# TARGET T0327 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.011 0.114 0.755 2 N 0.052 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.097 0.754 3 K 0.039 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 0.055 0.838 4 D 0.060 0.035 0.008 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.019 0.144 0.682 5 K 0.157 0.052 0.011 0.002 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.017 0.151 0.536 6 L 0.053 0.198 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.008 0.121 0.469 7 R 0.024 0.271 0.002 0.001 0.011 0.009 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.004 0.139 0.331 8 Y 0.018 0.527 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.003 0.033 0.298 9 A 0.016 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.002 0.046 0.162 10 I 0.011 0.730 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.022 0.197 11 L 0.017 0.779 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.006 0.008 0.129 12 K 0.017 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.011 0.159 13 E 0.050 0.741 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.010 0.169 14 I 0.092 0.796 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.002 0.073 15 F 0.069 0.805 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.009 0.074 16 E 0.133 0.533 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.068 0.018 0.194 17 G 0.212 0.166 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.036 0.099 0.043 0.427 18 N 0.222 0.013 0.322 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.059 0.348 19 T 0.031 0.011 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.066 0.003 0.263 0.592 20 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 21 L 0.032 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.004 0.278 0.594 22 S 0.157 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 0.240 0.528 23 E 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.032 0.917 24 N 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.009 0.308 0.618 25 D 0.694 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 0.067 0.185 26 I 0.332 0.099 0.003 0.001 0.002 0.003 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.026 0.044 0.413 27 G 0.057 0.028 0.009 0.001 0.004 0.004 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.264 0.022 0.121 0.458 28 V 0.032 0.011 0.021 0.009 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.004 0.118 0.562 29 T 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.002 0.500 0.378 30 E 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.005 0.053 0.791 31 D 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.388 0.584 32 Q 0.067 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.584 0.324 33 F 0.023 0.802 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.143 34 D 0.005 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.095 35 D 0.003 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.094 36 A 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.040 37 V 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 38 N 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 39 F 0.008 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 40 L 0.012 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 41 K 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 42 R 0.022 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.042 43 E 0.111 0.654 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.001 0.101 44 G 0.537 0.106 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.162 0.006 0.166 45 Y 0.006 0.002 0.801 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.075 0.087 46 I 0.008 0.001 0.002 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.442 0.001 0.052 0.420 47 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.831 0.001 0.022 0.116 48 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.361 0.004 0.050 0.563 49 V 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.008 0.774 0.002 0.024 0.166 50 H 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.052 0.065 0.036 0.268 0.002 0.091 0.460 51 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.340 0.003 0.098 0.530 52 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.008 0.039 0.085 0.009 0.012 0.003 0.002 0.246 0.006 0.120 0.418 53 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.017 0.959 54 D 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.009 0.496 0.440 55 R 0.401 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.051 0.178 0.312 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 H 0.019 0.016 0.002 0.001 0.017 0.017 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.008 0.354 0.469 58 L 0.277 0.109 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.007 0.081 0.363 59 Y 0.137 0.241 0.001 0.001 0.005 0.008 0.141 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.002 0.001 0.209 0.006 0.022 0.189 60 K 0.171 0.175 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.109 0.015 0.061 0.393 61 L 0.185 0.208 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.202 0.017 0.021 0.321 62 G 0.063 0.103 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.234 0.013 0.085 0.482 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 E 0.041 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.096 0.006 0.179 0.647 65 L 0.304 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.010 0.076 0.442 66 T 0.105 0.086 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.008 0.026 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.009 0.134 0.526 67 E 0.034 0.037 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.088 0.719 68 K 0.010 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.479 0.443 69 G 0.183 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.396 0.313 70 E 0.056 0.723 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.032 0.156 71 N 0.017 0.658 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.046 0.247 72 Y 0.047 0.757 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.028 0.152 73 L 0.037 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.058 74 K 0.025 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.074 75 E 0.035 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.074 76 N 0.127 0.710 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.005 0.089 77 G 0.308 0.297 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.030 0.261 78 T 0.016 0.063 0.395 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.172 0.329 79 W 0.120 0.076 0.011 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.011 0.104 0.590 80 S 0.061 0.150 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.193 0.556 81 K 0.039 0.324 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.142 0.474 82 A 0.060 0.633 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.054 0.233 83 Y 0.057 0.741 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.019 0.159 84 K 0.029 0.864 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.090 85 T 0.016 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.066 86 I 0.017 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.060 87 K 0.004 0.932 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.050 88 E 0.014 0.914 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.055 89 I 0.018 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 90 K 0.007 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 91 D 0.024 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.080 92 W 0.086 0.809 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.076 93 I 0.051 0.789 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.004 0.118 94 K 0.021 0.498 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.011 0.422 95 L 0.064 0.564 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.008 0.296 96 E 0.125 0.609 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.013 0.201 97 H 0.120 0.478 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.018 0.301 98 H 0.203 0.303 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.032 0.021 0.361 99 H 0.208 0.230 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.025 0.033 0.446 100 H 0.117 0.127 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.021 0.057 0.567 101 H 0.116 0.077 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.017 0.072 0.613 102 H 0.111 0.070 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.015 0.080 0.627