# TARGET T0326 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.005 0.001 0.002 0.100 0.006 0.874 2 P 0.126 0.020 0.002 0.003 0.066 0.017 0.766 3 I 0.485 0.072 0.002 0.003 0.037 0.007 0.393 4 N 0.562 0.067 0.003 0.003 0.023 0.007 0.335 5 V 0.298 0.104 0.004 0.005 0.039 0.011 0.539 6 P 0.038 0.014 0.013 0.003 0.138 0.062 0.733 7 S 0.004 0.003 0.023 0.005 0.451 0.339 0.176 8 G 0.004 0.012 0.021 0.011 0.417 0.224 0.311 9 L 0.003 0.023 0.032 0.095 0.455 0.044 0.347 10 P 0.005 0.022 0.049 0.304 0.064 0.099 0.456 11 A 0.005 0.010 0.073 0.558 0.034 0.093 0.228 12 V 0.007 0.004 0.052 0.807 0.020 0.033 0.078 13 K 0.020 0.002 0.042 0.820 0.023 0.036 0.058 14 V 0.019 0.003 0.030 0.843 0.018 0.046 0.040 15 L 0.024 0.009 0.023 0.853 0.020 0.037 0.033 16 A 0.019 0.004 0.025 0.820 0.018 0.078 0.036 17 K 0.019 0.003 0.026 0.649 0.039 0.215 0.049 18 E 0.004 0.002 0.020 0.252 0.076 0.611 0.035 19 G 0.004 0.002 0.016 0.035 0.065 0.799 0.078 20 I 0.124 0.016 0.025 0.040 0.117 0.082 0.596 21 F 0.359 0.038 0.026 0.039 0.116 0.064 0.358 22 V 0.395 0.023 0.027 0.038 0.122 0.068 0.327 23 M 0.305 0.045 0.008 0.026 0.166 0.042 0.408 24 T 0.101 0.011 0.006 0.030 0.144 0.026 0.682 25 E 0.004 0.001 0.173 0.689 0.038 0.063 0.032 26 K 0.001 0.001 0.179 0.727 0.024 0.055 0.013 27 R 0.002 0.002 0.250 0.656 0.016 0.057 0.018 28 A 0.003 0.003 0.171 0.667 0.025 0.065 0.066 29 I 0.002 0.002 0.210 0.489 0.024 0.226 0.046 30 H 0.002 0.002 0.266 0.344 0.036 0.296 0.055 31 Q 0.004 0.003 0.218 0.260 0.103 0.335 0.078 32 D 0.009 0.013 0.175 0.155 0.129 0.327 0.193 33 I 0.020 0.022 0.062 0.069 0.223 0.116 0.490 34 R 0.030 0.020 0.020 0.023 0.169 0.048 0.691 35 P 0.100 0.012 0.043 0.021 0.117 0.187 0.521 36 L 0.257 0.006 0.011 0.006 0.148 0.027 0.546 37 E 0.651 0.002 0.003 0.003 0.221 0.003 0.118 38 I 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 39 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 40 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 41 L 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 42 N 0.746 0.003 0.003 0.003 0.038 0.006 0.200 43 L 0.279 0.004 0.010 0.008 0.156 0.029 0.515 44 M 0.090 0.015 0.019 0.007 0.206 0.038 0.625 45 P 0.024 0.007 0.136 0.049 0.307 0.299 0.178 46 D 0.013 0.009 0.176 0.072 0.229 0.308 0.194 47 K 0.020 0.009 0.104 0.268 0.199 0.117 0.283 48 I 0.032 0.006 0.027 0.592 0.045 0.110 0.188 49 K 0.025 0.006 0.024 0.708 0.050 0.079 0.109 50 T 0.030 0.010 0.018 0.802 0.038 0.043 0.059 51 E 0.006 0.002 0.007 0.934 0.013 0.018 0.021 52 I 0.005 0.001 0.009 0.959 0.005 0.010 0.011 53 Q 0.003 0.001 0.008 0.956 0.004 0.018 0.009 54 L 0.004 0.001 0.007 0.963 0.007 0.011 0.007 55 L 0.004 0.001 0.015 0.959 0.004 0.007 0.010 56 R 0.001 0.001 0.029 0.930 0.006 0.028 0.006 57 L 0.001 0.001 0.049 0.876 0.006 0.061 0.006 58 L 0.002 0.004 0.102 0.637 0.037 0.197 0.022 59 G 0.001 0.001 0.047 0.156 0.032 0.738 0.025 60 N 0.003 0.003 0.033 0.042 0.298 0.334 0.288 61 T 0.008 0.047 0.037 0.008 0.203 0.041 0.655 62 P 0.025 0.010 0.083 0.007 0.222 0.248 0.406 63 L 0.057 0.017 0.116 0.010 0.253 0.165 0.381 64 Q 0.323 0.049 0.031 0.008 0.097 0.033 0.459 65 V 0.688 0.009 0.001 0.003 0.020 0.003 0.275 66 N 0.899 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.071 67 V 0.952 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 68 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 69 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 70 L 0.939 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 71 Y 0.850 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.122 72 T 0.533 0.011 0.034 0.028 0.061 0.037 0.296 73 E 0.151 0.013 0.099 0.036 0.173 0.231 0.299 74 T 0.096 0.014 0.104 0.043 0.272 0.260 0.211 75 H 0.078 0.018 0.065 0.052 0.277 0.133 0.378 76 K 0.077 0.031 0.061 0.049 0.247 0.142 0.392 77 P 0.042 0.022 0.061 0.036 0.254 0.174 0.411 78 K 0.027 0.010 0.045 0.033 0.319 0.239 0.328 79 H 0.024 0.019 0.023 0.034 0.345 0.135 0.420 80 T 0.024 0.060 0.013 0.040 0.236 0.037 0.590 81 P 0.015 0.018 0.081 0.258 0.103 0.069 0.456 82 I 0.002 0.001 0.285 0.582 0.015 0.092 0.023 83 E 0.002 0.001 0.368 0.512 0.014 0.087 0.016 84 H 0.005 0.006 0.307 0.549 0.015 0.078 0.039 85 I 0.012 0.020 0.146 0.630 0.031 0.089 0.072 86 L 0.012 0.005 0.185 0.596 0.029 0.120 0.052 87 K 0.012 0.003 0.180 0.463 0.049 0.255 0.037 88 F 0.015 0.005 0.127 0.379 0.046 0.379 0.050 89 Y 0.036 0.036 0.041 0.182 0.163 0.244 0.298 90 T 0.039 0.036 0.012 0.072 0.352 0.077 0.413 91 T 0.045 0.030 0.004 0.085 0.213 0.033 0.590 92 F 0.001 0.001 0.055 0.911 0.006 0.018 0.009 93 S 0.002 0.001 0.094 0.865 0.006 0.027 0.006 94 A 0.001 0.001 0.140 0.822 0.004 0.025 0.007 95 V 0.002 0.001 0.037 0.928 0.006 0.015 0.011 96 K 0.004 0.003 0.039 0.862 0.006 0.067 0.018 97 D 0.008 0.003 0.076 0.525 0.019 0.332 0.038 98 R 0.015 0.006 0.057 0.292 0.147 0.390 0.093 99 K 0.042 0.065 0.037 0.039 0.201 0.323 0.292 100 F 0.067 0.004 0.001 0.001 0.061 0.007 0.858 101 D 0.106 0.001 0.001 0.001 0.656 0.005 0.231 102 G 0.971 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 103 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 I 0.964 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.028 106 T 0.250 0.002 0.003 0.004 0.173 0.024 0.545 107 G 0.044 0.002 0.002 0.002 0.581 0.018 0.352 108 A 0.033 0.023 0.003 0.003 0.383 0.015 0.539 109 P 0.031 0.035 0.039 0.031 0.227 0.035 0.602 110 V 0.006 0.005 0.673 0.120 0.037 0.095 0.065 111 E 0.003 0.001 0.710 0.081 0.033 0.113 0.059 112 L 0.005 0.005 0.657 0.121 0.041 0.113 0.056 113 L 0.027 0.041 0.064 0.075 0.279 0.057 0.458 114 P 0.018 0.013 0.025 0.018 0.087 0.070 0.769 115 F 0.018 0.012 0.362 0.142 0.110 0.179 0.178 116 E 0.011 0.004 0.532 0.108 0.095 0.161 0.089 117 E 0.010 0.004 0.485 0.131 0.119 0.121 0.129 118 V 0.027 0.012 0.103 0.210 0.189 0.054 0.405 119 D 0.021 0.032 0.069 0.133 0.081 0.088 0.575 120 Y 0.012 0.008 0.063 0.575 0.067 0.072 0.203 121 W 0.002 0.001 0.032 0.878 0.019 0.020 0.047 122 E 0.001 0.001 0.017 0.943 0.010 0.019 0.009 123 E 0.001 0.001 0.009 0.963 0.003 0.018 0.006 124 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.003 125 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 128 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 130 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.012 0.001 132 R 0.001 0.001 0.004 0.943 0.002 0.049 0.002 133 H 0.001 0.001 0.010 0.729 0.016 0.234 0.011 134 N 0.003 0.002 0.011 0.404 0.051 0.484 0.045 135 V 0.018 0.018 0.011 0.115 0.194 0.239 0.405 136 Y 0.057 0.011 0.031 0.067 0.218 0.044 0.572 137 S 0.145 0.005 0.068 0.178 0.218 0.139 0.247 138 T 0.171 0.010 0.105 0.244 0.090 0.179 0.201 139 M 0.275 0.005 0.024 0.371 0.076 0.065 0.184 140 F 0.296 0.008 0.013 0.318 0.060 0.041 0.263 141 I 0.140 0.006 0.009 0.663 0.046 0.021 0.116 142 C 0.062 0.004 0.005 0.734 0.028 0.023 0.143 143 W 0.011 0.001 0.003 0.936 0.016 0.012 0.021 144 A 0.008 0.001 0.002 0.962 0.004 0.012 0.011 145 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.005 0.007 0.005 146 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.003 0.003 147 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.003 148 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.002 149 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 150 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.013 0.002 151 Y 0.001 0.001 0.003 0.943 0.002 0.047 0.004 152 F 0.001 0.001 0.007 0.758 0.016 0.202 0.015 153 Y 0.001 0.001 0.005 0.130 0.022 0.832 0.011 154 G 0.002 0.001 0.007 0.023 0.105 0.748 0.114 155 I 0.049 0.021 0.008 0.021 0.141 0.026 0.734 156 P 0.233 0.032 0.010 0.016 0.082 0.021 0.606 157 K 0.320 0.033 0.046 0.050 0.082 0.040 0.429 158 Y 0.338 0.030 0.042 0.054 0.095 0.047 0.394 159 E 0.227 0.016 0.032 0.064 0.128 0.041 0.492 160 L 0.142 0.007 0.078 0.130 0.133 0.062 0.447 161 P 0.119 0.008 0.148 0.109 0.129 0.241 0.246 162 Q 0.183 0.011 0.168 0.070 0.147 0.184 0.237 163 K 0.323 0.028 0.073 0.053 0.140 0.078 0.306 164 L 0.453 0.022 0.027 0.028 0.146 0.083 0.241 165 S 0.600 0.011 0.015 0.019 0.083 0.086 0.186 166 G 0.710 0.010 0.008 0.011 0.053 0.054 0.154 167 V 0.821 0.007 0.005 0.006 0.028 0.023 0.110 168 Y 0.840 0.008 0.004 0.005 0.026 0.010 0.107 169 K 0.689 0.006 0.007 0.007 0.041 0.015 0.234 170 H 0.671 0.012 0.011 0.008 0.046 0.022 0.229 171 R 0.772 0.017 0.011 0.009 0.039 0.017 0.135 172 V 0.680 0.037 0.012 0.012 0.048 0.023 0.188 173 A 0.330 0.025 0.010 0.012 0.110 0.024 0.488 174 K 0.091 0.013 0.020 0.017 0.212 0.179 0.467 175 D 0.029 0.013 0.047 0.026 0.319 0.281 0.286 176 S 0.028 0.015 0.043 0.021 0.200 0.054 0.639 177 V 0.044 0.009 0.179 0.080 0.126 0.219 0.343 178 L 0.068 0.036 0.299 0.082 0.089 0.227 0.199 179 F 0.075 0.109 0.281 0.055 0.137 0.096 0.247 180 R 0.097 0.017 0.141 0.054 0.173 0.261 0.257 181 G 0.067 0.023 0.054 0.024 0.204 0.362 0.267 182 H 0.048 0.060 0.022 0.011 0.188 0.068 0.602 183 D 0.026 0.014 0.018 0.006 0.161 0.062 0.712 184 D 0.039 0.007 0.055 0.021 0.447 0.281 0.149 185 F 0.184 0.028 0.084 0.051 0.123 0.248 0.281 186 F 0.393 0.034 0.030 0.046 0.093 0.055 0.349 187 W 0.568 0.067 0.007 0.029 0.056 0.019 0.254 188 A 0.384 0.025 0.006 0.018 0.105 0.016 0.446 189 P 0.228 0.032 0.009 0.013 0.098 0.031 0.587 190 H 0.131 0.038 0.063 0.059 0.144 0.073 0.492 191 S 0.057 0.018 0.141 0.066 0.188 0.150 0.381 192 R 0.033 0.009 0.280 0.118 0.168 0.195 0.198 193 Y 0.021 0.009 0.355 0.082 0.119 0.152 0.263 194 T 0.026 0.008 0.211 0.077 0.162 0.233 0.284 195 E 0.052 0.031 0.104 0.063 0.148 0.249 0.353 196 V 0.032 0.034 0.008 0.016 0.345 0.020 0.545 197 K 0.028 0.020 0.002 0.011 0.065 0.008 0.868 198 K 0.001 0.001 0.128 0.803 0.014 0.040 0.013 199 E 0.001 0.001 0.252 0.695 0.007 0.038 0.006 200 D 0.002 0.001 0.347 0.602 0.007 0.029 0.013 201 I 0.008 0.005 0.102 0.807 0.014 0.034 0.029 202 D 0.024 0.003 0.074 0.670 0.029 0.146 0.054 203 K 0.026 0.006 0.051 0.448 0.060 0.329 0.079 204 V 0.025 0.007 0.027 0.072 0.205 0.080 0.584 205 P 0.042 0.010 0.079 0.045 0.177 0.348 0.299 206 E 0.079 0.003 0.078 0.031 0.207 0.446 0.156 207 L 0.378 0.010 0.036 0.034 0.177 0.054 0.311 208 E 0.831 0.011 0.006 0.017 0.019 0.007 0.109 209 I 0.951 0.004 0.003 0.009 0.005 0.003 0.025 210 L 0.943 0.004 0.003 0.008 0.005 0.005 0.034 211 A 0.863 0.004 0.005 0.013 0.018 0.016 0.081 212 E 0.561 0.009 0.007 0.018 0.107 0.051 0.246 213 S 0.182 0.008 0.028 0.018 0.197 0.087 0.479 214 D 0.046 0.004 0.094 0.023 0.264 0.460 0.110 215 E 0.060 0.008 0.121 0.026 0.192 0.504 0.089 216 A 0.276 0.018 0.025 0.017 0.170 0.063 0.431 217 G 0.507 0.008 0.007 0.008 0.151 0.027 0.292 218 V 0.863 0.006 0.007 0.006 0.029 0.008 0.081 219 Y 0.961 0.002 0.004 0.004 0.004 0.003 0.021 220 V 0.981 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 221 V 0.975 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 222 A 0.896 0.005 0.001 0.004 0.015 0.005 0.073 223 N 0.547 0.004 0.007 0.004 0.064 0.019 0.354 224 K 0.028 0.002 0.053 0.006 0.105 0.777 0.030 225 S 0.013 0.001 0.036 0.001 0.055 0.884 0.011 226 E 0.304 0.007 0.036 0.002 0.209 0.177 0.265 227 R 0.525 0.013 0.004 0.001 0.081 0.033 0.343 228 Q 0.841 0.010 0.002 0.001 0.036 0.007 0.103 229 I 0.948 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.035 230 F 0.949 0.003 0.002 0.001 0.005 0.005 0.035 231 V 0.931 0.003 0.003 0.002 0.010 0.012 0.039 232 T 0.771 0.007 0.005 0.005 0.042 0.059 0.111 233 G 0.243 0.014 0.013 0.011 0.242 0.116 0.360 234 H 0.078 0.015 0.031 0.011 0.243 0.069 0.553 235 P 0.024 0.009 0.226 0.043 0.118 0.481 0.100 236 E 0.025 0.013 0.189 0.045 0.149 0.470 0.108 237 Y 0.038 0.053 0.092 0.044 0.289 0.104 0.379 238 D 0.027 0.032 0.019 0.038 0.163 0.059 0.664 239 R 0.002 0.002 0.171 0.646 0.038 0.115 0.027 240 Y 0.001 0.001 0.167 0.631 0.044 0.133 0.023 241 T 0.001 0.003 0.089 0.744 0.029 0.090 0.043 242 L 0.002 0.003 0.017 0.856 0.022 0.037 0.063 243 R 0.001 0.001 0.009 0.939 0.008 0.033 0.010 244 D 0.001 0.001 0.006 0.950 0.007 0.029 0.008 245 E 0.001 0.001 0.003 0.962 0.007 0.016 0.011 246 Y 0.001 0.001 0.002 0.966 0.005 0.013 0.010 247 Y 0.002 0.001 0.002 0.960 0.007 0.018 0.010 248 R 0.001 0.001 0.002 0.971 0.007 0.011 0.009 249 D 0.001 0.001 0.003 0.967 0.006 0.009 0.013 250 I 0.001 0.001 0.006 0.963 0.004 0.021 0.006 251 G 0.001 0.001 0.008 0.907 0.005 0.071 0.007 252 R 0.001 0.001 0.009 0.449 0.022 0.508 0.011 253 N 0.001 0.002 0.009 0.091 0.073 0.739 0.084 254 L 0.006 0.026 0.008 0.025 0.207 0.045 0.684 255 K 0.012 0.039 0.016 0.006 0.094 0.046 0.786 256 V 0.016 0.012 0.035 0.009 0.125 0.099 0.704 257 P 0.021 0.029 0.049 0.009 0.218 0.122 0.552 258 I 0.028 0.038 0.026 0.011 0.403 0.025 0.470 259 P 0.031 0.017 0.025 0.014 0.070 0.050 0.792 260 A 0.035 0.111 0.043 0.017 0.131 0.074 0.590 261 N 0.030 0.059 0.028 0.015 0.256 0.045 0.566 262 Y 0.013 0.025 0.032 0.014 0.172 0.092 0.652 263 F 0.005 0.034 0.039 0.019 0.116 0.055 0.732 264 P 0.004 0.024 0.104 0.015 0.111 0.165 0.577 265 N 0.005 0.009 0.115 0.014 0.131 0.473 0.253 266 D 0.005 0.035 0.131 0.013 0.311 0.217 0.288 267 D 0.003 0.044 0.053 0.009 0.318 0.056 0.518 268 P 0.002 0.012 0.102 0.014 0.109 0.475 0.285 269 T 0.004 0.012 0.080 0.019 0.145 0.552 0.189 270 K 0.005 0.027 0.029 0.027 0.505 0.141 0.267 271 T 0.011 0.027 0.005 0.038 0.384 0.031 0.504 272 P 0.031 0.029 0.007 0.060 0.068 0.040 0.766 273 I 0.170 0.051 0.024 0.102 0.085 0.061 0.508 274 L 0.276 0.074 0.047 0.204 0.081 0.042 0.276 275 T 0.169 0.043 0.042 0.279 0.069 0.038 0.359 276 W 0.017 0.002 0.076 0.830 0.017 0.029 0.029 277 W 0.007 0.001 0.063 0.882 0.012 0.021 0.014 278 S 0.003 0.001 0.058 0.863 0.012 0.055 0.007 279 H 0.004 0.001 0.044 0.844 0.015 0.072 0.020 280 A 0.002 0.002 0.060 0.827 0.008 0.084 0.017 281 H 0.003 0.001 0.057 0.813 0.016 0.097 0.014 282 L 0.005 0.002 0.092 0.753 0.015 0.113 0.019 283 F 0.013 0.019 0.050 0.749 0.040 0.093 0.037 284 F 0.019 0.004 0.025 0.786 0.032 0.058 0.077 285 S 0.003 0.001 0.024 0.914 0.012 0.033 0.014 286 N 0.002 0.001 0.015 0.917 0.011 0.043 0.012 287 W 0.001 0.001 0.008 0.962 0.006 0.017 0.005 288 L 0.001 0.001 0.006 0.968 0.005 0.013 0.007 289 N 0.003 0.001 0.006 0.951 0.006 0.024 0.009 290 Y 0.004 0.001 0.005 0.962 0.004 0.014 0.011 291 C 0.006 0.002 0.005 0.953 0.008 0.017 0.009 292 I 0.011 0.001 0.006 0.893 0.017 0.052 0.020 293 Y 0.013 0.002 0.009 0.823 0.011 0.127 0.015 294 Q 0.024 0.004 0.014 0.607 0.068 0.173 0.110 295 K 0.035 0.026 0.027 0.452 0.130 0.150 0.181 296 T 0.015 0.009 0.008 0.051 0.207 0.036 0.674 297 P 0.009 0.007 0.130 0.146 0.129 0.332 0.247 298 Y 0.017 0.023 0.174 0.158 0.138 0.290 0.201 299 R 0.020 0.018 0.202 0.140 0.123 0.110 0.385 300 L 0.005 0.002 0.574 0.233 0.021 0.080 0.084 301 E 0.014 0.003 0.585 0.165 0.034 0.146 0.052 302 D 0.014 0.011 0.580 0.173 0.036 0.127 0.060 303 I 0.032 0.035 0.119 0.186 0.239 0.111 0.278 304 H 0.022 0.011 0.043 0.124 0.075 0.084 0.641