# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.017 0.260 0.002 0.091 0.254 0.001 0.001 0.004 0.128 0.211 0.004 0.024 2 N 0.001 0.008 0.461 0.001 0.048 0.159 0.001 0.001 0.002 0.099 0.213 0.007 0.003 3 K 0.001 0.005 0.203 0.001 0.053 0.297 0.001 0.001 0.001 0.116 0.323 0.001 0.002 4 D 0.001 0.003 0.436 0.001 0.014 0.320 0.001 0.001 0.001 0.145 0.080 0.001 0.001 5 K 0.001 0.001 0.025 0.001 0.013 0.875 0.001 0.001 0.001 0.011 0.073 0.001 0.001 6 L 0.001 0.004 0.043 0.001 0.006 0.888 0.001 0.001 0.005 0.015 0.032 0.003 0.002 7 R 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.946 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.001 0.006 8 Y 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 9 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.969 0.001 0.004 0.004 0.001 0.011 0.002 0.003 10 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.975 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 11 L 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.003 13 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.002 0.007 14 I 0.002 0.003 0.023 0.001 0.013 0.885 0.001 0.001 0.001 0.011 0.051 0.003 0.005 15 F 0.004 0.008 0.148 0.003 0.021 0.487 0.001 0.002 0.008 0.074 0.213 0.016 0.014 16 E 0.002 0.009 0.131 0.004 0.015 0.108 0.001 0.001 0.003 0.056 0.653 0.008 0.011 17 G 0.001 0.005 0.230 0.002 0.007 0.012 0.001 0.001 0.003 0.154 0.568 0.008 0.010 18 N 0.002 0.027 0.514 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.307 0.056 0.036 0.042 19 T 0.001 0.018 0.677 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.158 0.019 0.053 0.055 20 P 0.001 0.014 0.614 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.193 0.102 0.015 0.046 21 L 0.001 0.048 0.634 0.002 0.008 0.002 0.002 0.001 0.005 0.195 0.065 0.015 0.022 22 S 0.001 0.047 0.682 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.004 0.155 0.061 0.009 0.020 23 E 0.001 0.011 0.188 0.005 0.359 0.028 0.001 0.001 0.001 0.116 0.287 0.001 0.003 24 N 0.001 0.005 0.074 0.004 0.322 0.036 0.001 0.001 0.001 0.091 0.463 0.002 0.002 25 D 0.006 0.019 0.180 0.001 0.464 0.035 0.003 0.001 0.015 0.102 0.117 0.014 0.041 26 I 0.020 0.050 0.248 0.014 0.073 0.063 0.025 0.007 0.112 0.122 0.102 0.076 0.086 27 G 0.044 0.077 0.301 0.010 0.033 0.016 0.018 0.004 0.064 0.181 0.108 0.076 0.068 28 V 0.008 0.094 0.496 0.001 0.005 0.016 0.007 0.001 0.038 0.173 0.023 0.073 0.066 29 T 0.001 0.025 0.879 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.011 0.040 0.010 0.001 0.018 30 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.095 0.785 0.001 0.001 0.001 0.009 0.093 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.114 0.788 0.001 0.001 0.001 0.014 0.074 0.001 0.001 32 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.096 0.870 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 33 F 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 40 L 0.001 0.005 0.012 0.001 0.015 0.927 0.001 0.001 0.003 0.005 0.031 0.001 0.001 41 K 0.001 0.006 0.056 0.002 0.052 0.724 0.001 0.001 0.001 0.028 0.129 0.001 0.002 42 R 0.001 0.003 0.083 0.002 0.051 0.298 0.001 0.001 0.001 0.100 0.457 0.005 0.001 43 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.042 0.001 0.001 0.001 0.028 0.910 0.001 0.001 44 G 0.001 0.004 0.159 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.190 0.630 0.003 0.001 45 Y 0.003 0.018 0.825 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.059 0.013 0.039 0.025 46 I 0.024 0.032 0.205 0.002 0.003 0.003 0.011 0.002 0.044 0.017 0.009 0.059 0.589 47 I 0.049 0.006 0.081 0.466 0.011 0.005 0.018 0.003 0.034 0.028 0.008 0.230 0.062 48 G 0.240 0.003 0.057 0.033 0.007 0.002 0.039 0.002 0.045 0.014 0.012 0.140 0.406 49 V 0.189 0.004 0.079 0.019 0.003 0.001 0.059 0.002 0.028 0.008 0.004 0.297 0.307 50 H 0.064 0.010 0.051 0.005 0.001 0.001 0.025 0.001 0.025 0.012 0.003 0.504 0.299 51 Y 0.071 0.027 0.209 0.003 0.002 0.001 0.014 0.001 0.038 0.024 0.006 0.071 0.532 52 S 0.002 0.012 0.791 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.038 0.030 0.046 0.055 53 D 0.001 0.003 0.096 0.004 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.117 0.726 0.002 0.005 54 D 0.001 0.002 0.063 0.007 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.125 0.761 0.003 0.001 55 R 0.001 0.008 0.383 0.001 0.038 0.004 0.001 0.001 0.003 0.469 0.072 0.008 0.011 56 P 0.002 0.020 0.668 0.012 0.018 0.005 0.001 0.001 0.009 0.166 0.063 0.005 0.029 57 H 0.025 0.123 0.291 0.009 0.023 0.013 0.023 0.018 0.062 0.091 0.044 0.207 0.071 58 L 0.061 0.056 0.150 0.030 0.021 0.009 0.043 0.033 0.050 0.046 0.013 0.050 0.436 59 Y 0.046 0.019 0.190 0.129 0.017 0.014 0.027 0.025 0.063 0.055 0.016 0.333 0.067 60 K 0.048 0.014 0.275 0.008 0.010 0.008 0.011 0.013 0.072 0.049 0.029 0.173 0.289 61 L 0.026 0.049 0.392 0.026 0.019 0.014 0.013 0.014 0.031 0.100 0.109 0.029 0.179 62 G 0.003 0.013 0.559 0.010 0.018 0.008 0.001 0.001 0.011 0.247 0.050 0.063 0.018 63 P 0.001 0.004 0.208 0.028 0.116 0.036 0.001 0.001 0.003 0.236 0.350 0.002 0.015 64 E 0.003 0.012 0.134 0.003 0.121 0.053 0.002 0.002 0.009 0.203 0.414 0.037 0.007 65 L 0.006 0.051 0.374 0.001 0.089 0.080 0.011 0.003 0.020 0.175 0.084 0.010 0.096 66 T 0.005 0.081 0.592 0.002 0.028 0.084 0.005 0.002 0.025 0.094 0.034 0.024 0.024 67 E 0.005 0.032 0.202 0.004 0.103 0.374 0.002 0.002 0.019 0.085 0.117 0.013 0.042 68 K 0.001 0.009 0.122 0.005 0.066 0.285 0.001 0.001 0.001 0.155 0.337 0.013 0.004 69 G 0.001 0.005 0.157 0.001 0.062 0.317 0.001 0.001 0.003 0.154 0.284 0.001 0.014 70 E 0.001 0.012 0.081 0.001 0.058 0.741 0.001 0.001 0.001 0.038 0.064 0.002 0.002 71 N 0.001 0.003 0.021 0.001 0.086 0.781 0.001 0.001 0.001 0.013 0.092 0.001 0.002 72 Y 0.001 0.002 0.033 0.001 0.101 0.742 0.001 0.001 0.001 0.015 0.103 0.001 0.001 73 L 0.001 0.014 0.140 0.002 0.121 0.618 0.001 0.001 0.010 0.023 0.063 0.001 0.006 74 K 0.001 0.009 0.146 0.001 0.082 0.582 0.001 0.001 0.003 0.052 0.117 0.007 0.002 75 E 0.001 0.004 0.064 0.001 0.045 0.418 0.001 0.001 0.001 0.076 0.389 0.001 0.002 76 N 0.001 0.008 0.382 0.001 0.015 0.204 0.001 0.001 0.001 0.222 0.162 0.002 0.002 77 G 0.001 0.006 0.127 0.001 0.030 0.614 0.001 0.001 0.001 0.069 0.149 0.001 0.002 78 T 0.001 0.018 0.061 0.001 0.037 0.714 0.001 0.001 0.001 0.077 0.089 0.001 0.001 79 W 0.001 0.001 0.030 0.001 0.040 0.908 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 86 I 0.001 0.003 0.026 0.002 0.005 0.940 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.004 0.002 88 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.003 89 I 0.001 0.002 0.045 0.001 0.013 0.898 0.001 0.001 0.005 0.010 0.022 0.003 0.001 90 K 0.001 0.002 0.029 0.001 0.040 0.847 0.001 0.001 0.001 0.007 0.068 0.001 0.003 91 D 0.001 0.003 0.049 0.002 0.053 0.693 0.001 0.002 0.001 0.043 0.140 0.013 0.001 92 W 0.001 0.005 0.144 0.001 0.069 0.575 0.001 0.004 0.018 0.049 0.107 0.001 0.025 93 I 0.003 0.040 0.348 0.004 0.028 0.219 0.002 0.007 0.056 0.149 0.059 0.075 0.009 94 K 0.002 0.040 0.393 0.007 0.051 0.172 0.001 0.012 0.042 0.093 0.066 0.008 0.113 95 L 0.001 0.017 0.273 0.014 0.117 0.317 0.001 0.007 0.026 0.116 0.080 0.014 0.017 96 E 0.004 0.014 0.202 0.008 0.158 0.304 0.002 0.011 0.026 0.077 0.137 0.019 0.038 97 H 0.004 0.020 0.211 0.006 0.139 0.295 0.002 0.006 0.024 0.104 0.130 0.018 0.041 98 H 0.003 0.023 0.263 0.008 0.129 0.231 0.001 0.003 0.018 0.111 0.183 0.011 0.016 99 H 0.003 0.017 0.346 0.004 0.100 0.140 0.001 0.003 0.013 0.115 0.236 0.010 0.014 100 H 0.003 0.030 0.298 0.002 0.074 0.090 0.002 0.003 0.009 0.134 0.306 0.020 0.029 101 H 0.003 0.052 0.445 0.003 0.048 0.058 0.002 0.001 0.006 0.175 0.177 0.006 0.024 102 H 0.001 0.011 0.682 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 0.003 0.217 0.032 0.006 0.004