# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.012 0.003 0.021 0.024 0.032 0.114 0.004 0.002 0.039 0.683 2 N 0.090 0.080 0.001 0.012 0.016 0.021 0.106 0.007 0.001 0.029 0.637 3 K 0.044 0.134 0.001 0.013 0.014 0.015 0.119 0.006 0.001 0.043 0.611 4 D 0.009 0.494 0.001 0.026 0.023 0.040 0.062 0.004 0.001 0.038 0.303 5 K 0.011 0.568 0.001 0.042 0.028 0.045 0.029 0.002 0.001 0.117 0.156 6 L 0.004 0.709 0.002 0.036 0.045 0.026 0.016 0.001 0.001 0.077 0.083 7 R 0.001 0.954 0.001 0.006 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 8 Y 0.010 0.928 0.001 0.006 0.006 0.007 0.002 0.002 0.001 0.021 0.017 9 A 0.009 0.855 0.002 0.010 0.005 0.005 0.006 0.002 0.001 0.077 0.027 10 I 0.020 0.806 0.025 0.004 0.005 0.004 0.014 0.011 0.009 0.058 0.045 11 L 0.101 0.689 0.019 0.005 0.005 0.006 0.015 0.054 0.005 0.035 0.066 12 K 0.090 0.355 0.012 0.012 0.008 0.017 0.052 0.007 0.009 0.092 0.345 13 E 0.034 0.056 0.041 0.012 0.009 0.024 0.113 0.002 0.017 0.097 0.594 14 I 0.079 0.023 0.058 0.039 0.009 0.027 0.102 0.016 0.021 0.117 0.511 15 F 0.585 0.003 0.004 0.007 0.004 0.008 0.036 0.010 0.003 0.066 0.274 16 E 0.065 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 0.013 0.860 17 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.065 0.001 0.001 0.006 0.915 18 N 0.014 0.001 0.001 0.007 0.008 0.009 0.118 0.003 0.001 0.016 0.824 19 T 0.029 0.001 0.001 0.014 0.028 0.024 0.141 0.005 0.001 0.044 0.716 20 P 0.017 0.001 0.001 0.011 0.008 0.011 0.095 0.001 0.001 0.018 0.837 21 L 0.015 0.001 0.001 0.026 0.013 0.034 0.168 0.004 0.001 0.025 0.712 22 S 0.512 0.034 0.002 0.019 0.008 0.012 0.079 0.008 0.001 0.062 0.264 23 E 0.137 0.010 0.003 0.026 0.008 0.019 0.136 0.004 0.001 0.062 0.595 24 N 0.012 0.005 0.001 0.037 0.049 0.140 0.125 0.003 0.001 0.038 0.591 25 D 0.020 0.007 0.001 0.065 0.091 0.215 0.118 0.002 0.001 0.080 0.401 26 I 0.006 0.003 0.001 0.086 0.197 0.175 0.082 0.001 0.001 0.035 0.414 27 G 0.006 0.003 0.001 0.046 0.214 0.307 0.066 0.001 0.001 0.038 0.318 28 V 0.003 0.009 0.001 0.043 0.123 0.119 0.077 0.002 0.001 0.023 0.599 29 T 0.129 0.642 0.002 0.009 0.017 0.021 0.026 0.018 0.001 0.031 0.105 30 E 0.145 0.663 0.002 0.005 0.002 0.003 0.014 0.004 0.001 0.036 0.126 31 D 0.017 0.336 0.004 0.013 0.009 0.015 0.057 0.003 0.001 0.196 0.350 32 Q 0.010 0.769 0.002 0.003 0.005 0.004 0.014 0.003 0.001 0.134 0.056 33 F 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.018 34 D 0.013 0.484 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.445 0.042 35 D 0.002 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.057 0.025 36 A 0.005 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.003 0.009 37 V 0.013 0.940 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.011 0.016 38 N 0.045 0.796 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.022 0.118 39 F 0.026 0.497 0.044 0.002 0.001 0.001 0.038 0.012 0.027 0.159 0.194 40 L 0.128 0.056 0.327 0.002 0.001 0.001 0.037 0.021 0.200 0.119 0.108 41 K 0.429 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.056 0.009 0.006 0.042 0.436 42 R 0.069 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.059 0.002 0.001 0.014 0.843 43 E 0.011 0.003 0.001 0.015 0.001 0.006 0.140 0.002 0.001 0.023 0.798 44 G 0.007 0.002 0.003 0.045 0.023 0.075 0.130 0.003 0.001 0.086 0.625 45 Y 0.024 0.003 0.001 0.098 0.055 0.094 0.093 0.002 0.001 0.109 0.520 46 I 0.017 0.002 0.001 0.226 0.040 0.056 0.083 0.001 0.001 0.064 0.510 47 I 0.006 0.001 0.001 0.333 0.102 0.158 0.067 0.002 0.001 0.067 0.263 48 G 0.004 0.001 0.001 0.148 0.056 0.114 0.091 0.002 0.001 0.038 0.545 49 V 0.002 0.001 0.001 0.183 0.223 0.186 0.061 0.001 0.001 0.031 0.311 50 H 0.005 0.001 0.001 0.273 0.080 0.162 0.102 0.001 0.001 0.046 0.329 51 Y 0.009 0.001 0.001 0.132 0.088 0.135 0.095 0.003 0.001 0.048 0.487 52 S 0.429 0.008 0.002 0.051 0.022 0.024 0.076 0.004 0.002 0.064 0.320 53 D 0.034 0.002 0.002 0.020 0.005 0.011 0.111 0.001 0.001 0.037 0.776 54 D 0.029 0.009 0.001 0.015 0.008 0.015 0.107 0.004 0.001 0.020 0.793 55 R 0.169 0.020 0.002 0.015 0.034 0.040 0.151 0.020 0.001 0.072 0.476 56 P 0.044 0.022 0.001 0.028 0.067 0.103 0.149 0.006 0.001 0.060 0.520 57 H 0.014 0.011 0.001 0.057 0.126 0.386 0.075 0.003 0.001 0.056 0.270 58 L 0.019 0.006 0.001 0.085 0.113 0.182 0.110 0.001 0.001 0.050 0.433 59 Y 0.022 0.002 0.001 0.085 0.219 0.317 0.067 0.001 0.001 0.048 0.237 60 K 0.008 0.002 0.001 0.050 0.107 0.242 0.082 0.001 0.001 0.037 0.469 61 L 0.028 0.006 0.003 0.030 0.057 0.099 0.110 0.011 0.003 0.033 0.621 62 G 0.471 0.035 0.002 0.007 0.017 0.015 0.065 0.025 0.002 0.071 0.290 63 P 0.065 0.010 0.001 0.015 0.021 0.040 0.102 0.006 0.001 0.057 0.682 64 E 0.018 0.011 0.001 0.024 0.032 0.087 0.098 0.001 0.001 0.030 0.696 65 L 0.007 0.006 0.007 0.041 0.099 0.096 0.104 0.002 0.002 0.033 0.602 66 T 0.475 0.035 0.002 0.011 0.026 0.027 0.059 0.009 0.002 0.060 0.293 67 E 0.402 0.034 0.001 0.009 0.007 0.009 0.058 0.005 0.001 0.066 0.408 68 K 0.014 0.083 0.001 0.009 0.003 0.009 0.086 0.002 0.001 0.011 0.782 69 G 0.025 0.500 0.002 0.009 0.016 0.023 0.064 0.013 0.001 0.009 0.339 70 E 0.058 0.547 0.001 0.011 0.083 0.041 0.035 0.016 0.001 0.017 0.191 71 N 0.040 0.501 0.003 0.025 0.052 0.059 0.039 0.008 0.001 0.055 0.216 72 Y 0.093 0.282 0.022 0.039 0.049 0.061 0.070 0.011 0.008 0.147 0.216 73 L 0.193 0.202 0.017 0.050 0.019 0.024 0.096 0.013 0.008 0.089 0.288 74 K 0.136 0.030 0.004 0.033 0.023 0.031 0.094 0.005 0.002 0.235 0.407 75 E 0.019 0.143 0.003 0.025 0.006 0.017 0.074 0.004 0.001 0.061 0.648 76 N 0.053 0.188 0.006 0.010 0.012 0.022 0.067 0.009 0.002 0.144 0.487 77 G 0.026 0.473 0.010 0.011 0.013 0.020 0.048 0.008 0.002 0.132 0.257 78 T 0.041 0.801 0.001 0.002 0.004 0.006 0.017 0.004 0.001 0.015 0.109 79 W 0.040 0.835 0.005 0.004 0.003 0.005 0.009 0.014 0.001 0.009 0.073 80 S 0.076 0.714 0.002 0.006 0.003 0.005 0.025 0.006 0.001 0.040 0.122 81 K 0.037 0.262 0.014 0.012 0.007 0.008 0.061 0.006 0.004 0.411 0.177 82 A 0.043 0.653 0.008 0.012 0.004 0.006 0.051 0.014 0.002 0.051 0.156 83 Y 0.111 0.481 0.010 0.019 0.005 0.009 0.047 0.010 0.004 0.097 0.207 84 K 0.027 0.474 0.006 0.025 0.013 0.014 0.073 0.005 0.002 0.087 0.273 85 T 0.006 0.851 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 0.005 0.001 0.004 0.111 86 I 0.029 0.888 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.013 0.001 0.016 0.040 87 K 0.019 0.836 0.006 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.058 0.060 88 E 0.063 0.628 0.057 0.003 0.001 0.002 0.024 0.009 0.023 0.086 0.105 89 I 0.210 0.502 0.031 0.005 0.002 0.002 0.020 0.059 0.012 0.046 0.110 90 K 0.345 0.081 0.004 0.006 0.003 0.005 0.056 0.008 0.003 0.071 0.416 91 D 0.029 0.069 0.003 0.024 0.004 0.011 0.098 0.002 0.001 0.030 0.730 92 W 0.030 0.055 0.008 0.019 0.005 0.015 0.102 0.003 0.002 0.042 0.720 93 I 0.137 0.075 0.008 0.020 0.029 0.029 0.115 0.015 0.003 0.088 0.481 94 K 0.098 0.077 0.003 0.012 0.008 0.016 0.090 0.005 0.002 0.030 0.658 95 L 0.168 0.052 0.003 0.012 0.009 0.019 0.077 0.013 0.002 0.043 0.602 96 E 0.147 0.053 0.003 0.021 0.015 0.026 0.096 0.006 0.001 0.052 0.580 97 H 0.043 0.029 0.005 0.025 0.011 0.028 0.095 0.004 0.002 0.032 0.726 98 H 0.089 0.020 0.005 0.028 0.025 0.032 0.082 0.006 0.002 0.051 0.660 99 H 0.100 0.007 0.001 0.015 0.016 0.019 0.087 0.004 0.001 0.044 0.706 100 H 0.041 0.006 0.001 0.013 0.014 0.020 0.103 0.002 0.001 0.031 0.770 101 H 0.023 0.007 0.001 0.014 0.012 0.019 0.121 0.002 0.001 0.025 0.777 102 H 0.035 0.009 0.001 0.013 0.026 0.030 0.146 0.008 0.001 0.041 0.691