# TARGET T0326 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 124 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.632 0.243 0.090 0.030 0.005 0.001 0.001 2 P 0.565 0.242 0.104 0.061 0.023 0.004 0.001 3 I 0.304 0.167 0.171 0.182 0.127 0.045 0.004 4 N 0.436 0.282 0.147 0.084 0.037 0.013 0.001 5 V 0.165 0.133 0.177 0.270 0.194 0.057 0.005 6 P 0.396 0.249 0.162 0.119 0.056 0.016 0.002 7 S 0.576 0.289 0.095 0.031 0.008 0.001 0.001 8 G 0.395 0.350 0.145 0.073 0.028 0.008 0.001 9 L 0.239 0.197 0.246 0.220 0.083 0.014 0.001 10 P 0.479 0.322 0.139 0.047 0.011 0.002 0.001 11 A 0.371 0.222 0.146 0.160 0.085 0.016 0.001 12 V 0.253 0.253 0.250 0.182 0.054 0.007 0.001 13 K 0.511 0.345 0.097 0.035 0.010 0.002 0.001 14 V 0.241 0.318 0.252 0.148 0.037 0.005 0.001 15 L 0.075 0.091 0.146 0.292 0.297 0.095 0.004 16 A 0.261 0.389 0.224 0.098 0.024 0.004 0.001 17 K 0.466 0.339 0.128 0.050 0.013 0.003 0.001 18 E 0.232 0.265 0.227 0.171 0.081 0.022 0.002 19 G 0.204 0.240 0.200 0.181 0.122 0.049 0.004 20 I 0.149 0.117 0.162 0.237 0.215 0.107 0.012 21 F 0.302 0.251 0.185 0.142 0.080 0.036 0.004 22 V 0.148 0.168 0.180 0.211 0.184 0.098 0.011 23 M 0.148 0.151 0.155 0.227 0.209 0.097 0.013 24 T 0.280 0.280 0.205 0.154 0.062 0.017 0.003 25 E 0.558 0.267 0.106 0.049 0.015 0.004 0.001 26 K 0.584 0.248 0.100 0.044 0.017 0.006 0.001 27 R 0.393 0.246 0.173 0.119 0.051 0.016 0.002 28 A 0.329 0.205 0.171 0.161 0.097 0.034 0.003 29 I 0.448 0.280 0.148 0.080 0.032 0.010 0.001 30 H 0.309 0.239 0.175 0.144 0.093 0.036 0.005 31 Q 0.266 0.213 0.189 0.181 0.108 0.039 0.005 32 D 0.424 0.251 0.155 0.101 0.048 0.019 0.003 33 I 0.227 0.185 0.173 0.196 0.150 0.061 0.008 34 R 0.159 0.179 0.177 0.209 0.180 0.087 0.009 35 P 0.166 0.174 0.162 0.193 0.175 0.113 0.017 36 L 0.096 0.079 0.097 0.167 0.241 0.255 0.064 37 E 0.050 0.091 0.142 0.245 0.227 0.188 0.057 38 I 0.047 0.030 0.045 0.094 0.215 0.378 0.191 39 L 0.067 0.065 0.081 0.144 0.219 0.293 0.131 40 I 0.103 0.068 0.086 0.130 0.165 0.305 0.143 41 L 0.101 0.068 0.081 0.137 0.198 0.290 0.125 42 N 0.182 0.142 0.139 0.164 0.175 0.163 0.036 43 L 0.134 0.092 0.105 0.178 0.242 0.204 0.044 44 M 0.217 0.206 0.200 0.208 0.119 0.043 0.007 45 P 0.490 0.238 0.128 0.088 0.039 0.015 0.002 46 D 0.505 0.233 0.128 0.082 0.037 0.013 0.002 47 K 0.435 0.197 0.141 0.125 0.077 0.024 0.002 48 I 0.496 0.235 0.142 0.082 0.034 0.010 0.001 49 K 0.448 0.274 0.149 0.084 0.034 0.010 0.001 50 T 0.259 0.196 0.159 0.175 0.133 0.068 0.009 51 E 0.129 0.118 0.137 0.190 0.221 0.179 0.026 52 I 0.310 0.240 0.193 0.150 0.078 0.027 0.004 53 Q 0.251 0.171 0.132 0.150 0.167 0.108 0.020 54 L 0.200 0.079 0.070 0.124 0.188 0.267 0.072 55 L 0.282 0.137 0.125 0.186 0.141 0.102 0.027 56 R 0.350 0.236 0.158 0.128 0.083 0.037 0.008 57 L 0.314 0.141 0.126 0.150 0.160 0.093 0.015 58 L 0.377 0.145 0.088 0.115 0.120 0.127 0.028 59 G 0.331 0.234 0.190 0.147 0.068 0.024 0.005 60 N 0.400 0.244 0.153 0.106 0.062 0.030 0.006 61 T 0.232 0.201 0.164 0.185 0.134 0.070 0.014 62 P 0.240 0.218 0.185 0.178 0.107 0.056 0.016 63 L 0.167 0.181 0.151 0.178 0.183 0.113 0.028 64 Q 0.142 0.185 0.195 0.227 0.163 0.073 0.014 65 V 0.040 0.050 0.073 0.150 0.252 0.332 0.102 66 N 0.049 0.123 0.243 0.297 0.171 0.093 0.023 67 V 0.045 0.048 0.062 0.129 0.265 0.354 0.097 68 T 0.041 0.106 0.169 0.250 0.241 0.161 0.031 69 L 0.033 0.052 0.077 0.151 0.240 0.371 0.077 70 L 0.058 0.081 0.100 0.166 0.228 0.301 0.066 71 Y 0.067 0.131 0.178 0.262 0.215 0.128 0.018 72 T 0.097 0.098 0.130 0.205 0.268 0.176 0.026 73 E 0.218 0.282 0.231 0.169 0.075 0.022 0.003 74 T 0.337 0.326 0.172 0.103 0.045 0.016 0.002 75 H 0.135 0.190 0.229 0.246 0.147 0.048 0.005 76 K 0.252 0.249 0.189 0.158 0.105 0.042 0.004 77 P 0.245 0.280 0.208 0.166 0.076 0.023 0.002 78 K 0.309 0.311 0.205 0.116 0.044 0.013 0.001 79 H 0.366 0.270 0.171 0.114 0.059 0.019 0.002 80 T 0.332 0.306 0.189 0.112 0.047 0.013 0.001 81 P 0.193 0.188 0.170 0.216 0.161 0.066 0.006 82 I 0.203 0.306 0.264 0.159 0.055 0.012 0.001 83 E 0.398 0.409 0.134 0.044 0.013 0.003 0.001 84 H 0.085 0.205 0.300 0.278 0.109 0.022 0.001 85 I 0.037 0.055 0.112 0.280 0.360 0.150 0.007 86 L 0.193 0.386 0.255 0.121 0.037 0.007 0.001 87 K 0.254 0.416 0.220 0.082 0.022 0.005 0.001 88 F 0.030 0.087 0.179 0.315 0.287 0.097 0.005 89 Y 0.029 0.097 0.233 0.346 0.233 0.059 0.002 90 T 0.177 0.374 0.248 0.131 0.055 0.014 0.001 91 T 0.166 0.338 0.271 0.160 0.054 0.012 0.001 92 F 0.026 0.047 0.118 0.377 0.349 0.078 0.003 93 S 0.383 0.444 0.126 0.037 0.008 0.001 0.001 94 A 0.325 0.391 0.184 0.079 0.018 0.003 0.001 95 V 0.078 0.133 0.182 0.308 0.245 0.053 0.002 96 K 0.213 0.324 0.271 0.151 0.036 0.005 0.001 97 D 0.520 0.331 0.093 0.041 0.012 0.002 0.001 98 R 0.178 0.401 0.256 0.127 0.034 0.005 0.001 99 K 0.041 0.300 0.381 0.226 0.049 0.004 0.001 100 F 0.001 0.004 0.023 0.119 0.427 0.406 0.020 101 D 0.001 0.010 0.071 0.331 0.415 0.165 0.007 102 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.076 0.535 0.377 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.169 0.822 104 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.086 0.908 105 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.111 0.875 106 T 0.001 0.001 0.003 0.011 0.039 0.254 0.692 107 G 0.001 0.007 0.020 0.065 0.159 0.390 0.357 108 A 0.006 0.019 0.045 0.124 0.298 0.342 0.167 109 P 0.034 0.093 0.173 0.219 0.230 0.183 0.068 110 V 0.083 0.102 0.145 0.215 0.218 0.184 0.053 111 E 0.124 0.190 0.184 0.191 0.180 0.114 0.017 112 L 0.140 0.211 0.224 0.220 0.135 0.063 0.008 113 L 0.107 0.124 0.172 0.250 0.237 0.104 0.008 114 P 0.268 0.337 0.213 0.128 0.044 0.010 0.001 115 F 0.266 0.245 0.204 0.169 0.092 0.022 0.002 116 E 0.558 0.280 0.105 0.044 0.011 0.002 0.001 117 E 0.400 0.288 0.163 0.094 0.041 0.013 0.001 118 V 0.253 0.267 0.217 0.164 0.078 0.019 0.002 119 D 0.224 0.347 0.238 0.133 0.046 0.011 0.001 120 Y 0.032 0.082 0.156 0.302 0.303 0.120 0.006 121 W 0.015 0.063 0.138 0.267 0.351 0.158 0.009 122 E 0.061 0.281 0.310 0.233 0.090 0.023 0.001 123 E 0.009 0.071 0.248 0.402 0.213 0.055 0.003 124 L 0.001 0.004 0.009 0.050 0.296 0.573 0.067 125 T 0.018 0.126 0.320 0.334 0.153 0.046 0.003 126 E 0.041 0.345 0.366 0.200 0.040 0.007 0.001 127 I 0.011 0.016 0.026 0.110 0.357 0.435 0.046 128 M 0.005 0.026 0.076 0.261 0.440 0.184 0.007 129 E 0.097 0.535 0.282 0.074 0.012 0.001 0.001 130 W 0.031 0.129 0.347 0.382 0.101 0.010 0.001 131 S 0.030 0.057 0.084 0.265 0.409 0.152 0.004 132 R 0.173 0.436 0.255 0.111 0.022 0.003 0.001 133 H 0.543 0.358 0.078 0.017 0.003 0.001 0.001 134 N 0.089 0.223 0.279 0.239 0.141 0.028 0.002 135 V 0.071 0.182 0.265 0.265 0.167 0.046 0.003 136 Y 0.054 0.115 0.177 0.275 0.258 0.110 0.011 137 S 0.031 0.072 0.093 0.187 0.314 0.250 0.053 138 T 0.002 0.008 0.017 0.061 0.191 0.423 0.297 139 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.038 0.205 0.745 140 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.134 0.834 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.095 0.896 142 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.101 0.888 143 W 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.060 0.931 144 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 0.929 145 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.124 0.860 146 Q 0.001 0.001 0.002 0.010 0.047 0.260 0.679 147 A 0.001 0.003 0.007 0.021 0.065 0.302 0.602 148 G 0.001 0.005 0.011 0.038 0.097 0.359 0.489 149 L 0.002 0.007 0.017 0.062 0.199 0.467 0.245 150 Y 0.006 0.024 0.066 0.169 0.323 0.340 0.071 151 Y 0.013 0.052 0.119 0.206 0.295 0.266 0.048 152 F 0.040 0.105 0.175 0.238 0.251 0.170 0.021 153 Y 0.059 0.127 0.197 0.275 0.222 0.111 0.010 154 G 0.153 0.236 0.230 0.201 0.134 0.042 0.003 155 I 0.120 0.166 0.215 0.248 0.183 0.063 0.006 156 P 0.270 0.327 0.204 0.124 0.055 0.019 0.002 157 K 0.115 0.183 0.241 0.270 0.152 0.037 0.003 158 Y 0.417 0.329 0.155 0.072 0.022 0.005 0.001 159 E 0.527 0.305 0.110 0.044 0.012 0.002 0.001 160 L 0.315 0.207 0.190 0.195 0.079 0.013 0.001 161 P 0.711 0.216 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 162 Q 0.576 0.282 0.092 0.038 0.010 0.002 0.001 163 K 0.169 0.225 0.242 0.218 0.109 0.033 0.003 164 L 0.108 0.173 0.187 0.220 0.200 0.102 0.011 165 S 0.063 0.108 0.157 0.230 0.230 0.181 0.032 166 G 0.074 0.117 0.147 0.219 0.227 0.186 0.031 167 V 0.050 0.103 0.190 0.257 0.227 0.148 0.026 168 Y 0.045 0.066 0.093 0.206 0.336 0.223 0.030 169 K 0.101 0.214 0.253 0.240 0.141 0.046 0.005 170 H 0.082 0.141 0.185 0.267 0.219 0.096 0.009 171 R 0.213 0.344 0.233 0.147 0.050 0.012 0.001 172 V 0.166 0.230 0.232 0.220 0.119 0.032 0.001 173 A 0.222 0.232 0.220 0.204 0.099 0.021 0.001 174 K 0.654 0.242 0.072 0.024 0.006 0.001 0.001 175 D 0.548 0.285 0.112 0.042 0.011 0.002 0.001 176 S 0.263 0.280 0.232 0.158 0.057 0.011 0.001 177 V 0.196 0.323 0.241 0.157 0.065 0.017 0.001 178 L 0.034 0.077 0.156 0.293 0.296 0.134 0.010 179 F 0.028 0.038 0.082 0.192 0.323 0.303 0.035 180 R 0.127 0.269 0.258 0.206 0.101 0.035 0.004 181 G 0.098 0.202 0.245 0.248 0.147 0.055 0.006 182 H 0.047 0.093 0.142 0.290 0.301 0.117 0.009 183 D 0.256 0.347 0.213 0.121 0.048 0.013 0.002 184 D 0.352 0.363 0.177 0.076 0.024 0.006 0.001 185 F 0.209 0.334 0.251 0.146 0.048 0.012 0.001 186 F 0.034 0.072 0.126 0.252 0.344 0.157 0.015 187 W 0.040 0.131 0.227 0.273 0.210 0.106 0.013 188 A 0.014 0.016 0.033 0.097 0.204 0.439 0.197 189 P 0.021 0.035 0.054 0.122 0.222 0.351 0.195 190 H 0.024 0.047 0.096 0.155 0.214 0.290 0.174 191 S 0.022 0.038 0.062 0.120 0.202 0.311 0.246 192 R 0.029 0.068 0.102 0.161 0.226 0.278 0.136 193 Y 0.021 0.041 0.086 0.194 0.286 0.279 0.093 194 T 0.092 0.193 0.203 0.202 0.158 0.122 0.029 195 E 0.133 0.221 0.233 0.206 0.131 0.068 0.008 196 V 0.040 0.087 0.153 0.279 0.303 0.129 0.009 197 K 0.231 0.310 0.240 0.149 0.059 0.011 0.001 198 K 0.414 0.334 0.161 0.071 0.017 0.003 0.001 199 E 0.736 0.221 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 200 D 0.273 0.365 0.228 0.104 0.027 0.003 0.001 201 I 0.067 0.090 0.200 0.362 0.242 0.038 0.001 202 D 0.344 0.402 0.182 0.060 0.011 0.001 0.001 203 K 0.589 0.309 0.077 0.021 0.004 0.001 0.001 204 V 0.163 0.249 0.280 0.222 0.075 0.010 0.001 205 P 0.405 0.297 0.169 0.092 0.030 0.006 0.001 206 E 0.284 0.385 0.209 0.089 0.028 0.005 0.001 207 L 0.070 0.129 0.195 0.279 0.237 0.085 0.006 208 E 0.077 0.229 0.269 0.252 0.127 0.042 0.004 209 I 0.027 0.060 0.111 0.226 0.310 0.240 0.026 210 L 0.016 0.032 0.070 0.175 0.317 0.334 0.057 211 A 0.031 0.070 0.121 0.233 0.307 0.205 0.033 212 E 0.102 0.219 0.254 0.242 0.127 0.047 0.008 213 S 0.169 0.231 0.208 0.210 0.128 0.046 0.008 214 D 0.317 0.335 0.184 0.100 0.042 0.017 0.005 215 E 0.265 0.335 0.211 0.118 0.051 0.018 0.003 216 A 0.036 0.079 0.154 0.271 0.293 0.150 0.018 217 G 0.030 0.095 0.152 0.255 0.263 0.177 0.028 218 V 0.017 0.028 0.055 0.129 0.248 0.387 0.136 219 Y 0.006 0.013 0.033 0.093 0.206 0.439 0.210 220 V 0.003 0.008 0.022 0.065 0.170 0.441 0.292 221 V 0.003 0.009 0.024 0.078 0.223 0.448 0.215 222 A 0.012 0.069 0.160 0.305 0.279 0.149 0.027 223 N 0.072 0.200 0.238 0.275 0.166 0.043 0.006 224 K 0.282 0.361 0.203 0.107 0.037 0.009 0.001 225 S 0.382 0.403 0.151 0.051 0.011 0.002 0.001 226 E 0.047 0.222 0.304 0.280 0.124 0.022 0.001 227 R 0.003 0.035 0.124 0.321 0.358 0.154 0.006 228 Q 0.001 0.002 0.008 0.053 0.272 0.546 0.120 229 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.360 0.594 230 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.151 0.834 231 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.103 0.885 232 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.028 0.187 0.775 233 G 0.001 0.003 0.008 0.026 0.098 0.347 0.516 234 H 0.002 0.009 0.020 0.060 0.200 0.407 0.302 235 P 0.011 0.034 0.069 0.140 0.238 0.357 0.152 236 E 0.036 0.071 0.115 0.195 0.256 0.270 0.056 237 Y 0.107 0.141 0.152 0.198 0.214 0.158 0.030 238 D 0.146 0.219 0.234 0.222 0.124 0.049 0.006 239 R 0.134 0.219 0.227 0.216 0.139 0.057 0.008 240 Y 0.360 0.317 0.176 0.091 0.040 0.013 0.003 241 T 0.209 0.277 0.232 0.155 0.079 0.038 0.010 242 L 0.032 0.050 0.102 0.214 0.338 0.237 0.028 243 R 0.099 0.193 0.233 0.228 0.158 0.075 0.015 244 D 0.276 0.301 0.182 0.122 0.069 0.042 0.008 245 E 0.050 0.111 0.172 0.241 0.235 0.161 0.031 246 Y 0.023 0.038 0.080 0.209 0.341 0.274 0.035 247 Y 0.174 0.284 0.219 0.163 0.103 0.049 0.007 248 R 0.217 0.240 0.234 0.190 0.086 0.031 0.003 249 D 0.181 0.201 0.170 0.202 0.161 0.078 0.007 250 I 0.152 0.177 0.198 0.222 0.183 0.065 0.003 251 G 0.449 0.246 0.139 0.109 0.044 0.012 0.001 252 R 0.519 0.282 0.125 0.052 0.018 0.005 0.001 253 N 0.438 0.283 0.147 0.088 0.035 0.009 0.001 254 L 0.252 0.203 0.210 0.204 0.105 0.025 0.001 255 K 0.591 0.275 0.091 0.033 0.008 0.001 0.001 256 V 0.326 0.237 0.195 0.168 0.064 0.011 0.001 257 P 0.568 0.299 0.092 0.033 0.008 0.001 0.001 258 I 0.225 0.265 0.248 0.182 0.070 0.011 0.001 259 P 0.330 0.266 0.199 0.144 0.052 0.009 0.001 260 A 0.388 0.348 0.162 0.072 0.025 0.005 0.001 261 N 0.089 0.193 0.263 0.291 0.138 0.026 0.001 262 Y 0.081 0.213 0.272 0.255 0.146 0.032 0.001 263 F 0.063 0.155 0.250 0.304 0.189 0.037 0.001 264 P 0.287 0.317 0.214 0.136 0.040 0.005 0.001 265 N 0.546 0.289 0.108 0.044 0.011 0.002 0.001 266 D 0.485 0.305 0.129 0.061 0.017 0.003 0.001 267 D 0.403 0.251 0.170 0.119 0.046 0.010 0.001 268 P 0.685 0.209 0.070 0.028 0.007 0.001 0.001 269 T 0.609 0.244 0.091 0.043 0.011 0.002 0.001 270 K 0.521 0.303 0.114 0.048 0.013 0.002 0.001 271 T 0.270 0.378 0.212 0.111 0.025 0.003 0.001 272 P 0.232 0.276 0.211 0.189 0.078 0.013 0.001 273 I 0.197 0.351 0.271 0.142 0.034 0.005 0.001 274 L 0.092 0.200 0.214 0.260 0.187 0.044 0.002 275 T 0.076 0.268 0.304 0.247 0.089 0.015 0.001 276 W 0.019 0.042 0.070 0.202 0.374 0.269 0.024 277 W 0.064 0.203 0.316 0.264 0.117 0.032 0.003 278 S 0.133 0.262 0.230 0.196 0.124 0.048 0.006 279 H 0.044 0.064 0.103 0.219 0.306 0.233 0.031 280 A 0.083 0.091 0.086 0.161 0.236 0.282 0.061 281 H 0.139 0.209 0.221 0.210 0.136 0.068 0.016 282 L 0.121 0.170 0.193 0.211 0.183 0.102 0.019 283 F 0.064 0.048 0.054 0.123 0.216 0.357 0.138 284 F 0.082 0.089 0.089 0.174 0.207 0.241 0.117 285 S 0.222 0.248 0.200 0.151 0.106 0.058 0.016 286 N 0.199 0.189 0.167 0.186 0.149 0.085 0.025 287 W 0.194 0.095 0.101 0.156 0.181 0.217 0.056 288 L 0.248 0.128 0.117 0.159 0.180 0.142 0.026 289 N 0.246 0.232 0.190 0.165 0.110 0.048 0.008 290 Y 0.158 0.170 0.180 0.213 0.172 0.092 0.014 291 C 0.142 0.138 0.115 0.157 0.204 0.210 0.035 292 I 0.108 0.124 0.171 0.240 0.195 0.131 0.031 293 Y 0.285 0.244 0.180 0.151 0.089 0.040 0.010 294 Q 0.300 0.211 0.161 0.155 0.117 0.049 0.008 295 K 0.405 0.208 0.187 0.132 0.053 0.014 0.001 296 T 0.321 0.236 0.179 0.164 0.078 0.022 0.002 297 P 0.326 0.246 0.205 0.155 0.057 0.011 0.001 298 Y 0.180 0.161 0.181 0.223 0.188 0.062 0.005 299 R 0.372 0.338 0.168 0.083 0.032 0.007 0.001 300 L 0.222 0.141 0.195 0.239 0.151 0.049 0.003 301 E 0.639 0.257 0.068 0.027 0.006 0.001 0.001 302 D 0.608 0.235 0.105 0.040 0.011 0.001 0.001 303 I 0.530 0.192 0.140 0.095 0.037 0.006 0.001 304 H 0.777 0.163 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001