# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.006 0.008 0.009 0.011 0.090 0.019 0.828 2 N 0.454 0.051 0.004 0.006 0.011 0.045 0.039 0.390 3 K 0.051 0.041 0.004 0.004 0.007 0.100 0.031 0.763 4 D 0.013 0.221 0.028 0.021 0.068 0.093 0.050 0.506 5 K 0.015 0.271 0.039 0.046 0.076 0.070 0.085 0.397 6 L 0.006 0.550 0.043 0.107 0.068 0.027 0.064 0.135 7 R 0.005 0.783 0.030 0.015 0.033 0.008 0.093 0.033 8 Y 0.005 0.832 0.020 0.024 0.017 0.005 0.077 0.020 9 A 0.007 0.806 0.051 0.043 0.035 0.006 0.035 0.018 10 I 0.019 0.864 0.024 0.009 0.014 0.007 0.039 0.023 11 L 0.064 0.643 0.077 0.017 0.017 0.011 0.131 0.039 12 K 0.155 0.295 0.049 0.038 0.029 0.036 0.147 0.249 13 E 0.062 0.046 0.066 0.015 0.018 0.079 0.214 0.499 14 I 0.165 0.012 0.074 0.022 0.024 0.117 0.090 0.496 15 F 0.379 0.002 0.016 0.007 0.008 0.070 0.030 0.488 16 E 0.009 0.001 0.003 0.002 0.003 0.081 0.009 0.892 17 G 0.006 0.001 0.007 0.003 0.009 0.135 0.004 0.835 18 N 0.023 0.001 0.014 0.018 0.018 0.133 0.030 0.763 19 T 0.112 0.012 0.028 0.031 0.018 0.134 0.063 0.602 20 P 0.044 0.009 0.044 0.021 0.033 0.154 0.043 0.653 21 L 0.033 0.003 0.022 0.010 0.008 0.092 0.021 0.811 22 S 0.767 0.030 0.006 0.005 0.005 0.025 0.038 0.124 23 E 0.123 0.015 0.013 0.004 0.012 0.127 0.043 0.664 24 N 0.056 0.007 0.033 0.020 0.072 0.137 0.025 0.651 25 D 0.015 0.003 0.036 0.045 0.130 0.099 0.074 0.598 26 I 0.004 0.009 0.064 0.074 0.136 0.154 0.034 0.526 27 G 0.005 0.017 0.141 0.147 0.290 0.079 0.028 0.293 28 V 0.010 0.025 0.076 0.097 0.054 0.070 0.039 0.629 29 T 0.161 0.582 0.026 0.014 0.011 0.012 0.153 0.041 30 E 0.074 0.737 0.011 0.005 0.005 0.017 0.067 0.085 31 D 0.015 0.664 0.012 0.006 0.007 0.032 0.052 0.212 32 Q 0.008 0.930 0.003 0.001 0.001 0.006 0.026 0.024 33 F 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.007 34 D 0.008 0.721 0.002 0.001 0.001 0.004 0.250 0.013 35 D 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 36 A 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 37 V 0.010 0.959 0.003 0.002 0.001 0.002 0.017 0.007 38 N 0.015 0.894 0.008 0.004 0.003 0.006 0.026 0.043 39 F 0.035 0.648 0.029 0.009 0.009 0.022 0.132 0.115 40 L 0.076 0.073 0.138 0.025 0.021 0.056 0.506 0.105 41 K 0.662 0.014 0.014 0.005 0.004 0.033 0.100 0.168 42 R 0.085 0.008 0.002 0.001 0.002 0.023 0.012 0.866 43 E 0.006 0.004 0.020 0.004 0.028 0.150 0.008 0.780 44 G 0.003 0.002 0.113 0.047 0.136 0.130 0.070 0.499 45 Y 0.019 0.002 0.127 0.285 0.121 0.077 0.048 0.321 46 I 0.025 0.001 0.193 0.119 0.085 0.046 0.080 0.451 47 I 0.013 0.001 0.164 0.159 0.196 0.087 0.035 0.344 48 G 0.007 0.001 0.242 0.074 0.208 0.042 0.041 0.385 49 V 0.008 0.001 0.108 0.197 0.163 0.073 0.035 0.415 50 H 0.008 0.001 0.183 0.153 0.229 0.073 0.035 0.318 51 Y 0.027 0.001 0.031 0.061 0.072 0.084 0.026 0.698 52 S 0.298 0.006 0.038 0.044 0.036 0.101 0.074 0.403 53 D 0.028 0.003 0.014 0.009 0.017 0.162 0.023 0.744 54 D 0.031 0.006 0.011 0.006 0.014 0.098 0.016 0.817 55 R 0.157 0.039 0.028 0.035 0.044 0.140 0.113 0.444 56 P 0.022 0.015 0.040 0.046 0.091 0.109 0.064 0.613 57 H 0.023 0.012 0.120 0.152 0.306 0.063 0.090 0.234 58 L 0.020 0.006 0.105 0.100 0.153 0.084 0.049 0.484 59 Y 0.044 0.007 0.149 0.194 0.188 0.084 0.040 0.294 60 K 0.015 0.006 0.069 0.048 0.110 0.114 0.050 0.587 61 L 0.071 0.010 0.037 0.023 0.048 0.138 0.033 0.640 62 G 0.168 0.018 0.029 0.050 0.060 0.100 0.167 0.409 63 P 0.029 0.036 0.030 0.023 0.047 0.124 0.069 0.643 64 E 0.017 0.033 0.070 0.054 0.111 0.127 0.038 0.551 65 L 0.015 0.030 0.051 0.061 0.052 0.097 0.047 0.647 66 T 0.371 0.205 0.035 0.017 0.020 0.054 0.119 0.179 67 E 0.150 0.176 0.033 0.025 0.021 0.084 0.167 0.345 68 K 0.022 0.256 0.012 0.007 0.015 0.070 0.024 0.594 69 G 0.050 0.761 0.006 0.004 0.008 0.024 0.035 0.111 70 E 0.013 0.897 0.006 0.007 0.007 0.013 0.012 0.045 71 N 0.024 0.840 0.019 0.010 0.014 0.011 0.020 0.062 72 Y 0.051 0.310 0.093 0.032 0.031 0.032 0.364 0.087 73 L 0.336 0.209 0.096 0.025 0.025 0.037 0.182 0.091 74 K 0.390 0.044 0.016 0.009 0.010 0.039 0.138 0.354 75 E 0.014 0.039 0.005 0.002 0.005 0.061 0.034 0.841 76 N 0.010 0.060 0.009 0.004 0.009 0.118 0.111 0.679 77 G 0.031 0.243 0.013 0.018 0.011 0.110 0.162 0.412 78 T 0.034 0.849 0.003 0.004 0.003 0.017 0.020 0.070 79 W 0.018 0.927 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 0.032 80 S 0.042 0.780 0.004 0.003 0.006 0.010 0.114 0.041 81 K 0.011 0.447 0.007 0.005 0.004 0.016 0.460 0.048 82 A 0.002 0.875 0.003 0.001 0.002 0.006 0.092 0.018 83 Y 0.010 0.916 0.006 0.003 0.006 0.004 0.037 0.017 84 K 0.011 0.769 0.018 0.022 0.016 0.020 0.081 0.064 85 T 0.010 0.896 0.006 0.002 0.003 0.006 0.051 0.027 86 I 0.041 0.850 0.008 0.003 0.002 0.007 0.061 0.029 87 K 0.028 0.557 0.026 0.011 0.007 0.039 0.163 0.169 88 E 0.036 0.530 0.033 0.003 0.003 0.037 0.156 0.201 89 I 0.149 0.517 0.027 0.006 0.006 0.035 0.129 0.130 90 K 0.205 0.235 0.029 0.006 0.006 0.050 0.110 0.359 91 D 0.022 0.261 0.023 0.006 0.009 0.064 0.031 0.585 92 W 0.020 0.208 0.050 0.008 0.013 0.097 0.028 0.574 93 I 0.094 0.215 0.124 0.049 0.028 0.095 0.113 0.281 94 K 0.172 0.194 0.059 0.014 0.016 0.080 0.109 0.354 95 L 0.199 0.182 0.056 0.014 0.018 0.066 0.134 0.331 96 E 0.076 0.074 0.051 0.025 0.031 0.109 0.071 0.563 97 H 0.093 0.031 0.034 0.020 0.028 0.088 0.072 0.634 98 H 0.081 0.026 0.027 0.026 0.035 0.112 0.062 0.630 99 H 0.097 0.012 0.023 0.021 0.036 0.115 0.048 0.648 100 H 0.069 0.008 0.014 0.022 0.033 0.122 0.044 0.688 101 H 0.029 0.007 0.015 0.020 0.036 0.114 0.037 0.743 102 H 0.044 0.011 0.021 0.031 0.054 0.112 0.047 0.681