006 16 E 0.132 0.321 0.286 0.171 0.073 0.016 0.001 17 G 0.132 0.283 0.305 0.197 0.066 0.015 0.001 18 N 0.164 0.254 0.277 0.216 0.075 0.013 0.001 19 T 0.353 0.335 0.173 0.092 0.037 0.009 0.001 20 P 0.344 0.315 0.185 0.104 0.041 0.010 0.001 21 L 0.126 0.165 0.221 0.269 0.175 0.042 0.002 22 S 0.399 0.348 0.167 0.066 0.017 0.003 0.001 23 E 0.405 0.310 0.180 0.080 0.021 0.003 0.001 24 N 0.396 0.331 0.176 0.076 0.019 0.003 0.001 25 D 0.274 0.393 0.215 0.091 0.023 0.004 0.001 26 I 0.039 0.100 0.226 0.339 0.229 0.063 0.003 27 G 0.113 0.283 0.287 0.198 0.090 0.028 0.002 28 V 0.023 0.038 0.078 0.223 0.366 0.250 0.022 29 T 0.080 0.179 0.248 0.274 0.164 0.052 0.004 30 E 0.167 0.433 0.272 0.098 0.025 0.005 0.001 31 D 0.351 0.402 0.169 0.056 0.017 0.005 0.001 32 Q 0.014 0.095 0.224 0.317 0.251 0.093 0.007 33 F 0.006 0.013 0.039 0.204 0.433 0.283 0.022 34 D 0.066 0.312 0.368 0.196 0.049 0.009 0.001 35 D 0.085 0.317 0.348 0.183 0.054 0.012 0.001 36 A 0.009 0.020 0.048 0.142 0.354 0.405 0.023 37 V 0.007 0.014 0.055 0.202 0.424 0.280 0.018 38 N 0.083 0.422 0.311 0.137 0.036 0.009 0.001 39 F 0.033 0.148 0.289 0.353 0.147 0.029 0.001 40 L 0.004 0.013 0.046 0.194 0.454 0.277 0.011 41 K 0.168 0.329 0.291 0.157 0.050 0.005 0.001 42 R 0.528 0.369 0.084 0.017 0.002 0.001 0.001 43 E 0.268 0.377 0.243 0.093 0.017 0.002 0.001 44 G 0.030 0.156 0.259 0.318 0.185 0.051 0.002 45 Y 0.001 0.007 0.044 0.205 0.444 0.278 0.021 46 I 0.002 0.005 0.010 0.029 0.132 0.550 0.273 47 I 0.001 0.008 0.017 0.063 0.182 0.459 0.270 48 G 0.001 0.011 0.052 0.129 0.234 0.366 0.207 49 V 0.001 0.001 0.005 0.034 0.215 0.548 0.196 50 H 0.006 0.077 0.181 0.286 0.264 0.164 0.022 51 Y 0.006 0.037 0.106 0.285 0.402 0.157 0.006 52 S 0.103 0.277 0.362 0.199 0.052 0.007 0.001 53 D 0.415 0.355 0.165 0.054 0.010 0.001 0.001 54 D 0.718 0.202 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 55 R 0.306 0.295 0.234 0.123 0.037 0.006 0.001 56 P 0.253 0.326 0.238 0.126 0.045 0.011 0.001 57 H 0.036 0.142 0.239 0.287 0.214 0.077 0.005 58 L 0.013 0.036 0.093 0.220 0.350 0.255 0.033 59 Y 0.048 0.154 0.222 0.273 0.205 0.088 0.009 60 K 0.083 0.315 0.328 0.185 0.068 0.019 0.003 61 L 0.017 0.035 0.095 0.294 0.388 0.161 0.010 62 G 0.148 0.330 0.305 0.156 0.051 0.010 0.001 63 P 0.277 0.333 0.221 0.117 0.041 0.009 0.001 64 E 0.375 0.324 0.170 0.085 0.034 0.011 0.001 65 L 0.038 0.106 0.211 0.319 0.239 0.080 0.006 66 T 0.080 0.222 0.272 0.244 0.127 0.050 0.005 67 E 0.455 0.325 0.138 0.056 0.020 0.005 0.001 68 K 0.503 0.339 0.111 0.037 0.008 0.002 0.001 69 G 0.154 0.122 0.186 0.298 0.196 0.042 0.002 70 E 0.272 0.272 0.248 0.146 0.050 0.012 0.001 71 N 0.450 0.417 0.107 0.023 0.003 0.001 0.001 72 Y 0.152 0.140 0.222 0.309 0.150 0.026 0.001 73 L 0.202 0.120 0.116 0.199 0.239 0.121 0.003 74 K 0.301 0.377 0.231 0.077 0.012 0.002 0.001 75 E 0.560 0.259 0.118 0.047 0.013 0.003 0.001 76 N 0.175 0.193 0.248 0.205 0.142 0.035 0.002 77 G 0.590 0.147 0.106 0.077 0.048 0.028 0.005 78 T 0.433 0.239 0.149 0.096 0.059 0.020 0.003 79 W 0.204 0.136 0.182 0.230 0.176 0.064 0.008 80 S 0.379 0.300 0.153 0.103 0.045 0.018 0.003 81 K 0.320 0.203 0.167 0.145 0.099 0.049 0.016 82 A 0.167 0.169 0.153 0.212 0.164 0.110 0.023 83 Y 0.254 0.124 0.135 0.243 0.168 0.064 0.011 84 K 0.332 0.298 0.166 0.116 0.051 0.031 0.006 85 T 0.195 0.223 0.187 0.189 0.115 0.076 0.015 86 I 0.078 0.099 0.105 0.221 0.253 0.206 0.038 87 K 0.189 0.261 0.219 0.191 0.097 0.035 0.009 88 E 0.152 0.228 0.248 0.201 0.109 0.056 0.007 89 I 0.086 0.116 0.179 0.224 0.242 0.139 0.013 90 K 0.227 0.262 0.255 0.173 0.068 0.013 0.001 91 D 0.390 0.340 0.137 0.076 0.037 0.018 0.002 92 W 0.127 0.198 0.271 0.257 0.114 0.030 0.002 93 I 0.132 0.076 0.104 0.249 0.292 0.136 0.011 94 K 0.386 0.358 0.166 0.068 0.018 0.005 0.001 95 L 0.472 0.222 0.128 0.101 0.058 0.017 0.002 96 E 0.472 0.250 0.161 0.084 0.028 0.006 0.001 97 H 0.462 0.275 0.151 0.081 0.026 0.005 0.001 98 H 0.629 0.193 0.096 0.052 0.023 0.006 0.001 99 H 0.645 0.201 0.085 0.048 0.017 0.003 0.001 100 H 0.618 0.218 0.100 0.047 0.014 0.003 0.001 101 H 0.665 0.196 0.084 0.040 0.013 0.003 0.001 102 H 0.715 0.165 0.074 0.032 0.011 0.003 0.001