# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.006 0.051 0.045 0.072 0.007 0.090 0.059 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.048 0.021 0.221 0.071 0.105 0.181 0.001 2 N 0.003 0.004 0.030 0.022 0.070 0.008 0.102 0.061 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.031 0.115 0.101 0.132 0.279 0.001 3 K 0.001 0.001 0.033 0.012 0.026 0.003 0.079 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.467 0.071 0.069 0.145 0.001 4 D 0.003 0.004 0.017 0.013 0.042 0.021 0.399 0.124 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.020 0.097 0.079 0.064 0.090 0.001 5 K 0.010 0.009 0.093 0.025 0.045 0.009 0.101 0.228 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.032 0.026 0.205 0.089 0.062 0.044 0.003 6 L 0.026 0.026 0.039 0.033 0.072 0.009 0.042 0.419 0.004 0.001 0.004 0.009 0.022 0.028 0.024 0.034 0.096 0.030 0.055 0.024 0.004 7 R 0.021 0.029 0.037 0.041 0.021 0.009 0.035 0.554 0.004 0.001 0.003 0.008 0.013 0.037 0.053 0.013 0.081 0.011 0.013 0.011 0.003 8 Y 0.013 0.022 0.006 0.019 0.019 0.007 0.022 0.750 0.007 0.001 0.003 0.005 0.011 0.032 0.019 0.013 0.033 0.005 0.007 0.005 0.002 9 A 0.010 0.012 0.014 0.014 0.007 0.006 0.012 0.814 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.017 0.025 0.004 0.040 0.003 0.004 0.003 0.001 10 I 0.008 0.011 0.004 0.009 0.015 0.005 0.017 0.803 0.008 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.009 0.008 0.067 0.005 0.005 0.004 0.001 11 L 0.003 0.007 0.004 0.006 0.006 0.006 0.026 0.810 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.004 0.077 0.005 0.003 0.004 0.001 12 K 0.001 0.004 0.003 0.005 0.007 0.014 0.037 0.828 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.064 0.005 0.002 0.005 0.001 13 E 0.002 0.004 0.005 0.007 0.012 0.023 0.063 0.715 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.095 0.013 0.006 0.009 0.001 14 I 0.005 0.004 0.011 0.011 0.023 0.011 0.141 0.392 0.025 0.006 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 0.010 0.258 0.026 0.026 0.024 0.001 15 F 0.003 0.003 0.020 0.022 0.017 0.012 0.136 0.090 0.100 0.050 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.018 0.224 0.073 0.080 0.115 0.001 16 E 0.001 0.001 0.004 0.006 0.019 0.011 0.243 0.014 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.024 0.380 0.036 0.047 0.178 0.001 17 G 0.001 0.001 0.010 0.007 0.012 0.010 0.438 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 0.084 0.225 0.079 0.097 0.001 18 N 0.001 0.001 0.025 0.008 0.051 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.057 0.089 0.165 0.280 0.253 0.001 19 T 0.001 0.001 0.073 0.025 0.036 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.068 0.017 0.050 0.028 0.199 0.487 0.001 20 P 0.001 0.002 0.023 0.015 0.195 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.034 0.074 0.184 0.066 0.203 0.178 0.001 21 L 0.001 0.003 0.088 0.068 0.020 0.006 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.193 0.019 0.103 0.061 0.071 0.299 0.001 22 S 0.001 0.001 0.009 0.011 0.064 0.002 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.025 0.021 0.165 0.620 0.001 23 E 0.001 0.001 0.030 0.006 0.022 0.001 0.027 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.013 0.673 0.080 0.036 0.066 0.001 24 N 0.002 0.004 0.019 0.014 0.015 0.046 0.739 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.008 0.050 0.019 0.017 0.035 0.001 25 D 0.011 0.012 0.050 0.032 0.066 0.005 0.249 0.014 0.002 0.001 0.004 0.005 0.007 0.006 0.027 0.034 0.066 0.148 0.204 0.052 0.005 26 I 0.017 0.027 0.040 0.030 0.232 0.002 0.026 0.006 0.001 0.001 0.010 0.009 0.027 0.011 0.057 0.098 0.026 0.033 0.182 0.160 0.007 27 G 0.037 0.042 0.191 0.148 0.053 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.015 0.014 0.025 0.024 0.185 0.032 0.030 0.039 0.072 0.055 0.014 28 V 0.032 0.029 0.032 0.044 0.287 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.013 0.010 0.035 0.030 0.064 0.214 0.032 0.019 0.064 0.073 0.007 29 T 0.016 0.017 0.065 0.077 0.078 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.009 0.012 0.020 0.025 0.104 0.045 0.010 0.013 0.146 0.333 0.006 30 E 0.001 0.001 0.015 0.005 0.031 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.021 0.796 0.035 0.007 0.020 0.001 31 D 0.001 0.003 0.007 0.007 0.007 0.031 0.384 0.426 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.007 0.058 0.009 0.014 0.016 0.001 32 Q 0.001 0.002 0.008 0.006 0.011 0.007 0.181 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.145 0.046 0.021 0.018 0.001 33 F 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.002 0.029 0.716 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.151 0.021 0.026 0.017 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.002 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.907 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 0.007 0.002 0.003 0.001 41 K 0.002 0.001 0.008 0.004 0.004 0.010 0.064 0.719 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.123 0.008 0.008 0.005 0.001 42 R 0.003 0.001 0.004 0.009 0.004 0.008 0.126 0.034 0.472 0.142 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.151 0.019 0.007 0.008 0.001 43 E 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.002 0.594 0.006 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.107 0.018 0.051 0.152 0.001 44 G 0.003 0.004 0.015 0.006 0.041 0.001 0.104 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.017 0.710 0.044 0.024 0.002 45 Y 0.056 0.063 0.201 0.095 0.081 0.002 0.009 0.004 0.002 0.001 0.011 0.009 0.028 0.049 0.076 0.094 0.028 0.032 0.076 0.061 0.021 46 I 0.087 0.122 0.037 0.032 0.268 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.034 0.032 0.094 0.079 0.070 0.025 0.009 0.004 0.038 0.009 0.052 47 I 0.087 0.142 0.107 0.089 0.056 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.043 0.040 0.065 0.073 0.209 0.023 0.005 0.003 0.008 0.011 0.034 48 G 0.083 0.154 0.025 0.083 0.149 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.077 0.039 0.120 0.078 0.048 0.043 0.004 0.007 0.011 0.009 0.066 49 V 0.105 0.136 0.082 0.056 0.117 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.036 0.075 0.071 0.161 0.054 0.005 0.005 0.010 0.011 0.021 50 H 0.144 0.130 0.125 0.160 0.137 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.047 0.028 0.050 0.029 0.010 0.008 0.034 0.030 0.018 51 Y 0.055 0.047 0.047 0.070 0.442 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.009 0.077 0.053 0.037 0.026 0.034 0.065 0.004 52 S 0.013 0.011 0.105 0.120 0.058 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.007 0.114 0.018 0.030 0.023 0.186 0.270 0.003 53 D 0.005 0.003 0.020 0.024 0.157 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.022 0.539 0.033 0.051 0.100 0.001 54 D 0.003 0.004 0.026 0.018 0.056 0.010 0.470 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.017 0.086 0.086 0.047 0.128 0.001 55 R 0.004 0.005 0.072 0.046 0.038 0.002 0.033 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.042 0.017 0.150 0.074 0.168 0.329 0.002 56 P 0.007 0.016 0.029 0.021 0.296 0.006 0.067 0.032 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.005 0.027 0.059 0.181 0.075 0.061 0.101 0.002 57 H 0.032 0.049 0.207 0.171 0.062 0.014 0.092 0.058 0.002 0.001 0.006 0.008 0.014 0.011 0.057 0.021 0.067 0.031 0.048 0.043 0.004 58 L 0.054 0.061 0.030 0.048 0.383 0.004 0.049 0.031 0.004 0.001 0.009 0.013 0.029 0.023 0.031 0.063 0.065 0.031 0.042 0.022 0.007 59 Y 0.061 0.065 0.202 0.177 0.038 0.012 0.046 0.021 0.003 0.001 0.009 0.015 0.037 0.044 0.137 0.015 0.050 0.011 0.018 0.035 0.005 60 K 0.047 0.050 0.026 0.076 0.323 0.005 0.058 0.011 0.003 0.001 0.011 0.012 0.025 0.034 0.032 0.076 0.055 0.044 0.057 0.045 0.008 61 L 0.021 0.024 0.102 0.098 0.070 0.001 0.036 0.005 0.002 0.001 0.007 0.007 0.015 0.015 0.199 0.027 0.071 0.068 0.080 0.148 0.003 62 G 0.004 0.005 0.034 0.040 0.054 0.001 0.009 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.022 0.025 0.034 0.023 0.199 0.531 0.002 63 P 0.002 0.003 0.024 0.013 0.106 0.006 0.032 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.033 0.459 0.076 0.047 0.152 0.001 64 E 0.004 0.007 0.055 0.034 0.033 0.052 0.396 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 0.016 0.134 0.057 0.040 0.058 0.001 65 L 0.014 0.015 0.047 0.041 0.154 0.005 0.100 0.037 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.006 0.039 0.053 0.097 0.080 0.170 0.121 0.004 66 T 0.009 0.011 0.076 0.070 0.092 0.003 0.023 0.037 0.003 0.001 0.004 0.004 0.007 0.007 0.093 0.036 0.075 0.047 0.158 0.243 0.003 67 E 0.007 0.005 0.020 0.029 0.105 0.003 0.028 0.034 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.032 0.030 0.517 0.046 0.047 0.078 0.001 68 K 0.003 0.003 0.017 0.019 0.046 0.010 0.333 0.115 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.015 0.237 0.036 0.036 0.090 0.001 69 G 0.003 0.007 0.013 0.016 0.062 0.007 0.285 0.166 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.027 0.080 0.168 0.063 0.075 0.001 70 E 0.008 0.005 0.103 0.020 0.026 0.002 0.019 0.283 0.004 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.026 0.007 0.374 0.029 0.052 0.028 0.001 71 N 0.004 0.011 0.012 0.012 0.049 0.015 0.053 0.658 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.008 0.116 0.012 0.011 0.018 0.001 72 Y 0.002 0.008 0.008 0.011 0.026 0.007 0.071 0.731 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.077 0.015 0.006 0.011 0.001 73 L 0.007 0.008 0.009 0.015 0.017 0.003 0.034 0.744 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.005 0.095 0.017 0.009 0.007 0.001 74 K 0.004 0.006 0.012 0.011 0.010 0.022 0.106 0.674 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.088 0.008 0.006 0.010 0.001 75 E 0.006 0.006 0.008 0.014 0.021 0.016 0.354 0.235 0.100 0.013 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.007 0.144 0.026 0.015 0.016 0.001 76 N 0.003 0.004 0.012 0.015 0.029 0.006 0.257 0.135 0.013 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.018 0.120 0.078 0.121 0.156 0.001 77 G 0.002 0.002 0.026 0.009 0.024 0.006 0.073 0.171 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.310 0.182 0.061 0.101 0.001 78 T 0.003 0.005 0.019 0.012 0.062 0.014 0.072 0.338 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.034 0.121 0.060 0.083 0.153 0.001 79 W 0.002 0.003 0.022 0.008 0.023 0.003 0.032 0.457 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.006 0.313 0.037 0.026 0.035 0.001 80 S 0.001 0.002 0.005 0.006 0.005 0.007 0.034 0.840 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.066 0.004 0.009 0.008 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.064 0.795 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.082 0.006 0.006 0.008 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.005 0.097 0.723 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.108 0.015 0.010 0.012 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.003 0.053 0.718 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.119 0.016 0.037 0.018 0.001 84 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.009 0.024 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.085 0.006 0.006 0.010 0.001 85 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.008 0.042 0.796 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.085 0.009 0.010 0.017 0.001 86 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.012 0.766 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.164 0.006 0.012 0.010 0.001 87 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.024 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.061 0.004 0.002 0.007 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.005 0.052 0.797 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.072 0.010 0.011 0.015 0.001 89 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.002 0.030 0.654 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.215 0.017 0.014 0.014 0.001 90 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.083 0.777 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.088 0.008 0.008 0.008 0.001 91 D 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.032 0.102 0.690 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.069 0.024 0.014 0.024 0.001 92 W 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.005 0.172 0.362 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.257 0.057 0.047 0.021 0.001 93 I 0.003 0.003 0.029 0.036 0.012 0.006 0.062 0.345 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.007 0.140 0.046 0.160 0.116 0.001 94 K 0.001 0.002 0.003 0.006 0.059 0.013 0.092 0.435 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.172 0.060 0.031 0.078 0.001 95 L 0.001 0.002 0.021 0.026 0.016 0.012 0.080 0.437 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.010 0.165 0.036 0.064 0.070 0.001 96 E 0.002 0.002 0.013 0.013 0.043 0.011 0.082 0.375 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.012 0.222 0.041 0.076 0.074 0.001 97 H 0.002 0.003 0.015 0.023 0.034 0.017 0.258 0.241 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.017 0.182 0.043 0.063 0.067 0.001 98 H 0.003 0.003 0.023 0.027 0.046 0.012 0.196 0.163 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.016 0.169 0.096 0.095 0.098 0.001 99 H 0.003 0.003 0.033 0.032 0.053 0.011 0.113 0.124 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.021 0.192 0.086 0.141 0.140 0.001 100 H 0.004 0.004 0.034 0.040 0.083 0.014 0.136 0.082 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.026 0.180 0.079 0.117 0.146 0.001 101 H 0.004 0.005 0.038 0.047 0.092 0.009 0.150 0.058 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.042 0.029 0.144 0.076 0.113 0.175 0.001 102 H 0.004 0.006 0.055 0.053 0.106 0.007 0.085 0.057 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.046 0.034 0.110 0.097 0.137 0.180 0.002