# TARGET T0327 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0327.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.53018 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.024 0.014 0.015 0.016 0.025 0.036 0.004 0.001 0.003 0.784 2 N 0.047 0.009 0.003 0.015 0.018 0.022 0.138 0.005 0.001 0.004 0.739 3 K 0.120 0.008 0.013 0.014 0.007 0.012 0.085 0.001 0.001 0.014 0.726 4 D 0.058 0.011 0.002 0.010 0.006 0.008 0.313 0.001 0.001 0.006 0.586 5 K 0.178 0.014 0.004 0.014 0.003 0.004 0.167 0.001 0.001 0.019 0.594 6 L 0.118 0.056 0.008 0.026 0.015 0.020 0.354 0.001 0.001 0.017 0.386 7 R 0.045 0.082 0.004 0.042 0.045 0.078 0.454 0.001 0.001 0.011 0.240 8 Y 0.040 0.393 0.002 0.080 0.050 0.101 0.058 0.002 0.001 0.003 0.271 9 A 0.031 0.601 0.001 0.026 0.030 0.041 0.030 0.002 0.001 0.001 0.237 10 I 0.039 0.612 0.002 0.010 0.019 0.044 0.035 0.004 0.001 0.002 0.233 11 L 0.056 0.678 0.004 0.027 0.018 0.083 0.012 0.006 0.001 0.001 0.114 12 K 0.022 0.726 0.002 0.012 0.011 0.031 0.010 0.007 0.001 0.001 0.178 13 E 0.097 0.619 0.001 0.007 0.012 0.016 0.005 0.024 0.001 0.001 0.219 14 I 0.180 0.651 0.004 0.004 0.006 0.007 0.004 0.015 0.001 0.001 0.130 15 F 0.086 0.667 0.015 0.010 0.015 0.025 0.011 0.012 0.001 0.001 0.158 16 E 0.068 0.258 0.013 0.015 0.018 0.049 0.032 0.024 0.001 0.001 0.523 17 G 0.215 0.083 0.007 0.015 0.011 0.015 0.025 0.029 0.001 0.002 0.599 18 N 0.296 0.041 0.070 0.026 0.008 0.016 0.059 0.011 0.001 0.007 0.467 19 T 0.045 0.006 0.019 0.021 0.015 0.014 0.165 0.003 0.001 0.002 0.710 20 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 21 L 0.018 0.001 0.001 0.029 0.023 0.053 0.404 0.001 0.001 0.008 0.464 22 S 0.307 0.004 0.001 0.018 0.014 0.016 0.246 0.001 0.001 0.017 0.376 23 E 0.100 0.023 0.001 0.039 0.011 0.013 0.060 0.001 0.001 0.008 0.745 24 N 0.075 0.018 0.002 0.023 0.019 0.027 0.437 0.001 0.001 0.027 0.371 25 D 0.359 0.023 0.003 0.034 0.019 0.030 0.241 0.005 0.001 0.067 0.220 26 I 0.286 0.088 0.033 0.075 0.034 0.052 0.148 0.009 0.001 0.021 0.254 27 G 0.110 0.033 0.023 0.059 0.041 0.046 0.245 0.007 0.001 0.014 0.423 28 V 0.065 0.019 0.053 0.122 0.064 0.109 0.104 0.002 0.001 0.009 0.452 29 T 0.011 0.013 0.003 0.089 0.071 0.130 0.316 0.002 0.001 0.002 0.363 30 E 0.007 0.006 0.001 0.018 0.005 0.006 0.041 0.001 0.001 0.002 0.912 31 D 0.010 0.017 0.001 0.005 0.002 0.005 0.477 0.001 0.001 0.010 0.475 32 Q 0.042 0.014 0.001 0.004 0.002 0.004 0.806 0.003 0.001 0.033 0.092 33 F 0.182 0.563 0.005 0.014 0.003 0.006 0.106 0.004 0.001 0.009 0.108 34 D 0.013 0.855 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.101 35 D 0.013 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.190 36 A 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.035 37 V 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 38 N 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 39 F 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 40 L 0.019 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 41 K 0.017 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.012 42 R 0.030 0.879 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.051 43 E 0.168 0.641 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.089 0.001 0.001 0.088 44 G 0.470 0.184 0.028 0.015 0.014 0.005 0.009 0.098 0.001 0.002 0.174 45 Y 0.060 0.089 0.561 0.049 0.032 0.035 0.036 0.004 0.001 0.002 0.132 46 I 0.005 0.030 0.016 0.239 0.170 0.336 0.037 0.002 0.001 0.001 0.164 47 I 0.007 0.013 0.002 0.353 0.136 0.236 0.026 0.001 0.001 0.001 0.224 48 G 0.016 0.009 0.003 0.197 0.129 0.142 0.051 0.001 0.001 0.003 0.448 49 V 0.019 0.005 0.010 0.244 0.137 0.170 0.043 0.001 0.001 0.005 0.366 50 H 0.005 0.001 0.001 0.098 0.199 0.305 0.053 0.001 0.001 0.003 0.335 51 Y 0.013 0.001 0.001 0.101 0.154 0.242 0.058 0.001 0.001 0.006 0.423 52 S 0.035 0.003 0.001 0.065 0.176 0.216 0.182 0.001 0.001 0.008 0.313 53 D 0.008 0.001 0.001 0.008 0.008 0.012 0.044 0.001 0.001 0.003 0.914 54 D 0.032 0.001 0.001 0.012 0.014 0.023 0.327 0.001 0.001 0.022 0.568 55 R 0.650 0.001 0.003 0.006 0.006 0.006 0.128 0.001 0.001 0.048 0.151 56 P 0.038 0.002 0.006 0.009 0.007 0.008 0.076 0.001 0.001 0.004 0.850 57 H 0.016 0.001 0.003 0.051 0.105 0.143 0.199 0.001 0.001 0.005 0.477 58 L 0.071 0.003 0.002 0.119 0.140 0.254 0.088 0.001 0.001 0.006 0.317 59 Y 0.008 0.004 0.001 0.098 0.235 0.368 0.050 0.001 0.001 0.001 0.236 60 K 0.007 0.002 0.001 0.064 0.163 0.376 0.045 0.001 0.001 0.001 0.340 61 L 0.016 0.004 0.002 0.165 0.075 0.190 0.041 0.001 0.001 0.004 0.503 62 G 0.023 0.003 0.003 0.130 0.147 0.254 0.098 0.001 0.001 0.007 0.336 63 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 64 E 0.012 0.001 0.001 0.049 0.062 0.106 0.122 0.001 0.001 0.004 0.644 65 L 0.311 0.004 0.002 0.044 0.047 0.073 0.084 0.001 0.001 0.018 0.416 66 T 0.093 0.041 0.001 0.078 0.095 0.103 0.197 0.002 0.001 0.006 0.383 67 E 0.061 0.013 0.004 0.041 0.023 0.036 0.102 0.001 0.001 0.007 0.712 68 K 0.071 0.010 0.002 0.022 0.012 0.027 0.468 0.001 0.001 0.017 0.368 69 G 0.240 0.012 0.009 0.015 0.012 0.019 0.351 0.003 0.001 0.052 0.287 70 E 0.080 0.072 0.045 0.022 0.010 0.019 0.225 0.001 0.001 0.014 0.512 71 N 0.008 0.050 0.001 0.021 0.035 0.040 0.239 0.001 0.001 0.004 0.602 72 Y 0.102 0.110 0.001 0.012 0.029 0.048 0.127 0.002 0.001 0.008 0.560 73 L 0.104 0.469 0.002 0.018 0.049 0.109 0.063 0.004 0.001 0.004 0.177 74 K 0.051 0.549 0.002 0.011 0.039 0.081 0.045 0.007 0.001 0.004 0.211 75 E 0.132 0.544 0.003 0.004 0.012 0.021 0.033 0.015 0.001 0.002 0.234 76 N 0.292 0.427 0.005 0.007 0.005 0.006 0.029 0.093 0.001 0.004 0.132 77 G 0.415 0.178 0.063 0.004 0.002 0.002 0.092 0.036 0.001 0.016 0.191 78 T 0.060 0.074 0.302 0.007 0.004 0.004 0.214 0.004 0.001 0.005 0.325 79 W 0.023 0.073 0.011 0.015 0.005 0.013 0.201 0.003 0.001 0.003 0.653 80 S 0.037 0.181 0.002 0.025 0.008 0.015 0.126 0.002 0.001 0.007 0.596 81 K 0.042 0.274 0.001 0.002 0.003 0.004 0.099 0.001 0.001 0.003 0.571 82 A 0.078 0.712 0.001 0.007 0.007 0.014 0.057 0.007 0.001 0.003 0.111 83 Y 0.035 0.882 0.001 0.005 0.003 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.058 84 K 0.017 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.049 85 T 0.020 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.047 86 I 0.046 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.021 87 K 0.017 0.912 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.055 88 E 0.029 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.089 89 I 0.062 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.044 90 K 0.026 0.898 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.054 91 D 0.047 0.777 0.006 0.001 0.002 0.004 0.013 0.013 0.001 0.001 0.136 92 W 0.217 0.685 0.005 0.003 0.002 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.064 93 I 0.216 0.535 0.026 0.007 0.008 0.011 0.024 0.022 0.001 0.002 0.151 94 K 0.025 0.109 0.058 0.006 0.005 0.010 0.014 0.004 0.001 0.001 0.769 95 L 0.047 0.114 0.004 0.021 0.020 0.042 0.033 0.006 0.001 0.001 0.712 96 E 0.201 0.125 0.003 0.018 0.020 0.025 0.043 0.008 0.001 0.003 0.554 97 H 0.164 0.193 0.005 0.018 0.023 0.034 0.090 0.008 0.001 0.004 0.462 98 H 0.195 0.142 0.009 0.025 0.022 0.035 0.114 0.008 0.001 0.005 0.445 99 H 0.215 0.121 0.008 0.026 0.019 0.027 0.103 0.006 0.001 0.007 0.469 100 H 0.109 0.078 0.014 0.016 0.020 0.033 0.124 0.005 0.001 0.007 0.594 101 H 0.110 0.050 0.013 0.019 0.026 0.037 0.106 0.004 0.001 0.006 0.629 102 H 0.083 0.031 0.006 0.016 0.017 0.025 0.093 0.003 0.001 0.005 0.721