# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.075 0.056 0.089 0.090 0.104 0.151 0.112 0.097 0.070 0.050 2 N 0.207 0.187 0.084 0.164 0.109 0.080 0.074 0.042 0.028 0.015 0.009 3 K 0.170 0.142 0.096 0.159 0.131 0.102 0.083 0.047 0.037 0.021 0.012 4 D 0.146 0.101 0.063 0.119 0.111 0.113 0.134 0.080 0.066 0.042 0.026 5 K 0.207 0.155 0.081 0.218 0.133 0.085 0.060 0.031 0.017 0.008 0.004 6 L 0.018 0.021 0.019 0.029 0.042 0.071 0.138 0.165 0.193 0.177 0.126 7 R 0.041 0.126 0.064 0.181 0.165 0.149 0.113 0.074 0.048 0.023 0.014 8 Y 0.013 0.014 0.025 0.052 0.063 0.101 0.184 0.133 0.167 0.146 0.103 9 A 0.071 0.077 0.092 0.249 0.192 0.124 0.106 0.049 0.023 0.012 0.006 10 I 0.002 0.006 0.010 0.024 0.026 0.037 0.119 0.155 0.226 0.230 0.165 11 L 0.002 0.003 0.008 0.010 0.018 0.032 0.089 0.141 0.226 0.253 0.218 12 K 0.022 0.038 0.142 0.193 0.197 0.153 0.132 0.050 0.039 0.024 0.010 13 E 0.030 0.043 0.157 0.183 0.142 0.139 0.154 0.069 0.043 0.028 0.012 14 I 0.006 0.008 0.009 0.020 0.024 0.043 0.157 0.176 0.200 0.197 0.160 15 F 0.031 0.034 0.021 0.043 0.054 0.086 0.185 0.189 0.150 0.119 0.088 16 E 0.140 0.179 0.164 0.217 0.133 0.068 0.042 0.023 0.016 0.010 0.007 17 G 0.286 0.153 0.057 0.117 0.114 0.094 0.080 0.042 0.032 0.017 0.009 18 N 0.340 0.135 0.026 0.108 0.089 0.070 0.072 0.051 0.052 0.033 0.023 19 T 0.176 0.098 0.031 0.108 0.103 0.108 0.142 0.078 0.074 0.048 0.034 20 P 0.193 0.155 0.089 0.180 0.117 0.074 0.067 0.050 0.036 0.025 0.015 21 L 0.026 0.032 0.016 0.039 0.054 0.082 0.155 0.166 0.153 0.136 0.140 22 S 0.207 0.263 0.057 0.170 0.105 0.065 0.051 0.036 0.025 0.013 0.009 23 E 0.183 0.111 0.044 0.159 0.135 0.094 0.095 0.053 0.051 0.042 0.033 24 N 0.394 0.190 0.049 0.139 0.092 0.051 0.039 0.018 0.015 0.008 0.004 25 D 0.143 0.143 0.039 0.191 0.157 0.110 0.087 0.062 0.041 0.021 0.008 26 I 0.011 0.007 0.006 0.011 0.025 0.060 0.140 0.184 0.216 0.192 0.149 27 G 0.176 0.203 0.135 0.271 0.121 0.050 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 28 V 0.004 0.007 0.008 0.013 0.023 0.049 0.131 0.168 0.193 0.213 0.191 29 T 0.087 0.227 0.056 0.128 0.102 0.086 0.087 0.086 0.069 0.040 0.033 30 E 0.113 0.095 0.042 0.202 0.194 0.151 0.114 0.041 0.030 0.014 0.006 31 D 0.607 0.103 0.116 0.097 0.039 0.018 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 32 Q 0.028 0.081 0.022 0.155 0.151 0.166 0.221 0.099 0.050 0.020 0.008 33 F 0.001 0.003 0.005 0.005 0.007 0.021 0.082 0.142 0.237 0.266 0.232 34 D 0.031 0.057 0.165 0.285 0.240 0.133 0.062 0.016 0.007 0.004 0.001 35 D 0.074 0.080 0.382 0.222 0.114 0.072 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 36 A 0.001 0.004 0.007 0.012 0.017 0.031 0.111 0.178 0.251 0.225 0.163 37 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.048 0.169 0.212 0.250 0.175 0.128 38 N 0.016 0.036 0.500 0.241 0.120 0.047 0.023 0.008 0.005 0.003 0.001 39 F 0.003 0.008 0.057 0.101 0.118 0.178 0.326 0.123 0.046 0.027 0.013 40 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.022 0.061 0.217 0.331 0.359 41 K 0.014 0.035 0.064 0.118 0.177 0.197 0.231 0.088 0.040 0.024 0.011 42 R 0.043 0.103 0.415 0.178 0.099 0.065 0.042 0.023 0.017 0.010 0.004 43 E 0.142 0.084 0.064 0.143 0.153 0.171 0.147 0.056 0.026 0.009 0.004 44 G 0.176 0.073 0.044 0.068 0.060 0.077 0.129 0.115 0.123 0.086 0.050 45 Y 0.043 0.074 0.046 0.153 0.139 0.128 0.158 0.109 0.071 0.046 0.034 46 I 0.005 0.007 0.011 0.016 0.026 0.046 0.112 0.142 0.187 0.209 0.240 47 I 0.045 0.085 0.074 0.215 0.170 0.125 0.119 0.068 0.046 0.030 0.021 48 G 0.038 0.042 0.042 0.123 0.120 0.105 0.135 0.114 0.121 0.100 0.059 49 V 0.012 0.006 0.005 0.014 0.022 0.037 0.101 0.131 0.226 0.236 0.211 50 H 0.107 0.138 0.064 0.223 0.149 0.100 0.092 0.053 0.040 0.022 0.013 51 Y 0.013 0.019 0.019 0.042 0.050 0.069 0.168 0.146 0.159 0.171 0.145 52 S 0.262 0.186 0.067 0.137 0.102 0.071 0.068 0.046 0.029 0.018 0.012 53 D 0.328 0.217 0.048 0.142 0.092 0.065 0.049 0.027 0.019 0.009 0.005 54 D 0.394 0.262 0.049 0.097 0.082 0.047 0.029 0.018 0.012 0.006 0.003 55 R 0.198 0.103 0.018 0.116 0.124 0.123 0.132 0.076 0.060 0.031 0.020 56 P 0.365 0.144 0.112 0.135 0.096 0.058 0.036 0.021 0.019 0.009 0.005 57 H 0.017 0.033 0.031 0.142 0.141 0.141 0.227 0.123 0.067 0.048 0.031 58 L 0.004 0.005 0.012 0.014 0.018 0.027 0.077 0.123 0.202 0.250 0.268 59 Y 0.021 0.024 0.051 0.093 0.099 0.111 0.179 0.139 0.124 0.094 0.066 60 K 0.100 0.145 0.201 0.207 0.152 0.084 0.048 0.031 0.018 0.010 0.004 61 L 0.008 0.010 0.004 0.014 0.026 0.054 0.142 0.193 0.207 0.184 0.159 62 G 0.326 0.261 0.036 0.125 0.095 0.057 0.037 0.030 0.020 0.008 0.004 63 P 0.236 0.088 0.053 0.135 0.120 0.099 0.096 0.053 0.058 0.038 0.025 64 E 0.413 0.155 0.088 0.147 0.094 0.049 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 65 L 0.016 0.028 0.012 0.051 0.052 0.076 0.194 0.169 0.164 0.137 0.101 66 T 0.036 0.055 0.030 0.065 0.079 0.104 0.171 0.176 0.120 0.090 0.075 67 E 0.294 0.169 0.142 0.179 0.089 0.053 0.032 0.020 0.013 0.007 0.004 68 K 0.254 0.235 0.079 0.161 0.131 0.075 0.035 0.016 0.009 0.003 0.001 69 G 0.070 0.078 0.018 0.057 0.063 0.080 0.130 0.133 0.179 0.116 0.078 70 E 0.059 0.045 0.020 0.121 0.161 0.186 0.203 0.089 0.065 0.033 0.019 71 N 0.120 0.086 0.315 0.232 0.114 0.060 0.038 0.018 0.011 0.005 0.002 72 Y 0.002 0.005 0.018 0.044 0.053 0.077 0.233 0.188 0.145 0.134 0.102 73 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.012 0.054 0.117 0.245 0.291 0.266 74 K 0.019 0.046 0.222 0.234 0.198 0.129 0.089 0.031 0.018 0.011 0.005 75 E 0.058 0.094 0.287 0.168 0.135 0.119 0.078 0.034 0.018 0.008 0.002 76 N 0.037 0.020 0.018 0.038 0.044 0.077 0.195 0.178 0.177 0.125 0.090 77 G 0.254 0.141 0.064 0.106 0.090 0.097 0.111 0.065 0.043 0.019 0.011 78 T 0.133 0.134 0.212 0.178 0.113 0.075 0.062 0.036 0.029 0.018 0.011 79 W 0.059 0.060 0.061 0.093 0.108 0.139 0.200 0.101 0.080 0.054 0.046 80 S 0.196 0.140 0.123 0.180 0.111 0.081 0.074 0.038 0.032 0.017 0.008 81 K 0.071 0.062 0.080 0.154 0.128 0.133 0.163 0.084 0.060 0.042 0.024 82 A 0.071 0.063 0.094 0.091 0.089 0.109 0.144 0.104 0.114 0.074 0.047 83 Y 0.034 0.049 0.065 0.133 0.111 0.128 0.194 0.103 0.083 0.060 0.040 84 K 0.055 0.066 0.118 0.128 0.111 0.119 0.154 0.089 0.070 0.055 0.034 85 T 0.051 0.071 0.083 0.134 0.111 0.123 0.159 0.099 0.084 0.053 0.032 86 I 0.088 0.072 0.084 0.125 0.117 0.127 0.153 0.088 0.076 0.046 0.025 87 K 0.096 0.058 0.082 0.129 0.103 0.106 0.151 0.089 0.082 0.065 0.040 88 E 0.037 0.077 0.084 0.167 0.144 0.129 0.171 0.080 0.056 0.036 0.021 89 I 0.015 0.033 0.038 0.069 0.059 0.080 0.178 0.153 0.151 0.138 0.086 90 K 0.059 0.059 0.088 0.166 0.182 0.162 0.139 0.056 0.043 0.030 0.017 91 D 0.136 0.113 0.215 0.229 0.112 0.075 0.067 0.024 0.016 0.009 0.003 92 W 0.025 0.038 0.033 0.136 0.137 0.130 0.205 0.150 0.073 0.052 0.021 93 I 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.058 0.171 0.271 0.264 0.211 94 K 0.088 0.243 0.144 0.303 0.147 0.052 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 95 L 0.017 0.019 0.030 0.034 0.046 0.073 0.144 0.133 0.172 0.191 0.142 96 E 0.190 0.134 0.043 0.165 0.131 0.093 0.105 0.053 0.043 0.025 0.018 97 H 0.193 0.151 0.075 0.189 0.112 0.097 0.090 0.040 0.031 0.016 0.006 98 H 0.074 0.070 0.080 0.125 0.112 0.113 0.140 0.095 0.080 0.067 0.044 99 H 0.112 0.110 0.075 0.146 0.109 0.112 0.150 0.077 0.057 0.032 0.020 100 H 0.104 0.098 0.106 0.148 0.113 0.102 0.119 0.077 0.062 0.045 0.026 101 H 0.150 0.131 0.107 0.145 0.119 0.105 0.105 0.060 0.040 0.024 0.015 102 H 0.176 0.129 0.073 0.141 0.112 0.100 0.106 0.064 0.052 0.030 0.017